- Identification of TCR repertoires in functionally competent cytotoxic T cells cross-reactive to SARS-CoV-2（Communications Biology，2021/12/02）
- 新型コロナを殺傷するメモリーT細胞、日本人は風邪で既に備えている可能性－理研ほか（QLifePro 医療ニュース，2021/12/09） ※“日本人で高親和性のSタンパク質領域エピトープ「QYIペプチド」を同定”
- 【新型コロナ】日本人はなぜ感染・死者数が少ない？ 風邪で獲得された記憶免疫キラーT細胞が新型コロナにも有効な可能性 理研（糖尿病リソースガイド，2021/12/13）
- 【独自解説】理研が発表！日本人のコロナ死者数が少ない理由「ファクターX」のナゾ解明か!?（Yahoo!ニュース，2021/12/13）
- 下掲PDB 3I6Lについて：Novel Immunodominant Peptide Presentation Strategy: a Featured HLA-A*2402-Restricted Cytotoxic T-Lymphocyte Epitope Stabilized by Intrachain Hydrogen Bonds from Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Nucleocapsid Protein（Journal of Virology，2020/12/22）
- HLAとは | HLAについて | HLA研究所
- HLAとは？｜造血幹細胞移植情報サービス｜日本赤十字社
- ヒト白血球型抗原 - Wikipedia
- 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報（本サイト）
ヒト白血球型抗原HLA-A*2402（SARS-CoV-2由来ペプチドが結合） 7ejl
［Human leukocyte antigen - Wikipedia］
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7ejl（SARS-CoV-2由来Nタンパク質ペプチドが結合したヒト白血球型抗原HLA-A*2402） Chain C（SARS-CoV-2由来エピトープ；QYIKWPWYI）のα炭素ラベル表示 同Chain C ｜ 7ejmのChain C（季節性コロナウイルスCoV-229E由来，エピトープTYIKWPWWV） 7ejnのChain C（季節性コロナウイルスCoV-HKU1由来，エピトープMYVKWPWYV） ※参考：3i6l（SARS-CoV-1由来Nタンパク質ペプチドが結合したヒト白血球型抗原HLA-A*2402） Chain F（SARS-CoV-1由来エピトープ；QFKDNVILL）のα炭素ラベル表示 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］SARS-CoV-2由来ペプチドが結合したヒト白血球型抗原HLA-A*2402 7ejl
［右］同Chain C（エピトープQYIKWPWYI；最初の3つがQYIペプチドであることを示す），CoV-229E由来7ejmのChain C（エピトープTYIKWPWWV），CoV-HKU1由来7ejnのChain C（エピトープMYVKWPWYV）の比較
参考データ：SARS-CoV-1由来Nタンパク質ペプチドが結合したヒト白血球型抗原HLA-A*2402 3i6l
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
［O-6-methylguanine-DNA methyltransferase - Wikipedia］
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7dqq（O6-メチルデオキシグアノシンが結合したO6-メチルグアニン-DNAメチルトランスフェラーゼ） 同PDBsumデータ7dqq_J03$ ｜ PDBsumデータ7e1p_J03$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
O6-メチルデオキシグアノシンが結合したO6-メチルグアニン-DNAメチルトランスフェラーゼ（MGMT） 7dqqとそのPDBsumデータ（7e1pとの比較）
- The conformational cycle of prestin underlies outer-hair cell electromotility（Nature，2021/10/25）
- 聴覚関連の別研究
- Structures of the TMC-1 complex illuminate mechanosensory transduction（Nature，2022/10/12） ※2022/10/19公開7usw（下掲）・7usx・7usy
- 参考：重篤副作用疾患別対応マニュアル - PMDA [PDF] ※“薬剤による難聴とは？…アスピリン（サリチル酸剤）などの解熱消炎鎮痛薬”
- 参考（聴覚に関連する最近の書籍例）：田中さをり，「時間の解体新書 手話と産みの空間ではじめる」，明石書店(2021) ※著者は第94回サイエンスカフェにいがたゲストです。
［Prestin - Wikipedia］
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7s9eのChain A（サリチル酸が結合したイルカのプレスチン） 同PDBsumデータ7s9e_SAL$ ｜ PDBsumデータ7s9a_SAL$ 7usw（膜貫通チャネル様タンパク質TMC-1・カルシウム結合タンパク質CALM-1・膜貫通内耳タンパク質TMIEの複合体） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
サリチル酸が結合したイルカのプレスチン（prestin）7s9eのChain AとそのPDBsumデータ（7s9aとの比較）
膜貫通チャネル様タンパク質TMC-1・カルシウム結合タンパク質CALM-1・膜貫通内耳タンパク質TMIEの複合体7usw
- Research reveals the structure and function of a bifunctional protein that transports heme（News-Medical.Net，2020/12/21）
