コドンと遺伝暗号表

◆ コドンと遺伝暗号表 ◆
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2006年のノーベル生理学医学賞はRNA干渉の研究に!!
The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2006 (Nobel Foundation) ｜ Press Release
※今後の情報追加は2006年ノーベル生理学医学賞：RNA干渉で行います!!

ノーベル医学・生理学賞はRNA干渉の米２氏に（朝日，2006/10/02）
ノーベル医学生理学賞：米の２教授に…「RNA干渉」発見（毎日，2006/10/03）
RNAi Animation（Nature，日本語版）｜別版（静止画像・解説文を同時表示；下画像）

中村義一編，「RNAがわかる」，羊土社(2003)
程久美子・北條浩彦編，「RNAi実験なるほどQ&A」，羊土社(2006)
RNAi - Wikipedia
Googleによる“RNAi”イメージ検索結果｜同“RNA interference” ｜同“RNA干渉”
RC PDBにおける“RNAi”検索結果｜同“RNA interference” ｜同“RNA duplex”

参考：RNAi関連PDBデータ例2az0

コドン解明のきっかけとなった実験に関連して

mRNA（UUUUUUUUUUUU）；ニーレンバーグの実験バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
DNA/RNA選択　同backbone選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
CPK色
ドット表面表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

mRNA（CACACACACACA）；コラーナの実験バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
DNA/RNA選択　同backbone選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
CPK色
ドット表面表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

mRNA（UUUUUUUUUUUU）で合成されるポリペプチド（部分）
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
背景・黒　灰　白　紺
空間充填　球棒　球60％
※参考：Nature 今週のハイライト（2010/06）

mRNA（CACACACACACA）で合成されるポリペプチド（部分）
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
背景・黒　灰　白　紺
空間充填　球棒　球60％
※参考：Nature 今週のハイライト（2010/06）

Nirenberg（ニーレンベルク）の実験。mRNA（UUUUUUUUUUUU）で合成されるポリペプチド。

【その他の参考データ】

PDB_1g59のChain A・B（tRNA^GluとGluRSの複合体）バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）全選択　タンパク質選択　リガンド選択 DNA/RNA選択　同backbone選択空間充填　球棒　球60％　スティック　針金アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色リガンドの元素記号表示酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）水素結合表示 S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填ドット表面表示　回転背景・黒　灰　白　紺	PDB_1asyのChain A・R（tRNA^AspとAspRSの複合体）バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）全選択　タンパク質選択　リガンド選択 DNA/RNA選択　同backbone選択空間充填　球棒　球60％　スティック　針金アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色リガンドの元素記号表示酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）水素結合表示 S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填ドット表面表示　回転背景・黒　灰　白　紺
PDB_1ml5のChain B・C（P-site tRNA^PheとA- and P-site mRNA codons）バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）全選択　タンパク質選択　リガンド選択 DNA/RNA選択　同backbone選択空間充填　球棒　球60％　スティック　針金アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色リガンドの元素記号表示酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）水素結合表示 S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填ドット表面表示　回転背景・黒　灰　白　紺	PDB_1gixのChain B・C・1（A-siteおよびP-site tRNA^PheとA- and P-site mRNA codons）バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）全選択　タンパク質選択　リガンド選択 DNA/RNA選択　同backbone選択空間充填　球棒　球60％　スティック　針金アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色リガンドの元素記号表示酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）水素結合表示 S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填ドット表面表示　回転背景・黒　灰　白　紺
PDB_1wz2のChain A・C バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）全選択　タンパク質選択　リガンド選択 DNA/RNA選択　同backbone選択空間充填　球棒　球60％　スティック　針金アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色リガンドの元素記号表示酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）水素結合表示 S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填ドット表面表示　回転背景・黒　灰　白　紺	PDB_1wz2のChain A・C バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）全選択　タンパク質選択　リガンド選択 DNA/RNA選択　同backbone選択空間充填　球棒　球60％　スティック　針金アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色リガンドの元素記号表示酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）水素結合表示 S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填ドット表面表示　回転背景・黒　灰　白　紺

●アミノ色表示の凡例
ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
●疎水性インデックス順
ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
●等電点順
ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

図1　セントラルドグマとRNAワールド
※以下に掲載の図を改変；柳川弘志，「生命はいかに創られたか」，TBSブリタニカ(1991)

