- Two conformations of DNA polymerase D-PCNA-DNA, an archaeal replisome complex, revealed by cryo-electron microscopy（BMC Biology，2020/10/28）
- DNAポリメラーゼ - Wikipedia
- DNAとRNAのいろいろな姿（本サイト）
［DNA polymerase - Wikipedia，Proliferating cell nuclear antigen - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
DNAポリメラーゼD - 増殖細胞核抗原（PCNA）- DNA 複合体6knb
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- 同じ研究機関による別研究：Synthesis of a Coumarin-Based PPARγ Fluorescence Probe for Competitive Binding Assay（International Journal of Molecular Sciences，2021/04/14） → 全文PDF ※2021/05/12公開データ7efq
- ペルオキシソーム増殖剤活性化レセプター - 日本薬学会
- KEGG DRUG: フェノフィブリン酸
- PPAR
- 別トピック（本サイト；PPARγ）
［Peroxisome proliferator-activated receptor alpha - Wikipedia］
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6l36のChain A（アンタゴニストGW9662と作動薬フェノフィブリン酸が結合したペルオキシソーム増殖剤活性化レセプターα〈PPARα〉） 同PDBsumデータ6l36_GW9[503(A)]（GW9662）$ 同PDBsumデータ6l36_F5A（フェノフィブリン酸）$ 7efqのChain A（蛍光プローブが結合したペルオキシソーム増殖剤活性化レセプターγ〈PPARγ〉） 同PDBsumデータ7efq_J3F$ ［Peroxisome proliferator-activated receptor gamma - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
アンタゴニストGW9662と作動薬フェノフィブリン酸（fenofibric acid）が結合したペルオキシソーム増殖剤活性化レセプターα（PPARα）6l36のChain Aと同PDBsumデータ
蛍光プローブが結合したペルオキシソーム増殖剤活性化レセプターγ（PPARγ）7efqのChain Aと同PDBsumデータ（H原子付加）
- カンプトテシン記事例：植物が自ら作る抗がん物質に対する自己耐性機構を解明（JST，2020/04/29）
- トリプタントリン（トリプタンスリン）記事例：新型コロナ 「抗菌効果」に注文殺到 「足利の藍染」マスク 栃木県伝統工芸品 ／東京（毎日，2020/06/03）
- 藍エキス記事例：「あおもり藍」に抗インフル効果 弘前大などが確認（日経，2020/01/15）
- DNAトポイソメラーゼ - Wikipedia
- 染料の種類（本サイト）
［Topoisomerase - Wikipedia，TOP1 - Wikipedia］
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1t8i（DNAとカンプトテシンが結合したDNAトポイソメラーゼI） EHD（カンプトテシン）選択 同PDBsumデータ1t8i_EHD$ カンプトテシン（camptothecin） ［Camptothecin - Wikipedia］ トリプタントリン（tryptanthrin） インジゴ（indigo；C.I.Vat Blue 1） インジゴホワイト（indigo white；C.I.Reduced Vat Blue 1，ロイコ化合物，アルカリ水溶液に可溶） バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］DNAとカンプトテシン（camptothecin）が結合したDNAトポイソメラーゼI 1t8iとそのPDBsumデータ ［右］トリプタントリン（tryptanthrin）
［左］インジゴ（indigo）とインジゴホワイト（indigo white；ロイコ化合物，アルカリ水溶液に可溶） ※参考：藍染め - Wikipedia
［右］各種染料の染色性（染料の種類参照）
- Structural basis for binding mechanism of the cyclic peptide to human serum albumin（Journal of Medicinal Chemistry，2020/11/13）
- 血清アルブミンに関する別研究例
- Structural Basis of the Change in the Interaction Between Mycophenolic Acid and Subdomain IIA of Human Serum Albumin During Renal Failure（Journal of Medicinal Chemistry，2020/12/20） ※2020/12/28公開PDBデータ7wkz（下掲）
