◆ Jmolで見るトピックス分子（19-4） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。

  1. 【解ければ化学者】オリーブオイルの主成分はどれ?【脂肪の素ってどんな分子? そして脂と油の差は?】（Chem-Station，2020/01/31）　※同記事1〜4の分子構造を以下に

    初期表示はDHA（ドコサヘキサエン酸，docosahexaenoic acid）
    		1：酢酸（acetic acid）　→ 酢酸分子の形と軌道
    2：ステアリン酸（stearic acid；オクタデカン酸，octadecanoic acid）
    3：オレイン酸（oleic acid）　→ 別トピック
    4：カフェイン（caffeine）　→ 別トピック
    ※NHK記事掲載の分子例
    DHA（ドコサヘキサエン酸，docosahexaenoic acid）　→ 別トピック ‖ 参考（DHA結合PDBsumデータ例） 1fdq_HXA$（脳の脂肪酸結合タンパク質）
    EPA（エイコサペンタエン酸，eicosapentaenoic acid）　→ 別トピック ‖ 参考（EPA結合PDBsumデータ例） 1igx_EPA$（プロスタグランジンエンドペルオキシド合成酵素）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

        
    ［左・中］DHA（ドコサヘキサエン酸，docosahexaenoic acid）とDHAが結合した脳の脂肪酸結合タンパク質1fdqPDBsumデータ
    ［右］EPAが結合したプロスタグランジンエンドペルオキシド合成酵素1igxのPDBsumデータ

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. プラスチック摂食により、海鳥は化学添加剤に汚染される（東京農工大学，2020/01/28）　※“5種類の化学添加剤（1種類の難燃剤と4種類の紫外線吸収剤）”。高田秀重教授らによる。

    紫外線吸収剤 UV-326（2-(2-hydroxy-3-tert-butyl-5-methylphenyl)-5-chlorobenzotriazole）
    ［UV degradation - Wikipedia］
    		難燃剤 DBDE（2,2',3,3',4,4',5,5',6,6'-decabromodiphenyl ether）　→ 新規POPs有害物質リスト
    紫外線吸収剤 UV-326（2-(2-hydroxy-3-tert-butyl-5-methylphenyl)-5-chlorobenzotriazole）
    紫外線吸収剤 UV-327（2-(3,5-di-tert-butyl-2-hydroxyphenyl)-5-chlorobenzotriazole）
    紫外線吸収剤 UV-328（2-(3,5-di-tert-amyl-2-hydroxyphenyl) benzotriazole）
    紫外線吸収剤 UV-329（2-(2H-benzotriazol-2-yl)-4-(1,1,3,3-tetramethylbutyl)phenol）
    紫外線吸収剤 BP-12（2-hydroxy-4-octyloxybenzophenone）
    難燃剤 デクロランプラス（dodecachlorododecahydrodimethanodibenzocyclooctene，anti-Dechlorane Plus；他にsyn体あり）
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    Jmol色　Rasmol色
    　
    背景・黒　灰　白　紺


    難燃剤 DBDE

      
    左から 紫外線吸収剤 UV-326・UV-328・UV-329


    難燃剤 デクロランプラス（anti-Dechlorane Plus；他にsyn体あり）

  3. RCSB PDB 2020/01/22新規公開データより：6pvt Influenza B M2 Proton Channel in the Open State - SSNMR Structure at pH 4.5　※他にClosed Stateの6pvr公開

    PDBデータ 6pvtのModel 1（B型インフルエンザウイルスのBM2タンパク質プロトンチャネル）
    ［M2 proton channel - Wikipedia］
    		6pvtのModel 1（B型インフルエンザウイルスのBM2タンパク質プロトンチャネル）　His19・Trp23選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    B型インフルエンザウイルスのBM2タンパク質プロトンチャネル6pvtのModel 1