- A pathway emerges: Biologists describe structure and function of a heme transport and assembly machine（EurekAlert!，2020/12/20）
- 研究により、ヘムを輸送する二機能性タンパク質の構造と機能が明らかになりました（BRAIN&MIND NEWS，2020/12/21）
- ヘモグロビン（本サイト）
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7s9z（CcsBA） HEB（heme b/c）選択 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ヘム輸送タンパク質CcsBAの構造 7s9z
［ATP13A2 - Wikipedia，Spermine - Wikipedia］
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7vpk（スペルミンが結合したE2P状態のヒトATP13A2） 同PDBsumデータ7vpk_SPM$ ｜ PDBsumデータ7vpl_SPM$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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5yh2Chain A・C（ゴルジ体カゼインキナーゼ） 同PDBsumデータ5yh2_ATP$ 7x4h（阻害剤AG1112が結合したヒトのカゼインキナーゼCK2α1） 同PDBsumデータ7x4h_lp[407(A)]$ バックボーン 二次構造 全選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ゴルジ体カゼインキナーゼ5yh2のChain A・CとそのPDBsumデータ
阻害剤AG1112が結合したヒトのカゼインキナーゼCK2α1 7x4hとそのPDBsumデータ
- Structure of pathological TDP-43 filaments from ALS with FTLD（Nature，2021/12/08）
- Aggregates of TDP-43 protein spiral into view（Nature News & Views，2021/12/08）
- TAR DNA結合タンパク質43 - Wikipedia
- TAR DNA-binding protein of 43 kDa - 脳科学辞典
- ALS＝筋萎縮性側索硬化症 - arsvi.com
- 筋萎縮性側索硬化症(ALS)を引き起こすタンパク質の新機能を発見（大阪大学，2020/08/28）
- ALSの病態分子TDP-43が、インスリン分泌機構にも関与することを発見－名大ら（QLifePro 医療ニュース，2019/08/05）
- 他のTDP-43関連情報
- TDP-43 forms amyloid filaments with a distinct fold in type A FTLD-TDP（Nature，2023/08/02） ※2023/08/02公開8cg3（下掲）・8cgg・8cgh（他に既出7py2引用）
- TDP-43 differentially propagates to induce antero- and retrograde degeneration in the corticospinal circuits in mouse focal ALS models（Acta Neuropathologica，2023/08/09）
- 他のFTLD関連情報（FTLD-FET / FTLD-FUS）
- TAF15 amyloid filaments in frontotemporal lobar degeneration（Nature，2023/12/06） ※2023/12/06公開8ons（下掲）
- 他の筋萎縮性側索硬化症関連情報
- RCSB PDB 2024/09/17新規公開データより：8s6j NavMs in complex with riluzole [NEW!] → 別トピック（NavMs別データ）
- 別トピック[1]（アルツハイマー病関連TDP-43，本サイト） ｜ [2]（ALS関連） ｜ アルツハイマー病治療薬
［TAR DNA-binding protein 43 - Wikipedia］
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7py2（ALSのTDP-43繊維） 残基番号333-343（SWGMMGMLASQセグメント）選択／α炭素ラベル表示 ※アルツハイマー病関連TDP-43構造例 6cfhの20量体（Chain A・B×10；TDP-43のSWGMMGMLASQセグメント） 8cg3（A型FTLD-TDP患者のRNA結合タンパク質TDP-43繊維） 残基番号343-360選択／α炭素ラベル表示（Nature論文 Fig. 4参照） 8ons〔前頭側頭葉変性症（FTLD-FET）患者からのTAF15アミロイドフィラメント〕 8s6j〔リルゾール（riluzole）が結合した電位依存性ナトリウムチャネルNavMs〕 同PDBsumデータ8s6j_657$ ｜ リルゾール（riluzole） ［Riluzole - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 ヘム選択 Fe選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］ALSのTDP-43繊維7py2（残基番号333-343のSWGMMGMLASQセグメントを球棒表示）
［右］参考図：アルツハイマー病関連TDP-43のSWGMMGMLASQセグメント 6cfhの20量体（Chain A・B×10）
A型FTLD-TDP患者のRNA結合タンパク質TDP-43繊維8cg3（残基番号272-360，途中の球棒表示はQ343-Q360；Nature論文 Fig. 4参照）
前頭側頭葉変性症（FTLD-FET）患者からのTAF15アミロイドフィラメント8ons
（残基番号7-99 → Nature論文）
