◆ Jmolで見るトピックス分子(17-3) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: ネオニコチノイド系農薬問題2014年にエボラ出血熱感染拡大元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。


  1. 新刊:「ニュートン別冊 学びなおし 中学・高校化学 改訂第2版」,ニュートンプレス(2020)第1版(2018) …第1版での該当ページを〈紫文字〉で以下に ※「ビジュアル化学 第3版」(2016)の改訂版

    初期表示は塩化ナトリウムの結晶構造
    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 
    p.6・25・31・63・122ほか〈p.6・19・38・88ほか〉〈p.3・29ほか〉 水・氷:水(water) | 氷構造の例 → 分子の形と性質もっと数を増やすと(分子とは?)
    p.7・8・37・162ほか〈p.7・8・133・176〉 グルコース:α-グルコース(α-glucose) β-グルコース(β-glucose) → 甘味物質の秘密
    p.7・162ほか〈p.7・176ほか〉 アミロース:アミロース(amylose)部分構造(グルコース環×4,マルトース単位×2) → 代表的な高分子
    p.8・33・39・163ほか〈p.8・159・177〉 セルロース:セルロース(cellulose)部分構造(グルコース環×4,セロビオース単位〔繰り返し単位〕×2) → 代表的な高分子
    p.8・24・72 黒鉛/p.47 グラファイト〈p.8〉黒鉛(グラファイト,graphite) → フラーレン
    p.9・79〈p.9〉 ポリ塩化ビニル:ポリ塩化ビニル(PVC)の繰り返し単位 → 代表的な高分子
    p.19・38 フェノール:フェノール(phenol) → アルコールとフェノール
    p.19・29・31・61・78・102〈p.71〉〈p.16〉 二酸化炭素:二酸化炭素(carbon dioxide) → 温室効果ガス
    p.25・101・120・139〈p.86 原子どうしの結合/p.108 固体の構造〉〈p.26〉 :塩の結晶構造塩化ナトリウム(sodium chloride,NaCl)の結晶構造 → 川上モデル|分子・結晶・リガンド模型
    p.32・37 フルクトース:フルクトース(果糖,fructose;フラノース型) 同(ピラノース型) → 甘味物質の秘密
    p.33・66〈p.9〉 ポリプロピレン:ポリプロピレン(PP)の繰り返し単位 → 代表的な高分子
    p.35 ノネナール:ノネナール(2-nonenal) → 悪臭の正体
    p.36 L-グルタミン酸:L-グルタミン酸(L-glutamic acid) → アミノ酸
    p.37 シス-ジャスモン:cis-ジャスモン(cis-jasmone) → 香りの分子事典
    p.37 チモール:チモール(thymol) → 香りの分子事典
    p.37 カルバクロール:カルバクロール(carvacrol) → 香りの分子事典
    p.38・157〈p.171〉〈p.53〉 ベンゼン:ベンゼン(benzene) → モノはなぜ見える(ポリアセン参照)
    p.41〈p.181〉 オレイン酸:オレイン酸(oleic acid)
    p.50〈p.71・159〉〈p.16〉 二酸化ケイ素:左水晶 | 右水晶 → 分子の科学|二酸化ケイ素の結晶構造 左水晶と右水晶のキラリティー(1a)
    p.61 カフェイン:カフェイン(caffeine)
    p.62・78・156〈p.167・170〉 メタン:メタン(methane) → 分子の形と性質
    p.63・64・78ほか 酸素:酸素(dioxygen) → 分子の形と性質水素の燃焼
    p.66・78 エチレン:エチレン(ethylene;エテン ethene)
    p.66・166〈p.182〉 ポリエチレン:ポリエチレン(PE)の繰り返し単位 → 代表的な高分子
    p.68 乳酸:L-乳酸 〔(S)-(+)-乳酸〕< → 乳酸で見る鏡像異性体
    p.68 ポリ乳酸:ポリ乳酸(ポリ-L-乳酸,PLLA)の繰り返し単位 → 代表的な高分子
    p.72・121・132〈p.27〉 ダイヤモンド:ダイヤモンド(diamond,C)の結晶構造 → 2014年は世界結晶年!
    p.73〈p.36〉 フラーレン:フラーレン(fullerene,C60) → フラーレン
    p.78・156〈p.167・170〉 エタン:エタン(ethane)
    p.78 アセチレン:アセチレン(acetylene;エチン ethyne)
    p.79・167〈p.182〉〈p.57〉 ナイロン66:ナイロン66(nylon 66)の繰り返し単位 → 代表的な高分子