図2　tRNAを含むPDBデータ例（1g59より，PDB部分データリストにも収録）；拡大
Glutamyl-tRNA Synthetase Complexed With tRNA(Glu).
［左］tRNAのL字型三次構造の骨格，［中］1g59のChain B（tRNA^Glu），［右］1g59のChain A・B（tRNA^GluとGluRSの複合体）
※中・右の図では，RNAは球棒（塩基の色は下表と同じ），タンパク質はスティック（色は下表amino形式）表示
◎中村義一編，「RNAがわかる」，p.90，羊土社(2003)

mRNAの遺伝暗号表
※生物種によっては，以下の普遍暗号に従わないコドンを持つ場合もある。

第２文字

U C A G

第
１
文
字 U UUU Phe／F UCU Ser／S UAU Tyr／Y UGU Cys／C U 第
３
文
字

UUC Phe／F UCC Ser／S UAC Tyr／Y UGC Cys／C C

UUA Leu／L UCA Ser／S UAA 終了 UGA 終了 A

UUG Leu／L UCG Ser／S UAG 終了 UGG Trp／W G

C CUU Leu／L CCU Pro／P CAU His／H CGU Arg／R U

CUC Leu／L CCC Pro／P CAC His／H CGC Arg／R C

CUA Leu／L CCA Pro／P CAA Gln／Q CGA Arg／R A

CUG Leu／L CCG Pro／P CAG Gln／Q CGG Arg／R G

A AUU Ile／I ACU Thr／T AAU Asn／N AGU Ser／S U

AUC Ile／I ACC Thr／T AAC Asn／N AGC Ser／S C

AUA Ile／I ACA Thr／T AAA Lys／K AGA Arg／R A

AUG Met／M（開始） ACG Thr／T AAG Lys／K AGG Arg／R G

G GUU Val／V GCU Ala／A GAU Asp／D GGU Gly／G U

GUC Val／V GCC Ala／A GAC Asp／D GGC Gly／G C

GUA Val／V GCA Ala／A GAA Glu／E GGA Gly／G A

GUG Val／V GCG Ala／A GAG Glu／E GGG Gly／G G

DNAの遺伝暗号表(1)
※文字色はJmolのamino色（上表と同じ）。

第２文字

T C A G

第
１
文
字 T TTT Phe／F TCT Ser／S TAT Tyr／Y TGT Cys／C T 第
３
文
字

TTC Phe／F TCC Ser／S TAC Tyr／Y TGC Cys／C C

TTA Leu／L TCA Ser／S TAA 終了 TGA 終了 A

TTG Leu／L TCG Ser／S TAG 終了 TGG Trp／W G

C CTT Leu／L CCT Pro／P CAT His／H CGT Arg／R T

CTC Leu／L CCC Pro／P CAC His／H CGC Arg／R C

CTA Leu／L CCA Pro／P CAA Gln／Q CGA Arg／R A

CTG Leu／L CCG Pro／P CAG Gln／Q CGG Arg／R G

A ATT Ile／I ACT Thr／T AAT Asn／N AGT Ser／S T

ATC Ile／I ACC Thr／T AAC Asn／N AGC Ser／S C

ATA Ile／I ACA Thr／T AAA Lys／K AGA Arg／R A

ATG Met／M（開始） ACG Thr／T AAG Lys／K AGG Arg／R G

G GTT Val／V GCT Ala／A GAT Asp／D GGT Gly／G T

GTC Val／V GCC Ala／A GAC Asp／D GGC Gly／G C

GTA Val／V GCA Ala／A GAA Glu／E GGA Gly／G A

GTG Val／V GCG Ala／A GAG Glu／E GGG Gly／G G

●アミノ色表示の凡例
ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

DNAの遺伝暗号表(2)
※セルの色は有機概念図I/O値順（特性基 R），文字色は疎水性インデックス順。別ページ一覧表参照。

第２文字

T C A G

第
１
文
字 T TTT Phe／F TCT Ser／S TAT Tyr／Y TGT Cys／C T 第
３
文
字

TTC Phe／F TCC Ser／S TAC Tyr／Y TGC Cys／C C

TTA Leu／L TCA Ser／S TAA 終了 TGA 終了 A

TTG Leu／L TCG Ser／S TAG 終了 TGG Trp／W G

C CTT Leu／L CCT Pro／P CAT His／H CGT Arg／R T

CTC Leu／L CCC Pro／P CAC His／H CGC Arg／R C

CTA Leu／L CCA Pro／P CAA Gln／Q CGA Arg／R A

CTG Leu／L CCG Pro／P CAG Gln／Q CGG Arg／R G

A ATT Ile／I ACT Thr／T AAT Asn／N AGT Ser／S T

ATC Ile／I ACC Thr／T AAC Asn／N AGC Ser／S C

ATA Ile／I ACA Thr／T AAA Lys／K AGA Arg／R A

ATG Met／M（開始） ACG Thr／T AAG Lys／K AGG Arg／R G

G GTT Val／V GCT Ala／A GAT Asp／D GGT Gly／G T

GTC Val／V GCC Ala／A GAC Asp／D GGC Gly／G C

GTA Val／V GCA Ala／A GAA Glu／E GGA Gly／G A

GTG Val／V GCG Ala／A GAG Glu／E GGG Gly／G G
参考：ヒトの必須・準必須・非必須アミノ酸の区別　　→ 20種類のアミノ酸

●疎水性インデックス順
ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE

アミノ酸残基の疎水性インデックスとI'/O'値の比較（Glyを除く）

【メモ】　「生命の跳躍　進化の10大発明」（みすず書房），第2章『DNA――生命の暗号（コード）』p.72には，コドン2文字目はアミノ酸の親水性・疎水性を規定し，例えばTは疎水性アミノ酸と，Aは親水性アミノ酸と関係し，C・Gはその中間としているが，そのことは上の表に色分けで容易に見てとることができる。

