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7yr9のChain A（塩化亜鉛が結合したリースケ型鉄硫黄タンパク質 PetA） 同PDBsumデータ7yr9_lp（PDBsumサイトデータが出たら更新） ∥ 7yraのChain A（鉄硫黄クラスターが結合したリースケ型鉄硫黄タンパク質 PetA） 同PDBsumデータ7yra_lp（同） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
リースケ型鉄硫黄タンパク質 PetA 7yr9（塩化亜鉛が結合）のChain Aと同7yra（鉄硫黄クラスターが結合）のChain A，およびそれぞれのPDBsumデータ（LigPlot+ v.2.2で取得，PDBsumサイトデータが出たら更新）
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- 溶質キャリアファミリー Solute Carrier Family: 最新の百科事典
- メトホルミン関連別記事例
- 自閉症の新たな治療標的として未成熟な脈絡叢を同定～メトホルミンによる自閉症モデルマウスの治療に成功（AFPBB News，2025/01/08） [NEW!]
- 糖尿病治療薬の新たな抗腫瘍効果を発見（群馬大学，2025/03/14） [NEW!] ※“糖尿病治療薬であるメトホルミンが、リゾホスファチジン酸（LPA: Lysophosphatidic Acid）受容体を抑制することにより抗腫瘍効果を示す可能性を発見”。
- メトホルミン、2型糖尿病患者の喘息発作を抑制（日経メディカル，2024/12/11） [NEW!]
［Organic cation transport protein - Wikipedia，Solute carrier family - Wikipedia］
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8sc3（フェノテロールが結合した有機カチオントランスポーター1〈OCT1〉） 同PDBsumデータ8sc3_ZVJ$ ｜PDBsumデータ8sc4_MF8（メトホルミン）$ メトホルミン（metformin） → 別トピック ※参考（上記群馬大学論文のリゾホスファチジン酸受容体構造例）：7yu3のChain R（ONO-0740556が結合したリゾホスファチジン酸受容体1〈LPAR1〉） 同PDBsumデータ7yu3_K6L（ONO-0740556）$ → GPCR ［LPAR1 - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］フェノテロール（fenoterol）が結合した有機カチオントランスポーター1（OCT1）8sc3とそのPDBsumデータ（メトホルミン結合の8sc4との比較）
［右］メトホルミン（metformin）
※参考図（上記群馬大学論文のリゾホスファチジン酸受容体構造例）：
ONO-0740556が結合したリゾホスファチジン酸受容体1（LPAR1）7yu3のChain RとPDBsumデータ
→ 東京大学プレスリリース（2022/09/20） ｜ GPCR
- 電位依存性カリウムチャネルの別研究例
- Structure of a pore-blocking toxin in complex with a eukaryotic voltage-dependent K+ channel（eLife，2013/05/21） ※2003年ノーベル化学賞受賞のR. Mackinnonらによる；2013/06/11公開4jta・4jtc・4jtd（下掲）
- Ligand activation mechanisms of human KCNQ2 channel（Nature Communications，2023/10/19） ※2023/12/13公開8j01・8j02・8w4u（下掲；他にそれ以前に公開の8j00・8j03・8j04・8j05・8w4u・8izy）
- Improved higher resolution cryo-EM structures reveal the binding modes of hERG channel inhibitors（Structure，2024/09/24） [NEW!] ※2024/09/18公開8zyo・8zyn・8zyp・8zyq（下掲）
- 今月の分子 No.38 - カリウムチャネル（Potassium Channels）（PDBj，2003/02） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- カリウムチャネル - 脳科学辞典
- カリウムチャネル - Wikipedia
- イオンチャネルタンパク質の例 - 2003年ノーベル化学賞（本サイト） ｜ タンパク質分子の美しさを広く 知ってもらうために（化学と工業，Vol.65-2 February 2012）[PDF]
［Voltage-gated potassium channel - Wikipedia］
