温度感受性TRPチャネルTRP1 6pw4とそのPDBsumデータ

ヘリオロドプシン6is6（all-transレチナールはLys238に結合）とそのPDBsumデータ（レチナール；1-オレオイル-R-グリセロールが結合）

dATPが結合したリボヌクレオチド還元酵素3uusとそのPDBsumデータ

初期表示：蛍光増白剤 DAS1（2ナトリウム塩）

バックボーン　二次構造 全選択　タンパク質選択　リガンド選択 空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去 アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色 リガンドの元素記号表示 酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別 疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填 ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転 背景・黒　灰　白　紺

p.2・171ほか ポリ塩化ビフェニル（PCBs）／p.3ほか コプラナーPCBs：3,3',4,4',5-PeCB（コプラナーPCBの例）　→ ダイオキシン類 p.2ほか DDT：p,p'-DDT　o,p'-DDT p.3ほか PCDDs／p.172 2,3,7,8-TCDD：2,3,7,8-TCDD（PCDDの例）　→ ダイオキシン類 p.3ほか PCDFs：2,3,7,8-TCDF（PCDFの例〈p.204ほか〉）　→ ダイオキシン類 p.3ほか PBDE（ポリ臭化ジフェニルエーテル）／p.23ほか PBDEs：デカブロモジフェニルエーテル（DBDE〈p.71〉；PBDEの例）　→ はっ水剤・難燃剤の生物体内蓄積性（PFOS類，PBDE類，HBCD，リン系難燃剤） p.3・49ほか パーフルオロオクタンスルホン酸塩（PFOS）／p.49 フッ素系界面活性剤（Perfluoroalkyl Surfactants: PFSs）：パーフルオロオクタンスルホン酸ナトリウム（PFSの例）　→ はっ水剤・難燃剤の生物体内蓄積性（PFOS類，PBDE類，HBCD，リン系難燃剤；PFAS関連記事も参照）　※PFSsは“Polyfluorinated Surfactants”と表記する場合が多い p.5・58・72・130・191ほか ベンゾ[a]ピレン：ベンゾ[a]ピレン　※参考 代謝物 benzo[a]pyrene diol epoxide の例　→ 環境ホルモン例 ｜ 発がん性化合物と生体分子　※参考 バイオレメディエーション p.5・178 トリブチルスズ（TBT）：塩化トリブチルスズ（TBTC）　→ 環境ホルモンとして疑われている化合物の例 p.6ほか ヘキサクロロシクロヘキサン（HCHs）：HCH（リンデン，リンダン，lindane，γ-BHC）　→ 新規POPs p.6ほか クロルデン（CHLs）：trans-クロルデン　cis-クロルデン　→ 環境ホルモン例 p.8・123ほか チトクロームP-450系：2hi4（シトクロムP450構造例，P450 1A2）　BHF（2-phenyl-4H-benzo[h]chromen-4-one）選択　同2hi42hi4_BHF$　→ P450データ集メニュー　※参考 バイオレメディエーション p.12ほか DDE：p,p'-DDE　o,p'-DDE　→ 環境ホルモンとして疑われている化合物例 p.49ほか PFOA：PFOA　→ はっ水剤・難燃剤の生物体内蓄積性（PFOS類，PBDE類，HBCD，リン系難燃剤） p.49ほか PFHS：PFHS　→ はっ水剤・難燃剤の生物体内蓄積性（PFOS類，PBDE類，HBCD，リン系難燃剤） p.55 蛍光増白剤／DAS1：DAS1（2ナトリウム塩）　→ 染料の種類 p.56 直鎖アルキルベンゼンスルホン酸塩（LAS）：ドデシルベンゼンスルホン酸ナトリウム（C12H25-(C6H4)SO3Na；LASの例，ナトリウム塩）　→ 界面活性剤の種類 p.56ほか