Jmolで見るトピックス分子（19-4）

◆ Jmolで見るトピックス分子（19-4） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot⁺ v.2.2で取得したものです。

【解ければ化学者】オリーブオイルの主成分はどれ?【脂肪の素ってどんな分子? そして脂と油の差は?】（Chem-Station，2020/01/31）　※同記事1～4の分子構造を以下に

脂肪酸関連別記事：人類を救う理想のアブラ！？オメガ3との付き合い方（NHK健康チャンネル，2020/01/08）　※“オメガ3脂肪酸（DHA・EPA）”のDHA・EPAを以下に。
脂肪酸 - Wikipedia ｜ ω-3脂肪酸｜ ω-6脂肪酸
有機化合物の名前・基礎の基礎（本サイト）

初期表示はDHA（ドコサヘキサエン酸，docosahexaenoic acid）

1：酢酸（acetic acid）　→ 酢酸分子の形と軌道
2：ステアリン酸（stearic acid；オクタデカン酸，octadecanoic acid）
3：オレイン酸（oleic acid）　→ 別トピック
4：カフェイン（caffeine）　→ 別トピック
※NHK記事掲載の分子例
DHA（ドコサヘキサエン酸，docosahexaenoic acid）　→ 別トピック ∥ 参考（DHA結合PDBsumデータ例） 1fdq_HXA$（脳の脂肪酸結合タンパク質）
EPA（エイコサペンタエン酸，eicosapentaenoic acid）　→ 別トピック ∥ 参考（EPA結合PDBsumデータ例） 1igx_EPA$（プロスタグランジンエンドペルオキシド合成酵素）

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

［左・中］DHA（ドコサヘキサエン酸，docosahexaenoic acid）とDHAが結合した脳の脂肪酸結合タンパク質1fdqPDBsumデータ
［右］EPAが結合したプロスタグランジンエンドペルオキシド合成酵素1igxのPDBsumデータ

ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

酸性

中性

芳香族

塩基性

ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

極性

酸性

塩基性

非極性（疎水性）

SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP

ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE

ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性｜ Log Pをポケットに！

プラスチック摂食により、海鳥は化学添加剤に汚染される（東京農工大学，2020/01/28）　※“5種類の化学添加剤（1種類の難燃剤と4種類の紫外線吸収剤）”。高田秀重教授らによる。

In Vivo Accumulation of Plastic-Derived Chemicals into Seabird Tissues（Current Biology，2020/01/30）　※第111回サイエンスカフェにいがた『我が家から地球をめぐる環境汚染物質』（2019/04/20）ゲストの水川薫子さんも研究チームに。
同じ研究チームほかによる別研究：世界の海鳥の50％にプラスチック添加剤の汚染が広がっていることを、世界16地域32種の海鳥の分析から明らかにしました（東京農工大学，2021/10/08）　※例示の化学構造式は下掲UV-328
- Plastic additives and legacy persistent organic pollutants in the preen gland oil of seabirds sampled across the globe（Environmental Monitoring and Contaminants Research，2021/10/11）
- プラ添加剤汚染広がる　世界の半数の海鳥から成分検出　国際チーム（朝日，2021/10/11）
同上：新型コロナウイルス感染拡大に由来するとみられるプラスチックゴミをウミガメが摂食していることを確認しました（東京農工大学，2022/02/10）　※“5社中4社のマスクから内分泌攪乱作用が指摘されるUV329を含む6種類の添加剤が検出され…”。UV329（UV-329）を以下に追加。水川薫子さんに加え第58回サイエンスカフェにいがた『本気を出さない野生動物？』（2012/04/28）ゲストの佐藤克文さんも研究グループに。
- Covid-19-derived plastic debris contaminating marine ecosystem: Alert from a sea turtle（Marine Pollution Bulletin，2022/02/08）
同上：Benzotriazole UV-stabilizers in beached plastic resin pellets collected across the world including remote islands: Evidence of plastic-mediated long-range environmental transport (LRET) of additives（Environmental Monitoring and Contaminants Research，2025/03/01） [PDF] [NEW!]
プラ添加剤2物質を禁止　生物に蓄積、国際条約会議（Yahoo!ニュース，2023/05/06）　※“プラスチックが劣化したり変色したりするのを抑える紫外線吸収剤「UV328」と、電線やケーブルの被覆材などを燃えにくくする難燃剤「デクロランプラス」”。
難燃剤 - Wikipedia ｜サンスクリーン剤
マイクロプラスチック問題（本サイト）｜別トピック[1]（日焼け止め）・[2]（環境ホルモン関連新刊紹介）

