- Pseudo-Luciferase Activity of the SARS-CoV-2 Spike Protein for Cypridina Luciferin（ACS Central Science，2024/01/17）
- ウイルスのスパイクタンパク質でウミホタルの発光基質が発光 新型コロナウイルスの検知の新手法として有望（共同通信，2024/01/19）
- ウイルスのスパイクタンパク質でウミホタルの発光基質が発光（AFPBB News，2024/01/19）
- 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報（本サイト） ｜ 別トピック（ホタルルシフェラーゼ，ホタルルシフェラーゼ）[1]・[2]
［Vargulin - Wikipedia］
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ウミホタルルシフェリン（cypridina luciferin） ※以下参考 ホタルルシフェリン（firefly luciferin） 6vsb（SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質；変異なし） 同Chain B L546・D571・P589・F592・S975・N978空間充填／α炭素ラベル表示（ACS Central Science誌論文Figure S7b 参照 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ウミホタルルシフェリン（cypridina luciferin）とホタルルシフェリン（firefly luciferin）
［左］SARS-CoV-2のスパイク糖タンパク質構造例6vsb
［右］同Chain B；L546・D571・P589・F592・S975・N978空間充填表示（ACS Central Science誌論文Figure S7b 参照）
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- [wwPDB] 新規登録の化合物を含むPDBエントリーは、従来のPDBファイルフォーマットでは提供されません（PDBj，2023/12/14） ※“PDBはOneDepシステムでCCD ID用の5文字の英数字アクセッション・コードの発行を開始しました ”。
［NLRP3 - Wikipedia］
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8ri2（NP3-562が結合したNLRP3；PDBフォーマット - PDBx/mmCIF 変換サービス（PDBj）でcif→pdb変換） 同PDBsumデータ8ri2_lp$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］NP3-562が結合したNLRP3 8ri2（cif→pdb変換）と同PDBsumデータ
［右］PDBリガンドIDが5文字の例A1H02
- Analysis of vitamin D receptor binding affinities of enzymatically synthesized triterpenes including ambrein and unnatural onoceroids（Scientific Reports，2024/01/16）
- 伝承医薬「龍涎香」、主成分アンブレインにビタミンD受容体結合能－新潟大ほか（QLifePro，2024/01/29）
- 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン（本サイト） ｜ 別トピック（ビタミンD3受容体）[1]・[2]
［Ambrein - Wikipedia］
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アンブレイン（ambrein） ※参考（Scientific Reports誌論文に掲載のPDBデータ例：1db1（1,25-ジヒドロキシビタミンD3が結合したビタミンD受容体） 同PDBsumデータ1db1_VDX$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
アンブレイン（ambrein）
1,25-ジヒドロキシビタミンD3が結合したビタミンD受容体1db1とそのPDBsumデータ
- 上掲本記載事項に関連する本サイト内のページ（漢数字はアラビア数字に変更）
- p.16 2002年のノーベル化学賞（田中耕一さん）： 2002年度ノーベル化学賞／生体高分子の新構造解析法開発
- p.21・25 人新世 ： アントロポシーン（アントロポセン／人新世）情報
- p.32・46・206ほか DNA ： DNAとRNAのいろいろな姿
- p.44 猫にマタタビ： 別トピック
- p.46・106ほか 新型コロナ感染症： 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報
- p.46ほか ネアンデルタール人： 別トピック（2022年ノーベル生理学医学賞）
- p.64ほか 温室効果ガス／地球温暖化： 気候変動と適応
- p.72ほか プラスチック： 代表的な高分子
- p.117 痛むから生きている／p.118 2021年のノーベル生理学医学賞／p.118 痛覚： 別トピック（2021年ノーベル生理学医学賞）
- p.143ほか 核使用の危機： 新潟日報NIE欄連載記事 第11回：危険と利益（2004/07/19掲載） ｜ 2014年度 エントロピー学会春の研究集会
- p.150 ハーバー・ボッシュ法： 窒素から見る生命の世界（アンモニアの生成）
- p.150 毒ガス： 地下鉄サリン事件
- p.206 “私たちの体の材料は、星が作ってくれました”： 星屑と分子・元素関連ニュース例
- p.228 がん： 抗がん剤開発と標的タンパク質
- p.232 アルツハイマー型認知症： アルツハイマー病治療薬
- 元素・分子が登場する本を読もう！（本サイト）
初期表示はネペタラクトール
