DFHBIが結合したデノボデザインによるβ-バレルタンパク質mFAP1 6cziのChain Aおよび6czhと6cziのPDBsumデータ

●アミノ色表示の凡例
ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
●疎水性インデックス順
ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
●等電点順
ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

    
左から AT-121，スフェンタニル（sufentanil），(1R,2R)-トラマドール（(1R,2R)-tramadol）

オピオイド受容体の主要なクラス例μ 4dkl，κ 4djh，δ 4ej4，および関連するノシセプチンオピオイド受容体（NOP） 4ea3　→ 別トピック

  
μオピオイド受容体4dkl（モルフィナン系アンタゴニストが結合）とδオピオイド受容体4n6h（ナルトリンドール〈naltrindole〉とNa⁺イオン結合）
およびそれぞれのPDBsumデータ
※Structure論文（2025/01/02）参照

  
［左］5ggr（ニボルマブ〈商品名 オプジーボ〉のFabが結合したPD-1）　［右］3bik（PD-L1が結合したPD-1）

    
［左］6cuzのChain A・B（TrpBからの人工合成によるPfTrpB7E6；(2S,3R)-ethylserineが結合）とそのPDBsumデータ
［中］5opu（CHK1キナーゼ変異体；ピロロピリジンLRRK2阻害剤が結合）とそのPDBsumデータ
［右］4nyl（抗リウマチ抗体医薬adalimumabのFabフラグメント）

5cfu（アデニリル-2''-トブラマイシンが結合したアミノグリコシドヌクレオチジルトランスフェラーゼ2''-Ia）とそのPDBsumデータ

ニューレキシン-1-β（Nrxn1β）とロイシンリッチリピート膜タンパク質2（LRRTM2）の複合体5z8y

PDD（pregna-4,20-dien-3,6-dione）
［Pregna-4,20-dien-3,6-dione - Wikipedia］

バックボーン　二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　水分子表示（*印のみ） 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色 リガンドの元素記号表示 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順　コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示　S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填 ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転 背景・黒　灰　白　紺

p.54ほか　DNA：（以下はDNA部分構造例）　→ DNAとRNAのいろいろな姿 1gt0のChain A・B（Oct4・Sox2・DNA 複合体；DNAのみ） ｜ 1gt0全体*　C鎖（Oct1）選択　D鎖（Sox2）選択　→ Oct1/Sox2/DNA 複合体 p.54ほか　エピジェネティックス：　→ 関連別トピック p.80　二〇種類のアミノ酸：アミノ酸20種全表示（有機概念図I/O値順，pdb形式） ｜ 同（mol形式）　→ アミノ酸 p.92　グルタミン酸：グルタミン酸（glutamic acid） p.100　BCAA：BCAA（Ile，Leu，Val；mol形式）　→ アミノ酸 p.105　Cの時代からNの時代へ／アンモニア：アンモニア（ammmonia）　→ 窒素から見る生命の世界 p.147　ペニシリン：ペニシリンG（penicillin G）　→ 抗生物質分子データ集 p.161　セントラルドグマ／p.164　RNAワールド／p.202　コドン：　→ コドンと遺伝暗号表 p.179　ボンビコール：ボンビコール（bombykol） p.195　PDD：PDD（pregna-4,20-dien-3,6-dione） p.198　澱粉：アミロース（デンプンの部分構造例）　グルコース環×4〔マルトース単位×2〕　グルコース環×8〔マルトース単位×4〕　→ 代表的な高分子 p.198　ブドウ糖：α-グルコース（α-glucose）　β-グルコース（β-glucose）　→ 甘味物質の秘密 p.198　ナイロン：ナイロン6（nylon 6）　ナイロン66（nylon 6,6）　→ 代表的な高分子 p.226ほか　ヒスタミン：ヒスタミン（histamine） p.226ほか　抗ヒスタミン剤：　抗ヒスタミン剤（第2世代）の例 セチリジン（cetirizine；上が(R)-体で下が(S)-体） p.227ほか　ヒスタミンレセプター：　ヒスタミンH1受容体の例 3rze*（第1世代抗ヒスタミン剤のドキセピン含む；5EHとD7Vの2構造重ね合わせ）　5EH（3E体）消去　D7V（3Z体）消去　同PDBsumデータ3rze_5EH-D7V$　5EH（3E体）のみ表示　D7V（3Z体）のみ表示　→ GPCR p.234　二酸化炭素：二酸化炭素（carbon dioxide）　→ 温室効果ガス

    
［左］20種類のアミノ酸（p.80）　［中］BCAA（p.100）　［右］PDD（pregna-4,20-dien-3,6-dione；p.195）

  
ヒスタミンH₁受容体3rze中のドキセピン（3E体と3Z体）（p.226ほか）
※花粉症・アレルギーの発症因子の立体構造を世界で初めて解明－副作用を抑えた治療薬の探索・設計が可能に－（京都大学，2011/06/23）

  
［左］フタル酸ジエチルヘキシル（di-2-ethylhexyl phthalate，DEHP）　［右］環境ホルモンと目される化合物としてのフタル酸エステル類

  
［左］ゲンジボタルルシフェラーゼ（野生型〈黄緑色型〉，DLSA結合） 2d1s　［右］同PDBsumデータと2d1t（ゲンジボタルルシフェラーゼ；S286N変異体〈赤色型〉，DLSA結合）のPDBsumデータの比較

  
［左］NiFeSクラスターを含む一酸化炭素デヒドロゲナーゼ6b6wのChain A　［右］6b6v・6b6w・6b6x・6b6yのPDBsumデータ比較