- 「ファダプス®錠10mg」の日本国内における販売開始について（ダイドーファーマ，2025/01/21） [NEW!]
- Pushing the Limits of Detection of Weak Binding Using Fragment-Based Drug Discovery: Identification of New Cyclophilin Binders（Journal of Molecular Biology，2017/08/04） ※2017/07/12公開5now（下掲；アミファンプリジン結合）
- 医療用医薬品 : ファダプス - KEGG
- ランバート・イートン症候群 - Wikipedia
I = 225, O = 100, I/O = 2.250
［Amifampridine - Wikipedia］
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アミファンプリジン（amifampridine） 5now（アミファンプリジンが結合したシクロフィリンA） 同PDBsumデータ5now_L89$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］アミファンプリジン（amifampridine）
［中・右］参考図：アミファンプリジン結合のシクロフィリンA 5nowとPDBsumデータ
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
●ヒトの必須・非必須区別
ILE LEU VAL PHE MET TRP LYS HIS THR ARG ALA PRO CYS TYR GLY GLU GLN ASP SER ASN
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
［Na-K-Cl cotransporter - Wikipedia，Furosemide - Wikipedia］
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9c0eのChain A（フロセミド〈furosemide〉が結合したNKCC1） 同PDBsumデータ9c0e_FUN$
バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
フロセミド（furosemide）が結合したNa-K-Cl共輸送体NKCC1 9c0eのChain AとPDBsumデータ
- FDA approves mirdametinib for adult and pediatric patients with neurofibromatosis type 1 who have symptomatic plexiform neurofibromas not amenable to complete resection（FDA，2025/02/11） [NEW!]
- FDA Approves Mirdametinib for Certain Neurofibromatosis Type 1 Tumors（Oncology News Central，2025/02/12） [NEW!]
- セルメチニブとミルダメチニブの違いと比較（Genspark，2024/12/11） [NEW!]
I = 545, O = 415, I/O = 1.313
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ミルダメチニブ（mirdametinib） 7jv0のChain C（ミルダメチニブが結合したマイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ1〈MEK1〉） 4BM（ミルダメチニブ）選択 同PDBsumデータ7jv0_4BM$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］ミルダメチニブ（mirdametinib）
［中・右］同分子が結合したマイトジェン活性化プロテインキナーゼキナーゼ1（MEK1）7jv0のChain CとPDBsumデータ
- Self-driving laboratories, advanced immunotherapies and five more technologies to watch in 2025（Nature Technology Features，2025/01/20） [NEW!] ※以下が引用論文例
- Modulating biofilm can potentiate activity of novel plastic-degrading enzymes（npj Biofilms and Microbiomes，2023/10/23） ※引用PDBデータ5xjhを下掲
- Sustainable environmental remediation via biomimetic multifunctional lignocellulosic nano-framework（Nature Communications，2022/0728）
- Conversion of Polyethylenes into Fungal Secondary Metabolites（Angewandte Chemie International Edition，2022/11/03）
- バイオレメディエーションとファイトレメディエーション（本サイト）
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γ-HCH：γ-HCH（リンデン，リンダン，lindane，γ-BHC） → 新規POPs PFAS：パーフルオロオクタンスルホン酸（perfluorooctanesulfonic acid，PFOS） パーフルオロオクタン酸（perfluorooctanoic acid，PFOA） → PFAS汚染問題 PET：ポリエチレンテレフタレート（PET，ポリエステルの例）： ポリエチレンテレフタレート（ポリエチレンテレフタラート） → 代表的な高分子 PET分解酵素：8braのChain B（テレフタル酸とMg2+が結合したポリエチレンテレフタラート加水分解酵素例） マイクロプラスチック： → マイクロプラスチック問題 mutilin：mutilin（ムチリン） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
バイオレメディエーション参考図：PCBの骨格であるビフェニルの上流代謝系と各酵素のサブユニットの結晶構造
→ バイオレメディエーションとファイトレメディエーション
γ-HCH（γ-BHC，リンデン，リンダン，lindane）
PFASの例：PFHxA，PFOA，PFDA，PFUnA，PFTrDA（Cは炭素数） → PFAS汚染問題
テレフタル酸が結合したポリエチレンテレフタラート加水分解酵素（PETase）8braのChain BとPDBsumデータ
※F63・A131・M132・W156・D177・I179・H209 はNature Communications誌論文 Fig. 2参照
PET分解酵素5xjh
mutilin（ムチリン）
- 他のコンゴーレッド結合タンパク質研究
- The Amyloid-Congo Red Interface at Atomic Resolution（Angewandte Chemie International Edition，2010/08/27） ※PDBデータ2lbu（下掲）
- Binding adaptability of chemical ligands to polymorphic α-synuclein amyloid fibrils（PNAS，2024/07/17） ※PDBデータ8x7m（下掲）
- Molecular basis for recognition of Gly/N-degrons by CRL2ZYG11B and CRL2ZER1（Molecular Cell，2021/08/19） ※PDBデータ7ep0（下掲）
- コンゴーレッド - Wikipedia
- 染料の種類（本サイト）
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コンゴーレッド（コンゴレッド，Congo red；C.I.Direct Red 28） 9cum（コンゴーレッドが結合したジヒドロ葉酸レダクターゼ〈DHFR〉） 同PDBsumデータ9cum_CGO$ 2lbuのModel 1（コンゴーレッドが結合したHET-sアミロイド） 同PDBsumデータ2lbu_CGO$ 8x7m（コンゴーレッドが結合したα-シヌクレイン） 同PDBsumデータ8x7m_CGO[201(F)]$ → アルツハイマー病治療薬 7ep0のChain A（コンゴーレッドが結合したZYG11B） 同PDBsumデータ7ep0_CGO$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
コンゴーレッドが結合したジヒドロ葉酸レダクターゼ（DHFR）9cumとPDBsumデータ
コンゴーレッドが結合したHET-sアミロイド2lbuのModel 1とPDBsumデータ
コンゴーレッドが結合したα-シヌクレイン8x7mとPDBsumデータ
→ アルツハイマー病治療薬
コンゴーレッドが結合したZYG11B 7ep0のChain AとPDBsumデータ
コンゴーレッド（コンゴレッド，Congo red；C.I.Direct Red 28）
参考図：コンゴーレッド（直接染料）－セルロースの結合模式図；自作N88プログラムによる作図
→ 染料の種類
- 高温ストレス下で植物の発芽を調節できるたんぱく質の活性化機構を解明 ～植物の高温発芽阻害の解決に向けた新たな知見を提供～（JST，2025/02/25） [NEW!]