紫外線吸収剤 UV-326（2-(2-hydroxy-3-tert-butyl-5-methylphenyl)-5-chlorobenzotriazole）
［UV degradation - Wikipedia］

難燃剤 DBDE（2,2',3,3',4,4',5,5',6,6'-decabromodiphenyl ether）　→ 新規POPs有害物質リスト
紫外線吸収剤 UV-326（2-(2-hydroxy-3-tert-butyl-5-methylphenyl)-5-chlorobenzotriazole）
紫外線吸収剤 UV-327（2-(3,5-di-tert-butyl-2-hydroxyphenyl)-5-chlorobenzotriazole）
紫外線吸収剤 UV-328（2-(3,5-di-tert-amyl-2-hydroxyphenyl) benzotriazole）
紫外線吸収剤 UV-329（2-(2H-benzotriazol-2-yl)-4-(1,1,3,3-tetramethylbutyl)phenol）
紫外線吸収剤 BP-12（2-hydroxy-4-octyloxybenzophenone）
難燃剤デクロランプラス（dodecachlorododecahydrodimethanodibenzocyclooctene，anti-Dechlorane Plus；他にsyn体あり）

空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
Jmol色　Rasmol色
ドット表面表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

難燃剤 DBDE

左から紫外線吸収剤 UV-326・UV-328・UV-329

難燃剤デクロランプラス（anti-Dechlorane Plus；他にsyn体あり）

RCSB PDB 2020/01/22新規公開データより：6pvt Influenza B M2 Proton Channel in the Open State - SSNMR Structure at pH 4.5　※他にClosed Stateの6pvr公開

PDBデータ 6pvtのModel 1（B型インフルエンザウイルスのBM2タンパク質プロトンチャネル）
［M2 proton channel - Wikipedia］

6pvtのModel 1（B型インフルエンザウイルスのBM2タンパク質プロトンチャネル）　His19・Trp23選択

B型インフルエンザウイルスのBM2タンパク質プロトンチャネル6pvtのModel 1

ノンレム睡眠とレム睡眠のバランスを調節する脳回路と神経ペプチドを同定（筑波大学，2020/02/03）　※ニューロテンシン（neurotensin）構造例2lneを以下に

PDBデータ 2lneのModel 1（ヒトのニューロテンシン）
［Neurotensin - Wikipedia］

2lneのModel 1（ヒトのニューロテンシン）　→ Biophysical Chemistry誌論文（2012）
※参考（ニューロテンシン結合タンパク質例）：4grv（ニューロテンシン受容体1〈NTSR1〉；ニューロテンシン〈部分，6残基/13残基〉結合）　Chain B（neurotensin 8-13）選択　同PDBsumデータ4grv_RRPYIL[Chain B]$　→ GPCR - 2012年ノーベル化学賞

［左］ヒトのニューロテンシン2lneのModel 1
［中・右］参考（ニューロテンシン結合タンパク質例）：ニューロテンシン受容体1（NTSR1，ニューロテンシン〈部分，neurotensin 8-13結合）とそのPDBsumデータ

ニューロテンシン2lneのアミノ酸配列（13塩基，有機概念図I/O値順着色）

Glu Leu Tyr Glu Asn Lys Pro Arg Arg Pro Tyr Ile Leu

RCSB PDB 2020/02/12 新規公開データより：6jez Covalent labeling of rVDR-LBD by turn-on fluorescent probe mediated by conjugate addition and cyclization　※ビタミンD₃受容体。他にペルオキシソーム増殖剤活性化受容体の6jey・6jf0公開。

