◆ Jmolで見るトピックス分子(18-3) ◆

No.151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。


  1. 構造生物学: 明らかになったアミノ酸輸送体LAT1の構造(Nature ハイライト,2019/04/04) [NEW!] ※2019/03/27公開6irs・6irt(下掲)。

    PDBデータ 6irt(BCHが結合したヒトアミノ酸輸送体LAT1-4F2hc)
    Amino acid transporter - Wikipedia
    6irt(BCHが結合したヒトアミノ酸トランスポーターLAT1-4F2hc) AUU(BCH)選択 同PDBsumデータ6irt_AUU$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    BCHが結合したヒトアミノ酸トランスポーターLAT1-4F2hc 6irtとそのPDBsumデータ


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. RCSB PDB 2019/05/01新規公開データより:6ahy Wnt signaling complex [NEW!]

    PDBデータ 6ahyのChain A・B(Wnt-frizzled複合体)
    Wnt signaling pathway - WikipediaFrizzled - Wikipedia
    6ahyのChain A・B(Wnt-frizzled複合体) MLY(L-ペプチド結合)選択 同PDBsumデータ6ahy_PAM$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)GalGlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    Wnt-frizzled複合体 6ahyのChain A・BとそのPDBsumデータ


  3. 今月の分子 233: S-ニトロシル化ヘモグロビン(S-Nitrosylated Hemoglobin)(PDBj,2019/05) [NEW!]Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 1buwS-ニトロシル化ヘモグロビン)
    Hemoglobin - Wikipedia
    1buwS-ニトロシル化ヘモグロビン) NO選択 SNC(L-ペプチド架橋)選択 同-S-N=O部分選択 同PDBsumデータ1buw_HEM-NO[HEM 142(A) to NO 143(A)] $

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 ヘム選択 Fe選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    一酸化窒素が結合したS-ニトロシル化ヘモグロビン1buwとそのPDBsumデータ


  4. 構造生物学: セロトニン輸送の仕組みの解明(Nature ハイライト,2019/05/02) [NEW!]

    PDBデータ 6dzz(イボガインと15B8 Fabが結合したセロトニン輸送体)
    Serotonin transporter - WikipediaIbogaine - Wikipedia
    6dzz(イボガインと15B8 Fabが結合したセロトニン輸送体;inward conformation) HJM(イボガイン)選択 同PDBsumデータ6dzz_HJM$PDBsumデータ6dzv_HJM$ PDBsumデータ6dzy_HJM$ PDBsumデータ6dzw_8PR$
      

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左]イボガイン(ibogaine)と15B8 Fabが結合したセロトニン輸送体6dzz
    [中]セロトニン輸送体6dzz6dzv6dzy(以上イボガイン結合)・6dzw(パロキセチン結合)のPDBsumデータ
    [右]イボガイン


  5. 新たなタイプの認知症「LATE」が発見される、アルツハイマー病と診断された患者の多くはLATEだった可能性も(GIGAZINE,2019/05/09) [NEW!] ※“アルツハイマー病の症状があるもののアミロイドβタンパク質の蓄積がない患者について、研究者らはTDP-43と呼ばれるタンパク質が蓄積したことによって認知に障害が出ていたことを突き止めました”。

    PDBデータ 6cfhの20量体(Chain A・B×10;TDP-43のSWGMMGMLASQセグメント)
    TARDBP - WikipediaLimbic-predominant age-related TDP-43 encephalopathy - Wikipedia
    6cfhの20量体(Chain A・B×10;TDP-43のSWGMMGMLASQセグメント)
    5x4fのModel 1(TDP-43のN末端ドメイン溶液構造)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]TDP-43のSWGMMGMLASQセグメント 6cfhの20量体(Chain A・B×10) [右]TDP-43のN末端ドメイン溶液構造例 5x4fのModel 1


  6. RCSB PDB 2019/05/15新規公開データより:6a6v Crystal structure of the modified fructosyl peptide oxidase from Aspergillus nidulans with 7 additional mutations, in complex with FSA [NEW!] ※他に6a6r・6a6s・6a6t・6a6u公開

