◆ 染料の種類(Jmol版) ◆
Chime版(詳細情報)JmolによるPDBデータ表示(Jmolコンテンツリスト)
染料の種類(初期表示は C.I.Acid Orange 7;Orange II)
バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
水素結合表示
 
  
背景・黒 灰 白 
分類と染料名(C.I.Nameほか) 分子式
●直接染料
C.I.Direct Red 2 C34H26N6Na2O6S2
C.I.Direct Red 28(コンゴーレッド/コンゴレッド,Congo red) C32H22N6Na2O6S2
◎直接染料を含むPDBsumデータ例
PDBsumデータ2lbu_CGO$(C.I.Direct Red 28,コンゴーレッド/コンゴレッド)
●酸性染料
C.I.Acid Orange 7(Orange II) C16H11N2NaO4S
◎酸性染料を含むPDBsumデータ例
PDBsumデータ1qd0_RR6$(C.I. Acid Red 2,メチルレッド;フラビンモノヌクレオチド含む)
●塩基性染料
C.I.Basic Blue 9(メチレンブルー;Methylene Blue) C16H18N3S+Cl-
C.I.Basic Violet 3(クリスタルバイオレット;Crystal Violet) C25H30N3+Cl-
※歴史的染料(最初の合成染料;現在は利用されず)
 :モーブ(モーベイン;mauve,mauveine;C.I.50245)
モーベインA(mauveine A)
モーベインB(mauveine B)
モーブ - Wikipedia参照
 
C26H23N4+M-
C27H25N4+M-
◎塩基性染料を含むPDBsumデータ例
PDBsumデータ5kaw_RHQ$(C.I.Basic Red 1,ローダミン6G) → Jmolトピック
PDBsumデータ5kax_RHQ$(同上)
PDBsumデータ1jup_MGR$(C.I.Basic Green 4,マラカイトグリーン)
PDBsumデータ2v9c_MRE$(C.I.Basic Blue 9,メチレンブルー;グリセリン含む)
●媒染染料
C.I.Mordant Red 11(アリザリン;Alizarin) C14H8O4
●酸性媒染染料
C.I.Mordant Red 3(アリザリンレッドS;Alizarin Red S) C14H7NaO7S
C.I.Mordant Black 3 C20H13N2NaO5S
◎酸性媒染染料を含むPDBsumデータ例
PDBsumデータ1oar_AZN$(C.I.Mordant Red 3,アリザリンレッドS)
●建染染料(バット染料)
C.I.Vat Blue 1(インジゴ;Indigo) C16H10N2O2
※参考: C.I.Reduced Vat Blue 1(インジゴホワイト;ロイコ化合物,アルカリ水溶液に可溶) C16H10N2Na2O2
●分散染料
C.I.Disperse Yellow 7 C19H16N4O
C.I.Disperse Orange 3 C12H10N4O2
C.I.Disperse Red 17 C17H20N4O4
C.I.Disperse Violet 1(1,4-diaminoanthraquinone) C14H10N2O2
●反応染料
C.I.Reactive Red 1 C19H9N6Na3O10S3Cl2
◎反応染料を含むPDBsumデータ例
PDBsumデータ1i3u_RR1$(C.I.Reactive Red 1の誘導体)
PDBsumデータ1qd0_RR6$(C.I.Reactive Red 6;Cu含む)
■蛍光増白染料
C.I. Fluorescent Brightener 162 C14H11NO3
DAS1(CAS 16090-02-1)* C40H38N12Na2O8S2
■pH指示薬の例
メチルオレンジ(C.I.Acid Orange 52) C14H14N3NaO3S
メチルレッド(C.I. Acid Red 2) C15H15N3O2
◆参考:染料の代表的な基本構造例
アゾ基 -N=N-
アントラキノン




β-カロテンとメチルレッドで見る共役系


インジゴ(indigo;C.I.Vat Blue 1)とインジゴホワイト(indigo white;C.I.Reduced Vat Blue 1,ロイコ化合物,アルカリ水溶液に可溶)
参考:藍染め - Wikipedia


印の組み合わせについては結合の模式図を参照可能.

セルロース−直接染料 | 毛−塩基性染料 | ナイロン−酸性染料 | ポリエステル−分散染料 | セルロース−反応染料


  
直接染料 C.I.Direct Red 28(コンゴーレッド/コンゴレッド)を含む2lbuのPDBsumデータとC.I.Direct Red 28

  
[左・中]塩基性染料 C.I.Basic Red 1(ローダミン6G)を含む5kaw5kaxのPDBsumデータ [右]同 C.I.Basic Green 4(マラカイトグリーン)を含む1jupのPDBsumデータ

  
酸性媒染染料 C.I.Mordant Red 3(アリザリンレッドS)を含む1oarのPDBsumデータとC.I.Mordant Red 3

  
反応染料 C.I.Reactive Red 1の誘導体を含む1i3uのPDBsumデータとC.I.Reactive Red 1


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[左]C.I.Basic Blue 9(メチレンブルー)を含むPDBsumデータ2yve - Ligand MBTより(SITEにはアミノ酸以外にグリセリン含む)
[中]C.I. Acid Red 2(メチルレッド)を含むPDBsumデータ2v9c - Ligand MREより(SITEにはアミノ酸以外にフラビンモノヌクレオチド含む)
[右]C.I.Reactive Red 6の誘導体を含むPDBsumデータ1qd0 - Ligand RR6より(SITEにはアミノ酸以外にCu含む) ※参考:Image:CI Reactive Red 6 structure.png - Wikimedia Commons



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