◆ Jmolで見るトピックス分子(21-1) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950951-960961-970971-980981-990991-1000
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。


  1. 「3Dプリンタで見るタンパク質と分子の“鍵と鍵穴の関係”」(ecosci.jp,2020/11)ロングバージョン - YouTube …動画下(スライドも並べて)


    新型コロナウイルスSARS-CoV-2のプロテアーゼ6lu7の4量体(Chain A・C×2)
    赤時間は「3Dプリンタで見るタンパク質と分子の“鍵と鍵穴の関係”」(動画下)の経過時間
    0'48'' クルクミン(カレーの色素):クルクミン(curcumin);中・酸性[黄色] 同;アルカリ性[赤色] → カレーの色素・クルクミンクルクミン - Wikipedia
    1'12''・10'20'' ヘモグロビン: 関連PDBデータ例 1hho(ヒトのオキシヘモグロビン構造例) → ヘモグロビン
    2'29'' DNA: (以下はDNA部分構造例) → DNAとRNAのいろいろな姿
    1gt0のChain A・B(Oct4・Sox2・DNA 複合体;DNAのみ) 1gt0全体 → Oct1/Sox2/DNA 複合体
    3'04''・9'16''・12'26'' 鍵と鍵穴の関係 → 川上モデル|鍵と鍵穴模型3'34'' オキシヘモグロビン3'54'' ビスフェノールAが結合したエストロゲン受容体γ4'16'' PFAS例のPFOSを含む血清アルブミン12'07'' ペニシリンGが結合したヒドロラーゼ12'07'' GPCR,プロスタグランジンE2が結合したプロスタグランジン受容体12'17'' 17β-エストラジオールが結合したエストロゲン受容体/テストステロンが結合したアンドロゲン受容体/ビスフェノールAが結合したエストロゲン受容体γ14'27'' 生命誕生,光合成 …“星屑” から
    5'03''〜 パワポ資料:  → slideshare(上掲)
    6'52'' 有機概念図簡易計算アプリ/11'30' 有機概念図: → 有機概念図簡易計算アプリ有機概念図(Excel版)
    9'11'' ペニシリン:ペニシリンG(penicillin G) → 抗生物質分子データ集
    9'16'' 20種類のアミノ酸:  → タンパク質中の20種類のアミノ酸
    9'16'' 鍵と鍵穴の関係: → 川上 勝『3Dプリンターを用いたタンパク質分子模型の製作とその利用』(「生物物理」掲載解説 [PDF])
    11'30'' 有機概念図発祥の地=熊本大学薬学部  → Web資料有機概念図パネル - 熊薬ミュージアム熊本大学薬学部「改訂 熊薬ものがたり」(2014/3/27) - Amazon
    11'49'' 有機概念図: → 有機概念図(Excel版)甲田善生・佐藤四郎・本間善夫「新版有機概念図-基礎と応用」(2008)
    12'07'' GPCR: → GPCR - 2012年ノーベル化学賞
    12'07'' “元素・分子が登場する本を読もう!”: → 元素・分子が登場する本を読もう!
    12'17'' 「鍵と鍵穴」模型(17β-エストラジオールが結合したエストロゲン受容体/テストステロンが結合したアンドロゲン受容体/ビスフェノールAが結合したエストロゲン受容体γ): → 川上モデル|鍵と鍵穴模型性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝
    12'17'' PFAS: → PFAS汚染問題新規POPs有害物質リスト
    13'07'' 新型コロナウイルス治療薬候補: 関連PDBデータ例 6lu7の4量体(Chain A・C×2;新型コロナウイルスSARS-CoV-2のプロテアーゼ) → 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報
    13'07'' C型肝炎ウイルス(2020年ノーベル生理学医学賞): → JmolトピックNo.981
    13'07'' ノビチョク: → アセチルコリンエステラーゼのSITE比較

    14'08'' ゲノム編集(2020年ノーベル化学賞): 関連PDBデータ例 4ogc(Cas9タンパク質;2020年ノーベル化学賞受賞のJ.A.Doudnaらによる) → CRISPR関連生体分子データ《ゲノム編集を考える》同ページ内 2020年ノーベル化学賞情報
    14'30'' 生体分子の美しさと「鍵と鍵穴」のルール よろしければお読みく ださい!: → 「化学と工業」2012年2月号掲載 [PDF]雑誌特生物と環境』総論 [PDF]