  4. ノンレム睡眠とレム睡眠のバランスを調節する脳回路と神経ペプチドを同定（筑波大学，2020/02/03）　※ニューロテンシン（neurotensin）構造例2lneを以下に

    PDBデータ 2lneのModel 1（ヒトのニューロテンシン）
    ［Neurotensin - Wikipedia］
    		2lneのModel 1（ヒトのニューロテンシン）　→ Biophysical Chemistry誌論文（2012）
    ※参考（ニューロテンシン結合タンパク質例）：4grv（ニューロテンシン受容体1〈NTSR1〉；ニューロテンシン〈部分，6残基/13残基〉結合）　Chain B（neurotensin 8-13）選択　同PDBsumデータ4grv_RRPYIL[Chain B]$　→ GPCR - 2012年ノーベル化学賞
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］ヒトのニューロテンシン2lneのModel 1
    ［中・右］参考（ニューロテンシン結合タンパク質例）：ニューロテンシン受容体1（NTSR1，ニューロテンシン〈部分，neurotensin 8-13結合）とそのPDBsumデータ

    ニューロテンシン2lneのアミノ酸配列（13塩基，有機概念図I/O値順着色）
    Glu Leu Tyr Glu Asn Lys Pro Arg Arg Pro Tyr Ile Leu

  5. RCSB PDB 2020/02/12 新規公開データより：6jez Covalent labeling of rVDR-LBD by turn-on fluorescent probe mediated by conjugate addition and cyclization　※ビタミンD3受容体。他にペルオキシソーム増殖剤活性化受容体の6jey・6jf0公開。

    PDBデータ 6jez（ターンオフ蛍光プローブが結合したビタミンD3受容体）
    ［Fluorophore - Wikipedia，Vitamin D - Wikipedia，Calcitriol receptor - Wikipedia］
    		6jez（ターンオフ蛍光プローブが結合したビタミンD3受容体）　YSV（蛍光プローブ）選択　Chain C（リガンド結合ドメイン）選択　同PDBsumデータ6jez_YSV$
    ※参考（他のビタミンD3受容体構造例）
    1ie9（活性型ビタミンD3が結合したビタミンD3受容体）　同PDBsumデータ1ie9_VDX [500(A)]$
    7vqp（リトコール酸誘導体が結合したビタミンD3受容体）　YSV（蛍光プローブ）選択　Chain C選択　同PDBsumデータ7vqp_7SW（H原子付加）$
    ビタミンD2（カルシフェロール，エルゴカルシフェロール） ｜ ビタミンD3｛コレカルシフェロール｝　活性型ビタミンD3
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ターンオフ蛍光プローブが結合したビタミンD3受容体6jezとそのPDBsumデータ


    リトコール酸誘導体が結合したビタミンD3受容体7vqpとそのPDBsumデータ（リガンドにH原子付加）

  6. RCSB PDB 2020/02/19新規公開データより：6kae Closslinked alpha(Fe-CO)-beta(Ni) human hemoglobin A in the T quaternary structure at 95 K: Light　※他に6ka9・6kah・6kai・6kao〜6kav・6l5v〜6l5y・6lcw・6lcx公開

    PDBデータ 6kaeのChain A-D（一酸化炭素が結合した Ni(II)-Fe(II)混成ヘモグロビン）
    ［Hemoglobin - Wikipedia］
    		6kaeのChain A-D（Ni(II)-Fe(II)混成ヘモグロビン）　CMO（一酸化炭素）選択　Fe・Ni選択　同PDBsumデータ6kae_HEM$　同PDBsumデータ6kae_HNI$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    一酸化炭素が結合した Ni(II)-Fe(II)混成ヘモグロビン6kaeのChain A-DとそのPDBsumデータ（Chain A〈CO結合〉・B）

  7. ビオチン生合成に関わる1回しか反応できない酵素の発見!―「自殺酵素」におけるユニークな多段階反応機構の解明（東京大学，2020/02/18）　※2020/02/26公開PDBデータ6ir4・6itd・6k36（下掲）・6k37・6k38

