- なぜSNSは「第五の権力」なのか？ いまさら聞けないその面白さ草野真一＝著『SNSって面白いの？』 何が便利で、何が怖いのか（現代ビジネス，2015/07/16）
- サイエンスカフェにいがた第66回『子どもにプログラミング！ 新潟でやろうよ！』（2013/04/21） …ゲスト：草野真一さん
- 日本コンピュータ化学会＠サイエンスアゴラ2012 …トークセッションゲスト：草野真一さん
- インターネット利用とホームページ開設の歩み（本サイト） ※2015/07/31に本サイト開設19周年を迎えました。
ブルーバックス「SNSって面白いの? 何が便利で、何が怖いのか」と同書p.234に掲載のecosci.jp画像
PDBデータ 3arcのChain A（光合成光化学反応中心 光化学系II関連；Mn4CaO5クラスター含む）
→ 光合成に関係する生体分子PDB 3ARCの部分構造例 ※現在3arcは3wu2に更新
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3arcのChain A（Thermosynechococcus vulcanusの光化学系II；現在3arcは3wu2に更新） 同PDBsumデータ 3arc_OEX（Mn4CaO5クラスター；水4分子追加）*$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 Mn4CaO5クラスター選択 クロロフィルa（CLA）選択 （一方のMn4CaO5クラスターの近傍4分子のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- レゴ、素材「脱石油」へ180億円投資（日経，2015/06/17）
- レゴブロック「2030年までにプラスチックの使用をやめます」（Business Newsline，2015/06/30）
- StratasysのABS材料を使って射出成形やプレス加工の新技術を開発（fabcross，2015/06/30）
- ABS樹脂 - Wikipedia
- 代表的な高分子（本サイト）
［Acrylonitrile butadiene styrene - Wikipedia］
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空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 背景・黒 灰 白 紺 |
ABS樹脂（ポリアクリロニトリル，ポリブタジエン，ポリスチレンの繰り返し単位） ※参考（生分解性プラスチックの例）：ポリ-L-乳酸 PLLA（ポリ乳酸の一種） |
ABS樹脂の3種類の繰り返し単位
- Structural and mutational analyses of dipeptidyl peptidase 11 from Porphyromonas gingivalis reveal the molecular basis for strict substrate specificity（Nature，2015/06/09）
- 国際宇宙ステーションでのタンパク質結晶生成実験結果から、タンパク質やペプチドを栄養源とする歯周病原因菌の生育に重要なペプチド分解酵素 DPP11の立体構造および基質認識機構を解明 ～新たな歯周病治療薬の開発に期待～（JAXA，2015/06/10）
- 歯周病原因菌を育てる酵素、宇宙で結晶化し立体構造を解明 - JAXAなど（マイナビニュース，2015/06/10）
［Dipeptidyl peptidase - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ジペプチジルアミノペプチダーゼDPP11の全体構造4y04
- Crystal structure of rhodopsin bound to arrestin by femtosecond X-ray laser（Nature，2015/07/22）
- 構造生物学： アレスチンのGPCRへの結合（NATURE ハイライト，2015/07/30）
- アレスチン - Wikipedia ※“アレスチン類はGPCRのGタンパク質への共役を2つの機構で妨げる”。
- ロドプシン - 脳科学辞典
- GPCR - 2012年ノーベル化学賞（本サイト） ※他に同日公開の高度好塩菌Haloquadratum walsbyiのバクテリオロドプシン4qidも掲載。
［Rhodopsin - Wikipedia，S-Arrestin - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ロドプシンとS-アレスチンのキメラタンパク質4zwjのChain A（フェムト秒X線レーザーによる）
［Sepiapterin reductase - Wikipedia，Biopterin - Wikipedia，Tetrahydrobiopterin - Wikipedia］
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1sep（セピアプテリン還元酵素） 同PDBsumデータ1sep_BIO$ BIO（ビオプテリン）選択 テトラヒドロビオプテリン（tetrahydrobiopterin） ビオプテリン（biopterin；異性体あり） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］ ビオプテリン（biopterin）とNADPが結合したセピアプテリン還元酵素1sepのPDBsumデータ
［右］ テトラヒドロビオプテリン（tetrahydrobiopterin）とビオプテリン（biopterin；異性体あり）
- Structural insights into μ-opioid receptor activation（Nature，2012/08/05）
- Propagation of conformational changes during μ-opioid receptor activation（Nature，2012/08/20）
- 「IT創薬」実用化へ ―従来に比べ100倍以上の効果―（NEDO，2012/05/21）
- NEDOと阪大、「IT創薬」の基板技術の開発と実証に成功（マイナビニュース，2012/05/25）