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 (*印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示  
      
    背景・黒 灰 白 


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 翻訳阻害抗がん剤の二つ目の標的を同定 −増殖抑制効果のより高いがん細胞の予測が可能に−(理研,2020/12/10) ※“抗がん作用を持つ植物由来の翻訳阻害剤「ロカグラミドA」の標的タンパク質として、翻訳開始因子[1]「DDX3[2]」を新たに同定”,“ロカグラミドAは、新型コロナウイルス感染症(COVID-19)の原因ウイルスであるSARS-CoV-2に対する抗ウイルス作用(ウイルス増殖抑制効果)も持つことが明らかになりつつあります”。

    ロカグラミドA(rocaglamide A)
    Rocaglamide - Wikipedia
    ロカグラミドA(rocaglamide A)
    ※ロカグラミドA結合データ例(2018年研究):5zc9(RNAとロカグラミドAが結合した翻訳開始因子eIF4A) 同PDBsumデータ 5zc9_RCG(ロカグラミドA)$
    ※翻訳開始因子DDX3データ例(別研究グループによる):5e7m(AMP-PNPが結合した翻訳開始因子DDX3;Journal of Biological Chemistry論文参照)

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]ロカグラミドA(rocaglamide A) [中・右]RNAとロカグラミドAが結合した翻訳開始因子eIF4A 5zc9とそのPDBsumデータ


    AMP-PNPが結合した翻訳開始因子DDX3 5e7m


  3. Cas4 nuclease protein structure(NIH,2020/12/19) ※2013/01/16公開PDBデータ4ic1を下掲

    Cas4タンパク質 4IC1
    4ic1(Cas4タンパク質) SF4選択 同PDBsumデータ4ic1_SF4$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

        
    [左・中]Cas4タンパク質 4ic1NIH画像 [右]同PDBsumデータ


  4. 2021年カレンダー(PDB設立50周年記念) - PDBj ※カレンダー4月の5l1fを以下で初期表示

    抗てんかん薬ペランパネルが結合したイオンチャネル型グルタミン酸受容体(AMPA受容体) 5l1f
    今月の分子 235: AMPA受容体(AMPA Receptor)(PDBj,2019/07)
    4月:5l1f(抗てんかん薬ペランパネルが結合したイオンチャネル型グルタミン酸受容体〈AMPA受容体〉) 6ZP(perampanel)選択 同PDBsumデータ5l1f_6ZP$
    5月:5ireの360量体(Chain A-F×60〈α炭素とHETATMのみ〉;ジカウイルスの構造) → Jmolで見るジカウイルス
    9月:2zw3(ヒト由来ギャップ結合チャネル)  → 別トピック[1][2]

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    抗てんかん薬ペランパネルが結合したイオンチャネル型グルタミン酸受容体(AMPA受容体) 5l1fとそのPDBsumデータ

      
    [左]ジカウイルスの構造 5ireの360量体(Chain A-F×60) [右]ヒト由来ギャップ結合チャネル 2zw3


  5. 分子生物学:ミトコンドリアDNAの転写の阻害剤(Nature ハイライト,2020/12/24) ※2020/12/30公開PDBデータ7a8pを下掲

    転写阻害剤が結合したヒトミトコンドリアRNAポリメラーゼ(POLRMT) 7a8p
    7a8p(転写阻害剤が結合したヒトミトコンドリアRNAポリメラーゼ〈POLRMT〉) 同PDBsumデータ7a8p_R4Q$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    転写阻害剤が結合したヒトミトコンドリアRNAポリメラーゼ(POLRMT) 7a8pとそのPDBsumデータ


  6. 微生物学:マイコバクテリアATP合成酵素へのベダキリン結合の分子基盤(Nature ハイライト,2021/01/07)

    PDBデータ 7jg9(抗結核薬ベダキリン〈bedaquiline〉が結合したマイコバクテリアATP合成酵素;α炭素のみ
    Bedaquiline - Wikipedia
    7jg9(抗結核薬ベダキリン〈bedaquiline〉が結合したマイコバクテリアATP合成酵素;α炭素のみ) 同PDBsumデータ7jg9_BQ1$PDBsumデータ7jgc_BQ1$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    抗結核薬ベダキリン(bedaquiline)が結合したマイコバクテリアATP合成酵素7jg9とそのPDBsumデータ(7jgcとの比較)