左から リルゾール（riluzole），同分子が結合した電位依存性ナトリウムチャネルNavMs 8s6jとそのPDBsumデータ
- Structural basis of inhibition of the human SGLT2－MAP17 glucose transporter（Nature，2021/12/08）
- ナトリウム/グルコース共輸送体構造の別研究
- Structural mechanism of SGLT1 inhibitors（Nature Communications，2022/10/28） ※2022/11/16公開データ7wmv（下掲）
- Transport and inhibition mechanism of the human SGLT2-MAP17 glucose transporter（Nature Structural & Molecular Biology，2022/12/06） ※2023/11/01公開データ8hdh・8hez・8hb0（下掲）・8hg7・8hin
- SGLT2阻害薬とは | 糖尿病リソースガイド
- エンパグリフロジン - Wikipedia
［Sodium/glucose cotransporter 2 - Wikipedia，Empagliflozin - Wikipedia］
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7vsi（糖尿病治療薬エンパグリフロジンが結合したナトリウム/グルコース共輸送体2〈SGLT2〉） 同PDBsumデータ7vsi_7R3$ 8hb0（阻害剤TA-1887が結合したナトリウム/グルコース共輸送体2〈SGLT2〉） 同PDBsumデータ8hb0_lp$ 7wmv（阻害剤LX2761が結合したナトリウム/グルコース共輸送体1〈SGLT1〉） 同PDBsumデータ7wmv_lp$ ［Sodium/glucose cotransporter 1 - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
糖尿病治療薬エンパグリフロジン（empagliflozin）が結合したナトリウム/グルコース共輸送体2（SGLT2）7vsiとそのPDBsumデータ
阻害剤TA-1887が結合したナトリウム/グルコース共輸送体2（SGLT2）とMAP17の複合体8hb0とそのPDBsumデータ
阻害剤LX2761が結合したナトリウム/グルコース共輸送体1（SGLT1）とMAP17の複合体7wmvとそのPDBsumデータ
- Synthetic prodrug design enables biocatalytic activation in mice to elicit tumor growth suppression（Nature Communications，2022/01/10） ※引用PDBデータ5LYJ（下掲）
- 話題の制がん剤・抗がん剤（本サイト） ｜ モノはなぜ見える（ポリアセン構造例） ｜ 別トピック[1]（チューブリン） ｜ [2]（血清アルブミン） ｜ 参考：性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝（アロマターゼ）
［Tubulin - Wikipedia，Combretastatin A-4 - Wikipedia，Aromatization - Wikipedia］
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5lyjのChain A・B（チューブリン-コンブレタスタチンA4複合体） 7BA（コンブレタスタチンA4）選択 同PDBsumデータ5lyj_7BA$ ※ポリアセン構造例：ベンゼン（benzene） ｜ ナフタレン（naphthalene） ｜ アントラセン（anthracene） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
チューブリン-コンブレタスタチンA4複合体5lyjのChain A・BとそのPDBsumデータ
- 【新製品】アトピー薬「コレクチム」小児用「0.25％」を発売 鳥居薬品（薬事日報，2021/06/07）
- KEGG DRUG: デルゴシチニブ ｜ 医療用医薬品 : コレクチム
- デルゴシチニブ関連情報
- 子どものアトピー治療、何が変わった？ 医師に聞く新薬と最新の常識（朝日，2023/08/27） ※“以前から使われていた免疫抑制剤の「プロトピック」（一般名タクロリムス）の他に、JAK阻害薬の「コレクチム」（同デルゴシチニブ）と、PDE4という炎症にかかわる酵素の働きを抑える「モイゼルト」（同ジファミラスト）という薬が最近、公的医療保険の対象になりました”。タクロリムス，ジファミラストも下掲。
- 大人のアトピー、かゆみ抑える新薬が続々と登場「治療できる病気」に（朝日，2023/08/07）
- デルゴシチニブ - Wikipedia ｜ ヤヌスキナーゼ
- JAK阻害薬 | 一般社団法人 日本リウマチ学会（JCR）
- 参考：アトピー新薬／タクロリムス（本サイト）
デルゴシチニブ（delgocitinib）
［Delgocitinib - Wikipedia，Janus kinase inhibitor - Wikipedia，Janus kinase 3 - Wikipedia］デルゴシチニブ（delgocitinib）
※デルゴシチニブ結合タンパク質例：7c3n（デルゴシチニブがジファミラスト合したヤヌスキナーゼ3〈JAK3〉） 同PDBsumデータ7c3n_FHX$ → Journal of Medicinal Chemistry論文
タクロリムス（tacrolimus） → アトピー新薬／タクロリムス
ジファミラスト（difamilast） ［ジファミラスト - Wikipedia］
バックボーン 二次構造
全選択 タンパク質選択 リガンド選択
空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去
アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
背景・黒 灰 白 紺
［左］デルゴシチニブ（delgocitinib）
［中・右］参考図：デルゴシチニブ結合タンパク質例（ヤヌスキナーゼ3〈JAK3〉）7c3nとそのPDBsumデータ
［左］タクロリムス（tacrolimus） ［右］ジファミラスト（difamilast）