- Structural characterization of HypX responsible for CO biosynthesis in the maturation of NiFe-hydrogenase（Communications Biology，2019/10/18）
- 鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例（本サイト） ｜ 別トピック[1]・[2]
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6j1j（[NiFe]型ヒドロゲナーゼが利用しているCOの生合成に関わる酵素 HypX） COA（補酵素A）選択 THG（(6S)-5,6,7,8-テトラヒドロ葉酸）選択 同PDBsumデータ6j1j_COA$ ※参考（[NiFe]型ヒドロゲナーゼの酵素活性中心構造例）：5xvd（鉄硫黄クラスター・NiFe活性中心ほかを含むニッケル-鉄ヒドロゲナーゼ）のPDBsumデータ5xvd_NFV（C3FeN2NiO2）$ 同PDBsumデータ5xvd_8JU-SF4-F3S-NFV-MG（3つの鉄硫黄クラスター〈1つはFe4-S4-O〉・NiFe活性中心・Mgイオン）$ → 全体構造 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］[NiFe]型ヒドロゲナーゼが利用しているCOの生合成に関わる酵素HypX 6j1jとそのPDBsumデータ
［右］[NiFe]型ヒドロゲナーゼの酵素活性中心構造例；5xvdのPDBsumデータ（黄色球はCysのS原子）
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- Dynamic control of plant water use using designed ABA receptor agonists（Science，2019/10/25）
- 乾燥下でも作物育ちやすく 宇都宮大が化合物開発（日経，2019/10/29）
- アブシジン酸関連別研究
- アブシジン酸情報伝達経路は植物のセシウム耐性向上の鍵 －情報伝達経路の調整により有毒化合物ストレスから作物を保護－（理研，2024/01/15） [NEW!] ※以下に記事中事項（セシウム，カリウムチャネル，プロテインホスファターゼ）の関連データ
- 植物ホルモンの一種アブシジン酸，農業利用に光（朝日，2010/02/19）
- クラウンエーテルの例（本サイト；セシウム関連） ｜ 別トピック（カリウムチャネル） ｜ PDBsumのLigand-SITE情報と有機性・無機性（アブシジン酸）結合PDBsumデータあり）
- アブシシン酸 - Wikipedia
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オパバクチン（opabactin） アブシジン酸（アブシシン酸，abscisic acid） ［Abscisic acid - Wikipedia］ ※参考 アブシジン酸（アブシシン酸）結合プロテインホスファターゼ構造例：アブシジン酸を含むPDBデータ 3jrq（アブシジン酸受容体PYL1とプロテインホスファターゼ2Cの複合体） 同PDBsumデータ 3jrq_A8S$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
オパバクチン（opabactin）とアブシジン酸（アブシシン酸，abscisic acid）
アブシジン酸受容体PYL1とプロテインホスファターゼ2Cの複合体3jrqとそのPDBsumデータ
［Fatty acid-binding protein - Wikipedia，Tetrahydrocannabinol - Wikipedia］
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6mp4のChain A（テトラヒドロカンナビノールが結合した脂肪酸結合タンパク質1） 同PDBsumデータ6mp4_TCI$ テトラヒドロカンナビノール（tetrahydrocannabinol，Δ9-THC） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
テトラヒドロカンナビノールが結合したヒト肝臓の脂肪酸結合タンパク質1 6mp4のChain AとそのPDBsumデータ
- Effect of Fms-like tyrosine kinase 3 (FLT3) ligand (FL) on antitumor activity of gilteritinib, a FLT3 inhibitor, in mice xenografted with FL-overexpressing cells（Oncotarget，2019/10/22）
- FDA approves gilteritinib for relapsed or refractory acute myeloid leukemia (AML) with a FLT3 mutatation（FDA，2018/12/14）
- FLT3阻害剤XOSPATA®（ギルテリチニブ）米国FD全生存期間延長データの追加に関する添付文書の改訂を承認（アステラス製薬，2019/05/31）
- アステラス製薬、白血病薬を欧州で販売承認（日経，2019/10/25）
