Jmolで見るトピックス分子（15-3）

◆ Jmolで見るトピックス分子（15-3） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11およびFirefox（バージョン51以前）で閲覧できます。
★一時Jmolコンテンツが表示できなくなりましたが，Jmol 14.4.0 2015-10-20版に更新して表示可能になりました。

RCSB PDB 2017/02/01 新規公開データより：5tvn Crystal structure of the LSD-bound 5-HT2B receptor

PDBデータ 5tvn（LSDが結合した5-HT_2Bレセプター）
［5-HT_2B receptor - Wikipedia，Lysergic acid diethylamide - Wikipedia］

5tvn（LSDが結合した5-HT_2Bレセプター）　同PDBsumデータ5tvn_7LD$　7LD（LSD）選択　Leu209選択
7srq（LSDが結合した5-HT_2Bレセプター）
LSD（lysergic acid diethylamide；LSD-25）

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　水分子表示
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

LSDが結合した5-HT_2Bレセプター5tvn（左）とLSD近傍部分の拡大（中），およびそのPDBsumデータ（右）

LSD結合5-HT_2Bレセプター7srq

ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

酸性

中性

芳香族

塩基性

ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

極性

酸性

塩基性

非極性（疎水性）

SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP

ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE

ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性｜ Log Pをポケットに！

Harmful chemicals removed from products often replaced with something as bad or worse（Knowridge Science Report，2017/01/27）　※記事中のbisphenol-Sや温暖化関連分子を以下に。　→ ビスフェノール関連別トピック

トランプ政権、科学に牙を剥く（Yahoo!ニュース，2017/01/31）
ドナルド・トランプ政権発足から1週間。サイエンス・テック界がこうむった災難まとめ（ギズモード・ジャパン，2017/01/31）
トランプ政権が環境関連の政府機関にかん口令意見封じ込めか（ロイター，2017/01/24）
Tracking the Trump transition, agency by agency（Nature News & Comment，2016/11/30）
- Obama science adviser: Trump immigration ban ‘an abomination’（Nature News & Comment，2017/01/30）
President Trump and science: 10 things to look for (and fear?)（Science，2017/01/23）
米大統領、製薬業界首脳に薬価下げ・国内増産要請、為替で日中批判（ロイター，2017/01/31）　※“大統領は、新薬承認にかかる時間の短縮化も確約、米食品医薬品局（FDA）の新トップを早期に任命する考えを示した”。
研究者らのトランプ抗議デモScientists' March準備中。「科学無視の政府は世界を危険にする」と主張 -（Engadget 日本版，2017/01/26）
On 22 April, empiricists around the country will march for science（Science，2017/02/01）
Meet the scientists affected by Trump’s immigration ban（Nature News & Comment，2017/01/29）
US turmoil, oil pipelines and a treason arrest（Nature News & Comment，2017/02/01）
政治、研究、産業界…トランプ時代の「科学者の生き残り方」（WIRED.jp，2017/02/11）
Chemical Law Is Priority, Says Trump’s EPA Pick（Bloomberg BNA，2017/01/27）　※“Sen. Kirsten Gillibrand (D-N.Y.) said she’s concerned about perfluorooctanoic acid that is contaminating her state’s drinking water supplies.”　→ PFOA
環境ホルモン情報（本サイト）｜温室効果ガス｜はっ水剤・難燃剤の生物体内蓄積性（PFOS類，PBDE類，HBCD，リン系難燃剤）｜第30回公民館サイエンスカフェ『科学と文化を紡ぐビッグヒストリー』（2017/01/28）

ビスフェノールS（bisphenol S）
［Bisphenol - Wikipedia］

ビスフェノールS（bisphenol S）
ビスフェノールA（bisphenol A）
※参考：5l4jのChain A（ビスフェノールSが結合したトランスサイレチン）　同PDBsumデータ5l4j_6JD$　→ 別トピック
二酸化炭素，メタン，一酸化二窒素，HFC（HFC-23），PFC（C₂F₆），SF₆　→ 温室効果ガス
PFOS（スルホン酸）｜ PFOS（スルホン酸Na）　→ はっ水剤・難燃剤の生物体内蓄積性（PFOS類，PBDE類，HBCD，リン系難燃剤）