※参考（携帯版コドン表） → mRNA，DNA

●話題１：tRNA擬態タンパク質

図３　tRNA擬態タンパク質の例（下記文献p.21図2を参考に作成；PDB部分データリストにもデータ収録）
［上］左から，RRF；（1eh1_A），eRF1（1dt9_A）
［中］左から，EF-G（1dar_A），tRNA（ここでは1ml5_BC），EF-Tu tRNA 複合体（1ttt_AD）
［下］RF2（1gqe_A；原報と分子の向きが異なる）

◎詳細：中村義一編，「RNAがわかる」，p.21，羊土社(2003)
◎中村義一・坂本博編，「RNAの細胞生物学」，表紙・p.321，共立出版(2004)
※Googleによる“tRNA 擬態”検索結果｜同“分子擬態”
※分子擬態の解説例：タンパク質の生合成（福岡大学大学院理学研究科）
※図（リボンモデルと酸性・中性・塩基性アミノ酸区別表示）とPDB部分データ作成に当たっては，2003年度ゼミ生の金子祐子さんの協力を得ました．

[TOPIC] 遺伝子翻訳システムの重要なタンパク質の分子構造を解明　- タンパク質がRNAの分子擬態をしていることが明らかに -（理研，2004/06/22）

tRNAの擬態とされる同じ研究グループによるPDBデータ例1UEBのChain A（2003年，他のデータはPDBで公開準備）

●話題２：[GADV]-タンパク質ワールド仮説

◎

池原健二，「GADV仮説－生命起源を問い直す」，京都大学学術出版会(2006)　※以下の図表はp.61より作成
◎池原健二GADVタンパク質ワールド研究室
◎GADV仮説関連論文例：[GADV]-Protein World Hypothesis on the Origin of Life（Orig Life Evol Biosph，2015/01/16）
◎GADV仮説 - Wikipedia ｜ GADV-protein world hypothesis

図4 [GADV]-タンパク質ワールド仮説

GNC原初遺伝暗号

第２文字

U C A G

第
１
文
字 G GUC Val／V GCC Ala／A GAC Asp／D GGC Gly／G C 第
３
文
字

※長沼毅・井田茂，「地球外生命　われわれは孤独か」，岩波新書(2014)のp.39でも紹介。

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性（特性基 R のI/O値順）
→ 有機概念図｜有機概念図簡易計算機 ←

アミノ酸特性基 R hydropathy
index 極性% log P 酸性・塩基性極性・非極性 Cleftの分類等電点

O I I/O

Val V バリン 50 0 0 4.2 5.9 -2.26 中性非極性（疎水性） Aliphatic 5.96

Ala A アラニン 20 0 0 1.8 8.1 -2.85 中性非極性（疎水性） Aliphatic 6.00

Gly G グリシン 0 0 － -0.4 9.0 -3.21 中性非極性（疎水性） Pro & Gly 5.97

Asp D アスパラギン酸 40 150 3.750 -3.5 13.0 -3.89 酸性極性（酸性） Negative 2.77

% 宮田隆，「分子からみた生物進化　DNAが明かす生物の歴史」，p.89，講談社ブルーバックス(2014) より。

アミノ酸	特性基 R	hydropathy index	極性%	log P	酸性・塩基性	極性・非極性	Cleftの分類	等電点
O	I	I/O
Val	V	バリン	50	0	0	4.2	5.9	-2.26	中性	非極性（疎水性）	Aliphatic	5.96
Ala	A	アラニン	20	0	0	1.8	8.1	-2.85	中性	非極性（疎水性）	Aliphatic	6.00
Gly	G	グリシン	0	0	－	-0.4	9.0	-3.21	中性	非極性（疎水性）	Pro & Gly	5.97
Asp	D	アスパラギン酸	40	150	3.750	-3.5	13.0	-3.89	酸性	極性（酸性）	Negative	2.77

［左］20種類のアミノ酸中のGADV仮説4アミノ酸（Val・Ala・Gly・Asp）　［右］JmolトピックスからPDB 6O7SのChain A・BのGADV仮説4アミノ酸強調表示

