◆ Jmolで見るトピックス分子(1-2) ◆

No.1-10

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。


  1. HIV:増殖させるたんぱく質、中性子線で構造解明−−原子力機構や京都薬科大(毎日,2009/05/11)日本原子力研究開発機構:プレス発表(2009/05/10) ※日本原子力研究開発機構・安達基泰研究員らによる

    PDBデータ 2zye(阻害剤KNI-272が結合したHIV-1プロテアーゼ)
    HIV-1 protease - Wikipedia
    PDBデータ 2zye(阻害剤KNI-272が結合したHIV-1プロテアーゼ)* 同PDBsumデータ2zye_KNI*$ PDBsumデータにH・D原子追加*$(異常表示防ぐために一部H・D原子割愛)
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 (*印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    阻害剤KNI-272結合HIV-1プロテアーゼの中性子構造解析データ2zye
    [左]全体構造 [右]PDBsumデータ2zye_KNIにH・D原子追加(一部H・D原子省略,クリックで拡大)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. Molecule of the Month(PDB,2009/05),Influenza Neuraminidaseインフルエンザ ノイラミニダーゼ(PDBj)

    PDBデータ 1nn2(ノイラミニダーゼ,neuraminidase)
    Neuraminidase - WikipediaMolecule of the Month(PDB,2009/05)
    PDBデータ 1nn2*#(ノイラミニダーゼ,neuraminidase)
    ※参考:PQSによる4量体
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 (*印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  3. 小野田 晃・林 高史,『化学レビュー 第11回 生物無機化学 金属と生体分子が奏でるハーモニーを探求する』,化学 2009年5月号

    PDBデータ 2iga(プロトカテキュ酸ジオキシゲナーゼ)
    Oxygenase - Wikipedia
    PDBデータ 2iga(プロトカテキュ酸ジオキシゲナーゼ) 同PDBsumデータ 2iga_FE2$
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

    z


    参考:上掲書 p.50図4の該当データ2iga_FE2(PDBsum)より


  4. 書籍紹介:平山令明,「分子レベルで見た薬の働き 第2版」,講談社ブルーバックス(2009) ※下掲データ2v0zについてはpp.187-191参照,「カラー図解 分子レベルで見た薬の働き なぜ効くのか? どのように病気を治すのか?」(2020)も発行

    PDBデータ 2v0zのChain C(高血圧治療薬アリスキレンが結合したレニン)
    Renin - WikipediaAliskiren - Wikipedia
    PDBデータ 2v0zのChain C(高血圧治療薬アリスキレンが結合したレニン) 同PDBsumデータ 2v0z_C41$
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    上掲書 p.191図5-4掲載2v0zのChain C(中央が高血圧治療薬アリスキレン)とそのPDBsumデータ


  5. 新語紹介(2009/04/14,RCSB PDB新規公開データより):ロスマンフォールド(Rossmann-fold;タンパク質の超二次構造) → 3giw

    PDBデータ 3giw(ロスマンフォールド)
    Rossmann fold - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


  6. アラキドン酸が神経新生促進と精神疾患予防に役立つ可能性を発見(JST,2009/04/08) ※大隅典子教授らによる

    アラキドン酸(arachidonic acid)
    Arachidonic acid - Wikipedia
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    Jmol色 Rasmol色
      
    背景・黒 灰 白 


    アラキドン酸


  7. 今月の分子 No.112: Oct・Sox転写因子(Oct and Sox Transcription Factors)(PDBj,2009/04)

    PDBデータ 1gt0(Oct4・Sox2・DNA 複合体の例)
    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 (*印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    Oct4・Sox2・DNA 複合体の例1gt0


  8. 代替フロン:07年度排出量1320万トン 昨年の速報値から倍増(毎日,2009/04/03)

    代替フロンの一種HCFC(ハイドロクロロフルオロカーボン)の例:HCFC-123
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    Jmol色 Rasmol色
      
    背景・黒 灰 白 


  9. ヒト由来ギャップ結合チャネルの立体構造を世界で初めて解明 − 難聴や不整脈などの病気治療の戦略の確立に役立つと期待 −(JASRI,2009/04/02)

    PDBデータ 2zw3(ヒト由来ギャップ結合チャネル)
    Gap junction - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ヒト由来ギャップ結合チャネル2zw3


  10. マリファナの主要薬効成分に制がん効果(5号館のつぶやき,2009/04/02)

    テトラヒドロカンナビノール(tetrahydrocannabinol,Δ9-THC)
    Tetrahydrocannabinol - Wikipedia
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    Jmol色 Rasmol色
      
    背景・黒 灰 白 


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