Cyclization Reaction-Based Turn-on Probe for Covalent Labeling of Target Proteins（Cell Chemical Biology，2020/01/27）
ビタミンD₃受容体関連別研究例：Lithocholic Acid Amides as Potent Vitamin D Receptor Agonists（Biomolecules，2022/01/24）　※※2022/03/09公開7vqp
Fluorescent probes - Latest research and news | Nature
蛍光生物学 - DOJIN NEWS / Review
ビタミンD - Wikipedia
別トピック（本サイト；ビタミンD₃受容体関連）｜水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン

PDBデータ 6jez（ターンオフ蛍光プローブが結合したビタミンD₃受容体）
［Fluorophore - Wikipedia，Vitamin D - Wikipedia，Calcitriol receptor - Wikipedia］

6jez（ターンオフ蛍光プローブが結合したビタミンD₃受容体）　YSV（蛍光プローブ）選択　Chain C（リガンド結合ドメイン）選択　同PDBsumデータ6jez_YSV$
※参考（他のビタミンD₃受容体構造例）
1ie9（活性型ビタミンD₃が結合したビタミンD₃受容体）　同PDBsumデータ1ie9_VDX [500(A)]$
7vqp（リトコール酸誘導体が結合したビタミンD₃受容体）　YSV（蛍光プローブ）選択　Chain C選択　同PDBsumデータ7vqp_7SW（H原子付加）$
ビタミンD₂（カルシフェロール，エルゴカルシフェロール）｜ビタミンD₃｛コレカルシフェロール｝　活性型ビタミンD₃

ターンオフ蛍光プローブが結合したビタミンD₃受容体6jezとそのPDBsumデータ

リトコール酸誘導体が結合したビタミンD₃受容体7vqpとそのPDBsumデータ（リガンドにH原子付加）

RCSB PDB 2020/02/19新規公開データより：6kae Closslinked alpha(Fe-CO)-beta(Ni) human hemoglobin A in the T quaternary structure at 95 K: Light　※他に6ka9・6kah・6kai・6kao～6kav・6l5v～6l5y・6lcw・6lcx公開

PDBデータ 6kaeのChain A-D（一酸化炭素が結合した Ni(II)-Fe(II)混成ヘモグロビン）
［Hemoglobin - Wikipedia］

6kaeのChain A-D（Ni(II)-Fe(II)混成ヘモグロビン）　CMO（一酸化炭素）選択　Fe・Ni選択　同PDBsumデータ6kae_HEM$　同PDBsumデータ6kae_HNI$

一酸化炭素が結合した Ni(II)-Fe(II)混成ヘモグロビン6kaeのChain A-DとそのPDBsumデータ（Chain A〈CO結合〉・B）

ビオチン生合成に関わる1回しか反応できない酵素の発見!―「自殺酵素」におけるユニークな多段階反応機構の解明（東京大学，2020/02/18）　※2020/02/26公開PDBデータ6ir4・6itd・6k36（下掲）・6k37・6k38

PDBデータ 6k36（新規生合成酵素BioU）

6k36（新規生合成酵素BioU）　同PDBsumデータ 6k36_CWF$
※参考（ビオチン結合タンパク質例）：　1avdのChainA（鶏卵白のアビジン）　同PDBsumデータ 1avd_BTN$　［Avidin - Wikipedia］

新規生合成酵素BioU 6k36とそのPDBsumデータ（Lys124については上掲論文・プレスリリース参照）

今月の分子 243: 電位依存性ナトリウムチャネル（Voltage-gated Sodium Channels）（PDBj，2020/03）｜ Molecule of the Month（PDB）

