◆ Jmolで見るトピックス分子(20-4) ◆

No.1-1011-20151-200401-410 | 411-420(作成中) | 421-430431-440441-450451-460461-470471-480481-490491-500
No.501-510511-520521-530531-540541-550551-560561-570571-580581-590591-600
601-610611-620621-630631-640641-650651-660661-670671-680681-690691-700
701-710711-720721-730731-740741-750751-760761-770771-780781-790791-800
801-810811-820821-830831-840841-850851-860861-870871-880861-870881-890891-900
901-910911-920921-930931-940941-950951-960961-970971-980
→ 以下は今後改変: Vol.1235678データ名一覧
→ 最近の本サイトコンテンツから: 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報川上モデル「鍵と鍵穴」模型元素・分子が登場する本を読もう!

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。


  1. The Nobel Prize in Physiology or Medicine 2020 - NobelPrize.org ※受賞者Charles M. Riceによる2hd0を下掲(表示ページの研究者名クリックで他のデータ一覧表示);Nature論文(2006/07/23)

    PDBデータ 2hd0のChain I(C型肝炎ウイルス〈HCV〉由来のプロテアーゼNS2)
    2hd0のChain I(C型肝炎ウイルス〈HCV〉由来のプロテアーゼNS2)
    ※他のHCV由来プロテアーゼ例: 3sv6(結合型テラプレビルが結合したC型肝炎ウイルス〈HCV〉由来のプロテアーゼNS3/4A) SV6(結合型テラプレビル)選択 同PDBsumデータ 3sv6_SV6$ → 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報(結合型テラプレビルが結合したSARS-CoV-2メインプロテアーゼ参照可能)
    ※同上: 4wtg(ソホスブビル二リン酸が結合したRNA指向性RNAポリメラーゼ) 6GS(ソホスブビル二リン酸)選択 同PDBsmデータ4wtg_6GS$
    ※同上: 3sudのChain A(阻害剤MK-5172が結合したHCV由来のプロテアーゼNS3/4A) SUE(MK-5172)選択 同PDBsumデータ 3sud_SUE$ → 別トピック
    テラプレビル(telaprevir;NS3/4Aプロテアーゼ阻害剤)
    ソホスブビル(ソフォスブビル,sofosbuvir;NS5Bポリメラーゼ阻害剤)
    1cu1(C型肝炎ウイルス〈HCV〉由来のプロテアーゼ/ヘリカーゼ NS3) → 今月の分子 255

    バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

      
    [左]C型肝炎ウイルス(HCV)由来のプロテアーゼNS2 2hd0のChain I(2020年ノーベル生理学・医学賞受賞者Charles M. Riceによる)
    [中・右]HCV治療薬例のテラプレビル(telaprevir;NS3/4Aプロテアーゼ阻害剤)とソホスブビル(ソフォスブビル,sofosbuvir;NS5Bポリメラーゼ阻害剤)

      
    [左]結合型テラプレビルが結合したC型肝炎ウイルス(HCV)由来のプロテアーゼNS3/4A 3sv6と同PDBsumデータ
    [中・右]参考:結合型テラプレビルが結合した新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)のメインプロテアーゼ 7k6d7k6eのPDBsumデータ


    ソホスブビル二リン酸が結合したRNA指向性RNAポリメラーゼ4wtgと同PDBsumデータ


    C型肝炎ウイルス(HCV)由来のプロテアーゼ/ヘリカーゼ NS3 1cu1 → 今月の分子 255


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性Log Pをポケットに!


  2. 構造生物学:構造から見たサリチル酸認識機構(Nature ハイライト,2020/10/08)

    PDBデータ6wpgのChain A(サリチル酸が結合した調節タンパク質NPR4)
    Salicylic acid - WikipediaPlant hormone - Wikipedia

    6wpgのChain A(サリチル酸が結合した調節タンパク質NPR4) 同PDBsmデータ6wpg_SAL$
    サリチル酸(salicylic acid)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    サリチル酸が結合した調節タンパク質NPR4 6wpgのChain AとそのPDBsumデータ


  3. Lead optimization of 8-(methylamino)-2-oxo-1,2-dihydroquinolines as bacterial type II topoisomerase inhibitors(Bioorganic & Medicinal Chemistry,2020/09/22) ※2020/10/14公開7c7n・7c7o(下掲)

    PDBデータ7c7o(阻害剤が結合したDNAジャイレースサブユニットB)
    DNA gyrase - Wikipedia

    7c7o(阻害剤が結合したDNAジャイレースサブユニットB) 同PDBsmデータ7c7o_FKU$PDBsmデータ7c7n_FKR$PDBsmデータ6kzz_E0R(リード化合物)$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    阻害剤が結合したDNAジャイレースサブユニットB 7c7oとそのPDBsumデータ(7c7nおよびリード化合物結合の6kzzとの比較)


