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◆ モノはなぜ見える（Jmol版） ◆
→ Chime版（ロドプシン類はなし） ←
→ 生体分子模型Kawakami Model（ウシロドプシンPDB 3PQR） [NEW!] ←
→ ポリエンとポリアセン（本ページ内） ｜ 同・Chime版 ←
※初期表示は11-cis-レチナールとall-trans-レチナールの同時表示
※生体分子は4文字のID（1f88など）によりPDBsumで詳細を参照可能

■レチナール，ビタミンA，カロテン，カロテノイド
11-cis-レチナールとall-trans-レチナールの同時表示
11-cis-レチナール（11-cis-retinal）　all-trans-レチナール（all-trans-retinal）
11-cis-ビタミンA（11-cis-vitamin A）　all-trans-ビタミンA（all-trans-vitamin A）　※その他のビタミン
β-カロテン（β-カロチン，β-carotene）　※参考： β-カロテンとメチルレッドの同時表示
11-cis-レチナール，all-trans-レチナール，11-cis-ビタミンA，all-trans-ビタミンA，β-カロテンの同時表示
アスタキサンチン (astaxanthin）
β-クリプトキサンチン（β-cryptoxanthin）
リコペン（リコピン，lycopene）

クロセチン（crocetin）　…カロテノイドカルボン酸
■ロドプシン類
※バクテリオロドプシンはポンプ，ハロロドプシンなどGPCRとは異なる機能を有するものも含みます。
1c3w　[バクテリオロドプシン]
1e0pのChain A（基底状態）　[バクテリオロドプシン]
1f88のChain A#　RETとSITE（PDBsumによる）　[ウシロドプシン]
1iw9*#　[バクテリオロドプシン，光駆動プロトンポンプ]
1jfp　RETとSITE（PDBsumによる）　[ウシロドプシン]
1ln6　RETとSITE（PDBsumによる）　[メタロドプシンII]
1l9hのChain A#　[ウシロドプシン]
1qhj　[バクテリオロドプシン]
1r2nのModel 1*　[バクテリオロドプシン]
1u19#　[ウシロドプシン，Hg，Zn]
2g87*#　[バソロドプシン]
2hpy*#　[ルミロドプシン]
2i37#　[光活性化ロドプシン]
2ped#　[9-cis-ロドプシン]
2x72*#　[ウシロドプシン]
2z55のChain A*#　[アーキロドプシン，バクテリオルベリン]
2z73のChain A*　[イカロドプシン]
3pqr*#　[メタロドプシンII；生体分子模型Kawakami Model参照 [NEW!]]
■その他
2biwのChain A*　[カロテノイドオキシゲナーゼ（カロテノイド酸素添加酵素）；今月の分子参照]

■ポリエンとポリアセン

●ポリエン（polyene） H(CH=CH)nH の場合（分子表示は n≧6）
n 分子構造・化合物名 吸収波長 λmax／nm
2 1,3-butadiene 217
3 1,3,5-hexatriene 268
4 1,3,5,7-octatetraene 304
5 1,3,5,7,9-decapentaene 334
6 1,3,5,7,9,11-dodecahexaene 364
7 1,3,5,7,9,11,13-tetradecaheptaene 390
8 1,3,5,7,9,11,13,15-hexadecaoctaene 410
10 1,3,5,7,9,11,13,15,17,19-icosadecaene 422

●ポリアセン（polyacene）の場合
n 分子構造・化合物名 吸収波長 λmax／nm 色
1 benzene 203 無色
2 naphthalene 314 白
3 anthracene 370 淡黄
4 naphthacene 460 黄
5 pentacene 580 青
6 hexacene 600 緑

　引用：「新染色加工講座3 染色系の基礎化学」，共立出版(1972)


バックボーン　二次構造 ｜ DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　リガンド選択　RET選択　HB選択（$印のみ）　（*印のみ）
 空間充填　球棒　球10％　球25％　球30％　球60％　球80％　スティック　スティック（太）　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色 ∥ 濃赤　濃青　緑　ピンク　濃ピンク　橙　紫　水色
糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA ∥ Asn,Ser,Thr選択 ｜ Asn　Ser　Thr
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別　疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順　コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
 水素結合表示 ｜ S-S結合表示　
　　 ｜ 背景・黒　灰　白　紺


11-cis-レチナール，all-trans-レチナール，11-cis-ビタミンA，all-trans-ビタミンA，β-カロテン
※1番上は生体分子模型川上モデル（ウシロドプシンPDB 3PQR）の11-cis-レチナールとall-trans-レチナール


川上モデル（ウシロドプシンPDB 3PQR；右）と同「鍵と鍵穴」模型のプロスタグランジンE2が結合したプロスタグランジン受容体（左）


PDBデータ1f88と3pqr（メタロドプシンII）のPDBsumデータの比較 → GPCR - 2012年ノーベル化学賞


バクテリオロドプシン中のall-trans-レチナールの構造変化例（酸素原子は省略）
※PDBデータ1r2nから抜粋作成したアニメーション（表示時間の長いカットは，環のねじれに変化が見られる構造）


β-カロテンとメチルレッドで見る共役系


ポリエン（polyene） H(CH=CH)nH の電子吸収スペクトル


1f88を例にしたPDBとSOSUI・TMHMMを利用した演習（Chime版）より
左から二次構造，SOSUIによる予測疎水領域，TMHMMによる予測膜貫通領域，SS_PDBのα-helix領域

  
ウシのロドプシン（暗順応）構造例1jfpとメタロドプシンII構造例1ln6


上掲ウシのロドプシン（暗順応）1jfpの二次構造とI/O値順（特性基 R）着色

［参考］　脂溶性ビタミンと水溶性ビタミンの例　（名前クリックでChime分子モデル表示）
ビタミン ビタミンA
（レチノール，C20H30O）		 ビタミンC
（アスコルビン酸，C6H8O6）
脂溶性・水溶性 脂溶性（水に不溶） 水溶性（0.3 g／ml）
主な働き 上皮細胞保護，成長促進，視覚の正常化 コラーゲンの生成，抗酸化作用
欠乏症 夜盲症，成長阻害 細菌感染力低下，壊血病
多く含む食品 くだもの，緑黄色野菜，レバー，うなぎ 野菜，くだもの（いちごなど），さつまいも


※ 脂溶性・水溶性の違いを上の分子構造から考えてみよう！

［参考］　吸収光の色と観察される色の関係　（１nm = 10-9m）
吸収光 観察される色
（補色または余色）
波長 ／ nm 吸収光の色
400～435 紫 緑黄
435～480 青 黄
480～490 緑青 橙
490～500 青緑 赤
500～560 緑 赤紫
560～580 黄緑 紫
580～595 黄 青
595～610 橙 緑青
610～750 赤 青緑
750～800 紫赤 緑
※「新染色加工講座３　染色系の基礎化学」，p.112，共立出版(1972)


光の波長と色


光（電磁波）の波長とエネルギー

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