- Interaction of Cephalosporins with Human Serum Albumin: A Structural Study（Journal of Medicinal Chemistry，2024/07/31） [NEW!] ※2024/08/07公開PDBデータ8yxa・8yxb（下掲）
- 血清アルブミン - 薬学用語解説 - 日本薬学会
- ダルババンシン - KEGG DRUG
- 抗生物質分子データ集（本サイト）
［Serum albumin - Wikipedia，Dalbavancin - Wikipedia］
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6m5eのChain A・F（ダルババンシン〈dalbavancin〉が結合したヒト血清アルブミン） Chain F（ダルババンシン）選択 7wkzのChain A（ミコフェノール酸とアリピプラゾール〈aripiprazole〉が結合したヒト血清アルブミン） 同PDBsumデータ 7wkz_MOA_lp$ 同PDBsumデータ 7wkz_9SC_lp$ ［Mycophenolic acid - Wikipedia，Aripiprazole - Wikipedia］ 8yxbのChain A（セフトリアキソン〈ceftriaxone〉結合したヒト血清アルブミン） 同PDBsumデータ 8yxb_lp$ ［Ceftriaxone - Wikipedia］ ※他の血清アルブミン構造例： PDBデータ 4e99（パーフルオロオクタンスルホン酸が結合したヒト血清アルブミン） 同PDBsumデータ 4e99_P8S$ → PFAS汚染問題 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ダルババンシン（dalbavancin；空間充填表示）が結合したヒト血清アルブミン6m5eChain A・F
ミコフェノール酸（mycophenolic acid）とアリピプラゾール（aripiprazole）が結合したヒト血清アルブミン7wkzのChain AとそのPDBsumデータ
セフトリアキソン（ceftriaxone）が結合したヒト血清アルブミン8yxbのChain AとそのPDBsumデータ
- Structural insights into the mechanism of rhodopsin phosphodiesterase（Nature Communications，2020/11/05）
- GPCR - 2012年ノーベル化学賞（本サイト） ※本データは非GPCR
研究室の扉「光に反応するタンパク質の構造を明らかに」志甫谷渉助教 - YouTube
PDBデータ 7d7qのChain A（ロドプシンホスホジエステラーゼ）
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7d7qのChain A（ロドプシンホスホジエステラーゼ） RET（レチナール）選択 同PDBsumデータ 7d7q_RET[401(A)]$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ロドプシンホスホジエステラーゼ7d7qのChain A（TM0は追加の膜貫通ヘリックス）とそのPDBsumデータ
参考：通例のロドプシンのPDBsumデータ例
- エステルダンス反応の開発 | 山口潤一郎研究室 ｜ 分子をつなぐ ｜ 新規ジホスフィン配位子「dcypt」が発売されました
- Ester dance reaction on the aromatic ring（Science Advances，2020/07/08） …文献[1]
- エステルからエステルをつくる（Chem-Station，2020/04/22）
- ベンゼン環エステル 触媒で異性化する 世界初・エステルダンス反応の開発 独自の金属触媒で実現（早稲田大学，2020/07/09）
- 早大、ベンゼン環のエステルを触媒の力で異性化する「エステルダンス反応」の開発に成功（日経，2020/07/09）
- 関連別研究：悪臭問題に解決策 芳香環交換反応を利用したスルフィド合成法の開発 ～独自の金属触媒でスルフィド類の芳香環を付け替える～（早稲田大学，2021/06/29）
- 日本コンピュータ化学会＠サイエンスアゴラ2017（本サイト） …山口潤一郎さんをトークゲストに迎えて
- 本間善夫，『計算カガクをネットでツタエル』，Journal of Computer Chemistry, Japan，20(2)，A16(2021)
@sinOrganicChemさんにリクエストして解説動画を作成していただきました！
→ 該当ツイート ｜ 山口潤一郎研究室でも動画紹介
「化学」2020年12月号 p.39図5のベンゾ[b]チオフェンカルボン酸誘導体2種の同時表示（文献[1]も参照）
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ベンゾ[b]チオフェンカルボン酸誘導体2種の同時表示 dcypt〈(3,4-ビス(ジシクロヘキシルホスフィノ)チオフェン；3,4-bis(dicyclohexylphosphino)thiophene〉 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 Jmol色 Rasmol色 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］「化学」2020年12月号 p.39図5のベンゾ[b]チオフェンカルボン酸誘導体2種の同時表示
［中］文献[1] Fig. 2より
［右］触媒例のdcypt〈(3,4-ビス(ジシクロヘキシルホスフィノ)チオフェン；3,4-bis(dicyclohexylphosphino)thiophene〉