アミノ酸のコンホメーション選択性（p.41図9関連）
※「タンパク質の構造と機能」，メディカル・サイエンス・インターナショナル(2005)　…図1-20の表から逆パターンの数値を除いたもの
※第1章『配列から構造へ』：原文（From Sequence to Structure）[PDF]
※元データ： Williams, R.W. et al. : Biochim. Biophys. Acta , 916, 200-204 (1987).
※参考：１文字アミノ酸配列から各種HTMLデータを作成する秀丸マクロ

α-ヘリックス β-ストランド

Glu 1.59 0.52

Ala 1.41 0.72

Leu 1.34 1.22

Met 1.30 1.14

Gln 1.27 0.98

Lys 1.23 0.69

Arg 1.21 0.84

His 1.05 0.80

Val 0.90 1.87

Ile 1.09 1.67

Tyr 0.74 1.45

Cys 0.66 1.40

Trp 1.02 1.35

Phe 1.16 1.33

Thr 0.76 1.17

Gly 0.43 0.58

Asn 0.76 0.48

Pro 0.34 0.31

Ser 0.57 0.96

Asp 0.99 0.39

	α-ヘリックス	β-ストランド
Glu	1.59	0.52
Ala	1.41	0.72
Leu	1.34	1.22
Met	1.30	1.14
Gln	1.27	0.98
Lys	1.23	0.69
Arg	1.21	0.84
His	1.05	0.80
Val	0.90	1.87
Ile	1.09	1.67
Tyr	0.74	1.45
Cys	0.66	1.40
Trp	1.02	1.35
Phe	1.16	1.33
Thr	0.76	1.17
Gly	0.43	0.58
Asn	0.76	0.48
Pro	0.34	0.31
Ser	0.57	0.96
Asp	0.99	0.39

PDBデータ1c9eの二次構造とコンホメーション選択性表示のアニメーション（生体分子の構成元素で作成）

参考：p.97図23，p.150図32のアミノ酸配列とその疎水性インデックス値順およびコンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）表示 …自作秀丸マクロで作成

p.97図23：GAVVVGDAAVGVGVDGVGGDGVVGGGGDDDGVDVDAAGAAAGVGAVVAVVAGGVVVGDAVVVGVDDGDAVDDDGVGDADDGDGDGDAGGAAVGDVGDVGV

Gly	Ala	Val	Val	Val	Gly	Asp	Ala	Ala	Val	Gly	Val	Gly	Val	Asp	Gly	Val	Gly	Gly	Asp
Gly	Val	Val	Gly	Gly	Gly	Gly	Asp	Asp	Asp	Gly	Val	Asp	Val	Asp	Ala	Ala	Gly	Ala	Ala
Ala	Gly	Val	Gly	Ala	Val	Val	Ala	Val	Val	Ala	Gly	Gly	Val	Val	Val	Gly	Asp	Ala	Val
Val	Val	Gly	Val	Asp	Asp	Gly	Asp	Ala	Val	Asp	Asp	Asp	Gly	Val	Gly	Asp	Ala	Asp	Asp
Gly	Asp	Gly	Asp	Gly	Asp	Ala	Gly	Gly	Ala	Ala	Val	Gly	Asp	Val	Gly	Asp	Val	Gly	Val

Gly	Ala	Val	Val	Val	Gly	Asp	Ala	Ala	Val	Gly	Val	Gly	Val	Asp	Gly	Val	Gly	Gly	Asp
Gly	Val	Val	Gly	Gly	Gly	Gly	Asp	Asp	Asp	Gly	Val	Asp	Val	Asp	Ala	Ala	Gly	Ala	Ala
Ala	Gly	Val	Gly	Ala	Val	Val	Ala	Val	Val	Ala	Gly	Gly	Val	Val	Val	Gly	Asp	Ala	Val
Val	Val	Gly	Val	Asp	Asp	Gly	Asp	Ala	Val	Asp	Asp	Asp	Gly	Val	Gly	Asp	Ala	Asp	Asp
Gly	Asp	Gly	Asp	Gly	Asp	Ala	Gly	Gly	Ala	Ala	Val	Gly	Asp	Val	Gly	Asp	Val	Gly	Val

p.150図32：MARVTVQDAVEKIGNRFDLVLVAARRARQMQVGGKDPLVPEENDKTTVIALREIEEGLINNQILDVRERQEQQEQEAAELQAVTAIAEGRR

ShiBASE - SSO3756 from S. sonnei strain 046

Met	Ala	Arg	Val	Thr	Val	Gln	Asp	Ala	Val	Glu	Lys	Ile	Gly	Asn	Arg	Phe	Asp	Leu	Val
Leu	Val	Ala	Ala	Arg	Arg	Ala	Arg	Gln	Met	Gln	Val	Gly	Gly	Lys	Asp	Pro	Leu	Val	Pro
Glu	Glu	Asn	Asp	Lys	Thr	Thr	Val	Ile	Ala	Leu	Arg	Glu	Ile	Glu	Glu	Gly	Leu	Ile	Asn
Asn	Gln	Ile	Leu	Asp	Val	Arg	Glu	Arg	Gln	Glu	Gln	Gln	Glu	Gln	Glu	Ala	Ala	Glu	Leu
Gln	Ala	Val	Thr	Ala	Ile	Ala	Glu	Gly	Arg	Arg