- 再発・難治性のFLT3変異陽性AML、ギルテリチニブがOS延長／NEJM（CareNet.com，2019/11/06）
- Gilteritinib or Chemotherapy for Relapsed or Refractory FLT3-Mutated AML（AML Global Portal，2019/11/16）
- Gilteritinib Improves Survival in Patients with Relapsed/Refractory FLT3+ AML（Cancer Network，2019/11/01）
- 受容体型チロシンキナーゼ - Wikipedia ｜ ギルテリチニブ
［CD135 - Wikipedia，Gilteritinib - Wikipedia］
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6jqr（ギルテリチニブが結合した受容体型チロシンキナーゼFLT3） C6F（ギルテリチニブ）選択 同PDBsumデータ6jqr_C6F$ ギルテリチニブ（gilteritinib） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］ギルテリチニブが結合した受容体型チロシンキナーゼFLT3 6jqrとそのPDBsumデータ ［右］ギルテリチニブ（gilteritinib）
［Liver X receptor - Wikipedia］
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6s4t（阻害剤WAY-254011が結合した肝臓X受容体β） 同PDBsumデータ6s4t_KVB[501(A)]$ ※他の肝臓X受容体βの構造例：1p8dのChain A・C → J.Biol.Chem.誌論文 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
阻害剤WAY-254011が結合した肝臓X受容体β6s4tとそのPDBsumデータ
- うつ病治療薬「トリンテリックスR錠」の日本における製造販売承認取得について（武田薬品，2019/09/20）
- ボルチオキセチン関連別研究例：Structural determinants for activity of the antidepressant vortioxetine at human and rodent 5-HT3 receptors（Nature Structural & Molecular Biology，2024/05/02） [NEW!] ※5-HT3Rは非GPCR，2024/03/26公開8aw2（下掲）・8axd，他に未公開8bl8・8bla・8blb
- トリンテリックス（ボルチオキセチン）の作用機序【うつ病】（新薬情報オンライン，2019/11/19）
- ボルチオキセチン - KEGG DRUG
- 抗うつ剤と神経伝達物質（本サイト） ｜ GPCR - 2012年ノーベル化学賞
［Vortioxetine - Wikipedia］
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ボルチオキセチン（vortioxetine） 8aw2（ボルチオキセチン〈vortioxetine〉が結合した5-HT3受容体）8aw2 VTX（ボルチオキセチン）選択 同PDBsumデータ8aw2_VTX$ ［5-HT3 receptor - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ボルチオキセチン（vortioxetine）；ボルチオキセチン臭化水素酸塩が国内では2019年11月発売の新規抗うつ薬
ボルチオキセチン（vortioxetine）が結合した5-HT3受容体8aw2とそのPDBsumデータ
- 悪夢の耐性菌、国内にじわり 感染症発症後は薬ほぼ無効（朝日，2019/12/25） ※“重要な切り札となるカルバペネムが効かないことが世界的な問題になっている”。
- 日本での薬剤耐性(AMR)による深刻な被害を調査 MRSA菌血症とフルオロキノロン耐性大腸菌血症で年間約8,000名が死亡（国立国際医療研究センター病院，2019/12/05） [PDF] ※フルオロキノロン系はニューキノロン系とも称される。
- 薬剤耐性菌で年8000人死亡 国内で初推計、影響深刻（日経，2019/12/10） ※“チームが調べたのは、日本で検出の多いメチシリン耐性黄色ブドウ球菌（MRSA）とフルオロキノロン耐性大腸菌”。
- カルバペネム耐性腸内細菌科細菌感染症の治療（薬剤耐性研究センター）
- コリスチン関連別ニュース：創薬：グラム陰性細菌に対する新規合成ペプチド（Nature ハイライト，2019/12/19） ※“これらの抗生物質は、多剤耐性グラム陰性病原菌に対して活性があり、腎毒性は低く、in vitroおよびin vivoの両方でコリスチン抵抗性を克服することが示された”。
- 薬剤耐性別研究例：Crystal structures of multidrug efflux transporters from Burkholderia pseudomallei suggest details of transport mechanism（PNAS，2023/07/10） ※2023/07/19公開7wls（BpeB，下掲）・7wlv（BpeF）
- 抗微生物薬耐性 - Wikipedia
- 抗生物質分子データ集