  4. 書籍紹介: アリス・ロバーツ 著,斉藤隆央 訳,「飼いならす 世界を変えた10種の動植物」,明石書店(2020) ※Kindle版(Amazon)


    Tamed: With Professor Alice Roberts - YouTube

    イネ Oryza sativa japonica (ジャポニカ米)の顆粒結合デンプン合成酵素 3vuf
    斜体は同書で用いられていない語句
    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCUbackbone
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 (*印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示  
      
    背景・黒 灰 白 
    p.14ほか :(以下はDNA部分構造例) → DNAとRNAのいろいろな姿
    1gt0のChain A・B(Oct4・Sox2・DNA 複合体;DNAのみ) | 1gt0全体* C鎖(Oct1)選択 D鎖(Sox2)選択 → Oct1/Sox2/DNA 複合体
    p.49 コルチゾール:コルチゾール(cortisol;“ストレス・ホルモン”) → 性ホルモン別トピック
    p.49 セロトニン:セロトニン(serotonin) → 抗うつ剤と神経伝達物質
    p.50ほか アグーチシグナル伝達タンパク質: 1y7jのModel 1(ヒトのアグーチシグナル伝達タンパク質構造例) [Agouti-signaling protein - Wikipedia
    p.50ほか メラニン: 関連PDBデータ例 1f9b(メラニン色素モノマー例が結合したラクトフェリン) 同PDBsmデータ1f9b_3ID$
    p.93ほか 二酸化炭素:二酸化炭素(carbon dioxide) → 気候変動と適応(温室効果ガス)
    p.230ほか CRISPR/p.232ほか 遺伝子編集(ゲノム編集): 5f9r(sgRNAおよび2本鎖DNAと結合したCRISPR-Cas9タンパク質;2020年ノーベル化学賞受賞のJ.A.Doudnaらによる) → CRISPR関連生体分子データ《ゲノム編集を考える》
    p.258ほか BSE: 2rnmのModel 1(酵母プリオンタンパク質のアミロイド型構造例) → 狂牛病とプリオン/牛海綿状脳症(BSE)
    p.263ほか ジャポニカ/p.275 デンプン質の食料/p.122ほか デンプン粒: イネの顆粒結合デンプン合成酵素例 3vuf(イネ Oryza sativa japonica顆粒結合デンプン合成酵素)
    p.236ほか ビタミンA(p.253 レチノール)/p.254 ベータカロチン:ビタミンA(all-trans-ビタミンA,all-trans-レチノール) ビタミンA(11-cis-ビタミンA,11-cis-レチノール) | all-trans-レチナール 11-cis-レチナール | ベータカロチン(β-カロチン,β-カロテン,β-carotene) → 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミンモノはなぜ見える
    p.369ほか ビタミンD:ビタミンD2(カルシフェロール,エルゴカルシフェロール ergocalciferol) | ビタミンD3(コレカルシフェロール cholecalciferol) 活性型ビタミンD3(カルシトリオール calcitriol) → 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン別トピック
    p.373ほか ヘモグロビン:1hho(ヒトのオキシヘモグロビン構造例) → ヘモグロビン ‖ ヒト・ウマ・オオカミ・イヌのα鎖(Chain A)比較: 2hhb(ヒトのデオキシヘモグロビン) | 6r2o(ウマ) | 3pel(タテガミオオカミ) | 3pel(グレイハウンド)
    p.375 免疫系遺伝子HLA-*B51: 関連タンパク質PDBデータ例 4mjiのChain A(HLAクラスI組織適合性抗原,B-51α鎖)
    p.388ほか 乳糖:乳糖(ラクトース,lactose) → 甘味物質の秘密
    p.389 ラクターゼ:1jz8(アロラクトースが結合したβ-ガラクトシダーゼ;ラクターゼはβ-ガラクトシダーゼの酵素群の1つ) LAK(アロラクトース)選択 同PDBsumデータ1jz8_LAK$ → 別トピック
    p.392ほか テストステロン:テストステロン(testosterone) → 性ホルモン
    p.397ほか メタン:メタン(methane) → 気候変動と適応(温室効果ガス)
    p.404 トリパノソーマ: 関連PDBデータ例 3wsaのChain A(結核薬SQ109が結合したクルーズトリパノソーマのスクアレン合成酵素) 同PDBsumデータ3wsa_RWZ$ → 別トピック [Trypanosoma - WikipediaFarnesyl-diphosphate farnesyltransferase - WikipediaSQ109 - Wikipedia
    (今後も追加予定です)

      
    [左]コルチゾール(cortisol;“ストレス・ホルモン”)と参考データとして同分子結合グルココルチコイド受容体4p6xのPDBsumデータ(p.49 コルチゾール
    [右]セロトニン(serotonin)(p.49 セロトニン

