- Protein-directed self-assembly of a fullerene crystal（Nature Communications，2016/04/26）
- Protein assembly mediated by sulfonatocalix[4]arene（Chemical Communications，2014/07/21）
- フラーレン - Wikipedia ｜ カリックスアレーン
- 有賀克彦・国武豊喜 著，「岩波講座・現代化学への入門・第16巻 超分子化学への展開」，岩波書店(2000)
- 増殖する「アレーン」類（有機化学美術館・分館，2013/02/23）
- フラーレン（本サイト） ｜ 別トピック [1]（フラーレン結合）・[2]（スルホナートカリックスアレーン結合）
［Fullerene - Wikipedia，Calixarene - Wikipedia，Protein design - Wikipedia］
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5et3の4量体（Chain A・B×2；フラーレン（C60）結合デノボデザインペプチド） 同PDBsumデータ5et3_60C [101(A)]$ ｜ 5hknのPDBsumデータ5hkn_60C [101(B)]$ ｜ 5hkrのPDBsumデータ5hkr_60C [101(B)]$ 4prq（スルホナートカリックス[4]アレーン〈SCLX4〉が結合した卵白リゾチーム） T3Y（SCLX4）選択 同PDBsumデータ4prq_T3Y [202(A)] $ フラーレン（C60） ※カリックスアレーンの例： 4-tert-ブチルカリックス[4]アレーン（4-tert-butylcalix[4]arene） ｜ 6-tert-ブチルカリックス[6]アレーン（6-tert-butylcalix[6]arene） ｜ 6-tert-ブチルカリックス[6]アレーン ＋ C60 6-tert-ブチルカリックス[6]アレーン選択 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］フラーレン（C60）結合デノボデザインペプチド5et3の4量体（Chain A・B×2） ［右］同PDBsumデータ
5et3・5hkn・5hkrのPDBsumデータ；I'/O'値については20種類のアミノ酸参照
スルホナートカリックス[4]アレーンが結合した卵白リゾチーム4prqとその同PDBsumデータ
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- ステロイド - Wikipedia ｜ ステロイドホルモン ｜ ステロイド系抗炎症薬 ｜ グルココルチコイド受容体 ｜ 免疫抑制剤
- KEGG DRUG: プレドニゾロン
- 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝（本サイト） ｜ 日本発の医薬品
［Prednisolone - Wikipedia］
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プレドニゾロン（prednisolone） ※参考（ステロイドの代表例）： コレステロール（cholesterol） ※参考（免疫抑制剤の例）： タクロリムス（tacrolimus） ｜ タクロリムス結合タンパク質例： 1bkf 同PDBsumデータ1bkf_FK5$ → アトピー新薬／タクロリムス バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
プレドニゾロン（prednisolone）
- アルテミシニン（artemisinin）について
- マラリア第一治療薬の耐性原虫がアフリカに出現していることを発見 ～世界のマラリア対策へ貢献・薬剤耐性の危機回避に向けて～（順天堂大学，2018/03/27） ｜ YouTube動画 ※特集記事『薬剤耐性マラリア原虫の進化 ─第一選択薬アルテミシニンへの耐性メカニズムから紐解く進化と適応』執筆の美田敏宏教授らによる。
- 【寄生虫学】抗マラリア薬アルテミシニンの作用機構（Nature Japan，2015/12/23）
- アルテミシニン（artemisinin）・メフロキン（mefloquine）関連研究例
- アルテミシニン - Wikipedia
- malacidinについて
- 抗生物質分子データ集メニュー（本サイト） ｜ 抗生物質分子データ集 ｜ 抗生物質を含むPDBデータ
［Metformin - Wikipedia］
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p.363 アルテミシニン：アルテミシニン（artemisinin）