［Colistin - Wikipedia，Antimicrobial resistance - Wikipedia］
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コリスチン（colistin；ポリミキシンE，polymyxin E） ※カルバペネム系抗生物質の例：イミペネム（imipenem）・パニペネム（panipenem）・メロペネム（meropenem）の同時表示（上から） → 個別には 抗生物質分子データ集 ※コリスチン結合PDBデータ例：5l3g（コリスチンが結合したLSD1-CoREST1結合体） Chain C（コリスチン）選択 → Science Advances誌論文 ※多剤排出ポンプBpeB構造例：7wls（ウンデシルマルトシドが結合した多剤排出ポンプBpeB） UMQ（ウンデシルマルトシド）選択 同PDBsumデータ7wls_lp[1101(B)]$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］コリスチン（colistin；ポリミキシンE，polymyxin E） ［右］コリスチンが結合したLSD1-CoREST1結合体5l3g
ウンデシルマルトシドが結合した多剤排出ポンプBpeBの構造7wlsとそのPDBsumデータ
- STRUCTURAL BASIS FOR THE ALLERGENICITY OF Fra a 1.02 IN STRAWBERRY FRUITS（Journal of Agricultural and Food Chemistry，2019/1/27）
- Fra a 1 Allergen Details - WHO/IUIS Allergen（2019/08/17）
- アレルギーを知ろう｜一般の皆様へ（日本アレルギー学会）
- 「花粉症」と「果物・野菜アレルギー」との意外な関係｜eo健康
- アレルゲン - Wikipedia
［Oral allergy syndrome - Wikipedia，Strawberry #Allergy - Wikipedia］
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6st8のChain A（イチゴのアレルゲンタンパク質Fra a 1.02） Asp48・Glu46・Gln64（3種の変異体6st9（D48R）・6sta（E46A）・6stb（Q64W）の変異部分）選択 ※他のアレルゲンタンパク質例：1pxzのChain A（スギ花粉のアレルゲンタンパク質例Jun a 1） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］イチゴのアレルゲンタンパク質Fra a 1.02 6st8のChain A ［右］スギ花粉のアレルゲンタンパク質例Jun a 1 1pxz
のChain A
- Ancestral-sequence reconstruction unveils the structural basis of function in mammalian FMOs（Nature Structural & Molecular Biology，2019/12/23）
- Resurrected protein reveals structure of important enzyme（Phys.Org，2019/12/23）
- フラビン含有モノオキシゲナーゼ - Wikipedia
［Flavin-containing monooxygenase - Wikipedia，FMO5 - Wikipedia］
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6sekのChain A（先祖のフラビン含有モノオキシゲナーゼ5） FAD（フラビンアデニンジヌクレオチド）選択 NAP（ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸〈NADP〉）選択 同PDBsumデータ6sek_NAP$ ｜ PDBsumデータ6sf0_NAP$ ｜ PDBsumデータ6se3_NAP$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
先祖のフラビン含有モノオキシゲナーゼ5（AncFMO5）6sekのChain Aおよび同PDBsumデータ（AncFMO2 6sf0，AncFMO3-6 6se3との比較）
- Structure of the Cardiac Sodium Channel（Cell，2019/12/19）
- ナトリウムチャネル - Wikipedia ｜ フレカイニド
- Ic群抗不整脈薬はどういうときに使いますか。 - 日本心臓財団
- Naチャネル遮断薬（I群抗不整脈薬）の解説｜日経メディカル処方薬事典
［Sodium channel - Wikipedia，Flecainide - Wikipedia］
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6uz0（フレカイニドが結合した心臓ナトリウムチャネル） K4D（フレカイニド）選択 同PDBsumデータ6uz0_K4D$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
抗不整脈薬フレカイニド（flecainide）が結合した心臓ナトリウムチャネル6uz0および同PDBsumデータ