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8f1c（compound 4が結合した電位依存性カリウムチャネル Kv3.1） X9T（compound 4）選択 同PDBsumデータ8f1c_X9T[602(A)]（H原子追加）$ 4jtd（電位依存性カリウムチャネル Kv1.2-2.1〈Chain A・B・G・H・Y〉；サソリ毒カリブドトキシン〈charybdotoxin，ChTx；Chain Y〉が結合） Chain Y（カリブドトキシン）選択 同8量体（Chain A・B×4） ［Charybdotoxin - Wikipedia］ 8w4uのChain A（HN37〈pynegabine〉が結合した電位依存性カリウムチャネル KCNQ2） 同PDBsumデータ8w4u_lp（H原子追加）$ 8zyqのChain B（ピモジド〈pimozide〉が結合したヒトの電位依存性カリウムチャネル hERG〈Kv11.1〉） 同PDBsumデータ8zyq_1II$ ［hERG - Wikipedia，Pimozide - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ポジティブモジュレーターcompound 4が結合した電位依存性カリウムチャネル Kv3.1 8f1cとそのPDBsumデータ
［左］電位依存性カリウムチャネル Kv1.2-2.1 4jtdの8量体（Chain A・B×4）
［右］4jtd（Chain A・B・G・H・Y；Chain Yがサソリ毒カリブドトキシン〈charybdotoxin，ChTx〉）
※2003年ノーベル化学賞受賞のR. Mackinnonらによる
HN37（pynegabine）が結合した電位依存性カリウムチャネル KCNQ2 8w4uのChain AとそのPDBsumデータ
ピモジド（pimozide）が結合したヒトの電位依存性カリウムチャネル hERG（Kv11.1） 8zyqのChain BとそのPDBsumデータ
- Reconstitution and structure of a plant NLR resistosome conferring immunity（Science，2019/04/05） ※下掲6j5tについて
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6j5tのChain A・B・C（ZAR1レジストソーム集合体） 同PDBsumデータ6j5t_DTP[901(G)]$ 同PDBsumデータ6j5t_U5P[501(I)]$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ZAR1レジストソーム集合体6j5tのChain A・B・CとそのPDBsumデータ
- セマグルチド結合受容体研究例：Structure and dynamics of semaglutide- and taspoglutide-bound GLP-1R-Gs complexes（Cell Reports，2021/07/13） ※2021/08/14公開7KI0（セマグルチド結合，下掲）・7KI1 ［Semaglutide - Wikipedia，DRUG: セマグルチド - KEGG］
- 日本人2型糖尿病患者における新規GLP-1受容体関連薬の治療効果の違いを明らかに（横浜市立大学，2023/11/23） ※“新規GLP-1受容体作動薬（GLP-1RA）＊2であるセマグルチド（商品名：オゼンピック、リベルサス）やGLP-1/GIPデュアルアゴニストであるチルゼパチド（商品名：マンジャロ）について、従来の薬剤との比較や用量毎の治療効果の違いをネットワークメタ解析＊3という手法を用いて解析”，“チルゼパチドは比較した薬剤の中で最も体重減少/HbA1c＊4低下効果が高かった”。
- セマグルチドが肥満患者のCVDリスクを20％抑制（日経メディカル，2023/11/26）
- 「セマグルチド」は食欲だけではなく飲酒の欲求も抑える？ 見え始めた新たな可能性（WIRED.jp，2023/12/06）
- GLP-1受容体作動薬「オゼンピック皮下注2mg」の通常出荷が再開する見通し 2024年1月初旬より ノボ（糖尿病リソースガイド，2023/12/14）
- GIP/GLP-1受容体作動薬を中止したら減らした体重の多くが1年でリバウンド 投与を継続するとさらなる減量効果 糖尿病のない肥満患者（糖尿病リソースガイド，2023/12/21） ※“GLP-1受容体作動薬「オゼンピック皮下注2mg」（成分名：セマグルチド）”。
- Science’s 2023 Breakthrough of the Year: Weight loss drugs with a real shot at fighting obesity（Science，2023/12/14）
- Science’s 2023 Breakthrough of the Year: GLP-1 agonists show promise for obesity-associated health problems（EurekAlert!，2023/12/14） ｜ 日本語版
- SCIENCE誌2023ブレークスルーにみる合成生物学（NewsPicks，2023/12/15）
- GLP-1ダイエット “夢のやせ薬”の落とし穴（NHK，2023/12/28）
- 糖尿病や肥満症の治療薬「セマグルチド」 糖尿病網膜症への影響は？（毎日，2024/05/05）
- 「やせ薬」の思わぬ効果が続々、心臓や腎臓、不妊や依存症にも 肥満や2型糖尿病の治療薬、予期せぬ妊娠「オゼンピック・ベビー」にも関連か（ナショジオ，2024/05/07）
- 肥満症治療薬「ウゴービ」による体重の減少は4年間持続する：研究結果（WIRED.jp，2024/05/25）
- Novo Nordisk社、肥満症の次は心血管疾患、脂肪性肝炎、慢性腎臓病など慢性疾患に照準（日経バイオテク，2024/05/28）
- 「オゼンピック舌」で味覚が変化（m3.com，2024/08/08） ※“オゼンピックが誘発する甘味の発現を発見”。
- リラグルチド関連情報 ［Liraglutide - Wikipedia］