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　水分子表示
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

［左］京都議定書（環境省資料）で削減対象となった温室効果ガス6種の同時表示
［中］ビスフェノールSが結合したトランスサイレチン5l4jのChain A
［右］5l4j・5jid（PFOA結合トランスサイレチン）・5jim（PFOS結合トランスサイレチン）のPDBsumデータ

今月の分子 206: グロビンの進化（Globin Evolution）（PDBj，2017/02）｜ Molecule of the Month（PDB）　※3rgkほかを以下に

PDBデータ 3rgk（ヒトのミオグロビン）
［Globin - Wikipedia，Myoglobin - Wikipedia，Hemoglobin - Wikipedia］

3rgk（ヒトのミオグロビン）
2hhb（ヒトのヘモグロビン）　同Chain A（ヘモグロビンα）｜ PDBsumデータ2hhb_HEM(Chain A；ヘモグロビンα) $　同2hhb_HEM（Chain B；ヘモグロビンβ）$
※ヒトとヒト以外のヘモグロビンの比較　→ マンモス以外はヘモグロビン
3VRF（マンモスのヘモグロビン；一酸化炭素が結合）　同Chain A　同PDBsum 3vrf_HEM-CMO(Chain A) $　［Mammoth - Wikipedia］
ヒト（2hhb，左），マンモス（3vrf，右）の比較（何れもChain A）
ヒト（2hhb），マンモス（3vrf），シロザメ（1gcw），チューブワーム（1yhu）の比較（左上から時計回りで；何れもChain A）
参考：ハツカネズミ（3hrw，左），マンモス（3vrf，右；CO結合）の比較（何れもChain A）

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

［左］今月の分子 206: グロビンの進化（PDBj，2017/02）より（ミオグロビン配列からの系統樹）
［右］ヘモグロビン構造の比較（何れもChain A）：ヒト（2HHB，デオキシヘモグロビン），マンモス（3VRF，CO結合），シロザメ（1GCW，CO結合），チューブワーム（1YHU）

第30回公民館サイエンスカフェ『科学と文化を紡ぐビッグヒストリー』（2017/01/28）パワポより（slideshareで公開）

アミノ酸配列：2hhb Chain A（ヘモグロビンα；赤字がFe近傍His）

001-025	Val	Leu	Ser	Pro	Ala	Asp	Lys	Thr	Asn	Val	Lys	Ala	Ala	Trp	Gly	Lys	Val	Gly	Ala	His	Ala	Gly	Glu	Tyr	Gly
026-050	Ala	Glu	Ala	Leu	Glu	Arg	Met	Phe	Leu	Ser	Phe	Pro	Thr	Thr	Lys	Thr	Tyr	Phe	Pro	His	Phe	Asp	Leu	Ser	His
051-075	Gly	Ser	Ala	Gln	Val	Lys	Gly	His	Gly	Lys	Lys	Val	Ala	Asp	Ala	Leu	Thr	Asn	Ala	Val	Ala	His	Val	Asp	Asp
076-100	Met	Pro	Asn	Ala	Leu	Ser	Ala	Leu	Ser	Asp	Leu	His	Ala	His	Lys	Leu	Arg	Val	Asp	Pro	Val	Asn	Phe	Lys	Leu
101-125	Leu	Ser	His	Cys	Leu	Leu	Val	Thr	Leu	Ala	Ala	His	Leu	Pro	Ala	Glu	Phe	Thr	Pro	Ala	Val	His	Ala	Ser	Leu
126-	Asp	Lys	Phe	Leu	Ala	Ser	Val	Ser	Thr	Val	Leu	Thr	Ser	Lys	Tyr	Arg