        
    [左]ヒトのアグーチシグナル伝達タンパク質構造例1y7jのModel 1(p.50ほか アグーチシグナル伝達タンパク質関連)
    [中]メラニン色素モノマー例が結合したラクトフェリン1f9bとそのPDBsumデータ(p.50 メラニン関連)
    [右]sgRNAおよび2本鎖DNAと結合したCRISPR-Cas9タンパク質5f9rp.230ほか CRISPR関連;2020年ノーベル化学賞受賞のJ.A.Doudnaらによる)

        
    [左]イネ Oryza sativa japonica顆粒結合デンプン合成酵素3vufp.263ほか ジャポニカ関連)
    [中]ビタミンD3と活性型ビタミンD3p.369ほか ビタミンD関連)
    [右]アロラクトースが結合したβ-ガラクトシダーゼ1jz8p.389 ラクターゼ関連)

      
    ヒト(2hhb)・ウマ(6r2o)・オオカミ(タテガミオオカミ,1fhj)・イヌ(グレイハウンド,3pel)のヘモグロビン比較(何れもα鎖)とそれぞれのアミノ酸配列p.373ほか ヘモグロビン関連)


    結核薬SQ109が結合したクルーズトリパノソーマのスクアレン合成酵素3wsaのChain AとそのPDBsumデータ(p.404 トリパノソーマ関連)


  5. RCSB PDB 2020/10/21新規公開データより:6s37 Ligand binding domain of the P. putida receptor PcaY_PP in complex with salicylic acid ※他に6s18・6s1a・6s33・6s38・6s3b公開

    PDBデータ 6s37(サリチル酸が結合した化学受容器PcaY_PP)
    Chemoreceptor - Wikipedia
    6s37(サリチル酸が結合した化学受容器PcaY_PP)
    サリチル酸(salicylic acid)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    サリチル酸が結合した化学受容器PcaY_PP 6s37


  6. 炊きたてのご飯の香り成分を測ることに成功(福井大学,2020/08/24) [PDF]

    初期表示は4-ビニルフェノール(4-vinylphenol)
    4-Vinylphenol - Wikipedia
    4-ビニルフェノール(4-vinylphenol)
    インドール(indole) → 悪臭の正体

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    Jmol色 Rasmol色
      
    背景・黒 灰 白 

      
    4-ビニルフェノール(4-vinylphenol)とインドール(indole)


  7. オートファゴソーム膜を伸ばす仕組みを解明 オートファジー最後の未知たんぱく質の正体が明らかに(東京工業大学,2020/10/27) ※2020/10/28新規公開データ7d0i

    PDBデータ 7d0iのChain B(オートファジータンパク質Atg9;脂質スクランブラーゼ)
    Autophagosome - WikipediaAutophagy - WikipediaPhospholipid scramblase - Wikipedia
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    ラウリルマルトースネオペンチルグリコールが結合したオートファジータンパク質Atg9(脂質スクランブラーゼ) 7d0iのChain B


  8. 今月の分子 251: アデニリルシクラーゼ(Adenylyl Cyclase)(PDBj,2020/11)Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 6r3q(アデニリルシクラーゼ〈アデニル酸シクラーゼ〉)
    Adenylyl cyclase - WikipediaSecond messenger system - Wikipedia
    6r3q(5'-グアノシン二リン酸モノチオリン酸が結合したアデニリルシクラーゼ〈アデニル酸シクラーゼ〉) 同PDBsmデータ6r3q_GSP$
    ※他のアデニル酸シクラーゼ関連構造例: PAC1受容体(脳下垂体後葉アデニル酸シクラーゼ1型受容体) 6lpbのChain P・R(PAC1受容体;脳下垂体アデニル酸シクラーゼ活性化ペプチド〈PACAP〉が結合) Chain P(PACAP)選択 [Photoactivated adenylyl cyclase - Wikipedia
    cAMP(cyclic AMP) → 別トピック

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

    z   
    [左・中]5'-グアノシン二リン酸モノチオリン酸が結合したアデニリルシクラーゼ(アデニル酸シクラーゼ) 6r3qとそのPDBsumデータ [右]セカンドメッセンジャーの例であるcAMP(cyclic AMP)


  9. 大豆と納豆菌のせめぎ合いの仕組みを解明 −生きた大豆は納豆菌を嫌い、納豆菌は死んだ大豆が好き−(京都大学,2020/11/02) ※2019/01/23公開データ5z6b(下掲)・5z6c

    PDBデータ 5z6b(納豆菌タンパク質YesO)
    5z6b(納豆菌タンパク質YesO) 同PDBsmデータ5z6b_RAM-GAD-GAL$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 

    z
    納豆菌タンパク質YesO 5z6bとそのPDBsumデータ


  10. Cover Story:原子がはっきり見えた:単粒子クライオ電子顕微鏡によって実現された原子分解能でのタンパク質の撮像(Nature ハイライト,2020/11/05)

    PDBデータ 7a4m(アポフェリチンの部分構造;分解能1.22Å)
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックスβストランド
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 


    分解能1.22Åのアポフェリチン部分構造7a4m(各コマでH原子は白で表示)


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