    p.109・140〈p.73・138〉 アンモニア:アンモニア(ammonia) → 分子の形と性質窒素から見る生命の世界
    p.110〈p.80〉 体内にある元素: 例(Mo含むタンパク質例) 1fiq(キサンチンオキシダーゼ;他にFe含む) → 生体分子の構成元素金属原子を含む生体分子のSITEデータ集
    p.101〈p.81〉 ヘモグロビン: ヘモグロビン構造の例 2hhb(ヒトのデオキシヘモグロビン) → ヘモグロビン
    p.120・133〈p.86〉〈p.27〉 金:金(gold)の結晶構造 → 川上モデル|分子・結晶・リガンド模型
    p.132〈p.108〉 黄鉄鉱:黄鉄鉱(pyrite)の結晶構造 → 川上モデル - 分子・結晶・リガンド模型
    p.133〈p.109〉 アセチルコリン:アセチルコリン(acetylcholine,ACh) → 抗うつ剤と神経伝達物質
    p.140〈p.138〉 酢酸:酢酸(acetic acid) → 酢酸分子の形と軌道
    p.152〈p.158〉 ドデカン酸ナトリウム〈p.49〉ドデカン酸ナトリウム(sodium dodecanoate) → 界面活性剤の種類
    p.152〈p.158〉 ペラルゴニジン:ペラルゴニジン(pelargonidin;平板構造) → フラボノイドの生合成経路
    p.153〈p.158〉〈p.49〉 リノール酸:リノール酸(linoleic acid)
    p.153〈p.159〉 スクロース〈p.49〉スクロース(ショ糖,sucrose) → 甘味物質の秘密
    p.153〈p.159〉〈p.49〉 ヘム:ヘム(haem,heme) → 4種類のテトラピロール
    p.153〈p.159〉〈p.49〉 イソプレンゴム:ポリイソプレン(polyisoprene)の繰り返し単位 → 代表的な高分子
    p.153〈p.159〉〈p.49〉 ナイロン6:ナイロン6(nylon 6)の繰り返し単位 → 代表的な高分子
    p.153・164〈p.90・159・178・188〉〈p.49〉 DNA/RNA: DNA部分構造例 1d66のChain D・E | A-TG-C H原子消去 → DNAとRNAのいろいろな姿
    p.157 ナフタレン:ナフタレン(naphthalene) → モノはなぜ見える(ポリアセン参照)
    p.157 スチレン:スチレン(styrene) → 化学物質過敏症・シックハウス情報
    p.157 ベンズアルデヒド:ベンズアルデヒド(benzaldehyde) → 動く香り分子事典
    p.158〈p.172〉〈p.54〉 プロパノール:プロパノール(propanol) → アルコールとフェノール
    p.161〈p.174〉 メントール:(-)-メントール((-)-menthol,(1R,2S,5R)-メントール;さわやかなハッカのにおい) | (+)-メントール((+)-menthol,(1S,2R,5S)-メントール;不快臭) → (-)-メントールと(+)-メントール
    p.164〈p.71・178〉〈p.16〉 アミノ酸:20種類のアミノ酸(amino acid,有機概念図I/O値順,pdb形式) → タンパク質中の20種類のアミノ酸
    p.164〈p.178〉 ホスファチジルコリン:ジオレオイルホスファチジルコリン(dioleoylphosphatidylcholine〈H原子含まない〉;リン脂質の例,PDBsumデータ4pv1_OPC[205(B)]より) → Jmolトピック
    p.166〈p.182〉〈p.56〉 ポリクロロプレン:ポリクロロプレン(polychloroprene)の繰り返し単位 | 繰り返し単位×10(構造例1) 同(構造例2) → 代表的な高分子
    p.167〈p.183〉〈p.57〉 ポリエチレンテレフタラート:ポリエチレンテレフタラート(polyethylene terephthalate,PET)の繰り返し単位 → 代表的な高分子
    p.170〈p.186〉〈p.59〉 アスピリン:アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid)
    p.170〈p.186〉〈p.59〉 サリシン:サリシン(salicin)
    p.171〈p.187〉 アリザリン:アリザリン(alizarin) → 染料の種類
    p.171〈p.187〉テトロドトキシン(tetrodotoxin, TTX)
    p.171〈p.187〉 タミフル:オセルタミビル(oseltamivir;オセルタミビルリン酸塩が商品名タミフル Tamiflu) → 鳥インフルエンザ&新型インフルエンザ情報
    p.171〈p.187〉 キニーネ:キニーネ(quinine) → 窒素から見る生命の世界Jmolトピック