    PDBデータ 6a6vのChain A(フルクトシルペプチドオキシダーゼ;FADとチオ酢酸フルクトシルが結合)
    Glycated hemoglobin - Wikipedia
    6a6vのChain A(FADとチオ酢酸フルクトシルが結合したフルクトシルペプチドオキシダーゼ) FSA(チオ酢酸フルクトシル)選択 同PDBsumデータ6a6v_FSA$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    FADとチオ酢酸フルクトシルが結合したフルクトシルペプチドオキシダーゼ 6a6vのChain AとそのPDBsumデータ


  7. 日焼け止めの化学物質は体内に吸収され、血液中に流れ込んでいた:米当局の臨床試験から明らかに(WIRED.jp,2019/05/08) [NEW!] ※“被験者から血液を採取し、アヴォベンゾン、オキシベンゾン、オクトクリレン、エカムシュル(テレフタリリデンジカンフルスルホン酸)の量を測定”。

    アヴォベンゾン,オキシベンゾン,オクトクリレン,エカムシュルの同時表示(左上から時計回りで)
    Avobenzone - WikipediaOxybenzone - WikipediaOctocrylene - WikipediaEcamsule - Wikipedia
    アヴォベンゾン(avobenzone),オキシベンゾン(oxybenzone),オクトクリレン(octocrylene;異性体あり),エカムシュル(ecamsule)の同時表示(左上から時計回りで)
    ※紫外線(UV)による発がん原因とされるチミン二量体を含むDNAの例:1t4i [Pyrimidine dimer - Wikipedia今月の分子 091: チミン2量体 (Thymine Dimers) (PDBj,2007/07)

    バックボーン 二次構造  DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 DNA/RNA backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左]日焼け止め成分例(左上から時計回りで):アヴォベンゾン(avobenzone),オキシベンゾン(oxybenzone),オクトクリレン(octocrylene),エカムシュル(ecamsule)
    [中]紫外線(UV)による発がん原因とされるチミン二量体を含むDNAの構造例 1t4i
    [右]参考図:紫外線の種類と紫外線カット製品の例


  8. RCSB PDB 2019/05/22新規公開データより:6jb1 Structure of pancreatic ATP-sensitive potassium channel bound with repaglinide and ATPgammaS at 3.3A resolution [NEW!] ※他に6jb3公開

    PDBデータ 6jb1のChain A・B(レパグリニドが結合したATP感受性 K(KATP)チャネル)
    ATP-sensitive potassium channel - WikipediaRepaglinide - Wikipedia
    6jb1のChain A・B(レパグリニドが結合したATP 感受性 K(KATP)チャネル) BJX(レパグリニド)選択 同PDBsumデータ6jb1_BJX$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    レパグリニドが結合したATP感受性 K(KATP)チャネル 6jb1のChain A・BとそのPDBsumデータ(ジギトニンが共存)


  9. RCSB PDB 2019/05/29新規公開データより:6o9m Structure of the human apo TFIIH [NEW!] ※他に6o9l(holo-PIC)公開

    PDBデータ 6o9m(転写因子TFIIH)
    Transcription factor II H - WikipediaTranscription preinitiation complex - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ヒトの転写因子TFIIH 6o9m


  10. 今月の分子 234: MDM2とがん(MDM2 and Cancer)(PDBj,2019/06) [NEW!]Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 1ycr(p53腫瘍抑制因子に結合したMDM2)
    Mdm2 - Wikipedia
    1ycr(p53に結合したMDM2)
    1rv1(阻害剤ニュートリン-2〈nutlin-2〉が結合したMDM2) 同Chain A 同PDBsumデータ1rv1_IMZ$ [Nutlin - WikipediaNutlin-2 | C31H34Br2N4O4 - PubChem

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    p53に結合したMDM2 1ycrと阻害剤ニュートリン-2(nutlin-2)が結合したMDM2 1rv1のChain A,および後者のPDBsumデータ


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