- The Effect of Mutations on Drug Sensitivity and Kinase Activity of Fibroblast Growth Factor Receptors: A Combined Experimental and Theoretical Study（EBioMedicine，2015/02/20）
- FGFR関連別研究（エーザイの研究グループによる）：Antitumor Activity of Tasurgratinib as an Orally Available FGFR1-3 Inhibitor in Cholangiocarcinoma Models With FGFR2-fusion（Anticancer Research，2024/06/01） ※2024/06/12公開8yki（下掲）
- 参考（FGFR関連記事例）：【エーザイ】抗癌剤「レンバチニブ」を米承認‐20年には売上10億ドル（薬事日報，2015/02/19） ※“抗癌剤「レンビマ」（一般名：レンバチニブ）”，“レンビマは、血管新生や腫瘍増殖に関わるVEGF、FGFR、RET、KIT、PDGFRなどに対して、選択的阻害活性を持つ新規結合型チロシンキナーゼ阻害剤”。レンバチニブ（lenvatinib）結合データ3wzd（2015/05/27公開）は別トピックに。
［Fibroblast growth factor receptor 1 - Wikipedia］
|
|
4uwzのChain A（阻害剤が結合した線維芽細胞増殖因子受容体1） 同PDBsumデータ4uwz_DOV [1000(A)]$ ｜ レンバチニブ（lenvatinib） 8ykiのChain A（タスルグラチニブ〈tasurgratinib〉が結合した線維芽細胞増殖因子受容体1；cif→pdb変換） 同PDBsumデータ8yki_lp$［タスルグラチニブ - KEGG DRUG］ → 別トピック バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
阻害剤ドビチニブ（dovitinib）が結合した線維芽細胞増殖因子受容体1（FGFR1）4uwz（5am6に更新）のChain AとそのPDBsumデータ
タスルグラチニブ（tasurgratinib）が結合したFGFR1 8ykiのChain AとそのPDBsumデータ
→ 別トピック
-
●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- 医療ピックアップ: 食品の機能性 「体にいい」表示、来月にも（毎日，2015/03/02）
- ノンアルトクホを考える～誰のための特定保健用食品（トクホ）か（ハフポ，2015/03/02）
- メチル化カテキンの情報例：野菜茶業研究所:べにふうき緑茶の研究情報（農研機構）
- カテキン（「健康食品」の安全性・有効性情報） ｜ DHA (ドコサヘキサエン酸) ｜ アントシアニン
- β-クリプトキサンチン - Wikipedia ｜ カテキン ｜ ポリフェノール ｜ 没食子酸エピガロカテキン ｜ アントシアニン
|
|
β-クリプトキサンチン → モノはなぜ見える メチル化カテキンの例 ｜ EGCG（没食子酸エピガロカテキン） ｜ EGCGとメチル化カテキン例の同時表示 → エピガロカテキンガレート（EGCG）を含む生体分子のSITE例 DHA（ドコサヘキサエン酸，docosahexaenoic acid） アントシアニンの例： シアニジン（cyanidin） ｜ ペラルゴニジン（pelargonidin） ｜ デルフィニジン（delphinidin） → フラボノイドの生合成経路 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
EGCGとメチル化カテキン例の同時表示
- マールブルグウイルス・エボラウイルスの両方に結合する抗体とウイルス糖蛋白質 GP の構造を世界で初めて解明 －抗体医薬や抗ウイルス薬、ワクチン開発につながる－（九州大学，2015/02/27） [PDF]
- エボラ熱の抗体特定 ワクチン開発に期待 九州大・米機関のチーム（朝日，2015/03/19）
- Structural Basis for Marburg Virus Neutralization by a Cross-Reactive Human Antibody（Cell，2015/02/26）
- エボラとマールブルグウイルスに新抗体を発見、細胞に遺伝物質を送り込むのを阻止 現在臨床試験中のDNAウイルスとは別の仕組み（Medエッジ，2015/03/06）
- 2014年にエボラ出血熱感染拡大（本サイト） ｜ 別トピック
［Amyloid beta - Wikipedia］
|
|
バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 A・E・I・M鎖（マールブルグウイルスGP1）選択 B・F・J・N鎖（同GP2）選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
3x2d（ドット表面表示がマールブルグウイルスGPタンパク質，他が抗体MR78と球表示の糖鎖）
- Structural Basis of the LOV1 Dimerization of Arabidopsis Phototropins 1 and 2（Journal of Molecular Biology，2008/09/05）
- 植物が光を感じる分子メカニズムの一端を解明 ― 光屈性を担う青色光受容タンパク質フォトトロピン光受容ドメインの構造解析に成功 ―（SPring-8，2008/08/21）
- 気孔の開口を大きくして、植物の生産量の増加に成功（JST，2013/12/24）
- フォトトロピン - Wikipedia ｜ フラビンモノヌクレオチド
［Phototropin - Wikipedia，Flavin mononucleotide - Wikipedia］
|
|
2z6c（フォトトロピン1のLOV1ドメイン） 同PDBsumデータ2z6c_FMN（フラビンモノヌクレオチド）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
2z6cと同PDBsumデータ（フラビンモノヌクレオチド）
- Botulinum toxin A complex exploits intestinal M cells to enter the host and exert neurotoxicity（Nature Communications，2015/02/17）
- 京都工芸繊維大・阪大、ボツリヌス菌発生関与たんぱく質の3D構造解明（日刊工業新聞，2013/11/14） ※この研究の構造を下掲。
- Crystal Structure of Clostridium botulinum Whole Hemagglutinin Reveals a Huge Triskelion-shaped Molecular Complex（Journal of Biological Chemistry，2013/10/06）
- 『ボツリヌス菌』による食中毒 要冷蔵食品を常温保管し食べたか 50代女性が重症も回復傾向に 1982年以降、新潟市では初確認（TBSニュース，2025/02/10） [NEW!]