ノニルフェノール：4-ノニルフェノール（4-nonylphenol，p-ノニルフェノール）〔分岐型の例〕 　同〔直鎖〕　→ 環境ホルモンとして疑われている化合物例 p.73 セルロース：セルロースの部分構造例（グルコース環×4〔セロビオース単位（繰り返し単位）×2〕）　→ 代表的な高分子 p.71ほか 多環芳香族炭化水素（PAHs）／p.190 ナフタレン／p.190 アントラセン：PAHsの例 naphthalene（ナフタレン）　anthracene（アントラセン）　→ モノはなぜ見える p.107ほか コレステロール ほか／p.131ほか エストロゲン：コレステロール　テストステロン（testosterone）　エストラジオール-17β（17β-estradiol）　→ 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝 p.124・221ほか フェノール：フェノール（phenol）　→ アルコールとフェノール p.132 フェノバルビタール：フェノバルビタール（phenobarbital） p.133 リファンピシン：リファンピシン（rifampicin）　→ 抗生物質を含むPDBデータ ｜ 別トピック例 p.134 エリスロマイシン：エリスロマイシン（erythromycin）　→ 抗生物質を含むPDBデータ p.142ほか ルシフェラーゼ／ルシフェリン：2d1s（ルシフェラーゼ構造例，DLSA結合ゲンジボタルルシフェラーゼ；野生型〈黄緑色型〉）　同PDBsumデータ2d1s_SLU$ ｜ ホタルルシフェリン（firefly luciferin，ルシフェリン構造例）　→ 別トピック p.165 ATP：ATP　→ 生体分子の構成元素 p.165 グルコース：α-グルコース（α-glucose）　β-グルコース（β-glucose）　→ 甘味物質の秘密 p.177 メチル水銀：塩化メチル水銀（methylmercuric chloride）　→ 水俣病 p.178 トリフェニルスズ（TPT）：塩化トリフェニルスズ（TPTC）　→ 環境ホルモンとして疑われている化合物の例 p.181 メチシリン：メチシリン（methicillin）　→ 抗生物質分子データ集 p.181 バンコマイシン：バンコマイシン（vancomycin）　→ 抗生物質分子データ集 p.183 アンピシリン：アンピシリン（ampicillin）　→ 抗生物質分子データ集 p.194 トルエン：トルエン（toluene）　→ 化学物質過敏症・シックハウス情報 p.197 メタンハイドレート：メタンハイドレート（methanehydrate）の構造例　メタン選択　→ メタンハイドレート p.204 ジクロロメタン：ジクロロメタン（dichloromethane）　→ 気候変動と適応 p.204 1,2-ジクロロエタン：1,2-ジクロロエタン（1,2-dichloroethane）　→ PRTR／新潟県のデータから p.207 フラーレン：フラーレン（fullerene，C60）　→ フラーレン p.208 アンモニア：アンモニア（ammonia）　→ 窒素から見る生命の世界 p.221 2,3-ジメトキシ-1,4-ナフトキノン（DMNQ）：2,3-ジメトキシ-1,4-ナフトキノン（2,3-dimethoxy-1,4-naphthoquinone，DMNQ） p.221 N-ニトロソジメチルアミン（DMN）：N-ニトロソジメチルアミン（N-nitrosodimethylamine，DMN）

蛍光増白剤 DAS1（2ナトリウム塩）（上掲書p.55参照）

  
［左］HIF-1αインヒビター1h2nの2量体（Chain A×2）
［中・右］デシダスタット（desidustat）が結合したHIF-1αインヒビター9iifとPDBsumデータ

HIF-1α-VHLタンパク質-エロンギンB-エロンギンC複合体1lm8

シトクロムbd型呼吸酵素6rkoとそのPDBsumデータ

ラスミジタン（ラスミディタン，lasmiditan）

抗片頭痛薬ラスミジタンが結合した5-HT_1F受容体7exdのChain RとそのPDBsumデータ