    PDBデータ 6k36（新規生合成酵素BioU）
    		 6k36（新規生合成酵素BioU）　同PDBsumデータ 6k36_CWF$
    ※参考（ビオチン結合タンパク質例）：　1avdのChainA（鶏卵白のアビジン）　同PDBsumデータ 1avd_BTN$　［Avidin - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    新規生合成酵素BioU 6k36とそのPDBsumデータ（Lys124については上掲論文・プレスリリース参照）

  8. 今月の分子 243: 電位依存性ナトリウムチャネル（Voltage-gated Sodium Channels）（PDBj，2020/03） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 6j8j（テトロドトキシンが結合した電位依存性ナトリウムチャネル）
    ［Sodium channel - Wikipedia，Tetrodotoxin - Wikipedia］
    		6j8j（テトロドトキシンが結合した電位依存性ナトリウムチャネル Nav1.7）　9SR（テトロドトキシン）選択　同PDBsumデータ 6j8j_9SR$ ｜ テトロドトキシン（tetrodotoxin，TTX）
    ※他の電位依存性ナトリウムチャネルの例
    6nt4（α-サソリ毒とジギトニンが結合したヒト-ゴキブリ ハイブリッドNavチャネル）　L0A（ジギトニン）選択　Chain B・C（α-サソリ毒）選択　同PDBsumデータ6nt4_L0A$　→ 別トピック
    7w9pのChain A（サキシトキシンが結合した電位依存性ナトリウムチャネルNav1.7）　9SL（サキシトキシン）選択　同PDBsumデータ7w9pA_lp$　［Nav1.7 - Wikipedia，Saxitoxin - Wikipedia］
    8i5gのChain A（阻害剤PF-05089771が結合した電位依存性ナトリウムチャネルNav1.7）　T70（PF-05089771）選択　同PDBsumデータ8i5g_lp$ ｜ PDBsumデータ8i5b_lp（ブピバカイン〈bupivacaine〉）$
    8g1aのChain A（カンナビジオール〈cannabidiol〉が結合した電位依存性ナトリウムチャネルNav1.7）　P0T（カンナビジオール）選択　同PDBsumデータ8g1a_P0T[2004(A)]$　［Cannabidiol - Wikipedia］ ｜ カンナビジオール（cannabidiol）
    7we4（遮断剤A-803467が結合した電位依存性ナトリウムチャネルNav1.8）　95T（A-803467）選択　同PDBsumデータ7we4_lp$　［Nav1.8 - Wikipedia］
    9dbn（タランチュラ毒Protoxin-Iが結合した電位依存性ナトリウムチャネルNav1.8）　Chain B（タランチュラ毒Protoxin-I）選択　Chain AのI702・G745・V746・A747およびChain BのW27・V29選択　［Protoxin-I - Wikipedia］
    8h9y（NavAb，N49K/L176Q変異体）　Gln1176選択　同PDBsumデータ8h9y_CA[1312(A)]$
    6sxfの4量体（Chain A×4；タモキシフェンが結合した電位依存性ナトリウムチャネルNavMs）　CTX（タモキシフェン）選択　同PDBsumデータ6sxf_CTX$ ｜ タモキシフェン（tamoxifen）　→ 話題の制がん剤・抗がん剤
    7xziのChain A・B（ジギトニンとイノシトール6リン酸が結合したTOC-TIC超複合体中のCtap3・Ctap4〈Ctapは葉緑体トランスロコン関連タンパク質〉）　AJP（ジギトニン）選択　IHP（イノシトール6リン酸）選択　同PDBsumデータ7xzi_AJP[305(B)]$　同PDBsumデータ7xzi_IHP$　［TIC/TOC complex - Wikipedia，TOC - 光合成事典，TIC - 光合成事典］
    7qttのChain a（イノシトール6リン酸が結合したmRNA前駆体プロセシングスプライシング因子8）　同PDBsumデータ7qtt_IHP$
    ※参考：テトロドトキシン（TTX）類縁体例　TDT（5,6,11-trideoxyTTX） ｜ TTXとTDTの同時表示
    ※参考：イノシトール6リン酸　イノシトール6リン酸 IP6（フィチン酸，phytic acid）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左・中］テトロドトキシンが結合した電位依存性ナトリウムチャネルNav1.7 6j8jとそのPDBsumデータ
    ［右］フグ毒テトロドトキシンの作用機序模式図


