- Neuraminidase inhibition promotes the collective migration of neurons and recovery of brain function（EMBO Molecular Medicine，2024/05/24）
- 名古屋市立大、「抗インフルエンザ薬での脳梗塞の再生医療」について発表（日経，2024/05/27）
- 医療用医薬品 : リレンザ - KEGG
- 鳥インフルエンザ＆新型インフルエンザ情報（本サイト） ｜ SARSと抗ウイルス薬
［Zanamivir - Wikipedia］
|
|
ザナミビル（zanamivir） ※参考（ザナミビル結合PDBデータ例）：1a4gChain A（ザナミビル〈zanamivir〉が結合したノイラミニダーゼ） 同PDBsumデータ1a4g_ZMR$ ※参考（上掲記事のシアル酸関連データ）：Sia（例として N-アセチルノイラミン酸；糖鎖に含まれる単糖） → 糖タンパク質データ集 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］ザナミビル（zanamivir）
［中・右］ザナミビル結合ノイラミニダーゼ構造例1a4gのChain AとそのPDBsumデータ
ザナミビル〔※リレンザ〕を含むPDBデータ1a4gのChain A → 新しい風邪薬・インフルエンザ治療薬
-
●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
●ヒトの必須・非必須区別
ILE LEU VAL PHE MET TRP LYS HIS THR ARG ALA PRO CYS TYR GLY GLU GLN ASP SER ASN
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- 構造生物学：ノルアドレナリン輸送体のクライオ電子顕微鏡構造（Nature ハイライト，2024/06/07）
- 構造生物学：ノルアドレナリン輸送体のクライオ電子顕微鏡構造（Nature ハイライト，2024/08/22） ※“これによって将来の薬物設計に重要な青写真が得られた”，下記2報。
- Molecular basis of human noradrenaline transporter reuptake and inhibition（Nature，2024/07/24） ※2024/07/31公開8hfe・8hff（下掲）・8hfg・8hfi（下掲）・8hfl・8i3v（下掲）・8wgx・8z1l・8wgr
- 8i3vに結合のエスシタロプラム（escitalopram）関連ニュース：SSRIで処方頻度が最も高いのはエスシタロプラム、2位、3位も変わらず 1位はエスシタロプラム、2位はパロキセチン、3位はセルトラリン（日経メディカル，2025/01/18） [NEW!] → 抗うつ剤と神経伝達物質
- Transport and inhibition mechanisms of the human noradrenaline transporter（Nature，2024/07/31） ※2024/08/07公開8wtu・8wtv・8wtw・8wtx・8wty（下掲）
- Molecular basis of human noradrenaline transporter reuptake and inhibition（Nature，2024/07/24） ※2024/07/31公開8hfe・8hff（下掲）・8hfg・8hfi（下掲）・8hfl・8i3v（下掲）・8wgx・8z1l・8wgr
- 構造生物学：ノルエピネフリン輸送体の構造から得られた作用機構の手掛かり（Nature ハイライト，2024/09/12）
- Substrate binding and inhibition mechanism of norepinephrine transporter（Nature，2024/08/14） ※2024/07/10公開8xb4・8xb3・8xb2（下掲）
- ニソキセチン - KEGG DRUG
- 抗うつ剤と神経伝達物質（本サイト） ｜ 「亀-C-C-N」構造をもつ脳内物質のSITE例 ｜ 窒素から見る生命の世界
［Norepinephrine transporter - Wikipedia，Nisoxetine - Wikipedia］
|
|
8yr2のChain A（ニソキセチンが結合したノルアドレナリントランスポーター） 41U（ニソキセチン）選択 同PDBsumデータ8yr2_lp$ 8hff（ノルアドレナリン〈noradrenaline〉が結合したノルアドレナリントランスポーター） 同PDBsumデータ8hff_LNR[701(A)]$ ｜ 8hfi（デシプラミン〈desipramine〉が結合したノルアドレナリントランスポーター） 同PDBsumデータ8hfi_DSM$ ｜ 8i3v（エスシタロプラム〈escitalopram〉が結合したノルアドレナリントランスポーター） 同PDBsumデータ8i3v_68P$ エスシタロプラム（escitalopram） → 日本発の医薬品 8wty（ジプラシドン〈ziprasidone〉が結合したノルアドレナリントランスポーター） 同PDBsumデータ8wty_XEF$ 8xb2（阻害剤ラダファキシン〈radafaxine〉が結合したノルアドレナリントランスポーター） 同PDBsumデータ8xb2_YNT$ ニソキセチン（nisoxetine，(S)体） ｜ ノルアドレナリン（noradrenaline） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］ニソキセチン（nisoxetine） ［中・右］同分子が結合したノルアドレナリントランスポーター8yr2のChain AとそのPDBsumデータ
