- 企画番号Y-02『やっぱり見たい！原子や分子！！』（日本コンピュータ化学会＠オンライン版サイエンスアゴラ2020） - YouTube …動画上
- 日本コンピュータ化学会＠サイエンスアゴラ2020（分室）
赤時間は「3Dプリンタで見るタンパク質と分子の“鍵と鍵穴の関係”」（動画下）の経過時間
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0'48'' クルクミン（カレーの色素）：クルクミン（curcumin）；中・酸性［黄色］ 同；アルカリ性［赤色］ → カレーの色素・クルクミン｜クルクミン - Wikipedia 1'12''・10'20'' ヘモグロビン： 関連PDBデータ例 1hho（ヒトのオキシヘモグロビン構造例） → ヘモグロビン 2'29'' DNA： （以下はDNA部分構造例） → DNAとRNAのいろいろな姿 1gt0のChain A・B（Oct4・Sox2・DNA 複合体；DNAのみ） 1gt0全体 → Oct1/Sox2/DNA 複合体 3'04''・9'16''・12'26'' 鍵と鍵穴の関係 → 川上モデル｜鍵と鍵穴模型（3'34'' オキシヘモグロビン，3'54'' ビスフェノールAが結合したエストロゲン受容体γ，4'16'' PFAS例のPFOSを含む血清アルブミン，12'07'' ペニシリンGが結合したヒドロラーゼ，12'07'' GPCR，プロスタグランジンE2が結合したプロスタグランジン受容体，12'17'' 17β-エストラジオールが結合したエストロゲン受容体／テストステロンが結合したアンドロゲン受容体／ビスフェノールAが結合したエストロゲン受容体γ，14'27'' 生命誕生，光合成 …“星屑” から） 5'03''～ パワポ資料： → slideshare（上掲） 6'52'' 有機概念図簡易計算アプリ／11'30' 有機概念図： → 有機概念図簡易計算アプリ｜有機概念図（Excel版） 9'11'' ペニシリン：ペニシリンG（penicillin G） → 抗生物質分子データ集 9'16'' 20種類のアミノ酸： → タンパク質中の20種類のアミノ酸 9'16'' 鍵と鍵穴の関係： → 川上 勝『3Dプリンターを用いたタンパク質分子模型の製作とその利用』（「生物物理」掲載解説 [PDF]） 11'30'' 有機概念図発祥の地＝熊本大学薬学部 → Web資料有機概念図パネル - 熊薬ミュージアム｜熊本大学薬学部「改訂 熊薬ものがたり」(2014/3/27) - Amazon 11'49'' 有機概念図： → 有機概念図（Excel版）｜甲田善生・佐藤四郎・本間善夫「新版有機概念図-基礎と応用」(2008) 12'07'' GPCR： → GPCR - 2012年ノーベル化学賞 12'07'' “元素・分子が登場する本を読もう！”： → 元素・分子が登場する本を読もう！ 12'17'' 「鍵と鍵穴」模型（17β-エストラジオールが結合したエストロゲン受容体／テストステロンが結合したアンドロゲン受容体／ビスフェノールAが結合したエストロゲン受容体γ）： → 川上モデル｜鍵と鍵穴模型｜性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝 12'17'' PFAS： → PFAS汚染問題｜新規POPs有害物質リスト 13'07'' 新型コロナウイルス治療薬候補： 関連PDBデータ例 6lu7の4量体（Chain A・C×2；新型コロナウイルスSARS-CoV-2のプロテアーゼ） → 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報 13'07'' C型肝炎ウイルス（2020年ノーベル生理学医学賞）： → JmolトピックNo.981 13'07'' ノビチョク： → アセチルコリンエステラーゼのSITE比較 14'08'' ゲノム編集（2020年ノーベル化学賞）： 関連PDBデータ例 4ogc（Cas9タンパク質；2020年ノーベル化学賞受賞のJ.A.Doudnaらによる） → CRISPR関連生体分子データ《ゲノム編集を考える》｜同ページ内 2020年ノーベル化学賞情報 14'30'' 生体分子の美しさと「鍵と鍵穴」のルール よろしければお読みく ださい！： → 「化学と工業」2012年2月号掲載 [PDF]｜雑誌特生物と環境』総論 [PDF] バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 （*印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- Dual targeting of DDX3 and eIF4A by the translation inhibitor rocaglamide A（Cell Chemical Biology，2020/12/08）
- 同じ研究グループによる以前の研究：植物由来抗がん剤の仕組み －標的タンパク質にRNA配列特異性を与える小分子化合物－（理研，2018/12/28） ※PDBデータ5zc9
［Rocaglamide - Wikipedia］
