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6xl1（Card1ヌクレアーゼ） 同PDBsumデータ6xl1_EPE$ cA4（DNA）と近傍アミノ酸残基〈論文のVideo 2より〉 バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
左から： Card1ヌクレアーゼ6xl1，同cA4（DNA）と近傍アミノ酸残基（論文 Video 2より），同PDBsumデータ，Nature論文のVideo 2中の画像例
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- Inhalation of two Prop 65-listed chemicals within vehicles may be associated with increased cancer risk（ScienceDirect，2021/02/27）
- 新車の香りは「発がん性物質」の香り、1日20分嗅ぐだけで発がんリスクが高まる可能性（Gigazine，2021/02/17）
- 発がん性化合物と生体分子（本サイト） ｜ 化学物質過敏症・シックハウス情報 ｜ 環境ホルモンとして疑われている化合物の例 ｜ 別トピック（日本環境化学会 著・編「地球をめぐる不都合な物質」） ｜ 同（鈴木 聡 編著「分子でよむ環境汚染」）
［Tris(1,3-dichloro-2-propyl)phosphate - Wikipedia，リン酸トリス(1,3-ジクロロ-2-プロピル) - 国立環境研究所］
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ベンゼン（benzene） → 別トピック ホルムアルデヒド（formaldehyde） DBP（フタル酸ジブチル；dibutyl phthalate） ｜ DBP結合PDBsumデータ例： 4g5i_DB7（ブタ膵臓のホスホリパーゼA2〈PLA2〉）$ → 別トピック DEHP（di-2-ethylhexyl phthalate；フタル酸ジ-2-エチルヘキシル） → 別トピック TDCIPP（リン酸トリス(1,3-ジクロロ-2-プロピル)；tris(1,3-dichloro-2-propyl)phosphate） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
左から：ベンゼン（benzene），ホルムアルデヒド（formaldehyde），TDCIPP
［左］DBP（dibutyl phthalate）とDBP結合4g5i（ブタ膵臓のホスホリパーゼA2）のPDBsumデータ ［右］DEHP（di-2-ethylhexyl phthalate；フタル酸ジ-2-エチルヘキシル）
［Cisplatin - Wikipedia］
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3lpvのChain A・B（シスプラチンが結合したDNA） CPT（シスプラチン）選択 同PDBsumデータ3lpv_CPT$ ※他のシスプラチン結合DNA例： 1ksb → 元素楽章 ※他のシスプラチン結合DNAのPDBsumデータ例： PDBsmデータ1aio_CPT$ → プラチナPtを含む生体分子のSITE例 シスプラチン（cisplatin） バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
左から シスプラチン結合DNA 3lpvのChain A・BとそのPDBsmデータ，同1ksb，シスプラチン（cisplatin）
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7jsjのChain A（PF2が結合したナトリウム依存性クエン酸輸送体NaCT） 同PDBsumデータ7jsj_X3M（PF2）$ ｜ PDBsumデータ7jsk_CIT（クエン酸）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
PF2が結合したナトリウム依存性クエン酸輸送体NaCT 7jsjのChain AとそのPDBsmデータ（クエン酸結合の7jskとの比較）
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7cd4（YabJタンパク質のS103F変異体） Phe103選択 同PDBsumデータ7cd4_BTB（Bis-Tris buffer）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
YabJタンパク質のS103F変異体 7cd4とそのPDBsmデータ
- Glutamate transporters have a chloride channel with two hydrophobic gates（Nature，2021/02/17）
- 別トピック（本サイト；グルタミン酸トランスポーター2）
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6wyk（グルタミン酸トランスポーターホモログ） リガンド（アスパラギン酸）選択 同PDBsumデータ6wyk_ASP（アスパラギン酸）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
アスパラギン酸が結合したグルタミン酸トランスポーターホモログ 6wykとそのPDBsmデータ
- atabecestat関連ニュース例：アルツハイマー病の新薬候補で認知機能が低下 治療中止から6カ月で機能は回復したものの、atabecestatの開発は中止に（日経メディカル，2021/02/17）
- BACE1・BACE2の別研究
- Structure-Based Approaches to Improving Selectivity through Utilizing Explicit Water Molecules: Discovery of Selective β-Secretase (BACE1) Inhibitors over BACE2（Journal of Medicinal Chemistry，2021/03/15） ※2021/03/31公開PDBデータ7d2x・7d2v・7d5a（以上BACE1），7d5b・7d5u（以上BACE2，後者を下掲）
- Discovery of Extremely Selective Fused Pyridine-Derived β-Site Amyloid Precursor Protein-Cleaving Enzyme (BACE1) Inhibitors with High In Vivo Efficacy through 10s Loop Interactions（Journal of Medicinal Chemistry，2021/09/23） ※2022/02/23公開PDBデータ7f1d（BACE1），7f1g（BACE2） [NEW!]