ナトリウムチャネル - 脳科学辞典　※“電位依存性ナトリウムチャネル(Navチャネル)”
同チャネルについて別研究例
- High-resolution structures of human Na_v1.7 reveal gating modulation through α-π helical transition of S6_IV（Cell Reports，2022/04/26）　※2022/06/01公開データ7w9k・7w9l・7w9m・7w9p（下掲）・7w9t
- Structural mapping of Na_v1.7 antagonists（Nature Communications，2023/06/03）　※2022/06/14公開データ8i5b・8i5g（下掲）・8i5x・8i5y・8j4f
- Cannabidiol inhibits Na_v channels through two distinct binding sites（Nature Communications，2023/06/17）　※2022/07/05公開データ8g1a（下掲）
- Structural basis for high-voltage activation and subtype-specific inhibition of human Na_v1.8（PNAS，2022/07/19）　※2022/08/03公開データ7we4（下掲）・7wel・7wfr・7wfw
- Structural basis of inhibition of human Na_V1.8 by the tarantula venom peptide Protoxin-I（Nature Communications，2025/02/07） [NEW!]　※2025/02/19公開データ9dbn（下掲）
- The structural basis of divalent cation block in a tetrameric prokaryotic sodium channel（Nature Communications，2023/07/15）　※2022/07/26公開データ8h9o・8h9w・8h9x・8h9y（下掲）・8ha1・8ha2
  - 多価陽イオンによってイオン電流が調節される仕組みを解明　～思考や記憶等の元になる神経伝達の調節機構についての知見～（和歌山県立医科大学，2023/07/31）
- A tamoxifen receptor within a voltage-gated sodium channel（Molecular Cell，2021/01/26）　※2021/02/03公開データ6sx5・6sxf（下掲）・6sxg・6sxc・6sxe・6z8c・6sx7
テトロドトキシン関連別研究例
- 新発見!フグは無毒のフグ毒の「匂い」を嗅ぐことが出来る（名古屋大学，2022/09/08）　※テトロドトキシン（TTX）類縁体のTDTを下掲
  - An almost nontoxic tetrodotoxin analog, 5,6,11-trideoxytetrodotoxin, as an odorant for the grass puffer（Scientific Reports，2022/09/05）
参考：ジギトニン関連別研究例
- Architecture of chloroplast TOC-TIC translocon supercomplex（Nature，2023/01/26）　※2023/01/11公開7xzi・7xzj（下掲；ジギトニンのほかにイノシトール6リン酸結合）
  - 植物科学：葉緑体のTOC-TIC超複合体の全体構造（Nature ハイライト，2023/03/09）
参考：イノシトール6リン酸関連別研究例
- Structural basis of catalytic activation in human splicing（Nature，2023/05/10）　※2023/05/10公開7qtt（下掲）・8ch6
  - 構造生物学：スプライシングが進行中のmRNA前駆体のクライオ電子顕微鏡構造（Nature ハイライト，2023/05/25）
別トピック（本サイト）[1] ｜ [2]

PDBデータ 6j8j（テトロドトキシンが結合した電位依存性ナトリウムチャネル）
［Sodium channel - Wikipedia，Tetrodotoxin - Wikipedia］

