エボラウイルスの核タンパク質-RNA複合体5z9w

●アミノ色表示の凡例
ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
●疎水性インデックス順
ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
●等電点順
ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  
Tb-Xo4と共結晶化したコエンザイムF₄₂₀H₂オキシダーゼ（FprA）6frmとそのPDBsumデータ（Tb-Xo4およびTb(III)イオンの例）

鋳型RNA（TER）とテロメアDNAを含むテロメラーゼの構造例 6d6v

セロトニンが結合した5-HT_3A受容体 6dg8と6hin

2つの研究グループによる5-HT_3A受容体のPDBsumデータ；左から5データはセロトニン（「亀-C-C-N」構造を有する）結合，右端はトロピセトロン（tropisetron）結合

参考（別研究の5-HT_2A受容体）：7wc4～7wc9のPDBsumデータ。セロトニン，LSD，リスリド，ルマテペロンなどが結合。 → GPCR - 2012年ノーベル化学賞

可逆的阻害剤PZ-1922が結合した5-HT_3A受容体8cc6のChain AとそのPDBsumデータ

    
［左］[FeFe]-ヒドロゲナーゼCpI 6glyのChain A　［中］6gly・6gm1・6gm2中のC₇H₅Fe₂N₃O₃S₂クラスターのPDBsumデータ（Fe₄S₄クラスターが近接）
［右］別研究から6ttlの同じクラスターPDBsumデータ

初期表示はヘモグロビン（PDBデータ2hhb）
※括弧内で太字のPDB IDは上掲書と同じもの，他は異なるPDBデータか関連データ

バックボーン　二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　水分子表示（*印のみ） 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色 リガンドの元素記号表示 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順　コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示　S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填 ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転 背景・黒　灰　白　紺