- アルツハイマー病治療薬（本サイト）
［Beta-secretase 1 - Wikipedia］
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7dcz（阻害剤atabecestatが結合したβ-セクレターゼ1〈BACE1〉） 同PDBsumデータ7dcz_H3C$ 7d5u（Xaperone〈グザペロン；商品名〉と阻害剤が結合したβ-セクレターゼ2〈BACE2〉） ［Beta-secretase 2 - Wikipedia］ PDBsumデータ7d2v_66F$ PDBsumデータ7d5b_66F$ ｜ PDBsumデータ7d5a_GX6$ PDBsumデータ7d5u_GX6$ PDBsumデータ7f1d_0QQ$ PDBsumデータ7f1g_0QQ$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
阻害剤アタベセスタット（atabecestat）が結合したβ-セクレターゼ1（BACE1） 7dczとそのPDBsmデータ
［左］Xaperone（グザペロン；商品名）と阻害剤が結合したβ-セクレターゼ2（BACE2） 7d5u
［右］化合物1が結合した7d2v（BACE1）・7d5b（BACE2）と化合物7が結合した7d5a（BACE1）・7d5u（BACE2）のPDBsmデータ比較
［Porphobilinogen deaminase - Wikipedia，Hydroxymethylbilane - Wikipedia］
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7cd0のChain B（ヒドロキシメチルビランシンターゼ〈ポルフォビリノーゲンデアミナーゼ〉） 同PDBsumデータ7cd0_7J8（ヒドロキシメチルビラン）$ 同PDBsumデータ7cd0_FWL（2-ヨードポルフォビリノーゲン）$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ヒドロキシメチルビランシンターゼ（ポルフォビリノーゲンデアミナーゼ） 7cd0のChain BとそのPDBsumデータ
- New perspectives for treating psychiatric disorders（EMBL，2021/04/06）
- Researchers determine key protein structure that may lead to effective treatments for schizophrenia（News-Medical.Net，2021/04/07）
- 痛みと鎮痛の基礎知識 - Pain Relief ートランスポーター - UMIN
［Glycine transporter - Wikipedia］
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6zbvのChain A（阻害剤が結合したグリシントランスポーター1〈GlyT1〉） 同PDBsumデータ6zbv_QET$ ｜ PDBsumデータ6zpl_QET$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
阻害剤が結合したグリシントランスポーター1（GlyT1） 6zbvのChain AとそのPDBsumデータ（6zplとの比較；何れもH原子追加）
- Inhalation of two Prop 65-listed chemicals within vehicles may be associated with increased cancer risk（Targeted inhibition of EPAS1－driven IL-31 production by a small-molecule compound（Journal of Allergy and Clinical Immunology，2021/04/02） → 全文PDF（プレプリント）
- アトピー性皮膚炎、IL-31産生抑制の低分子化合物を開発－九大ほか（QLifePro 医療ニュース，2021/04/16）
- アトピー性皮膚炎のかゆみ物質の産生を抑制できる化合物、九大などが開発（マイナビニュース，2021/04/16）
- アトピー新薬／タクロリムス（本サイト）
- 最近のタクロリムス関連記事例：アトピーは新薬だけでなく「薬の使い方」も変わってきている（日刊ゲンダイヘルスケア，2021/03/31）
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IPHBA ※参考（IL-31構造例）：1ijzヒトインターロイキン-13（human interleukin-13；human IL-13） ［Interleukin 13 - Wikipedia］ ※参考（他のアトピー薬例と同分子結合PDBデータ例）：タクロリムス（tacrolimus） ［Tacrolimus - Wikipedia］ 1bkf（FK506結合タンパク質） 同PDBsumデータ1bkf_FK5$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］IPHBA（4-(2-(4-isopropylbenzylidene)hydrazineyl)benzoic acid） ［右］ヒトインターロイキン-13（human interleukin-13；human IL-13）1ijz
［左］タクロリムス（tacrolimus） ［右］FK506（タクロリムス）結合タンパク質例1bkfとPDBsumデータ
参考図：タクロリムス（tacrolimus）が結合したβ2アドレナリン受容体（β2AR）-PPP3CA-FKBP12複合体9chuとPDBsumデータ
→ GPCR