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p.32・46・206ほか DNA：1d66のChain D・E（DNAの部分構造例） ｜ A-Tx2_G-Cx2 A-T_G-C（mol形式） → DNAとRNAのいろいろな姿 p.44 ネペタラクトール：cis-trans-ネペタラクトール（cis-trans-nepetalactol） → 別トピック p.59・150 アンモニア：アンモニア（ammmonia） → 悪臭の正体 p.64ほか 二酸化炭素：二酸化炭素（carbon dioxide） p.118 トウガラシを「辛い！」と感じる時に働くたんぱく質：5is0（トウガラシ辛み成分カプサイシン類似体のカプサゼピン〈capsazepine〉が結合したカプサイシン受容体TRPV1；2021年ノーベル生理学医学賞受賞のJuliusらによる） 同PDBsmデータ5is0_6ET$ ｜ カプサイシン（capsaicin；トウガラシ辛み成分） → 別トピック（2021年ノーベル生理学医学賞） p.151 チクロンB（ツィクロンB）：シアン化水素（hydrogen cyanide；チクロンB〈ツィクロンB〉の主成分） p.187 オキシトシン：オキシトシン（oxytocin） → オキシトシン バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 DNA/RNA（ATGCU，backbone） リガンド選択 （*印のみ） GADV仮説4アミノ酸（Val・Ala・Gly・Asp）選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
左から cis-trans-ネペタラクトール（cis-trans-nepetalactol），シアン化水素（hydrogen cyanide），オキシトシン（oxytocin）
［左・中］トウガラシ辛み成分カプサイシン類似体のカプサゼピン（capsazepine）が結合したカプサイシン受容体TRPV1 5is0と同PDBsumデータ
…2021年ノーベル生理学医学賞受賞のJuliusらによる
［右］カプサイシン（capsaicin） → 辛さと熱さ／カプサイシン
- 医療用医薬品 : ホストイン - KEGG
- 以下帯状疱疹関連情報
- 水痘帯状疱疹ウイルス（VZV）研究例：Crystal structure of varicella-zoster virus protease（PNAS，2019/04/01） ※PDBデータ1vzv（下掲）
- 帯状疱疹が急増！ワクチン・抗ウイルス薬で後遺症を予防（NHK，2024/01/11） ※“発疹から３日以内であれば、「抗ウイルス薬」による治療で、ウイルスの増殖を抑えることができ、神経痛などの後遺症のリスクを下げることができるのです。” → SARSと抗ウイルス薬 （本サイト）
- 【専門医が解説】知っていますか？帯状疱疹（朝日，2023/12/18）
- 水痘とは（国立感染症研究所）
- 帯状疱疹予防.jp｜帯状疱疹の原因から症状・予防について ｜ 帯状疱疹の予防（予防接種・ワクチン）
- 帯状疱疹ワクチン（こどもとおとなのワクチンサイト）
- 水痘・帯状疱疹ウイルス - Wikipedia ｜ 水痘ワクチン
［Fosphenytoin - Wikipedia］
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ホスフェニトイン（fosphenytoin） 1vzv（水痘帯状疱疹ウイルスのプロテアーゼ） His52・Lys54・Ser120・His139（PNAS論文Figure 4のVZV該当4残基）空間充填／α炭素ラベル表示 ［Varicella zoster virus - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］ホスフェニトイン（fosphenytoin）
［右］水痘帯状疱疹ウイルス（VZV）のプロテアーゼ1vzv；球表示のHis52・Lys54・Ser120・His139はPNAS論文Figure 4のVZV該当4残基（触媒部分と目される）
- 構造生物学：臨床薬と複合体を形成しているヒトVMAT2の構造（Nature ハイライト，2024/02/08）
- VMAT2の別研究：Neurotransmitter recognition by human vesicular monoamine transporter 2（Nature Communications，2024/09/16） ※2024/09/25公開8wrd・8wre・8wvg（下掲）
- 小胞モノアミントランスポーター - 脳科学辞典
- KEGG DRUG: レセルピン
- 抗うつ剤と神経伝達物質（本サイト）
［Vesicular monoamine transporter 2 - Wikipedia，Reserpine - Wikipedia］
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8jtc（レセルピンが結合した神経伝達物質輸送体の小胞モノアミントランスポーター2〈VMAT2〉） 同PDBsumデータ8jtc_YHR$ ∥ レセルピン（reserpine） 8wvgのChain A（テトラベナジン〈tetrabenazine〉が結合した小胞モノアミントランスポーター2〈VMAT2〉） 同PDBsumデータ8wvg_XEQ$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］レセルピンが結合した神経伝達物質輸送体の小胞モノアミントランスポーター2（VMAT2）8jtcとそのPDBsumデータ
［右］レセルピン（reserpine）
テトラベナジン（tetrabenazine）が結合した小胞モノアミントランスポーター2（VMAT2）8wvgのChain AとPDBsumデータ
- ヒアルロニダーゼ - Wikipedia ｜ ヒアルロン酸 ※“N-アセチルグルコサミンとD-グルクロン酸 (GlcNAcβ1-4GlcAβ1-3) が直鎖上に連結”