Met	Ala	Arg	Val	Thr	Val	Gln	Asp	Ala	Val	Glu	Lys	Ile	Gly	Asn	Arg	Phe	Asp	Leu	Val
Leu	Val	Ala	Ala	Arg	Arg	Ala	Arg	Gln	Met	Gln	Val	Gly	Gly	Lys	Asp	Pro	Leu	Val	Pro
Glu	Glu	Asn	Asp	Lys	Thr	Thr	Val	Ile	Ala	Leu	Arg	Glu	Ile	Glu	Glu	Gly	Leu	Ile	Asn
Asn	Gln	Ile	Leu	Asp	Val	Arg	Glu	Arg	Gln	Glu	Gln	Gln	Glu	Gln	Glu	Ala	Ala	Glu	Leu
Gln	Ala	Val	Thr	Ala	Ile	Ala	Glu	Gly	Arg	Arg

タンパク質二次構造予測関連　　※参考：その他のバイオ系サイトと文献例
池原健二，『生命はタンパク質の擬似複製から生まれた――［GADV］-タンパク質ワールド仮説』，現代思想 2006年2月号，pp.134-149
池原健二，『遺伝子、遺伝暗号、蛋白質および生命の起原（GNC-SNS原始遺伝暗号仮説から見た生命の基本システム）』
伏見譲・西垣功一共編著，「進化・情報・かたち　“生命知”のパースペクティブ」，pp.45-48，培風館(2006)
生命の起源 - Wikipedia

◆Web情報と参考文献

その他の文献等

Nature Reviews web collection: RNA interference ｜ RNAi Animation（日本語版）／別版（静止画像・解説文を同時表示）
PDB / Molecule of the Month: Transfer RNA，Aminoacyl-tRNA，RNA Polymerase
RNA World
PROTEIN SYNTHESIS (Department of Chemistry, Wellesley College / Intro To Biochem)
福岡大学大学院理学研究科化学専攻機能生物化学研究室｜核酸の化学
中村義一編，「RNAがわかる」，羊土社(2003)
中村義一・坂本博編，「RNAの細胞生物学」，共立出版(2004)
伏見譲，「岩波講座物理の世界 DNAと遺伝情報の物理」，岩波書店(2005)
ニック・レーン著・斉藤隆央訳，「生命の跳躍　進化の10大発明」，みすず書房(2011)
高井研，「生命はなぜ生まれたのか　地球生物の起源の謎に迫る」，幻冬舎新書(2011)
長沼毅・井田茂，「地球外生命　われわれは孤独か」，岩波新書(2014) [NEW!]
池原健二，「GADV仮説－生命起源を問い直す」，京都大学学術出版会(2006)
武村政春，「生命のセントラルドグマ　RNAがおりなす分子生物学の中心教義」，講談社ブルーバックス(2007)
武村政春，「脱DNA宣言―新しい生命観へ向けて―」，新潮新書(2007)

※参考：p.140図16の岡崎フラグメントの例1gtcのModel 1（ATGCUの塩基色になっているのがRNAで他はDNA）
雑誌特集：RNA干渉　ノーベル賞級の新発見（日経サイエンス，2003年11月号）
雑誌特集：RNA新大陸，発見！（バイオニクス，2006年1月号）
雑誌特集：ポストゲノムの進化論（現代思想，2006年2月号）
雑誌特集：RNAが生物の常識を変える（科学，2006年5月号）

セントラルドグマ～ゲノム情報からタンパク質ができるまで～ / The Central Dogma（理研）
※参考：「セントラルドグマ」ボールサーカス（科学技術館）
本サイトコンテンツより
- DNAのG-四重らせん構造の例（Chime版）
トピックス（バイオ関連トピックスも参照）　　※Web上のニュースは一定期間で削除されます．またNature，Scienceの記事は利用者登録（無料）が必要なものもあります．
- 哺乳動物のトランスクリプトームの総合的解析による「RNA新大陸」の発見（理研，2005/09/02）
  - Googleによる“RNA新大陸”検索結果｜同“RNA大陸”検索結果｜同“RNA DNA”ニュース検索結果
「生活環境化学の部屋」ホームページ｜「分子の形と性質」学習帳｜ Jmol コンテンツリスト