p.374 malacidin：malacidin A p.378 グアニン4重鎖（G4）構造： DNAのG-四重らせん構造の例 2a5rのModel 1（ポルフィリン含む） → DNAのG-四重らせん構造の例 p.383 ヘモグロビン： ヘモグロビン構造の例 2hhb（ヒトのデオキシヘモグロビン） → ヘモグロビン p.390 アジスロマイシン：アジスロマイシン（azithromycin） → 抗生物質を含むPDBデータ p.390 オゾン（O3）：オゾン（ozone） バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］アルテミシニン（artemisinin） ［中］メフロキン（mefloquine；異性体あり） ［右］malacidin A（マラシジンA）
- 宮沢賢治の元素図鑑 | Chem-Station (ケムステ)
- 【書評】『宮沢賢治の元素図鑑 作品を彩る元素と鉱物』（産経，2018/06/17）
- 桜井 弘，「元素118の新知識 引いて重宝、読んでおもしろい」，講談社ブルーバックス(2017)
- 桜井弘 編，「生命元素事典」，オーム社(2006)
- ベンジャミン・マクファーランド 著，渡辺 正 訳，「星屑から生まれた世界 進化と元素をめぐる生命38億年史」，化学同人(2017)
- 生命を知り生命に学ぶ（本サイト） ｜ 生体分子の構成元素 ｜ 川上モデル - 分子・結晶・リガンド模型 ｜ 2014年は世界結晶年！ ｜ 元素・分子が登場する本を読もう！
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p.30 C ダイヤモンド：ダイヤモンド（diamond） ｜ ダイヤモンド，グラファイト，フラーレン（C60），カーボンナノチューブの同時表示 p.30 C フラーレン：フラーレン（fullerene，C60） → フラーレン p.30ほか C ATP：ATP p.31 C グラファイト：グラファイト（graphite） p.32 N 窒素：窒素分子（nitrogen gas，N2） → 窒素から見る生命の世界 p.32 N ニトログリセリン：ニトログリセリン（nitroglycerin） p.34 O α-ピネン：α-ピネン（α-pinene） p.34 O β-ピネン：β-ピネン（β-pinene） p.34 O リモネン：d-リモネン（d-limonene） p.34 O オゾン（O3）：オゾン（ozone） p.42 Na 塩化ナトリウム：塩化ナトリウム（sodium chloride，NaCl） → 2014年は世界結晶年！ p.48 Si シリコーン：シリコーン（silicone）の部分構造例 → 代表的な高分子 p49. Si 石英／水晶：石英（水晶，quartz，SiO2）の部分構造例 → 2014年は世界結晶年！｜二酸化ケイ素の結晶構造 左水晶と右水晶 p.52ほか S 硫化水素：硫化水素（hydrogen sulfide，H2S） → 悪臭の正体 p.69 Mn スーパーオキシドジスムターゼ（マンガンを含む酵素の例）： スーパーオキシドジスムターゼ構造の例 2adp → 生体分子の構成元素 p.70 Fe ヘモグロビン： ヘモグロビン構造の例 2hhb（ヒトのデオキシヘモグロビン） → ヘモグロビン p.70 Fe 鉄：鉄（iron）の面心立方格子構造例 → 2014年は世界結晶年！ p.71 Fe 黄鉄鉱：黄鉄鉱（pyrite）の結晶構造 → 川上モデル - 分子・結晶・リガンド模型 p.84 Mo ニトロゲナーゼ： ニトロゲナーゼ構造の例 1n2c（ニトロゲナーゼ） → モリブデン化合物，タングステン化合物を含む生体分子のSITE例 p.84 Mo キサンチンオキシダーゼ： キサンチンオキシダーゼ構造の例 1fiq（キサンチンオキシダーゼ） → モリブデン化合物，タングステン化合物を含む生体分子のSITE例 p94. I 甲状腺ホルモン： 甲状腺ホルモンとその受容体構造例 1y0x（チロキシン〈thyroxine，甲状腺ホルモン T4〉 と受容体の構造例） ｜ 1xzx（3,5,3'-トリヨードチロニン〈3,5,3'-triiodothyronine，甲状腺ホルモン T3〉 と受容体の構造例） ｜ ●I ●As → 甲状腺ホルモンと受容体 p.107 Au 金：金（gold）の結晶構造例 ｜ 金（Au）・銀（Ag）・銅（Cu）の結晶構造同時表示 → 2014年は世界結晶年！ p.112 Bi ビスマス化合物：ビスマス化合物の例 次サリチル酸ビスマス（bismuth subsalicylate） → Jmolトピック バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
- 今月の分子 111: ヒドロゲナーゼ（Hydrogenase）（PDBj，2009/03） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- ヒドロゲナーゼ - Wikipedia