- 高温ストレス下で植物の発芽を調節できるタンパク質の活性化機構を解明 ～植物の高温発芽阻害の解決に向けた新たな知見を提供～（PR TIMES，2025/02/25） [NEW!]
［Karrikin - Wikipedia］
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8zvn（KAI2-(+)-6'-carba-dMGer複合体；cif→pdb変換） 同PDBsumデータ8zvn_lp$ ※参考：アブシシン酸（abscisic acid，ABA） ［Abscisic acid - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
KAI2-(+)-6'-carba-dMGer複合体8zvnとPDBsumデータ
※PDBsum図の紫四角はPNAS論文の“Phe26, Ser95, Tyr124, and His246”
参考：アブシシン酸（abscisic acid，ABA）
- 参考（上記論文掲載サイトの医薬コンテンツ例）：Current Japanese pharmaceutical chemistry（Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters，2025/03/01） [NEW!]
- 今月の分子 034: 低酸素誘導因子（Hypoxia-Inducible Factors）（PDBj，2019/12） ｜ Molecule of the Month（PDB） → 別トピック
- 別トピック（本サイト，上記論文と同じ第一三共による医薬情報例）
［EGLN1 - Wikipedia …PHD2］
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8z35（DS44470011が結合した低酸素誘導因子プロリンヒドロキシラーゼ2〈HIF-PHD2〉；cif→pdb変換） 同PDBsumデータ8z35_lp$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
DS44470011が結合した低酸素誘導因子プロリンヒドロキシラーゼ2（HIF-PHD2）8z35とPDBsumデータ
- 参考（上記記事中のルビスコについて）：別トピック（本サイト）
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6oweのChain A（ポリケチド合成酵素） N9V（エノイル-CoA）選択 同PDBsumデータ6owe_NDP（NADPH）$ 同PDBsumデータ6owe_N9V（エノイル-CoA）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
NADPHとエノイル-CoAが結合したエノイルCoAカルボキシラーゼ/還元酵素6oweのChain AとPDBsumデータ
- 非小細胞肺がんに対するラズクルーズ等、抗がん剤7製品が二部会を通過（がん情報サイト，2025/03/03） [NEW!]
- イボシデニブ結合タンパク質研究：Biostructural, biochemical and biophysical studies of mutant IDH1（Nature Communications，20254/09/09） ※2024/08/28公開データ8t7n・8t7d・9b81・8t7o（下掲）
- DRUG: イボシデニブ - KEGG
- 話題の制がん剤・抗がん剤（本サイト）
I = 835, O = 635, I/O = 1.315
［Ivosidenib - Wikipedia］
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イボシデニブ（ivosidenib） イボシデニブ結合PDBデータ： 8t7oのChain A（イソクエン酸デヒドロゲナーゼ1〈IDH1〉） 同PDBsumデータ8t7o_IV3$［Isocitrate dehydrogenase - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］イボシデニブ（ivosidenib）
［中・右］イボシデニブが結合したイソクエン酸デヒドロゲナーゼ1（IDH1） 8t7oのChain AとPDBsumデータ
- アシクロビル記事例：激レア！？アジドを含む医薬品 ～世界初の抗HIV薬を中心に～（Chem-Station，2024/01/25） ※“抗ウイルス薬の嚆矢であるアシクロビル (抗ヘルペスウイルス薬) ”。
- 医療用医薬品 : アシクロビル - KEGG
- SAMHD1 - Wikipedia
- SARSと抗ウイルス薬（本サイト） ｜ 別トピック（抗ヘルペス薬）
［SAMHD1 - Wikipedia，Aciclovir - Wikipedia］
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9ec2のChain A・C（アシクロビル〈acyclovir〉誘導体が結合したSAMHD1） 同PDBsumデータ9ec2_lp$ アシクロビル（acyclovir） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］アシクロビル誘導体が結合したSAMHD1 9ec2のChain A・CとPDBsumデータ
［右］アシクロビル（acyclovir；抗ヘルペスウイルス薬）