PDB_1g59のChain A・B（tRNA^GluとGluRSの複合体）バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）全選択　タンパク質選択　リガンド選択 DNA/RNA選択　同backbone選択空間充填　球棒　球60％　スティック　針金アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色リガンドの元素記号表示酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）水素結合表示 S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填ドット表面表示　回転背景・黒　灰　白　紺	PDB_1asyのChain A・R（tRNA^AspとAspRSの複合体）バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）全選択　タンパク質選択　リガンド選択 DNA/RNA選択　同backbone選択空間充填　球棒　球60％　スティック　針金アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色リガンドの元素記号表示酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）水素結合表示 S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填ドット表面表示　回転背景・黒　灰　白　紺
PDB_1ml5のChain B・C（P-site tRNA^PheとA- and P-site mRNA codons）バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）全選択　タンパク質選択　リガンド選択 DNA/RNA選択　同backbone選択空間充填　球棒　球60％　スティック　針金アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色リガンドの元素記号表示酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）水素結合表示 S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填ドット表面表示　回転背景・黒　灰　白　紺	PDB_1gixのChain B・C・1（A-siteおよびP-site tRNA^PheとA- and P-site mRNA codons）バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）全選択　タンパク質選択　リガンド選択 DNA/RNA選択　同backbone選択空間充填　球棒　球60％　スティック　針金アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色リガンドの元素記号表示酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）水素結合表示 S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填ドット表面表示　回転背景・黒　灰　白　紺
PDB_1wz2のChain A・C バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）全選択　タンパク質選択　リガンド選択 DNA/RNA選択　同backbone選択空間充填　球棒　球60％　スティック　針金アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色リガンドの元素記号表示酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）水素結合表示 S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填ドット表面表示　回転背景・黒　灰　白　紺	PDB_1wz2のChain A・C バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）全選択　タンパク質選択　リガンド選択 DNA/RNA選択　同backbone選択空間充填　球棒　球60％　スティック　針金アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色リガンドの元素記号表示酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）水素結合表示 S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填ドット表面表示　回転背景・黒　灰　白　紺

		第２文字
		U		C		A		G
第１文字	U	UUU	Phe／F	UCU	Ser／S	UAU	Tyr／Y	UGU	Cys／C	U	第３文字
		UUC	Phe／F	UCC	Ser／S	UAC	Tyr／Y	UGC	Cys／C	C
		UUA	Leu／L	UCA	Ser／S	UAA	終了	UGA	終了	A
		UUG	Leu／L	UCG	Ser／S	UAG	終了	UGG	Trp／W	G
	C	CUU	Leu／L	CCU	Pro／P	CAU	His／H	CGU	Arg／R	U
		CUC	Leu／L	CCC	Pro／P	CAC	His／H	CGC	Arg／R	C
		CUA	Leu／L	CCA	Pro／P	CAA	Gln／Q	CGA	Arg／R	A
		CUG	Leu／L	CCG	Pro／P	CAG	Gln／Q	CGG	Arg／R	G
	A	AUU	Ile／I	ACU	Thr／T	AAU	Asn／N	AGU	Ser／S	U
		AUC	Ile／I	ACC	Thr／T	AAC	Asn／N	AGC	Ser／S	C
		AUA	Ile／I	ACA	Thr／T	AAA	Lys／K	AGA	Arg／R	A
		AUG	Met／M（開始）	ACG	Thr／T	AAG	Lys／K	AGG	Arg／R	G
	G	GUU	Val／V	GCU	Ala／A	GAU	Asp／D	GGU	Gly／G	U
		GUC	Val／V	GCC	Ala／A	GAC	Asp／D	GGC	Gly／G	C
		GUA	Val／V	GCA	Ala／A	GAA	Glu／E	GGA	Gly／G	A
		GUG	Val／V	GCG	Ala／A	GAG	Glu／E	GGG	Gly／G	G

Gly	Ala	Val	Val	Val	Gly	Asp	Ala	Ala	Val	Gly	Val	Gly	Val	Asp	Gly	Val	Gly	Gly	Asp
Gly	Val	Val	Gly	Gly	Gly	Gly	Asp	Asp	Asp	Gly	Val	Asp	Val	Asp	Ala	Ala	Gly	Ala	Ala
Ala	Gly	Val	Gly	Ala	Val	Val	Ala	Val	Val	Ala	Gly	Gly	Val	Val	Val	Gly	Asp	Ala	Val
Val	Val	Gly	Val	Asp	Asp	Gly	Asp	Ala	Val	Asp	Asp	Asp	Gly	Val	Gly	Asp	Ala	Asp	Asp
Gly	Asp	Gly	Asp	Gly	Asp	Ala	Gly	Gly	Ala	Ala	Val	Gly	Asp	Val	Gly	Asp	Val	Gly	Val