- チルゼパチド結合受容体研究例：Structural determinants of dual incretin receptor agonism by tirzepatide（PNAS，2022/03/25） ※2022/04/13公開7ra3・7rbt・7rg9・7rgp（チルゼパチド結合，下掲） ［Tirzepatide - Wikipedia］
- 世界初の持続性GIP/GLP-1受容体作動薬が血糖値と体重減少にもたらすインパクト ～GIPとGLP-1の糖代謝における作用の違いから考える～（マイベストプロ，2023/06/12） ※“持続性GIP/GLP-1受容体作動薬（チルゼパチド：商品名マンジャロ）”
- 世界初の持続性GIP/GLP-1受容体作動薬「マンジャロ®皮下注7.5mg/10mg/12.5mg/15mgアテオス®」を新発売、フルラインナップに（田辺三菱製薬，2023/06/12）
- GIP/GLP-1受容体作動薬「マンジャロ皮下注アテオス」がフルラインナップに 7.5mg～15mgを追加し6規格に（糖尿病リソースガイド，2023/06/13）
- 「体重20％減少」で買い占めのうわさも!?糖尿病治療の新薬が発売1カ月で品薄に（ダイヤモンド・オンライン，2023/07/27）
- 米イーライリリーの肥満症治療薬、体重26.6％減 後期臨床試験で（ロイター，2023/07/28）
- 「肥満症薬」欧米2社の株急伸 市場拡大に期待（日経，2023/08/09）
- 「トルリシティ」と「マンジャロ」が限定出荷 GLP-1受容体作動薬の供給量がひっ迫 2型糖尿病の既存患者への供給を優先（糖尿病リソースガイド，2023/08/16） ※トルリシティの一般名はデュラグルチド（dulaglutide）。 ［医療用医薬品 : トルリシティ - KEGG］
- 厚労省、日本イーライリリーのGIP/GLP-1受容体作動薬など8品目の承認を了承（日経バイオテク，2022/08/31） ※“日本イーライリリーのGIP/GLP-1受容体作動薬「マンジャロ皮下注」（チルゼパチド）や…”。
- イーライリリー、肥満症治療薬でFDAの承認獲得－｢ウゴービ｣と競合（ブルームバーグ，2023/11/09） ※“「Zepbound（ゼップバウンド）」と名付けられたこの減量薬は、同社の糖尿病治療薬「マンジャロ」と全く同じ有効成分”。
- 糖尿病学会、マンジャロの重篤な副作用について注意喚起 高齢者で重篤な副作用、因果関係の否定できない死亡例も（メディカルトリビューン，2023/12/05）
- 【日本イーライリリー】チルゼパチド、肥満症で国内申請‐田辺三菱製薬と販売提携（薬事日報，2024/05/10）
- 睡眠時無呼吸症候群の治療薬として肥満治療薬の「チルゼパチド」をFDAが初めて承認（Gigazine，2024/12/24） [NEW!]
- Evolving cryo-EM structural approaches for GPCR drug discovery（Structure，2021/05/05） ※2021/01/20公開PDBデータ7lci（PF-06882961結合，下掲）・7lcj・7lck ［Danuglipron - Wikipedia］
- Pfizer社、経口GLP-1薬の開発を中断、徐放化1日1回製剤を検討へ（日経バイオテク，2023/12/11） ※“グルカゴン様ペプチド-1（GLP-1）受容体の経口作動薬であるdanuglipron（PF-06882961）”。
- T2D・肥満に経口低分子GLP-1Rアゴニストdanuglipronが有望（メディカルオンライン，下記論文紹介） ※danuglipronはPF-06882961
- A Small-Molecule Oral Agonist of the Human Glucagon-like Peptide-1 Receptor（Journal of Medicinal Chemistry，2022/06/01） ※2022/06/08公開7s15（PF-06883365結合，下掲）
- Applications and prospects of cryo-EM in drug discovery（Military Medical Research，2023/05/06） ※PF-06882961，PF-06883365に言及
- GLP-1受容体作動薬全般関連ニュース
- GLP-1受容体作動薬を使用している糖尿病患者は認知症リスクが低下 DPP-4阻害薬やSU薬と比較 認知症予防の潜在的有効性を示唆（糖尿病リソースガイド，2024/07/11）
- 「やせ薬」は10種類のがんのリスクも下げる可能性、最新研究 肥満や2型糖尿病の「GLP-1受容体作動薬」、新たな効果が続々（ナショナル ジオグラフィック，2024/08/05）
- インクレチン関連薬(GLP-1受容体作動薬・DPP-4阻害薬)がグルカゴン応答性インスリン分泌を低下させることをリアルワールドデータで発見（岐阜大学，2024/09/06）
- ノーベル賞の候補に？「やせ薬」開発者3人の功績 発表は7日､前哨戦とされる｢ラスカー賞｣を受賞（東洋経済オンライン，2024/10/06） ※セマグルチド，リラグルチド。
- 「やせ薬」がアルコール依存症に効く可能性、禁煙の助けにも 肥満や2型糖尿病の「GLP-1受容体作動薬」に驚きの「副作用」、研究が続々（ナショナル ジオグラフィック，2024/12/09） [NEW!] ※“つまり、GLP-1薬は、人が満足感を得るのに必要な食べ物やアルコールの量を減らす可能性があるということだ”。
- 肥満症治療薬の減量効果 遺伝子検査で予測可能に（毎日，2024/12/16） [NEW!]