ノルアドレナリントランスポーター 左から ノルアドレナリン（noradrenaline）結合8hff，デシプラミン（desipramine）結合8hfi，エスシタロプラム（escitalopram）結合8i3v，
およびそれぞれのPDBsumデータ
エスシタロプラム（escitalopram）
→ 抗うつ剤と神経伝達物質
ジプラシドン（ziprasidone）が結合したノルアドレナリントランスポーター8wtyとそのPDBsumデータ
阻害剤ラダファキシン（radafaxine）が結合したノルアドレナリントランスポーター8xb2とそのPDBsumデータ
参考画像：PuzMolによるノルアドレナリン（noradrenaline）
→ 「亀-C-C-N」構造をもつ脳内物質のSITE例｜窒素から見る生命の世界
- 玄米成分がマウスの認知機能を改善 琉球大研究グループが発表（NHK，2024/05/30）
- 玄米成分で認知機能改善 琉大などの研究チーム、マウス実験で証明 軽度に効果 食卓から健康寿命延長（沖縄タイムス，2024/05/31）
- 医療用医薬品 : ガンマオリザノール - KEGG ｜ DRUG: ガンマ-オリザノール
- γ-オリザノール（大正製薬）
- γ-オリザノール - Wikipedia
［γ-Oryzanol - Wikipedia］
|
|
γ-オリザノール（γ-oryzanol） ※以下参考 ポリビニルアルコール（PVA） → 代表的な高分子 コレステロール（cholesterol；ステロール代表例） → 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 CPK色 Jmol色 Rasmol色 背景・黒 灰 白 紺 |
γ-オリザノール（γ-oryzanol）
- ‘Smart’ antibiotic can kill deadly bacteria while sparing the microbiome（Nature News，2024/05/30）
- New antibiotic targets only gram-negative bacteria, sparing the gut（Chemical & Engineering News，2024/05/29）
- New antibiotic lolamicin shows promise in fighting drug-resistant infections（News-Medical，2024/05/30）
- 次世代抗生物質は腸内の善玉菌を保護して病原菌だけを殺す（gooニュース，2024/06/08）
- 病原菌だけを狙い撃ちする抗生物質「ロラマイシン」が登場、悪玉菌は破壊しつつ善玉菌は保護する「スマート抗生物質」（GIGAZINE，2024/06/09）
- グラム陰性菌を選択的に殺菌し、腸内細菌叢を維持する新規抗菌薬の開発 - note（あらたま，2024/06/04）
- 抗生物質データ集メニュー（本サイト） ｜ 抗生物質分子データ集
|
CPK色 Jmol色 Rasmol色 背景・黒 灰 白 紺 |
ロラマイシン（lolamicin）
- Type III secretion system - Wikipedia ※“While the type III secretion system has been widely regarded as equivalent to the injectisome …”
（mmCIF → PDB converterでcif→pdb変換）
|
|
7ah9のChain 1A・1F・1G・1K・1Z・2J・5P・6A・7B（サルモネラ菌のインジェクティソーム〈injectisome〉） Met（メチオニン）α炭素ラベル表示 …上掲記事“メチオニンがスムーズに分かれて、細いタンパク質鎖（赤色）が通過できるようになる”より バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
サルモネラ菌のインジェクティソーム（injectisome）7ah9のChain 1A・1F・1G・1K・1Z・2J・5P・6A・7B
（mmCIF → PDB converterでcif→pdb変換）
- A rare olive compound oleacein functions as a TrkB agonist and mitigates neuroinflammation both in vitro and in vivo（Cell Communication and Signaling，2024/06/04）
- オリーブの希少成分「オレアセイン」の抗うつ効果を発見（AFPBB News，2024/06/21）
- オリーブ由来の「オレアセイン」に抗うつ効果、筑波大などが確認（マイナビニュース，2024/06/25）
- 抗うつ剤と神経伝達物質
|
|
オレアセイン（oleacein） ※以下参考 ドーパミン／ドパミン（dopamine） セロトニン（serotonin） ノルアドレナリン（noradrenaline） イブプロフェン（ibuprofen） → 抗生物質分子データ集 1hcf（TrkB-d5とニューロトロフィン-4/5の複合体） Trp317・Ile334・Leu324・Glu326・Thr332空間充填／α炭素ラベル表示 4at5（TrkBキナーゼドメイン） 同PDBsumデータ4at5_MUJ$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
オレアセイン（oleacein）
［左］TrkB-d5とニューロトロフィン-4/5の複合体1hcf（上掲文献中のTrp317・Ile334・Leu324・Glu326・Thr332を球表示）
［中・右］TrkBキナーゼドメイン4at5とそのPDBsumデータ
- