ドネペジルとアセチルコリンエステラーゼの相互作用（PDBデータ1eveから作成 → PDBデータのLigand結合部位）
左：1eveの二次構造と全リガンド，中：ドネペジル近傍，右：親油ポテンシャル表示したドネペジルとそのSITEおよび触媒的な3残基
※参考：北泰行・平岡哲夫 編，「創薬化学 −有機合成からのアプローチ−」，東京化学同人(2004)，口絵1およびpp.201-202
1eveのPDBsumデータより
※参考：佐藤健太郎，「すごい分子 世界は六角形でできている」，講談社ブルーバックス(2019)，pp.176-177 [NEW!]
…“トリプトファン分子のインドール環は、ドネペジルのベンゼン環にスタッキング”
サリンのアセチルコリンエステラーゼ攻撃（PDBの1cfj；下図左側のMePがサリン由来のmethylphosphonate基）
※Molecule of the Month（PDB，2004/06），AcetylcholinesteraseのExploring the Structureを参考に作図 → Acetylcholinesterase関連動画
サリン・VXあるいは有機リン系農薬メタミドホスのアセチルコリンエステラーゼ（マウス）阻害；両図とも右端が阻害分子
〔左〕2jglのサリン（円内）・VX由来分子，〔右〕2jgjのメタミドホス（円内，日本では農薬登録されていない）由来分子
VX(+)とHI-6が結合したアセチルコリンエステラーゼ6cqvおよび同VX(-)結合の6cqw（何れもChain A）
→ Jmolトピック
タブンが結合したアセチルコリンエステラーゼ（2jf0，空間充填がタブンで球棒表示は他のリガンド）
神経ガスの治療薬を含むPDBデータ例
〔左〕2-PAM（中央）が結合したアセチルコリンエステラーゼ2vq6 〔右〕アトロピンを含むホスホリパーゼA22arm
※参考：生物毒とは：いろいろな生物の毒の話（福岡大学・機能生物化学研究室），アトロピン - Wikipedia
ノビチョク剤例A-230が結合したアセチルコリンエステラーゼ6ntoのChain AとそのPDBsumデータ（A-234結合の6ntlとの比較），およびA-230とA-234の構造比較
※PDBデータ・PDBsumデータにはA-230・A-234のF原子が含まれていない。
→ Jmolトピック
MMB-4とジエチルホスファイトが結合したアセチルコリンエステラーゼ8dt4のChain AとそのPDBsumデータ