  7. Stepwise Post-glycosylation Modification of Sugar Moieties in Kanamycin Biosynthesis(ChemBioChem,2021/01/05) ※2021/01/13公開データ7cl2〜7cl6(7cl3を下掲)

    PDBデータ 7cl3のChain A(カナマイシンB〈ベカナマイシン〉が結合したカナマイシンBジオキシゲナーゼ KanJ)
    Bekanamycin - WikipediaDioxygenase - Wikipedia
    7cl3のChain A(カナマイシンB〈ベカナマイシン〉が結合したカナマイシンBジオキシゲナーゼ KanJ) 同PDBsumデータ 7cl3_9CS$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    カナマイシンB(ベカナマイシン)が結合したカナマイシンBジオキシゲナーゼ KanJ 7cl3のChain AとそのPDBsumデータ


  8. High-resolution structures of multiple 5-HT3AR-setron complexes reveal a novel mechanism of competitive inhibition(Elife,2021/01/08) ※2021/01/13公開データ6w1j・6w1m・6w1y(下掲)[Alosetron - WikipediaOndansetron - WikipediaPalonosetron - Wikipedia

    PDBデータ 6w1yのChain A (パロノセトロン〈palonosetron〉が結合した5-HT3A受容体)
    5-HT3 receptor - Wikipedia
    6w1yのChain A(パロノセトロン〈palonosetron〉が結合した5-HT3A受容体) 同PDBsumデータ 6w1y_O7B[508(A)]$PDBsumデータ 6w1j_S7Y[508(A)]$ PDBsumデータ 6w1m_S87[508(A)]$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    パロノセトロン(palonosetron)が結合した5-HT3A受容体 6w1yのChain AとそのPDBsumデータ(アロセトロン結合の6w1jとオンダンセトロン結合の6w1mとの比較)


  9. 生化学:光によって起こる一瞬の動きを捉える(Nature ハイライト,2021/01/14) ※2020/12/09公開データ6zhw・6zi4・6zid・6zi6・6zi5・6zi9(下掲)・6zia(他に5o4c・5nj4・5cne・5cmv紹介)

    PDBデータ 6zi9(光合成反応中心)
    6zi9(光合成反応中心) BCB(bacteriochlorophyll b)選択 MQ7(menaquinone-7)選択 HEC(heme C)選択 同PDBsumデータ6zi9_BCB[301(L)]$ 同PDBsumデータ6zi9_MQ7$ 同PDBsumデータ6zi9_HEC[401(C)]$
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    光合成反応中心 6zi9とそのPDBsumデータ


  10. 蚊の匂い受容体で呼気診断!? 〜蚊の嗅覚受容体を用いたセンサにより0.5ppbレベルの匂いの検出に成功〜(東京大学,2021/01/14) ※“呼気に混合した0.5 ppbの微量のガンマーカー(1-octen-3-ol:オクテノール)を匂いセンサによって検出することに成功”。

    (S)-1-オクテン-3-オール((S)-1-octen-3-ol;(S)-マツタケオール)
    1-Octen-3-ol - Wikipedia
    (S)-1-オクテン-3-オール((S)-1-octen-3-ol;上掲研究で用いたのはこちら) (R)-1-オクテン-3-オール((R)-1-octen-3-ol;上掲研究で用いたのはこちら)
    ※参考:嗅覚受容体構造例(オプシンを用いたホモロジーモデリング): 4j4q#(オクチル-β-D-グルコシドが結合したオプシン;嗅覚受容体のホモロジーモデリング) BOG_405A選択 同PDBsumデータ4j4q_BOG[405(A)]$ → Angewandte Chemie International Edition誌論文(2013) [Olfactory receptor - Wikipedia

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ)Galα-Glcβ-GlcManFucXylSiaGalNAcGlcNAcGlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左](S)-1-オクテン-3-オール((S)-1-octen-3-ol;(S)-マツタケオール)
    [中・右]参考図:オクチル-β-D-グルコシドが結合したオプシン(嗅覚受容体のホモロジーモデリング) 4j4qとそのPDBsumデータ


「生活環境化学の部屋」ホームページJmol版「分子の学習帳」