- 代表的な高分子（本サイト；ヒアルロン酸含む） ｜ 別トピック[1]（特別展「毒」公式図録）・[2]（ヒアルロン酸シンターゼ）
［Hyaluronidase - Wikipedia］
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2pe4（ヒアルロニダーゼ-1） 1fcv（ヒアルロニダーゼ；ハチ毒のアレルゲン） 同PDBsumデータ1fcv_GCU-NAG-GCU-NAG-GCU$ ヒアルロン酸（hyaluronic acid） ※参考（ヒアルロン酸PDBデータ例）：3hyaヒアルロン酸 8量体 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］ハチ毒のヒアルロニダーゼ1fcvとそのPDBsumデータ → Structure誌論文（2000/10/01）
［右］ヒアルロン酸（hyaluronic acid，繰り返し単位）
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8tz1のChain A（濃縮型ヌクレオシドトランスポーター3〈CNT3〉） RBV（リバビリン）選択 同PDBsumデータ8tz1_lp$ リバビリン（ribavirin） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］濃縮型ヌクレオシドトランスポーター3（CNT3）8tz1のChain AとそのPDBsumデータ ［右］リバビリン（ribavirin）
- SLC19A2/A3研究例：Substrate transport and drug interaction of human thiamine transporters SLC19A2/A3（Nature Communications，2024/12/30） [NEW!] ※2025/01/08公開8z7r・8z7s・8z7t・8z7u（下掲）・8z7v・8z7w・8z7x・8z7y・8z7z・8z80
- 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン（本サイト）
［Aryl hydrocarbon receptor - Wikipedia，Thiamine transporter 2 - Wikipedia，Aryl hydrocarbon receptor - Wikipedia，Fedratinib - Wikipedia］
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8xv9（フェドラチニブ〈fedratinib〉が結合したSLC19A3） 同PDBsumデータ8xv9_lp$ 8z7u（フェドラチニブ〈fedratinib〉が結合したSLC19A3） 同PDBsumデータ8z7u_lp$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
フェドラチニブ（fedratinib）が結合したSLC19A3 8xv9と8z7u，およびそれぞれのPDBsumデータの比較
- 小林製薬サプリに「プベルル酸」が含有 厚労省発表、毒性など調査（朝日，2024/03/29）
- 小林製薬の紅麹サプリから検出のプベルル酸とは 専門家の見方（毎日，2024/03/29）
- 小林製薬 紅麹問題「プベルル酸」健康被害の製品ロットで確認（NHK，2024/03/29）
- Novel compounds isolated from health food products containing beni-koji (red yeast rice) with adverse event reports（Journal of Natural Medicines，2024/06/04）
- 紅麹問題 大阪工場の青カビ写真入手 専門家「珍しい青カビ」（NHK，2024/06/07）
- 追跡“紅麹サプリ”～健康ブームの死角に迫る～（NHKスペシャル，2024/06/09放送）
- Comprehensive Molecular Docking on the AlphaFold-Predicted Protein Structure Proteome: Identifying Target Protein Candidates for Puberulic Acid, a Suspected Lethal Nephrotoxin（bioRxiv，2025/02/05） [PDF] ※ドッキング検定したタンパク質の中からAlphaFill構造 Q9QXN5を下掲
- プベルル酸(Puberulic Acid)の全合成【小林製薬紅麹問題】 - YouTube（sin有機化学，2024/03/30）
- ベニコウジ色素（株式会社鹿光生物科学研究所） ※色素例としてアンカフラビン（ankaflavin，下掲），モナスコルブリン（monascurubrin）。
- プベルル酸 - Wikipedia ｜ シトリニン ｜ ベニコウジカビ
- 特別展「毒」（本サイト）
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プベルル酸（puberulic acid） ※以下参考 プベルル酸類似構造分子例：ヒノキチオール（hinokitiol） 紅麹米から見出されている腎臓毒：シトリニン（citrinin） ［Citrinin - Wikipedia］ 紅麹の色素例：アンカフラビン（ankaflavin） AlphaFill構造 Q9QXN5（myo-イノシトール結合イノシトールオキシゲナーゼ2huoに該当） アミノ酸残基1-27（無秩序・非構造化領域）選択 同PDBsumデータQ9QXN5_INS_lp$ → AlphaFill情報 バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
左から プベルル酸（puberulic acid），ヒノキチオール（hinokitiol），シトリニン（citrinin），アンカフラビン（ankaflavin）
AlphaFill構造 Q9QXN5（myo-イノシトール結合イノシトールオキシゲナーゼ2huoに該当）とPDBsumデータ