- 鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例（本サイト） ｜ 別トピック[1]・[2]
［NiFe hydrogenase - Wikipedia］
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5xvd（鉄硫黄クラスター・Ni-Fe活性中心ほかを含むニッケル-鉄ヒドロゲナーゼ） 同PDBsumデータ5xvd_8JU（Fe4-S4-Oクラスター）$ 同PDBsumデータ5xvd_8JU-SF4-F3S-NFV-MG（3つの鉄硫黄クラスター〈1つはFe4-S4-O〉・Ni-Fe活性中心・Mgイオン）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］ニッケル-鉄ヒドロゲナーゼ5xvd ［中］同Fe4-S4-OクラスターについてのPDBsumデータ ［右］3つの鉄硫黄クラスター・Ni-Fe活性中心・MgイオンについてのPDBsumデータ（NiFe hydrogenase - Wikipedia中の図と並べて）
- Structure of the mechanically activated ion channel Piezo1（Nature，2017/12/20） ※下掲6bpzについて
- Structure and mechanogating mechanism of the Piezo1 channel（Nature，2018/01/22） ※5z10について
- The quest to decipher how the body’s cells sense touch（Nature News Feature，2020/01/08） ※3jacの画像掲載
- 機械受容器 - Wikipedia
［Mechanosensitive channels - Wikipedia，PIEZO1 - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ピエゾ1機械受容チャネル6bpz
- 処方頻度が高い抗凝固薬のトップは依然ワルファリン（日経メディカル，2018/06/12）
- 脳梗塞患者への抗凝固療法、2年間の追跡研究結果を公表－国循（QLifePro医療ニュース，2018/06/05）
- ワルファリン - Wikipedia ｜ ビタミンK ｜ ビタミンKエポキシドレダクターゼ
- KEGG DRUG: ワルファリン
- 日本発の医薬品（本サイト） ｜ 別トピック[1]・別トピック[2]
［Warfarin - Wikipedia］
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R-ワルファリン（R-warfarin）とS-ワルファリン（S-warfarin）の同時表示 R-ワルファリン（R-warfarin） S-ワルファリン（S-warfarin） ※参考（R-ワルファリン結合タンパク質例）： 2bxdのChain A（R-ワルファリンが結合した血清アルブミン） 同PDBsumデータ2bxd_RWF$ ※参考（ワルファリン作用機序〈Wikipedia記事〉と関連するビタミンKの例）： ビタミンK2（メナキノン〈menaquinone〉の例であるメナキノン-6） → 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン ［ビタミンK - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］R-ワルファリン（R-warfarin） ［右］同分子が結合した血清アルブミン構造例2bxdのChain AとそのPDBsumデータ
- Structure of a human synaptic GABAA receptor（Nature，2018/06/27）
- GABAA受容体 - Wikipedia ｜ γ-アミノ酪酸 ｜ フルマゼニル ｜ ジアゼパム
- GABA受容体 - 脳科学辞典
- 抗うつ剤と神経伝達物質（本サイト） ｜ 危険ドラッグ ｜ アミノ酸
PDBデータ 6d6t（GABAとフルマゼニルが結合したGABAA受容体）
［GABAA receptor - Wikipedia，gamma-Aminobutyric acid - Wikipedia，Flumazenil - Wikipedia］