- 肥満症薬､肝炎・認知症にも期待 米イーライ･リリーな（日経，2024/12/20） [NEW!]
- GLP-1受容体作動薬による肥満治療の増加に伴いフードロスも増加する可能性（スポーツ栄養Web，2024/12/21） [NEW!]
- アングル：肥満症治療薬、他の疾患治療の契機に 米で診断数増加（ロイター，2024/12/22） [NEW!]
- GPCR（本サイト） ｜ tirzepatide - GPCR関連ニュース
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7rgpのChain P・R（セマグルチドが結合したGLP-1受容体） Chain P（semaglutide）選択 同Chain P（アミノ酸残基 7-36） ｜ 7ki0のChain P（アミノ酸残基 7-36） ［Tirzepatide - Wikipedia］（セマグルチドは31アミノ酸残基のペプチド：配列 HAEGTFTSDVSSYLEGQAAKEFIAWLVRGRG … HisAlaGluGlyThrPheThrSerAspValSerSerTyrLeuGluGlyGlnAlaAlaLeuGluPheIleAlaTrpLeuValArgGlyArgGly → DRUG: セマグルチド - KEGG 4apdのModel 1（リラグルチド〈liraglutide〉：配列 HAEGTFTSDVSSYLEGQAAKEFIAWLVRGRG …セマグルチドと同じ） 同PDBsumデータ4apd_D6M$ 7rgpのChain P・R（チルゼパチドが結合したGLP-1受容体，Kobilkaらによる） Chain P（tirzepatide）選択 同Chain P（アミノ酸残基 1-31） ｜ 7rbtのChain P（アミノ酸残基 1-32） ［Tirzepatide - Wikipedia］（チルゼパチドは39アミノ酸残基のペプチド：配列 YXEGTFTSDY SIXLDKIAQK AFVQWLIAGG PSSGAPPPS … Tyr X GluGlyThrPheThrSerAspTyrSerIle X LeuAspLysIleAlaGlnLysAlaPheValGlnTrpLeuIleAlaGlyGlyProSerSerGlyAlaProProProSer → KEGG DRUG: チルゼパチド） 7lciのChain R（PF-06882961が結合したGLP-1受容体） 同PDBsumデータ7lci_UK4$ ∥ PDBsumデータ7lcj_UK4$ PDBsumデータ7lck_UK4$ 7s15（PF-06883365が結合したGLP-1受容体） 同PDBsumデータ7s15_lp$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
左から セマグルチドが結合したGLP-1受容体7ki0のChain P〈semaglutide〉・R，同Chain Pのみ，
7ki0のAlphaFold3構造例（Chain A〈semaglutide〉・B，model 0；小さい球教示は無秩序・非構造化領域），そのPDBデータとのPyMOLによる重ね合わせ
※セマグルチド（semaglutide）は31アミノ酸残基のペプチド
配列 HAEGTFTSDVSSYLEGQAAKEFIAWLVRGRG
HisAlaGluGlyThrPheThrSerAspValSerSerTyrLeuGluGlyGlnAlaAlaLeuGluPheIleAlaTrpLeuValArgGlyArgGly
→ AlphaFold構造（2024年ノーベル化学賞）
リラグルチド（liraglutide）4apdのModel 1（配列はセマグルチドと同じ）とPDBsumデータ
［左］チルゼパチドが結合したGLP-1受容体7rgpのChain P・R（Chain Pのアミノ酸残基：1-31）
［右］同7rbtのChain P（アミノ酸残基：1-32）
※チルゼパチド（tirzepatide）は39アミノ酸残基のペプチド
配列 YXEGTFTSDY SIXLDKIAQK AFVQWLIAGG PSSGAPPPS：
Tyr X GluGlyThrPheThrSerAspTyrSerIle X LeuAspLysIleAlaGlnLysAlaPheValGlnTrpLeuIleAlaGlyGlyProSerSerGlyAlaProProProSer
| セマグルチド・リラグルチド | His | Ala | Glu | Gly | Thr | Phe | Thr | Ser | Asp | Val | Ser | Ser | Tyr | Leu | Glu | Gly | Gln | Ala | Ala | Lys | Glu | Phe | Ile | Ala | Trp | Leu | Val | Arg | Gly | Arg | Gly | ||||||||
| チルゼパチド | Tyr | X | Glu | Gly | Thr | Phe | Thr | Ser | Asp | Tyr | Ser | Ile | X | Leu | Asp | Lys | Ile | Ala | Gln | Lys | Ala | Phe | Val | Gln | Trp | Leu | Ile | Ala | Gly | Gly | Pro | Ser | Ser | Gly | Ala | Pro | Pro | Pro | Ser |