- ボツリヌス毒素 - 脳科学辞典
- ボツリヌストキシン - Wikipedia ｜ ヘマグルチニン
［Botulinum toxin - Wikipedia，Hemagglutinin - Wikipedia］
|
|
3winの15量体（Chain A-E × 3；ボツリヌス菌のヘマグルチニン） 3bta（A型ボツリヌス毒素） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 A・E・I・M鎖（マールブルグウイルスGP1）選択 B・F・J・N鎖（同GP2）選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］3winの15量体（Chain A-E × 3；ボツリヌス菌のヘマグルチニン） ［右］3bta（A型ボツリヌス毒素）
- Two-pore channels control Ebola virus host cell entry and are drug targets for disease treatment（Science，2015/02/27）
- Calcium Channel Fingered In Ebola’s Infection Pathway（Chemical & Engineering News，2015/02/27）
- Tetrandrine: Compound from Japanese, Chinese Herbs Shows Promise for Blocking Ebola Virus（Sci-News.com，2015/02/27）
- ハーブ成分にエボラ抑制効果 米研究所が候補物質発見（日経，2015/02/28）
- エボラ感染を阻止する「テトランドリン」 ウイルスと血圧を下げる薬の思わぬ関係（Medエッジ，2015/03/08）
- テトランドリン - Wikipedia
- 2014年にエボラ出血熱感染拡大（本サイト）
［Tetrandrine - Wikipedia］
テトランドリン（tetrandrine）
- Structure of a highly acidic [beta]-lactamase from the moderate halophile Chromohalobacter sp. 560 and the discovery of a Cs+-selective binding site（Biological Crystallography，2015/03） ※PDBデータ3WRT，3WRZ，Cs：3WS0（下掲）・3WS1・3WS2，Sr：3WS4・3WS5。
- β-ラクタマーゼ - Wikipedia ｜ バイオレメディエーション
- バイオレメディエーションとファイトレメディエーション（本サイト） ｜ イオンをつかめ！／クラウンエーテルの例 ｜ DNA修復
［Beta-lactamase - Wikipedia，Bioremediation - Wikipedia］
|
|
3ws0のChain A（Ca2+，Cl-，Cs+が結合したβ-ラクタマーゼ） 同PDBsumデータ3ws0_CS（Cs+）$ 3ws5のPDBsumデータ3ws5_SR（Sr2+）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
- 今月の分子 029: ペニシリン結合タンパク質（Penicillin-binding Proteins）（PDBj，2002/05） ｜ Molecule of the Month（PDB） ※“βラクタマーゼ(β-lactamase、ペニシリナーゼとも呼ばれる)”。
- セフタジジム結合タンパク質研究例：Structural insights into alterations in the substrate spectrum of serine-β-lactamase OXA-10 from Pseudomonas aeruginosa by single amino acid substitutions（Emerging Microbes & Infections，2024/10/22） ※2024/10/23公開9ixn・9ixo・9ixp・9ixq・9ixr（下掲）
- セフタジジム関連記事例：米FDA 腹腔内・尿路感染症治療薬Avycazを承認（ミクスOnline，2015/03/03）
- 医療用医薬品 : セフタジジム - KEGG
- β-ラクタマーゼ - Wikipedia
- 抗生物質分子データ集（本サイト）
［Beta-lactamase - Wikipedia，Ceftazidime - Wikipedia］
|
|
4x56（アシル化セフタジジムが結合したβ-ラクタマーゼ） 同PDBsumデータ4x56_CAZ$ 9ixrのChain A（セフタジジムが結合したβ-ラクタマーゼOXA-101，A124T変異体） 同PDBsumデータ9ixr_lp$ セフタジジム（ceftazidime） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
アシル化セフタジジム（acylated ceftazidime）が結合したβ-ラクタマーゼ4x56のリガンド周辺部分とPDBsumデータ
［左・中］セフタジジム（ceftazidime）が結合したβ-ラクタマーゼOXA-101 9ixrのChain AとPDBsumデータ
［右］セフタジジム（ceftazidime）
- A Diffraction-Quality Protein Crystal Processed as an Autophagic Cargo（Molecular Cell，2015/03/12）
- β-ラクタマーゼ - Wikipedia
- 緑色蛍光を発するタンパク質／GFP（本サイト） ※KikGRはGFP様タンパク質（GFP-like protein）。
|
|
4p76（蛍光タンパク質Xpa，2量体） 2ddc（紫外線を浴びて緑色から赤色に変わる蛍光タンパク質KikGR；赤色状態，2量体） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
- Photonic crystals cause active colour change in chameleons（Nature Communications，2015/03/10）
- 【動物学】カメレオンはフォトニック結晶をカムフラージュに利用する（Nature ハイライト，2015/03/11）
- カメレオンの色変化は皮膚内部のフォトニック結晶によるもの ―Nature Communications（Technity，2015/03/11）
- グアニン - Wikipedia ｜ 構造色
- 参考（グアニン結晶の構造色例）：ネオンテトラの色変化する構造色（大阪大学生命機能研究科 光物性研究室）
- 参考：DNAのG-四重らせん構造の例（本サイト）
※Suppl Movie S1（わかりやすい別動画）
［Guanine - Wikipedia，Structural coloration - Wikipedia］
PDBデータ1kf1から作成したグアニンの集合構造例（模擬的なもので記事の結晶構造ではありません）