［Deoxyhypusine synthase - Wikipedia］
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6pgrのChain A（阻害剤が結合したデオキシハイプシン合成酵素） 同PDBsumデータ6pgr_8XY$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
阻害剤が結合したデオキシハイプシン合成酵素6pgrのChain AとそのPDBsumデータ
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- 抗肥満薬「オルリスタット」が黄色ブドウ球菌の病原因子阻害、仕組みも解明－京大ほか（QLifePro医療ニュース，2020/04/02）
- オルリスタット - KEGG DRUG
- オルリスタット - Wikipedia ｜ リパーゼ
- オルリスタット関連情報
- おむつ着用が必須？ 脂肪減少薬「アライ」発売開始 大正製薬（毎日，2024/04/08） [NEW!]
- 内臓脂肪を減らす薬『アライ』を40代女性ライターが体験 2日目夜にトイレで異変、“油漏れ”の心配も（NEWSポストセブン，2024/03/28） [NEW!]
- 市販薬として登場した内臓脂肪減少薬オルリスタットの認知度は？（日経メディカル，2024/04/02） [NEW!]
- 内臓脂肪減少薬「アライ」 本日より新発売＆新TVCM放映開始！（大正製薬，2024/04/08） [NEW!]
- 大正製薬、内臓脂肪減少薬｢アライ｣を4月に発売 国内初（日経，2024/03/04） [NEW!]
- 「肥満の改善を助ける薬」の承認了承、来春にも薬局で販売へ 厚労省（朝日，2022/11/28） ※“この薬は「アライ（一般名・オルリスタット）」”。
- リパーゼ関連別研究
- 界面活性剤の種類（本サイト；他のリパーゼ構造例） ｜ 別トピック（オルリスタット）
［Lipase - Wikipedia，Orlistat - Wikipedia］
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6ksmのChain A（阻害剤オルリスタットが結合したリパーゼ） DH9（オルリスタット開環体）選択 同PDBsumデータ6ksm_DH9$ 8k7pのChain A（ペトロセリン酸が結合したリパーゼ） 4I1（ペトロセリン酸）選択 同PDBsumデータ8k7p_4I1$ オルリスタット（orlistat） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］阻害剤オルリスタット（β-ラクトン開環体）が結合したリパーゼ6ksmのChain AとそのPDBsumデータ ［右］オルリスタット（orlistat）
ペトロセリン酸（petroselinic acid）が結合したリパーゼ 8k7pのChain AとそのPDBsumデータ
- Structure of polymerized type V pilin reveals assembly mechanism involving protease-mediated strand exchange（Nature Microbiology，2020/04/13）
- 歯周病菌の5型線毛の構造と形成される仕組みを解明（＠IT MONOist，2020/05/08）
- 歯周病とは？ - 日本臨床歯周病学会
- ポルフィロモナス・ジンジバリス - 日本細菌学会
- ポルフィロモナス・ジンジバリス - Wikipedia
［Porphyromonas gingivalis - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ジンジバリス菌（歯周病 病原細菌）線毛のFimAピリンの重合体6kmf
- A mycobacterial ABC transporter mediates the uptake of hydrophilic compounds（Nature，2020/03/25） ※2020/04/01公開PDB 6tqf（下掲）・6tqe
- The ABC exporter IrtAB imports and reduces mycobacterial siderophores（Nature，2020/03/25） ※2020/04/01公開PDB 6tek・6tej（下掲）
- ABCトランスポーター関連別研究
- Cryo-EM structures of Candida albicans Cdr1 reveal azole-substrate recognition and inhibitor blocking mechanisms（Nature Communications，2024/09/06） [NEW!] ※2024/09/18公開PDB 9iuk・9iul・9ium（下掲）
- 多剤耐性関係ニュース例
- ABC transporter - 京都大学大学院薬学研究科
- ABC輸送体 - Wikipedia ｜ シデロホア
- 抗生物質データ集メニュー（本サイト） ｜ 別トピック
［ATP-binding cassette transporter - Wikipedia］
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6tqf（AMP-PNPが結合したABC輸送体Rv1819c） ANP（AMP-PNP）選択 同PDBsumデータ6tqf_ANP$ ［KEGG T00015: Rv1819c，Phosphoaminophosphonic acid-adenylate ester - PubChem（AMP-PNP）］ 6tej（Syb_NL5が結合したABC輸送体IrtAB） 同PDBsumデータ6tej_DMU$［Siderophore - Wikipedia］ 9ium（ミルベマイシン・オキシムが結合したABC輸送体Cdr1，cif→pdbデータ変換） 同PDBsumデータ9ium_lp[1601(A)]$［Milbemycin oxime - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］AMP-PNPが結合したABC輸送体Rv1819c 6tqfとそのPDBsumデータ ［右］Syb_NL5が結合したABC輸送体IrtAB 6tejとそのPDBsumデータ
ミルベマイシン・オキシム（milbemycin oxime）が結合したABC輸送体Cdr1 9iumとPDBsumデータ
- Cover Story：ボトルネックの解消：PET製品の効率の良い再生と再利用に有望な改良型酵素（Nature ハイライト，2020/04/09）
- 1トン近くのペットボトルを10時間で分解してリサイクルを可能にする酵素が開発される（GIGAZINE，2020/04/09）
- Scientists create mutant enzyme that recycles plastic bottles in hours（The Guardian，2020/04/08）
- ペターゼ - Wikipedia
- 別トピック（本サイト） ｜ バイオレメディエーションとファイトレメディエーション ｜ マイクロプラスチック問題 ｜ 代表的な高分子
