- ジャガイモの毒α-ソラニンはトマトの苦味成分から分岐進化した（神戸大学，2021/02/26）
- 秋山遼太・水谷正治，『【解説】ジャガイモの毒はトマトの苦味から進化した！ ─ ステロイドグリコアルカロイドの生合成研究で発見した新経路』，化学 2022年2月号収載
- 神大と京大、理研、阪大、ジャガイモのソラニンはトマトの苦み成分から分岐進化 ジャガイモ虫害対策に遺伝子情報活用の特許公開（日経バイオテク，2021/03/03）
- 令和3年度 ゲノム編集技術により得られたステロイドグリコアルカロイド低生産性バレイショ(ジャガイモ)の栽培実験について（農研機構，2021/04/12）
- ゲノム編集ジャガイモ 野外栽培実験開始へ 天然毒素大幅減（毎日，2021/04/15）
- 「毒がないジャガイモ」 ゲノム編集のイモを野外栽培（朝日，2021/05/12）
- 毒のないジャガイモ －さらに萌芽を制御できる可能性の発見－（理研，2006/07/26）
- ジャガイモによる食中毒を予防するために：農林水産省
- CRISPR関連生体分子データ - ゲノム編集（本サイト）
［Solanine - Wikipedia］
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ソラニン（solanine） コレステロール（cholesterol） → ステロイドホルモンの生合成と代謝 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 Jmol色 Rasmol色 背景・黒 灰 白 紺 |
ジャガイモとその毒素例ソラニン（solanine）
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- G-quadruplex-forming aptamer enhances the peroxidase activity of myoglobin against luminol（Nucleic Acids Research，2021/06/07）
- DNAとRNAのいろいろな姿（本サイト） ｜ DNAのG-四重らせん構造の例／テロメア
［Aptamer - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
アプタメリック・エンザイム・サブユニット（AES；新規DNAアプタマー） 7e5pのModel 1
- 神経難病におけるiPS 細胞創薬に基づいた医師主導治験を完了 －筋萎縮性側索硬化症（ALS）治療の世界に新たな扉を開く－（慶應義塾大学，2021/05/20）
- iPS細胞で探したALS薬の候補、病気の進行遅らせる（朝日，2021/05/20）
- iPS創薬で初の有効性確認、ALSの治験で 慶応大（日経，2021/05/20）
- 参考論文：Ropinirole hydrochloride remedy for amyotrophic lateral sclerosis - Protocol for a randomized, double-blind, placebo-controlled, single-center, and open-label continuation phase I/IIa clinical trial (ROPALS trial)（Regenerative Therapy，2019/07/26）
- その後の進展
- 分子モデルで見るノーベル賞（本サイト；2012年 生理学医学賞関連／iPS細胞） | 「亀-C-C-N」構造をもつ脳内物質のSITE例 …“フェネチルアミン (フェニル-エチル-アミン) ”構造
［Ropinirole - Wikipedia］
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ロピニロール（ropinirole） ドパミン／ドーパミン（dopamine） → 抗うつ剤と神経伝達物質（本サイト） ※参考（ドパミンD2受容体構造例）： 6cm4（ドパミンD2受容体；リスペリドン〈risperidone〉結合） 8NU（リスペリドン）選択 同PDBsumデータ6cm4_8NU$ → GPCR - 2012年ノーベル化学賞（本サイト） ［Dopamine receptor D2 - Wikipedia，Risperidone - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ロピニロール（ropinirole）
参考：リスペリドン（risperidone）が結合したドパミンD2受容体構造例 6cm4とそのPDBsumデータ
- Structural basis for VIPP1 oligomerization and maintenance of thylakoid membrane integrity（Cell，2021/06/23）
- タンパク質分子の集合体「VIPP1」立体構造解明 岡山大・坂本教授ら、過酷環境でも育つ作物開発期待（Yahoo!ニュース，2021/06/24）
- 葉緑体の膜保護機能とVIPP1タンパク質について（岡山大学，2015/06/23）
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バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
VIPP1（vesicle-inducing protein in plastids 1）の構造例 7o3zの108量体（Chain A-F×18，α炭素のみ）
［Proton-coupled folate transporter - Wikipedia，Pemetrexed - Wikipedia］
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7bc7（ペメトレキセド〈pemetrexed〉）が結合したプロトン共役葉酸トランスポーター） 同PDBsumデータ7bc7_LYA$ ペメトレキセド（pemetrexed） 葉酸（folate；ビタミンB9，ビタミンM） ［Folate - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］ペメトレキセドが結合したプロトン共役葉酸トランスポーター（PCFT）7bc7とそのPDBsumデータ ［右］ペメトレキセド（pemetrexed）