アミノ酸配列：2hhb Chain B（ヘモグロビンβ；赤字がFe近傍His）

001-025 Val His Leu Thr Pro Glu Glu Lys Ser Ala Val Thr Ala Leu Trp Gly Lys Val Asn Val Asp Glu Val Gly Gly

026-050 Glu Ala Leu Gly Arg Leu Leu Val Val Tyr Pro Trp Thr Gln Arg Phe Phe Glu Ser Phe Gly Asp Leu Ser Thr

051-075 Pro Asp Ala Val Met Gly Asn Pro Lys Val Lys Ala His Gly Lys Lys Val Leu Gly Ala Phe Ser Asp Gly Leu

076-100 Ala His Leu Asp Asn Leu Lys Gly Thr Phe Ala Thr Leu Ser Glu Leu His Cys Asp Lys Leu His Val Asp Pro

101-125 Glu Asn Phe Arg Leu Leu Gly Asn Val Leu Val Cys Val Leu Ala His His Phe Gly Lys Glu Phe Thr Pro Pro

126- Val Gln Ala Ala Tyr Gln Lys Val Val Ala Gly Val Ala Asn Ala Leu Ala His Lys Tyr His

新生児黄疸の原因となる生体内の反応機構を世界で初めて解明　-50年以上に亘る謎を分子レベルで解き明かし、治療薬開発に手掛かり-（SPring-8，2017/02/07）　※2017/02/15公開データ5b3t・5b3u・5b3v（これのみ下掲）

PDBデータ 5b3vのChain A（ビリベルジン〈biliverdin，biliverdine〉が結合したビリベルジン還元酵素）
［Biliverdin reductase - Wikipedia，Biliverdin - Wikipedia］

5b3vのChain A（ビリベルジンレダクターゼ；ビリベルジンが結合）　BLA（ビリベルジン）選択　同PDBsumデータ 5b3v_BLA$　BLA 402(B)選択
※参考（他のビリベルジン結合タンパク質）：
1s8cのChain A（ヘムオキシダーゼ；ビリベルジンが結合）　同PDBsumデータ 1s8c_BLA$
4i3bのChain A（UnaGタンパク質；ビリベルジンが結合）　同PDBsumデータ4i3b_BLA$　→ ウナギの蛍光タンパク質“UnaG”

ビリベルジンが結合したビリベルジン還元酵素5b3vとそのPDBsumデータ（2分子のビリベルジン）

RCSB PDB 2017/02/15 新規公開データより：5kra Crystal Structure of the ER-alpha Ligand-binding Domain (Y537S) in Complex with DDT and DDE　※他に5kr9・5krc・5krf・5krh

PDBデータ 5kraのChain A-D（DDT・DDEが結合したエストロゲン受容体α）
［Estrogen receptor alpha - Wikipedia］

5kraのChain A-D（DDT・DDEが結合したエストロゲン受容体α）　6WT（DDT）選択　6WS（DDE）選択　同PDBsumデータ5kra_6WT$　同5kra_6WS$
p,p'-DDT　o,p'-DDT
p,p'-DDE　o,p'-DDE
p,p'-DDD　o,p'-DDD

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
糖鎖別着色：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

［左］DDT・DDE（DDT代謝物）が結合したエストロゲン受容体α5kraのChain A-D　［中・右］同PDBsumデータ

環境ホルモンとして疑われた化合物の有機概念図とそれらの化合物の有機性・無機性値とlog P の関係（右）　…何れも旧図に加筆

RCSB PDB 2017/02/22 新規公開データより：5jei Crystal structure of the GluA2 LBD in complex with FW

PDBデータ 5jei（5-フルオロウィラルジインが結合したAMPA型グルタミン酸受容体）
［Ionotropic glutamate receptor - Wikipedia，AMPA receptor - Wikipedia，5-Fluorowillardiine - Wikipedia］