［PETase - Wikipedia］
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6ths（PETヒドロラーゼ；S165A変異体） Ala165（変異部分）選択 243Phe・238Asp・283Ser・127Tyr（論文中の“F243I/D238C/S283C/Y127G”参）選択 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
PETヒドロラーゼ（S165A変異体）6ths
- 宙に浮く水素イオン？！ - 大型タンパク質の中性子結晶構造解析で見えた特異な世界 -（J-PARC，2020/04/28）
- It takes a neutron beam to find a proton（EurekAlert! Science News，2020/04/27）
［Amine oxidase (copper-containing) - Wikipedia，Topaquinone - Wikipedia］
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6l9c（銅アミン酸化酵素） リガンドASA・E9C・TPQ（トパキノン）選択 TPQ（トパキノン）選択 "宙に浮いた"プロトン選択 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
銅アミン酸化酵素6l9cとその"宙に浮いた"プロトン周辺の拡大図
［Polyketide synthase - Wikipedia］
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6kxf（II型ポリケタイド合成酵素〈II型ポリケチド合成酵素〉） 同PDBsumデータ6kxf_DYF$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
II型ポリケタイド（ポリケチド）合成酵素6kxfとそのPDBsumデータ
- モノーが提唱したアロステリック制御メカニズムの一端を解明 －植物ホルモンの代謝酵素は、植物ホルモンを介在させる多量体化により活性調節されていた！－（名古屋大学，2020/05/11） [PDF]
- 同じ研究グループによる別研究：Evolutionary alterations in gene expression and enzymatic activities of gibberellin 3-oxidase 1 in Oryza（Communications Biology，2022/01/19） ※2022/02/16公開PDBデータ7ekd（下掲）・6kun
- ジベレリン - Wikipedia
［Gibberellin - Wikipedia］
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6ku3のChain A（ジベレリン2-オキシダーゼ3〈GA2ox3〉） GA4（ジベレリンA4）選択 同PDBsumデータ6ku3_GA4[401(B)]$ 7ekd（ジベレリン2-オキシダーゼ3〈GA2ox3〉） J5X（ジベレリンA9）選択 同PDBsumデータ7ekd_J5X$ ジベレリンA4（gibberellin A4） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］ジベレリンA4が結合したジベレリン2-オキシダーゼ3（GA2ox3）6ku3のChain AとそのPDBsumデータ（こちらはChain Bから）
［右］同7ekd（ジベレリンA9結合）とそのPDBsumデータ
- Structure and catalytic mechanism of a human triacylglycerol-synthesis enzyme（Nature，2020/05/13） ※2020/05/13公開PDBデータ6vyi・6vz1
- Structure and mechanism of human diacylglycerol O-acyltransferase 1（Nature，2020/05/13） ※2020/05/13公開PDBデータ6vp0（下掲）
- DGAT1の別研究
- Mechanism of action for small-molecule inhibitors of triacylglycerol synthesis（Nature Communications，2023/05/29） ※2023/06/07公開PDBデータ8esm（下掲）・8etm
［DGAT1 - Wikipedia］
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6vp0のChain C（オレオイル-CoAが結合したジアシルグリセロールO-アシルトランスフェラーゼ1〈DGAT1〉） 3VV（オレオイル-CoA）選択 同PDBsumデータ6vp0_3VV$ ※列挙研究のPDBsumデータ： PDBsumデータ6vz1_3VV$ ※別研究のデータ： 8esmのChain A（阻害剤T863が結合したDGAT1） 同PDBsumデータ8esm_WS0$ ｜ PDBsumデータ8etm_WTT（阻害剤DGAT1IN1）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
オレオイル-CoAが結合したジアシルグリセロールO-アシルトランスフェラーゼ1（DGAT1）6vp0のChain CとそのPDBsumデータ（別研究の6vz1との比較）
阻害剤T863が結合したDGAT1 8esmのChain AとそのPDBsumデータ（阻害剤DGAT1IN1結合の8etmとの比較）
- Structural basis for catalysis and substrate specificity of human ACAT1（Nature，2020/05/13） ※未公開PDBデータ6p2p・6p2j
- Structure of nevanimibe-bound tetrameric human ACAT1（Nature，2020/05/13） ※2020/05/13公開PDBデータ6vum（下掲）
［ACAT1 - Wikipedia］
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6vumのChain A・B（アシルCoA：コレステロールO-アシルトランスフェラーゼ1〈ACAT1〉） 3VV（オレオイル-CoA）選択 COA（CoA）選択 ROV（阻害剤nevanimibe）選択 CLR（コレステロール）選択 同PDBsumデータ6vum_3VV[702(B)]（nevanimibe含む）$ 同PDBsumデータ6vum_ROV（CoA含む）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
オレオイル-CoA，CoA，阻害剤nevanimibeなどが結合したアシルCoA：コレステロールO-アシルトランスフェラーゼ1（ACAT1）6vumのChain A・BとそのPDBsumデータ