- Crystal structure of the μ-opioid receptor bound to a morphinan antagonist（Nature，2012/03/17） ※下掲4dkl
- Cover Story： 鎮痛剤が結合する「急所」：主なオピオイド受容体サブグループ4つの結晶構造が明らかに（Nature，2012/03）
- オピオイド受容体 - Wikipedia ｜ Gタンパク質共役受容体
- GPCR - 2012年ノーベル化学賞（本サイト）
［mu Opioid receptor - Wikipedia］
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5c1m（μオピオイド受容体） 同PDBsumデータ5c1m_4VO$ 4VO（アゴニストBU72）選択 ※参考（別のμオピオイド受容体構造例）：4dkl*（モルフィナン系アンタゴニストが結合したμオピオイド受容体） 同PDBsumデータ4dkl_BF0$ BF0（アンタゴニスト）選択 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 （*印のみ） HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
アゴニストBU72が結合したμオピオイド受容体5c1m（左）とそのPDBsumデータ（右；モルフィナン系アンタゴニスト結合4dklとの比較）
- HipBA-promoter structures reveal the basis of heritable multidrug tolerance（Nature，2015/07/29）
- プロテインキナーゼ - Wikipedia
［Serine/threonine-specific protein kinase - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 D・K鎖（HipA）選択 空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
DNAとセリンプロテインキナーゼHipA-HipB複合体4yg7
- An inhibitor persistently decreased enteric methane emission from dairy cows with no negative effect on milk production（PNAS，2015/07/29）
- How to stop cows polluting the world with their burps（BBC，2015/08/04）
- Effects of 3-nitrooxypropanol on methane emission, digestion, and energy and nitrogen balance of lactating dairy cows（ScienceDirect，2014/06）
- 牛のげっぷによる温暖化を抑える3NOP - Togetterまとめ
- 温室効果ガス（本サイト） ｜ 有機化合物の名前・基礎の基礎
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空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 背景・黒 灰 白 紺 |
3-ニトロオキシプロパノール（3NOP） ※参考（メタンほか温室効果ガスの例）：京都議定書で削減対象となったガス6種の同時表示 |
3-ニトロオキシプロパノール（3-nitrooxypropanol，3NOP）
- Fragment and Structure-Based Drug Discovery for a Class C GPCR: Discovery of the mGlu5 negative allosteric modulator HTL14242 (3-chloro-5-[6-(5-fluoropyridin-2-yl)pyrimidin-4-yl]benzonitrile)（Journal of Medicinal Chemistry，2015/07/30）
- グルタミン酸受容体 - Wikipedia ｜ アロステリック効果
- GPCR - 2012年ノーベル化学賞（本サイト）
［Metabotropic glutamate receptor，Class C GPCR - Wikipedia，Metabotropic glutamate receptor 5 - Wikipedia，Allosteric modulator - Wikipedia］
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5cgd（代謝型グルタミン酸受容体5） 51E（HTL14242）選択 同PDBsumデータ5cgd_51E$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
アロステリック抑制剤HTL14242が結合した代謝型グルタミン酸受容体5 5cgdとそのPDBsumデータ
- 大学でも使えるレゴブロックのDNA模型完成！ - YouTube ｜ 生物II タンパク質の合成 by WEB玉塾 - YouTube
- タンパク質中の20種類のアミノ酸（本サイト） ｜ DNAとRNAのいろいろな姿 ｜ コドンと遺伝暗号表 ｜ DropboxとChem3D for iPadで分子を見る
Viva il DNAでのフェニルアラニン（Phe，F）組立て途中の画面
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1d66のChain D・E（DNAの部分構造例） タンパク質中の20種類のアミノ酸の同時表示 バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone；本サイト着色） DNA/RNA（ATGC，backbone；Viva il DNAサイト風着色） 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 空間充填 球棒 球30％ 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
DNAの部分構造例1d66のChain D・E（Viva il DNAサイト風着色；ATGC）