Gly	Ala	Val	Val	Val	Gly	Asp	Ala	Ala	Val	Gly	Val	Gly	Val	Asp	Gly	Val	Gly	Gly	Asp
Gly	Val	Val	Gly	Gly	Gly	Gly	Asp	Asp	Asp	Gly	Val	Asp	Val	Asp	Ala	Ala	Gly	Ala	Ala
Ala	Gly	Val	Gly	Ala	Val	Val	Ala	Val	Val	Ala	Gly	Gly	Val	Val	Val	Gly	Asp	Ala	Val
Val	Val	Gly	Val	Asp	Asp	Gly	Asp	Ala	Val	Asp	Asp	Asp	Gly	Val	Gly	Asp	Ala	Asp	Asp
Gly	Asp	Gly	Asp	Gly	Asp	Ala	Gly	Gly	Ala	Ala	Val	Gly	Asp	Val	Gly	Asp	Val	Gly	Val

Met	Ala	Arg	Val	Thr	Val	Gln	Asp	Ala	Val	Glu	Lys	Ile	Gly	Asn	Arg	Phe	Asp	Leu	Val
Leu	Val	Ala	Ala	Arg	Arg	Ala	Arg	Gln	Met	Gln	Val	Gly	Gly	Lys	Asp	Pro	Leu	Val	Pro
Glu	Glu	Asn	Asp	Lys	Thr	Thr	Val	Ile	Ala	Leu	Arg	Glu	Ile	Glu	Glu	Gly	Leu	Ile	Asn
Asn	Gln	Ile	Leu	Asp	Val	Arg	Glu	Arg	Gln	Glu	Gln	Gln	Glu	Gln	Glu	Ala	Ala	Glu	Leu
Gln	Ala	Val	Thr	Ala	Ile	Ala	Glu	Gly	Arg	Arg

Met	Ala	Arg	Val	Thr	Val	Gln	Asp	Ala	Val	Glu	Lys	Ile	Gly	Asn	Arg	Phe	Asp	Leu	Val
Leu	Val	Ala	Ala	Arg	Arg	Ala	Arg	Gln	Met	Gln	Val	Gly	Gly	Lys	Asp	Pro	Leu	Val	Pro
Glu	Glu	Asn	Asp	Lys	Thr	Thr	Val	Ile	Ala	Leu	Arg	Glu	Ile	Glu	Glu	Gly	Leu	Ile	Asn
Asn	Gln	Ile	Leu	Asp	Val	Arg	Glu	Arg	Gln	Glu	Gln	Gln	Glu	Gln	Glu	Ala	Ala	Glu	Leu
Gln	Ala	Val	Thr	Ala	Ile	Ala	Glu	Gly	Arg	Arg

Gly	Ala	Val	Val	Val	Gly	Asp	Ala	Ala	Val	Gly	Val	Gly	Val	Asp	Gly	Val	Gly	Gly	Asp
Gly	Val	Val	Gly	Gly	Gly	Gly	Asp	Asp	Asp	Gly	Val	Asp	Val	Asp	Ala	Ala	Gly	Ala	Ala
Ala	Gly	Val	Gly	Ala	Val	Val	Ala	Val	Val	Ala	Gly	Gly	Val	Val	Val	Gly	Asp	Ala	Val
Val	Val	Gly	Val	Asp	Asp	Gly	Asp	Ala	Val	Asp	Asp	Asp	Gly	Val	Gly	Asp	Ala	Asp	Asp
Gly	Asp	Gly	Asp	Gly	Asp	Ala	Gly	Gly	Ala	Ala	Val	Gly	Asp	Val	Gly	Asp	Val	Gly	Val

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Gly	Val	Val	Gly	Gly	Gly	Gly	Asp	Asp	Asp	Gly	Val	Asp	Val	Asp	Ala	Ala	Gly	Ala	Ala
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Val	Val	Gly	Val	Asp	Asp	Gly	Asp	Ala	Val	Asp	Asp	Asp	Gly	Val	Gly	Asp	Ala	Asp	Asp
Gly	Asp	Gly	Asp	Gly	Asp	Ala	Gly	Gly	Ala	Ala	Val	Gly	Asp	Val	Gly	Asp	Val	Gly	Val

Met	Ala	Arg	Val	Thr	Val	Gln	Asp	Ala	Val	Glu	Lys	Ile	Gly	Asn	Arg	Phe	Asp	Leu	Val
Leu	Val	Ala	Ala	Arg	Arg	Ala	Arg	Gln	Met	Gln	Val	Gly	Gly	Lys	Asp	Pro	Leu	Val	Pro
Glu	Glu	Asn	Asp	Lys	Thr	Thr	Val	Ile	Ala	Leu	Arg	Glu	Ile	Glu	Glu	Gly	Leu	Ile	Asn
Asn	Gln	Ile	Leu	Asp	Val	Arg	Glu	Arg	Gln	Glu	Gln	Gln	Glu	Gln	Glu	Ala	Ala	Glu	Leu
Gln	Ala	Val	Thr	Ala	Ile	Ala	Glu	Gly	Arg	Arg