    サキシトキシン（saxitoxin）が結合した電位依存性ナトリウムチャネルNav1.7 7w9pのChain AとそのPDBsumデータ


    阻害剤PF-05089771が結合した電位依存性ナトリウムチャネルNav1.7 8i5gのChain AとそのPDBsumデータ（ブピバカイン〈bupivacaine〉結合の8i5bとの比較）

      
    ［左・中］阻害剤カンナビジオール（cannabidiol）が結合した電位依存性ナトリウムチャネルNav1.7 8g1aのChain AとそのPDBsumデータ　［右］カンナビジオール（cannabidiol）


    遮断剤A-803467が結合した電位依存性ナトリウムチャネルNav1.8 7we4とそのPDBsumデータ


    タランチュラ毒Protoxin-Iが結合した電位依存性ナトリウムチャネルNav1.8 9dbn
    ※球表示したChain AのI702・G745・V746・A747およびChain BのW27・V29は論文参照
    Chain Bのアミノ酸配列：I/O値順（特性基 R）着色　［Protoxin-I - Wikipedia］
    Glu Cys Arg Tyr Trp Leu Gly Gly Cys Ser Ala Gly Gln Thr Cys Cys Lys His Leu Val Cys Ser Arg Arg His Gly Trp Cys Val Trp Asp Gly Thr Phe Ser


    イオンチャネルNavAb（N49K/L176Q変異体） 8h9y


    タモキシフェン（tamoxifen）が結合した電位依存性ナトリウムチャネルNavMs 6sxfの4量体（Chain A×4）とそのPDBsumデータ

      
    ［左］イノシトール6リン酸（IP6）
    ［中・右］参考データ：ジギトニンとイノシトール6リン酸が結合したTOC-TIC超複合体中のCtap3・Ctap4（Ctapは葉緑体トランスロコン関連タンパク質）7xziのChain A・BとそのPDBsumデータ


    参考データ：イノシトール6リン酸が結合したmRNA前駆体プロセシングスプライシング因子8 7qttのChain aとそのPDBsumデータ


    ※参考：テトロドトキシン（TTX）とその類縁体例 TDT（5,6,11-trideoxyTTX）

  9. 目に見える光がなくても大丈夫!? 遠赤色光で光合成を行えるシアノバクテリアの秘密を解明　〜光化学系Iにおける、クロロフィルfの位置と機能の特定〜（東京理科大学，2020/01/15）　※2020/01/15公開6kmxを下掲（クロロフィルf含まない6kmw同時公開）

    PDBデータ 6kmxのChain Aa（クロロフィルfを含むシアノバクテリアの光化学系I）
    ［Chlorophyll f - Wikipedia］
    		6kmxのChain Aa（クロロフィルfを含むシアノバクテリアの光化学系I）　F6C（クロロフィルf）選択　CLA（クロロフィルa）選択　CL0（クロロフィルaアイソマー）選択
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］クロロフィルf・a・同アイソマーを含むシアノバクテリアの光化学系I 6kmxのChain Aa　［右］参考：クロロフィルa・bの吸収スペクトル例

  10. From nature ダイジェスト『強力な抗生物質をAIで発見』，日経サイエンス，2020年5月号収載

    ハリシン（halicin，SU-3327）
    ［Halicin - Wikipedia］
    		空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    Jmol色　Rasmol色
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ハリシン（halicin，SU-3327）

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」