表紙・カバー　PD-1－PD-L1複合体（4zqk）：4zqk　→ 別トピック 目次（PDB IDについて）・p.22〈1962年ノーベル化学賞〉ほか　ミオグロビン（1mbn）：1mbn p.6　タンパク質を構成するアミノ酸20種：アミノ酸20種全表示（有機概念図I/O値順，pdb形式） ｜ 同（mol形式）　→ アミノ酸 p.8　セントラルドグマ／コドン：　→ コドンと遺伝暗号表 p.10ほか　ヒトのミオグロビン（3rgk）：3rgk　→ 別トピック p.10・22〈1962年ノーベル化学賞〉・48ほか　ヒトのヘモグロビンα鎖（2hhb）：2hhbのChain A ｜ 同4量体（デオキシヘモグロビン；α鎖×2＋β鎖×2）　→ ヘモグロビン p.10　ヒトのチロシンキナーゼ HCK（3vry）：3vry p.16　メチルマロニルCoAムターゼ（1req）：1reqのChain A・B　→ 生体分子の構成元素 p.17　ノイラミニダーゼとリレンザ（ザナミビル）の複合体（1a4g）：1a4gのChain A　→ 新型インフルエンザ情報 p.18　シトクロム酸化酵素（1occ）：1occのChain Aのみ　→ 膜貫通タンパク質データ集 p.18・81ほか　カプサイシン受容体／TRPV1（3j9j）：3j9j ｜ カプサイシン（capsaicin）　→ 別トピック p.18　シトクロムP450（1noo）：1noo　→ P450部分データ集 p.22　カリウムチャネル〈2003年ノーベル化学賞〉（1k4c）：1k4c　→ 生体分子は対称形がお好き？ p.22〈同2004年〉　ユビキチン（1ubq）：1ubq　→ 分子モデルで見るノーベル賞 p.22〈同2008年〉　緑色蛍光タンパク質（GFP）（1ema）：1ema　→ 緑色蛍光を発するタンパク質／GFP p.22〈同2012年〉　β2アドレナリン受容体（2rh1）：2rh1　→ GPCR - 2012年ノーベル化学賞 p.22〈同2017年〉　バクテリオロドプシン（1brd）：1brdのChain Aのみ→ 膜貫通タンパク質データ集 p.22〈同2018年〉　PD-1－PD-L1複合体（3bik）：3bik　→ 別トピック p.26　呼吸鎖複合体I（4hea）：4heaのChain 1-H　→ 別トピック p.31　光化学系II（5tis）：5tis　→ 光合成 光化学系IIの部分構造例 p.31　光化学系I（3pcq）：3pcqの36量体（Chain A-F・I-M・X×3）　→ 光合成に関係する生体分子のSITE例 p.31　ATP合成酵素（1e79）：1e79（F1部分；ウシミトコンドリア由来）　→ 窒素から見る生命の世界 p.33　山中4因子：　→ Oct1/Sox2/DNA 複合体 - iPS細胞の山中因子から p.38　CRISPR/Cas9（5f9r）：5f9r（sgRNAおよび2本鎖DNAと結合したCRISPR-Cas9）　→ CRISPR関連生体分子データ - ゲノム編集を考える p.44　トリプシン（2tio）：2tio p.44　キモトリプシン（6cha）：6chaのChain A p.31　ヘム基：ヘム（クロロフィルa，ビタミンB12〈シアノコバラミン〉，F430との同時表示）　→ 窒素から見る生命の世界 p.48　オキシヘモグロビン（1hho）：1hho　→ ヘモグロビン p.51　コラーゲン（1bkv）：1bkv　→ コラーゲンの例 p.54ほか　ミオシン（4p7h）：4p7hのChain A（β-心臓ミオシンのモータードメイン；GFPとのキメラタンパク質）　→ 別トピック p.54ほか　アクチン（3m6g）：3m6g（アクチン；lobophorolide 含む） p.62　 F1-ATP合成酵素〈1997年ノーベル化学賞〉（1e79）：1e79　→ ミトコンドリア関連生体分子のSITE例 p.62　 リボソーム〈同2009年〉（1ffk）：1ffkのChain A・B　→ 2009年10大分子 p.64　カフェイン：カフェイン（caffeine） p.64　ニコチン：ニコチン（nicotine）　→ ネオニコチノイド系農薬問題 p.64　アルコール：エタノール（ethanol）　→ アルコールとフェノール p.64　メタンフェタミン：メタンフェタミン（methamphetamine）　→ 危険ドラッグ｜「亀-C-C-N」構造をもつ脳内物質のSITE例 p.64　コカイン：コカイン（cocaine）　→ 危険ドラッグ p.64　モルヒネ：モルヒネ／モルフィン（morphine）　→ 危険ドラッグ p.69　ロドプシン（1f88）：1f88のChain A　→ モノはなぜ見える｜GPCR p.69　活性型ロドプシン（3pqr）：3pqr　→ モノはなぜ見える｜GPCR｜生体分子模型Kawakami Model p.77　テストステロン：テストステロン（testosterone）　→ 性ホルモン p.77　エストロゲン：エストロン（estrone） ｜ 17β-エストラジオール（17β-estradiol）　→ 性ホルモン p.84　ボルト（2zuo）：2zuoのChain A-M（ボルトの部分構造） p.88　アルツハイマー病／アミロイドβ（2mxu）：2mxuのModel 1（42残基のアミロイドβ線維；残基番号11-42）　→ アルツハイマー病治療薬 p.90ほか　ヘマグルチニン（2ibx）：2ibx（H5インフルエンザウイルスのヘマグルチニン）　→ 新型インフルエンザ情報 p.90ほか　ノイラミニダーゼ（3cl0）：3cl0（GS4071〈オセルタミビルが変化〉が結合したN1インフルエンザウイルスのノイラミニダーゼ）　→ 新型インフルエンザ情報｜GS4071を含むノイラミニダーゼのSITE例 p.94ほか　テロメア（1kf1）：1kf1（ヒトのテロメアDNAの例；ヒトのテロメア反復配列はTTAGGG）　→ DNAのG-四重らせん構造の例 p.94ほか　テロメラーゼ（2r4g）：2r4g2r4g（Tetrahymena thermophilaのテロメラーゼのRNA結合ドメイン）　→ 分子モデルで見るノーベル賞 p.98　アスピリン：アスピリン（aspirin；アセチルサリチル酸）　→ 人類の遺産─アスピリンとペニシリン p.101　オプジーボ（5ggr）：5ggrのChain A・B・Y（ニボルマブ〈商品名 オプジーボ〉のFabが結合したPD-1）　→ 別トピック p.110　ダイニン（3vkh）：3vkhのChain A・C（キイロタマホコリカビのダイニン）　→ 別トピック p.110　コネキシン（2zw3）：2zw3（ヒト由来ギャップ結合チャネル） p.110　sorLA（3wsz）：3wsz（アミロイドβペプチドが結合したsorLA Vps10pドメイン）　→ 別トピック 　　（今後も適宜追加します）

    
［左］PD-1－PD-L1複合体4zqk（表紙・カバー）　［中］20種類のアミノ酸（p.6）　［右］デオキシヘモグロビン2hhb（4量体）の3Dプリンタによる分子模型（p.10・22・48ほか）

    
［左］GFP 1ema（p.22）　［中］PD-1－PD-L1複合体3bik（p.22）　［右］呼吸鎖複合体I 4heaのChain 1-H（p.26）

    
［左］F₁-ATP合成酵素1e79（p.62）　［中］活性型ロドプシン3pqr（p.69）　［右］インフルエンザウイルスのヘマグルチニン2ibx（p.90）

  
［左］ニボルマブ〈商品名 オプジーボ〉のFabが結合したPD-1 5ggr（p.101）　［右］Aβペプチドが結合したsorLA3wsz（緑球表示がAβペプチドで青色は糖鎖 NAG；p.110）

進化型シトクロムP411酵素5ucwのChain A

VX(+)とHI-6が結合したアセチルコリンエステラーゼ6cqvおよび同VX(-)結合の6cqw（何れもChain A）

L-アスコルビン酸（ビタミンC）が結合した鉄還元酵素Dcytb5zlgとそのPDBsumデータ

核内受容体コリプレッサー2が結合した核内受容体RORγ6a22のChain A・BとそのPDBsumデータ