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ロカグラミドA（rocaglamide A） ※ロカグラミドA結合データ例（2018年研究）：5zc9（RNAとロカグラミドAが結合した翻訳開始因子eIF4A） 同PDBsumデータ 5zc9_RCG（ロカグラミドA）$ ※翻訳開始因子DDX3データ例（別研究グループによる）：5e7m（AMP-PNPが結合した翻訳開始因子DDX3；Journal of Biological Chemistry論文参照） バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］ロカグラミドA（rocaglamide A） ［中・右］RNAとロカグラミドAが結合した翻訳開始因子eIF4A 5zc9とそのPDBsumデータ
AMP-PNPが結合した翻訳開始因子DDX3 5e7m
- Toroidal Structure and DNA Cleavage by the CRISPR-Associated [4Fe-4S] Cluster Containing Cas4 Nuclease SSO0001 from Sulfolobus solfataricus（Journal of the American Chemical Society，2013/10/30）
- Cas4がCRISPR-Casシステムの獲得免疫応答に貢献する機構が明らかに（２件）（crisp_bio，2018/03/28）
- CRISPR関連生体分子データ ｜ 鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例
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4ic1（Cas4タンパク質） SF4選択 同PDBsumデータ4ic1_SF4$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左・中］Cas4タンパク質 4ic1とNIH画像 ［右］同PDBsumデータ
抗てんかん薬ペランパネルが結合したイオンチャネル型グルタミン酸受容体（AMPA受容体） 5l1f
［今月の分子 235: AMPA受容体（AMPA Receptor）（PDBj，2019/07）］
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4月：5l1f（抗てんかん薬ペランパネルが結合したイオンチャネル型グルタミン酸受容体〈AMPA受容体〉） 6ZP（perampanel）選択 同PDBsumデータ5l1f_6ZP$ → 別トピック 5月：5ireの360量体（Chain A-F×60〈α炭素とHETATMのみ〉；ジカウイルスの構造） → Jmolで見るジカウイルス 9月：2zw3（ヒト由来ギャップ結合チャネル） → 別トピック[1]・[2] バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
抗てんかん薬ペランパネルが結合したイオンチャネル型グルタミン酸受容体（AMPA受容体） 5l1fとそのPDBsumデータ
［左］ジカウイルスの構造 5ireの360量体（Chain A-F×60） ［右］ヒト由来ギャップ結合チャネル 2zw3
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7a8p（転写阻害剤が結合したヒトミトコンドリアRNAポリメラーゼ〈POLRMT〉） 同PDBsumデータ7a8p_R4Q$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
転写阻害剤が結合したヒトミトコンドリアRNAポリメラーゼ（POLRMT） 7a8pとそのPDBsumデータ
- Structure of mycobacterial ATP synthase bound to the tuberculosis drug bedaquiline（Nature，2020/12/09） ※ビデオデータ2件あり
- Hit movie reveals how a tuberculosis drug halts ATP synthesis（Nature News and Views，2020/12/09）
- 今月の分子 No.26: ATP合成酵素（ATP Synthase）（PDBj，2005/12） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- 窒素から見る生命の世界（本サイト；ATP合成酵素）
［Bedaquiline - Wikipedia］
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7jg9（抗結核薬ベダキリン〈bedaquiline〉が結合したマイコバクテリアATP合成酵素；α炭素のみ） 同PDBsumデータ7jg9_BQ1$ ｜ PDBsumデータ7jgc_BQ1$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
抗結核薬ベダキリン（bedaquiline）が結合したマイコバクテリアATP合成酵素7jg9とそのPDBsumデータ（7jgcとの比較）
［Bekanamycin - Wikipedia，Dioxygenase - Wikipedia］
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7cl3のChain A（カナマイシンB〈ベカナマイシン〉が結合したカナマイシンBジオキシゲナーゼ KanJ） 同PDBsumデータ 7cl3_9CS$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
カナマイシンB（ベカナマイシン）が結合したカナマイシンBジオキシゲナーゼ KanJ 7cl3のChain AとそのPDBsumデータ