- Intrastrand backbone-nucleobase interactions stabilize unwound right-handed helical structures of heteroduplexes of L-aTNA/RNA and SNA/RNA（Communications Chemistry，2020/11/06）
- 医薬・医療・材料応用に向けた人工核酸（名古屋大学）
- DNAとRNAのいろいろな姿（本サイト）
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バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
人工核酸 L-threoninol nucleic acid（L-aTNA；トレオニノール核酸）とRNAの複合体 7bpf
- PIEZO2 in sensory neurons and urothelial cells coordinates urination（Nature，2020/10/14）
- Study discovers gene that helps us know when it’s time to urinate（NIH，2020/10/19）
- PDB 6KG7について：Structure and mechanogating of the mammalian tactile channel PIEZO2（Nature，2019/08/19）
- 「フォース」を感知するタンパク質を求めて（Nature ダイジェスト，2020/01/09）
- 痛みの生化学 最近20年の進歩（日本生化学会，2017/12/25）
- 痛みと鎮痛の基礎知識 - Pain Relief ーイオンチャネル
- 今月の分子 223: ピエゾ1機械受容チャネル（Piezo1 Mechanosensitive Channel）（PDBj，2018/07） ｜ Molecule of the Month（PDB） …こちらはPIEZO1です。
- 雑誌特集『温度・機械刺激受容の最前線』，「生物の科学 遺伝」2024年3月発行号 [NEW!] ※p.120にPDB 6KG7画像
- 別トピック（本サイト）
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バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
イオンチャネルPIEZO2タンパク質 6kg7（α炭素とリガンドのみ）
- Resurrecting the ancient glow of the fireflies（Science Advances，2020/12/02）
- 【理工学】加藤太一郎助教らの研究チームが1億年前のホタルの光を再現することに成功（鹿児島大学，2020/12/03）
- 1億年前のホタルの光は「深緑色」だった 鹿児島大・加藤助教ら再現（南日本新聞，2020/12/03）
- 1億年前のホタルの光は深緑色？ 中部大などが「復元」（南日本新聞，2021/01/15）
- 別トピック[1]・[2]
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6k4c（DLSA結合ホタルルシフェラーゼ） Leu285選択 同PDBsmデータ6k4c_SLU$ ｜ PDBsmデータ6k4d_D4F（D-ルシフェリン）$ ※他のホタルルシフェラーゼ例： 2d1s（ゲンジボタルルシフェラーゼ；野生型〈黄緑色型〉，DLSA結合） Ile288選択 同PDBsumデータ2d1s_SLU$ ∥ 2d1t（ゲンジボタルルシフェラーゼ；S286N変異体〈赤色型〉，DLSA結合） 同PDBsumデータ2d1t_SLU$ ホタルルシフェリン（firefly luciferin） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
左から DLSAが結合したホタルルシフェラーゼ6k4cと同PDBsumデータ（D-ルシフェリン結合6k4dとの比較），ホタルルシフェリン（firefly luciferin）
※参考データ： ［左］ゲンジボタルルシフェラーゼ（野生型〈黄緑色型〉，DLSA結合） 2d1s
［右］同PDBsumデータと2d1t（ゲンジボタルルシフェラーゼ；S286N変異体〈赤色型〉，DLSA結合）のPDBsumデータ比較
- Genome editing in plants using CRISPR type I-D nuclease（Communications Biology，2020/11/06）
- Focal Point on Synthetic Biology in Japan（Nature > Focal Point，2020/08/05）
- CRISPRタイプI-Dヌクレアーゼによる植物ゲノム編集（crisp_bio，2020/11/13）
- Cas10d構造例論文：Structural basis for inhibition of an archaeal CRISPR-Cas type I-D large subunit by an anti-CRISPR protein（Nature，2020/11/25） ※PDBデータ6thh（下掲）・6yes
- CRISPR関連生体分子データ《ゲノム編集を考える》（本サイト） ｜ 2020年ノーベル化学賞（同ページ内）
［CRISPR - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
抗CRISPRタンパク質AcrID1が結合したCas10dタンパク質6thh