PF-06882961（danuglipron，ダヌグロプリン）が結合した7lciのChain RとそのPDBsumデータ（7lcj・7lckとの比較）
PF-06883365が結合した7s15とそのPDBsumデータ
- GDF15 linked to maternal risk of nausea and vomiting during pregnancy（Nature，2023/12/13）
- 命に関わる激しいつわり「妊娠悪阻」、ついに原因解明、治療に光（ナショジオ，2024/01/16） ※“血液中のGDF15濃度を上昇させる「メトホルミン」という薬をテストするための研究資金を申請”，“「NGM120」というGDF15阻害薬”。
- つわりの原因、やっと解明 女性の問題「軽んじられてきた」と研究者（朝日，2023/12/20）
- 妊婦のつわりは胎児が産生するホルモンに関係する？（アゴラ，2023/12/26）
- GDF15関連研究例
［GDF15 - Wikipedia］
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5vz3（成長分化因子15〈GDF15〉） 末端アミノ酸残基5・112選択（α炭素ラベル表示） メトホルミン（metformin） → 本ページ内別トピック バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］成長分化因子15（GDF15）の構造例 5vz3（アミノ酸残基番号5-112；末端を球表示）
［右］同分子のAlphafold構造Q99988画像（アミノ酸残基番号1-308；C211G該当のCys211強調）
メトホルミン（metformin）
→ 本ページ内別トピック
- Design of complicated all-α protein structures（Nature Structural & Molecular Biology，2024/01/04） ※PDBデータ7bqm・7bqn・7bqq・7bqs・7bqr・7dns（下掲）
- Breakthrough in designing complicated all-α protein structures（Phys.org，2024/01/04）
※計算機構造データはNature Structural & Molecular Biology誌論文 Supplementary Data 1 （zipファイル）より
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7dns_calc（all α型タンパク質中のH5_fold-0_Elsaの計算機構造） ｜ 7dnsのChain B（同実験構造） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］人工設計された5つのall α型タンパク質中のH5_fold-0_Elsaの計算機構造7dns_calc ［中］同実験構造7dnsのChain B
［右］両分子のPyMOLによる重ね合わせ
- Structures of the human Mediator and Mediator-bound preinitiation complex（Science，2021/05/06） ※下掲7enjについて
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ヒトのメディエータ7enj（α炭素のみ）
［Aryl hydrocarbon receptor - Wikipedia，AH receptor-interacting protein - Wikipedia］
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8qmo（ベンゾ[a]ピレンが結合したHsp90-XAP2-AHR複合体） 同PDBsumデータ8qmo_lp$ ベンゾ[a]ピレン（benzo[a]pyrene） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］ベンゾ[a]ピレンが結合したHsp90-XAP2-AHR（芳香族炭化水素受容体）複合体8qmoとそのPDBsumデータ
［右］ベンゾ[a]ピレン（benzo[a]pyrene）
［EEF2 - Wikipedia］
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8cdr（阻害剤ソルダリン（sordarin）が結合した80Sリボソーム・伸長因子2（eEF2）・tRNA複合体中のeEF2）のChain Aa（mmCIF → PDB converterでデータ変換） 同PDBsumデータ8cdr_Aa_cif_lp（Chain名AaをAに変更）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 天然タンパク質におけるアミノ酸使用のルール（東京大学プレスリリース図3を参考に着色） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
阻害剤ソルダリン（sordarin）が結合した伸長因子2（eEF2）8cdrのChain Aa（80Sリボソーム・eEF2・tRNA複合体中；mmCIF → PDB converterでデータ変換）とそのPDBsumデータ