6j8j（テトロドトキシンが結合した電位依存性ナトリウムチャネル Na_v1.7）　9SR（テトロドトキシン）選択　同PDBsumデータ 6j8j_9SR$ ｜テトロドトキシン（tetrodotoxin，TTX）
※他の電位依存性ナトリウムチャネルの例
6nt4（α-サソリ毒とジギトニンが結合したヒト-ゴキブリハイブリッドNa_vチャネル）　L0A（ジギトニン）選択　Chain B・C（α-サソリ毒）選択　同PDBsumデータ6nt4_L0A$　→ 別トピック
7w9pのChain A（サキシトキシンが結合した電位依存性ナトリウムチャネルNa_v1.7）　9SL（サキシトキシン）選択　同PDBsumデータ7w9pA_lp$　［Na_v1.7 - Wikipedia，Saxitoxin - Wikipedia］
8i5gのChain A（阻害剤PF-05089771が結合した電位依存性ナトリウムチャネルNa_v1.7）　T70（PF-05089771）選択　同PDBsumデータ8i5g_lp$ ｜ PDBsumデータ8i5b_lp（ブピバカイン〈bupivacaine〉）$
8g1aのChain A（カンナビジオール〈cannabidiol〉が結合した電位依存性ナトリウムチャネルNa_v1.7）　P0T（カンナビジオール）選択　同PDBsumデータ8g1a_P0T[2004(A)]$　［Cannabidiol - Wikipedia］｜カンナビジオール（cannabidiol）
7we4（遮断剤A-803467が結合した電位依存性ナトリウムチャネルNa_v1.8）　95T（A-803467）選択　同PDBsumデータ7we4_lp$　［Na_v1.8 - Wikipedia］
9dbn（タランチュラ毒Protoxin-Iが結合した電位依存性ナトリウムチャネルNa_v1.8）　Chain B（タランチュラ毒Protoxin-I）選択　Chain AのI702・G745・V746・A747およびChain BのW27・V29選択　［Protoxin-I - Wikipedia］
8h9y（NavAb，N49K/L176Q変異体）　Gln1176選択　同PDBsumデータ8h9y_CA[1312(A)]$
6sxfの4量体（Chain A×4；タモキシフェンが結合した電位依存性ナトリウムチャネルNavMs）　CTX（タモキシフェン）選択　同PDBsumデータ6sxf_CTX$ ｜タモキシフェン（tamoxifen）　→ 話題の制がん剤・抗がん剤
7xziのChain A・B（ジギトニンとイノシトール6リン酸が結合したTOC-TIC超複合体中のCtap3・Ctap4〈Ctapは葉緑体トランスロコン関連タンパク質〉）　AJP（ジギトニン）選択　IHP（イノシトール6リン酸）選択　同PDBsumデータ7xzi_AJP[305(B)]$　同PDBsumデータ7xzi_IHP$　［TIC/TOC complex - Wikipedia，TOC - 光合成事典，TIC - 光合成事典］
7qttのChain a（イノシトール6リン酸が結合したmRNA前駆体プロセシングスプライシング因子8）　同PDBsumデータ7qtt_IHP$
※参考：テトロドトキシン（TTX）類縁体例　TDT（5,6,11-trideoxyTTX）｜ TTXとTDTの同時表示
※参考：イノシトール6リン酸　イノシトール6リン酸 IP₆（フィチン酸，phytic acid）

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

［左・中］テトロドトキシンが結合した電位依存性ナトリウムチャネルNa_v1.7 6j8jとそのPDBsumデータ
［右］フグ毒テトロドトキシンの作用機序模式図

サキシトキシン（saxitoxin）が結合した電位依存性ナトリウムチャネルNa_v1.7 7w9pのChain AとそのPDBsumデータ

阻害剤PF-05089771が結合した電位依存性ナトリウムチャネルNa_v1.7 8i5gのChain AとそのPDBsumデータ（ブピバカイン〈bupivacaine〉結合の8i5bとの比較）

［左・中］阻害剤カンナビジオール（cannabidiol）が結合した電位依存性ナトリウムチャネルNa_v1.7 8g1aのChain AとそのPDBsumデータ　［右］カンナビジオール（cannabidiol）

遮断剤A-803467が結合した電位依存性ナトリウムチャネルNa_v1.8 7we4とそのPDBsumデータ

タランチュラ毒Protoxin-Iが結合した電位依存性ナトリウムチャネルNa_v1.8 9dbn
※球表示したChain AのI702・G745・V746・A747およびChain BのW27・V29は論文参照
Chain Bのアミノ酸配列：I/O値順（特性基 R）着色　［Protoxin-I - Wikipedia］

Glu Cys Arg Tyr Trp Leu Gly Gly Cys Ser Ala Gly Gln Thr Cys Cys Lys His Leu Val Cys Ser Arg Arg His Gly Trp Cys Val Trp Asp Gly Thr Phe Ser