- Increased Diels-Alderase activity through backbone remodeling guided by Foldit players（Nature Biotechnology，2012/01/22）
- Diels-Alderase別研究例：天然物が持つ鏡像異性な環状骨格を作り分ける 2つの酵素の反応機構を解明（鳥取大学，2012/08/19） ※Fsa2（PDB 7e5t）およびPhm7（PDB 7e5u ・7e5v〈下掲〉）。
- Foldit - Wikipedia
- ディールス・アルダー反応関連情報例
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3u0sのChain A（ディールス・アルドラーゼ〈Diels-Alderase〉） EPE選択 同PDBsumデータ3u0s_EPE$ 7e5vのChain A（ディールス・アルドラーゼ〈Diels-Alderase〉） HZC（阻害剤）選択 同PDBsumデータ7e5v_HZC[401(A)]$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ディールス・アルドラーゼ（Diels-Alderase）3u0sのChain AとそのPDBsumデータ
同7e5v（3-アミノメチル-p-メンタン）のChain AとそのPDBsumデータ
［MFSD2 - Wikipedia］
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7mjsのChain X（輸送体MFSD2A） 同PDBsumデータ7mjs_ZGS$ ※参考： DHA（ドコサヘキサエン酸，docosahexaenoic acid） → 別トピック バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］輸送体MFSD2A 7mjsのChain XとそのPDBsumデータ ［右］DHA（ドコサヘキサエン酸，docosahexaenoic acid）
- 今月の分子 285: ヒストン脱アセチル化酵素（Histone Deacetylases）（PDBj，2023/09） [NEW!] ｜ Molecule of the Month（PDB） ※5edu・1t69を下掲
- ヒストン脱アセチル化酵素 - Wikipedia
- HIVとエイズ（本サイト） ｜ 抗がん剤開発と標的タンパク質
［Histone deacetylase - Wikipedia，Histone deacetylase 2 - Wikipedia］
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7mozのChain A（ヒストン脱アセチル化酵素2〈HDAC2〉） ZL4選択 同PDBsumデータ7moz_ZL4$ ｜ PDBsumデータ7mos_ZLV$ 5eduのChain A（ヒストン脱アセチル化酵素6〈HDAC6〉；trichostatin A〈トリコスタチンA〉が結合） TSN（trichostatin A）選択 同PDBsumデータ5edu_TSN$ → 別トピック 1t69（ヒストン脱アセチル化酵素8〈HDAC8〉；ボリノスタット〈vorinostat；SAHA〉が結合） 同PDBsumデータ1t69_SHH$ → 抗がん剤開発と標的タンパク質 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
大環状阻害剤が結合したヒストン脱アセチル化酵素2（HDAC2）7mozのChain AとそのPDBsumデータ（7mosとの比較）
左から ヒストン脱アセチル化酵素6（HDAC6；トリコスタチンAが結合）5eduのChain A，同8（HDAC8；ボリノスタットが結合）1t69，両者のPDBsumデータ
［Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase II - Wikipedia］
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7recの14量体（Chain A-G×2；Ca2+/カルモジュリン依存性プロテインキナーゼII〈CaMKII〉） 同PDBsumデータ7rec_7ZV[500(G)] バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
Ca2+/カルモジュリン依存性プロテインキナーゼII（CaMKII）7recの14量体（Chain A-G×2）
- HMO（ヒトミルクオリゴ糖）｜研究開発トピックス｜研究開発｜協和発酵バイオ株式会社
- 「粉ミルクの価値」を、変える。【1ミリ変える、ストーリー。 #01】（KIRIN Now，2021/06/18）
- キリンHD、オリゴ糖をタイ生産 需要伸びる粉ミルク向け（日経，2020/11/02）
- 粉ミルクを母乳成分に、し烈な開発競争と課題 複雑な糖がカギを握っている可能性（WSJ，2019/11/05）
- ヒト母乳オリゴ糖 - Wikipedia
- 糖タンパク質データ集（本サイト）
［Human milk oligosaccharide - Wikipedia，2'-Fucosyllactose - Wikipedia］
※PDB 4ym1のリガンドにWinmostar無償版でH原子付加して作成
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2'-フコシルラクトース（2'-fucosyllactose；2'FL，2FL） ｜ 同データ作成のPDB元データ： 4ym1のChain A（2'-フコシルラクトース〈2'FL，2FL〉が結合したヒトガレクチン-4） 2'-フコシルラクトース選択 同PDBsumデータ4ym1_BGC-GAL-FUC$ → FEBS Journal誌論文（2015/06/16） ［Galectin-4 - Wikipedia］ ラクトース（lactose；PDB形式〈6eymより〉） 同（MOL形式） → 甘味物質の秘密 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］2'-フコシルラクトース（2'-fucosyllactose；2'FL，2FL）
［中・左］同データ作成のPDB元データ 4ym1（2'-フコシルラクトースが結合したヒトガレクチン-4）とそのPDBsumデータ