2009年10大分子（Jmol版）

◆ 2009年10大分子（Jmol版） ◆
※初期表示は第1位のラパマイシン

→ 「10大分子」--　第一回（2009年）〔@az4uさん〕 ←
→ 2009年10大分子発表！ - 化学者のつぶやき〔@chemstationさん〕 ←
→ 決定！「2009年10大分子」 - 薬作り職人のブログ〔@drug_discoveryさん〕 ←
→ 2009年10大分子（前編） - 有機化学美術館｜（後編）〔@KentaroSatoさん〕 ←
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ラパマイシン（rapamycin） → 話題の制がん剤・抗がん剤
E7389（エリブリン，eribulin） → 話題の制がん剤・抗がん剤
ペラミビル (peramivir） ｜参考：ペラミビルを含むPDBデータ例2f10*（ノイラミニダーゼ）　同PDBsumデータ$ → 鳥インフルエンザ＆新型インフルエンザ情報
二酸化炭素 → 温室効果ガス
青色色素デルフィニジンとflavonoid 3',5'-hydroxylaseH遺伝子　デルフィニジン（delphinidin；平板構造） → フラボノイドの生合成経路
DPP-4　参考（DPP4阻害薬例）：シタグリプチン（sitagliptin）
BSI-201
オセルタミビル（oseltamivir，タミフル Tamiflu） ｜ GS4071（オセルタミビルが変化して機能） → 鳥インフルエンザ＆新型インフルエンザ情報
L-グルタミン酸（L-glutamic　acid） → 20種類のアミノ酸
リボソーム（ribosome）　リボソーム関連PDBデータ例（データサイズが大きいものばかりですので，表示に時間がかかります）：2wdi 4.87MB （70Sリボソーム；Ramakrishnanらによる）　1ffkのChain A・B（リボソーム；Steitzらによる） → 分子モデルで見るノーベル賞

ラパマイシンおよびそれを含む参考PDBデータ例5gpgと同PDBsumデータ　→ Jmolトピック

バックボーン　二次構造｜ DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）　水分子表示（*印のみ）
空間充填　球棒　球10％　球25％　球30％　球60％　スティック　スティック（太）　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色 ∥ 濃赤　濃青　緑　ピンク　濃ピンク　橙　紫　青
糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA ∥ Asn,Ser,Thr選択｜ Asn　Ser　Thr
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順　コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示｜ S-S結合表示　S原子（Protein中）空間充填｜ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転｜背景・黒　灰　白　紺
　Chain選択： A B C D E F G H I J K L M N O P

ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

酸性

中性

芳香族

塩基性

ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

極性

酸性

塩基性

非極性（疎水性）

SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP

ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

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「生活環境化学の部屋」ホームページ｜ Jmol版「分子の学習帳」