5jei（5-フルオロウィラルジインが結合したAMPA型グルタミン酸受容体）　FWD（5-フルオロウィラルジイン）選択　同PDBsumデータ5jei_FWD
1ftmのChain A（AMPAが結合したAMPA型グルタミン酸受容体）　AMQ（AMPA）選択　同PDBsumデータ1ftm_AMQ$　［AMPA - Wikipedia］
※参考（イオンチャネル型でなく代謝型グルタミン酸受容体〈GPCR〉の例）： 4or2（代謝型グルタミン酸受容体1）　FM9選択　同PDBsumデータ4or2_FM9$　→ 別トピック

5-フルオロウィラルジインが結合したAMPA型グルタミン酸受容体（GluA2）5jei

RCSB PDB 2017/03/01 新規公開データより：5i55 Crystal Structure of the Virulent PSM-alpha3 Peptide Forming an cross-Alpha amyloid-like Fibril

PDBデータ 5i55の20量体（Chain A×20；黄色ブドウ球菌が分泌するアミロイドペプチドPSMα3）
［Staphylococcus aureus - Wikipedia，Phenol-soluble modulin - Wikipedia］

5i55の20量体（Chain A×20；黄色ブドウ球菌が分泌するアミロイドペプチドPSMα3）
※参考（アミロイドβ構造の例）：5kk3のModel 1（ヒトの42残基のアミロイドβ繊維；残基番号11-42）　→ その他の構造例

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

［左］5i55の20量体（Chain A×20；黄色ブドウ球菌が分泌するアミロイドペプチドPSMα35i55の20量体（Chain A×20；黄色ブドウ球菌が分泌するアミロイドペプチドPSMα3）
［右］5kk3のModel 1（ヒトのアミロイドβ繊維の構造例）

Fluorene-9-bisphenol is anti-oestrogenic and may cause adverse pregnancy outcomes in mice（Nature Communications，2017/03/01）

フルオレン-9-ビスフェノール;（fluorene-9-bisphenol；BHPF）

フルオレン-9-ビスフェノール（fluorene-9-bisphenol；BHPF）
ビスフェノールA（bisphenol A；BPA）
BPAとBHPFの同時表示
※参考（上掲論文で用いられたエストロゲン受容体α）：3ert（4-ヒドロキシタモキシフェンが結合）　同PDBsumデータ3ert_OHT$
4-ヒドロキシタモキシフェン（4-hydroxytamoxifen；afimoxifene）　→ 別トピック

［左］ビスフェノールA（BPA）とフルオレン-9-ビスフェノール（BHPF）
［右］BHPFドッキング計算に用いられたエストロゲン受容体α3ert（4-ヒドロキシタモキシフェンが結合）のPDBsumデータ

今月の分子 207: 光活動性黄色タンパク質（Photoactive Yellow Protein）（PDBj，2017/03）｜ Molecule of the Month（PDB）　※2pypを以下に

Structure of a protein photocycle intermediate by millisecond time-resolved crystallography（Science，1997/03/07）

PDBデータ 2pyp（光活動性黄色タンパク質；p-クマル酸が結合）
［p-Coumaric acid - Wikipedia］

2pyp（p-クマル酸が結合した光活動性黄色タンパク質）　同PDBsumデータ2pyp_HC4$

p-クマル酸が結合した光活動性黄色タンパク質2pypとそのPDBsumデータ

先端技術も母なる海に。貝から生み出された史上最強の「水中用接着剤」（ギズモード・ジャパン，2017/03/21）

ポリ（カテコール-スチレン）-ポリスチレン

空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
ドット表面表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

ポリ（カテコール-スチレン）-ポリスチレン｜ポリ（カテコール-スチレン）；poly(catechol-styrene) ｜ポリスチレン；polystyrene
※参考：L-DOPA ｜ D-DOPA　→ 分子モデルで見るノーベル賞

ポリ（カテコール-スチレン）-ポリスチレンとL-DOPA

「生活環境化学の部屋」ホームページ｜ Jmol版「分子の学習帳」