        
    [左]「ニュートン別冊 学びなおし 中学・高校化学」第2版と初版 [中]塩化ナトリウムの結晶構造(p.25・139ほか;右は川上モデル) [右]オセルタミビル(oseltamivir,p.171のタミフル参照)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 元素の話題 Biビスマス - Wikipedia


    ビスマスの結晶(表面の多彩な色は酸化膜の構造色)

    PDBデータ 5xp9(ビスマス(III)イオンが結合したニューデリー・メタロ-β-ラクタマーゼ-1〈NDM-1〉;BiイオンはA座標)
    New Delhi metallo-beta-lactamase 1 - WikipediaBismuth - Wikipedia
    5xp9 同PDBsumデータ5xp9_BS3$
    次サリチル酸ビスマス(bismuth subsalicylate)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]ビスマス(III)イオンが結合したNDM-1 5xp9とそのPDBsumデータ [右]次サリチル酸ビスマス(有機概念図計算:I = 300,O = 220)


  3. 今月の分子 224: レグマイン(Legumain)(PDBj,2018/08)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 4awbのChain A・I(レグマイン)
    Legumain - Wikipedia
    4awbのChain A・I(レグマイン) CYS(システイン)選択 Chain I選択

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色:Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    レグマインの構造例 4awbのChain A(レグマイン)・I


  4. RCSB PDB 2018/08/08 新規公開データより:6ffv The crystal structure of BtuM cobalamin transporter

    PDBデータ 6ffv(コバラミンが結合した膜輸送体BtuM)
    Cobalamin - WikipediaMembrane transport protein - Wikipedia
    6ffv(コバラミンが結合した膜輸送体BtuM) B12(コバラミン)選択 同PDBsumデータ6ffv_B12$
    コバラミン(cobalamin) | シアノコバラミン(cyanocobalamin)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    コバラミンが結合した膜輸送体BtuMの構造6ffvと同PDBsumデータ


  5. RCSB PDB 2018/08/15 新規公開データより:6cz8 The arsenate respiratory reductase (Arr) complex from Shewanella sp. ANA-3 bound to arsenate ※他に6cz7・6cz9・6cza

    PDBデータ 6cz8のChain A・B(ヒ酸が結合したヒ酸呼吸性レダクターゼ)
    Arsenate - Wikipedia
    6cz8のChain A・B(ヒ酸が結合したヒ酸呼吸性レダクターゼ) ART(ヒ酸)選択 SF4(Fe4S4)選択 MGD選択 同PDBsumデータ6cz8_ART[904(C)]$ 同PDBsumデータ6cz8_MGD[902(C)]$ 同PDBsumデータ6cz8_MGD[903(C)]$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    ヒ酸(arsenate)が結合したヒ酸呼吸性レダクターゼ6cz8のChain A・BおよびそのPDBsumデータ例(ヒ酸ほか;こちらはChain Cより)


  6. RCSB PDB 2018/08/22 新規公開データより:6c70 Cryo-EM structure of Orco

    PDBデータ 6c70(昆虫の嗅覚受容体コレセプターOrco)
    Olfactory receptor - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    昆虫の嗅覚受容体コレセプターOrco6c70


  7. 漢方薬の未知の作用機序の予測やドラッグ・リポジショニングを実行できるアルゴリズム/データベースKampoDBを開発(富山大学,2018/08/07) ※KampoDBで表示される分子とタンパク質の例を以下に

    アコニチン(aconitine)
    Aconitine - WikipediaKampo - Wikipedia
    アコニチン(aconitine) → アルカロイド - 窒素から見る生命の世界
    ※KampoDBで結合シミュレーションに用いられるタンパク質例: 2pfrのChain A(アリールアミン-N-アセチルトランスフェラーゼ2) → KampoDBでの同タンパク質へのaconitine結合シミュレーション [N-acetyltransferase - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    KampoDBでの2pfrのChain A(アリールアミン-N-アセチルトランスフェラーゼ2)へのaconitine結合シミュレーション画像例(I/O値順着色) → KampoDBの当該データ


  8. 今月の分子 225: フィターゼ(Phytase)(PDBj,2018/09)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 1dkq(フィターゼ)
    Phytase - Wikipedia
    1dkq(フィターゼ) 同PDBsumデータ1dkq_IHP$
    イノシトール6リン酸 IP6(フィチン酸,phytic acid)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    フィチン酸(phytic acid;IP6)が結合したフィターゼ1dkqとそのPDBsumデータ


  9. 生態学: マルハナバチに対するスルホキシイミン系農薬の亜致死性の影響(Nature ハイライト,2018/09/06)

    スルホキサフロル(sulfoxaflor;異性体あり)
    Sulfoxaflor - Wikipedia
    スルホキサフロル(sulfoxaflor;異性体あり)
    ネオニコチノイド系農薬5種(イミダクロプリド,クロチアニジン,チアメトキサム,スルホキサフロル,ジノテフラン;上段左から時計回りで)の同時表示

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
     
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]スルホキサフロル(sulfoxaflor;異性体あり) [右]ネオニコチノイド系農薬5種の同時表示


  10. RCSB PDB 2018/09/12 新規公開データより:6dlw Complement component polyC9

    PDBデータ 6dlw(補体成分C9;α炭素のみ
    Complement component 9 - WikipediaComplement system - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色:Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    補体成分C9 6dlwα炭素のみ


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