Met	Ala	Arg	Val	Thr	Val	Gln	Asp	Ala	Val	Glu	Lys	Ile	Gly	Asn	Arg	Phe	Asp	Leu	Val
Leu	Val	Ala	Ala	Arg	Arg	Ala	Arg	Gln	Met	Gln	Val	Gly	Gly	Lys	Asp	Pro	Leu	Val	Pro
Glu	Glu	Asn	Asp	Lys	Thr	Thr	Val	Ile	Ala	Leu	Arg	Glu	Ile	Glu	Glu	Gly	Leu	Ile	Asn
Asn	Gln	Ile	Leu	Asp	Val	Arg	Glu	Arg	Gln	Glu	Gln	Gln	Glu	Gln	Glu	Ala	Ala	Glu	Leu
Gln	Ala	Val	Thr	Ala	Ile	Ala	Glu	Gly	Arg	Arg

Gly	Ala	Val	Val	Val	Gly	Asp	Ala	Ala	Val	Gly	Val	Gly	Val	Asp	Gly	Val	Gly	Gly	Asp
Gly	Val	Val	Gly	Gly	Gly	Gly	Asp	Asp	Asp	Gly	Val	Asp	Val	Asp	Ala	Ala	Gly	Ala	Ala
Ala	Gly	Val	Gly	Ala	Val	Val	Ala	Val	Val	Ala	Gly	Gly	Val	Val	Val	Gly	Asp	Ala	Val
Val	Val	Gly	Val	Asp	Asp	Gly	Asp	Ala	Val	Asp	Asp	Asp	Gly	Val	Gly	Asp	Ala	Asp	Asp
Gly	Asp	Gly	Asp	Gly	Asp	Ala	Gly	Gly	Ala	Ala	Val	Gly	Asp	Val	Gly	Asp	Val	Gly	Val

Gly	Ala	Val	Val	Val	Gly	Asp	Ala	Ala	Val	Gly	Val	Gly	Val	Asp	Gly	Val	Gly	Gly	Asp
Gly	Val	Val	Gly	Gly	Gly	Gly	Asp	Asp	Asp	Gly	Val	Asp	Val	Asp	Ala	Ala	Gly	Ala	Ala
Ala	Gly	Val	Gly	Ala	Val	Val	Ala	Val	Val	Ala	Gly	Gly	Val	Val	Val	Gly	Asp	Ala	Val
Val	Val	Gly	Val	Asp	Asp	Gly	Asp	Ala	Val	Asp	Asp	Asp	Gly	Val	Gly	Asp	Ala	Asp	Asp
Gly	Asp	Gly	Asp	Gly	Asp	Ala	Gly	Gly	Ala	Ala	Val	Gly	Asp	Val	Gly	Asp	Val	Gly	Val

Met	Ala	Arg	Val	Thr	Val	Gln	Asp	Ala	Val	Glu	Lys	Ile	Gly	Asn	Arg	Phe	Asp	Leu	Val
Leu	Val	Ala	Ala	Arg	Arg	Ala	Arg	Gln	Met	Gln	Val	Gly	Gly	Lys	Asp	Pro	Leu	Val	Pro
Glu	Glu	Asn	Asp	Lys	Thr	Thr	Val	Ile	Ala	Leu	Arg	Glu	Ile	Glu	Glu	Gly	Leu	Ile	Asn
Asn	Gln	Ile	Leu	Asp	Val	Arg	Glu	Arg	Gln	Glu	Gln	Gln	Glu	Gln	Glu	Ala	Ala	Glu	Leu
Gln	Ala	Val	Thr	Ala	Ile	Ala	Glu	Gly	Arg	Arg

Met	Ala	Arg	Val	Thr	Val	Gln	Asp	Ala	Val	Glu	Lys	Ile	Gly	Asn	Arg	Phe	Asp	Leu	Val
Leu	Val	Ala	Ala	Arg	Arg	Ala	Arg	Gln	Met	Gln	Val	Gly	Gly	Lys	Asp	Pro	Leu	Val	Pro
Glu	Glu	Asn	Asp	Lys	Thr	Thr	Val	Ile	Ala	Leu	Arg	Glu	Ile	Glu	Glu	Gly	Leu	Ile	Asn
Asn	Gln	Ile	Leu	Asp	Val	Arg	Glu	Arg	Gln	Glu	Gln	Gln	Glu	Gln	Glu	Ala	Ala	Glu	Leu
Gln	Ala	Val	Thr	Ala	Ile	Ala	Glu	Gly	Arg	Arg