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6d6t（GABAとフルマゼニルが結合したGABAA受容体） ABU（GABA）選択 FYP（フルマゼニル）選択 同PDBsumデータ6d6t_ABU$ 同PDBsumデータ6d6t_FYP$ ∥ PDBsumデータ6d6u_ABU$ PDBsumデータ6d6u_FYP$ ジアゼパム（diazepam） → 危険ドラッグ GABA（γ-アミノ酪酸，γ-aminobutanoic acid，4-aminobutanoic acid） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
- Structure-Based Virtual Screening Protocol for in Silico Identification of Potential Thyroid Disrupting Chemicals Targeting Transthyretin（Environ. Sci. Technol.，2016/09/26）
- 他のトランスサイレチン研究例：Development of Benziodarone Analogues with Enhanced Potency for Selective Binding to Transthyretin in Human Plasma（Environ. Sci. Technol.，2024/04/26） [NEW!] ※2024/05/15公開8wgs・8wgt・8wgu（下掲）
- はっ水剤・難燃剤の生物体内蓄積性（本サイト；TBBPA・PFOAほか） ｜ 新規POPs有害物質リスト（PFOAほか） ｜ 環境ホルモンとして疑われている化合物の例（2,4,5-Tほか） ｜ 別トピック（TBBPA結合トランスサイレチン）
［Tetrabromobisphenol A - Wikipedia，Transthyretin - Wikipedia］
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6gnoのChain A（テトラブロモビスフェノールA〈TBBPA〉が結合したトランスサイレチン） 同PDBsumデータ6gno_XDI$ ∥ PDBsumデータ6gnm_27M [201(B)；記載なしは何れも 201(A)]（bis(2,4-dihydroxyphenyl)methanone結合）$ PDBsumデータ6gnr_6J3（clonixin結合）$ PDBsumデータ6gnw_F52（2,4,5-T結合）$ PDBsumデータ6gon_8PF（PFOA結合）$ PDBsumデータ6grp_F4Z [202(A)]（TC2P結合）$ 5hjg（同上；同じ研究グループによる別データ） 同PDBsumデータ5hjg_XDI$ 8wguのChain A（compound 20が結合したトランスサイレチン） 同PDBsumデータ8wgu_WH0$ TBBPA（テトラブロモビスフェノールA，tetrabromobisphenol A） ※参考（その他のTBBPA結合PDBデータ例）：3oswのChain A（TBBPAが結合したペルオキシソーム増殖剤活性化受容体γ） 同PDBsumデータ3osw_XDI$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［上］テトラブロモビスフェノールA（TBBPA）が結合したトランスサイレチン6gnoのChain A
［下］種々のリガンドが結合したトランスサイレチンのPDBsumデータ
compound 20が結合したトランスサイレチン8wguのChain AとそのPDBsumデータ
- Ancient drug curcumin impedes 26S proteasome activity by direct inhibition of dual-specificity tyrosine-regulated kinase 2（PNAS，2018/07/09）
- Curcumin Shown to Inhibit DYRK2 and Reduce Cancer Burden（Genetic Engineering & Biotechnology News，2018/07/10）
- UniProtKB - Q92630 (DYRK2_HUMAN)
- クルクミン - Wikipedia
- カレーの色素・クルクミン（本サイト）
［DYRK2 - Wikipedia，Curcumin - Wikipedia］
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5ztnのChain A（クルクミンが結合したDYRK2） CUR（クルクミン）選択 同PDBsumデータ5ztn_CUR$ クルクミン（curcumin；エノール型） ｜ クルクミン（curcumin；ケト型） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
エノール型クルクミンが結合したDYRK2（二重特異性チロシンリン酸化調節キナーゼ2）5ztnのChain AとそのPDBsumデータ