- パロノセトロン - Wikipedia
- 抗生物質分子データ集（本サイト） ｜ 抗生物質を含むPDBデータ ｜ GPCR - 2012年ノーベル化学賞（5-HT3受容体はGPCRではない）
［5-HT3 receptor - Wikipedia］
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6w1yのChain A（パロノセトロン〈palonosetron〉が結合した5-HT3A受容体） 同PDBsumデータ 6w1y_O7B[508(A)]$ ｜ PDBsumデータ 6w1j_S7Y[508(A)]$ PDBsumデータ 6w1m_S87[508(A)]$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
パロノセトロン（palonosetron）が結合した5-HT3A受容体 6w1yのChain AとそのPDBsumデータ（アロセトロン結合の6w1jとオンダンセトロン結合の6w1mとの比較）
- Ultrafast structural changes within a photosynthetic reaction centre（Nature，2020/12/02）
- 光合成反応中心 - 光合成事典 - 日本光合成学会
- 光合成に関係する生体分子のSITE例（本サイト）
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6zi9（光合成反応中心） BCB（bacteriochlorophyll b）選択 MQ7（menaquinone-7）選択 HEC（heme C）選択 同PDBsumデータ6zi9_BCB[301(L)]$ 同PDBsumデータ6zi9_MQ7$ 同PDBsumデータ6zi9_HEC[401(C)]$
バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
光合成反応中心 6zi9とそのPDBsumデータ
- Highly sensitive VOC detectors using insect olfactory receptors reconstituted into lipid bilayers（Science Advances，2021/01/13）
- 蚊の嗅覚、がん診断に利用 小型高精度のセンサー開発―東大など（時事通信，2021/01/14）
- 蚊の嗅覚で微量のにおい検出成功 東大 がんの予兆感知に期待（ITmedia，2021/01/15）
- 東大など、蚊の嗅覚受容体を組み込んだ高感度匂いセンサの開発に成功（マイナビニュース，2021/01/18）
- 他の嗅覚受容体研究
- Structural basis of odor sensing by insect heteromeric odorant receptors（Science，2024/06/13） [NEW!] ※2024/06/19公開8v00・8v02・8v3c・8v3d（下掲）および同8z9a（下掲）・8z9z
- マツタケオール mushroom alcohol（Chem-Station，2017/02/02）
- 1-オクテン-3-オール - Wikipedia ※“ (R)-(-) 体は強いマッシュルーム様の香り…(S)-(+) 体は弱いハーブ様のカビ臭い香り”。
- 嗅覚受容体 - Wikipedia
- GPCR - 2012年ノーベル化学賞（本サイト） ｜ 悪臭の正体
［1-Octen-3-ol - Wikipedia］
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(S)-1-オクテン-3-オール（(S)-1-octen-3-ol；上掲研究で用いたのはこちら） (R)-1-オクテン-3-オール（(R)-1-octen-3-ol；上掲研究で用いたのはこちら） ※参考：嗅覚受容体構造例（オプシンを用いたホモロジーモデリング）： 4j4q#（オクチル-β-D-グルコシドが結合したオプシン；嗅覚受容体のホモロジーモデリング） BOG_405A選択 同PDBsumデータ4j4q_BOG[405(A)]$ → Angewandte Chemie International Edition誌論文(2013) ［Olfactory receptor - Wikipedia］ 8v3dのChain D（2,4,5-トリメチルチアゾールが結合した嗅覚受容体OR28；cif→pdb変換） 同PDBsumデータ8v3d_lp$ 8z9aのChain A・D（酢酸ゲラニルが結合した嗅覚受容体OR5とOrcoの複合体） SOU（酢酸ゲラニル）選択 同PDBsumデータ8z9a_SOU$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］(S)-1-オクテン-3-オール（(S)-1-octen-3-ol；(S)-マツタケオール）
［中・右］参考図：オクチル-β-D-グルコシドが結合したオプシン（嗅覚受容体のホモロジーモデリング） 4j4qとそのPDBsumデータ
［左］2,4,5-トリメチルチアゾールが結合した嗅覚受容体OR28 8v3dのChain D（蚊由来，除いたChain A-Cはハチ由来のOrco）とそのPDBsumデータ
［右］酢酸ゲラニルが結合したアブラムシの嗅覚受容体OR5とOrcoの複合体8z9aのChain A・DとそのPDBsumデータ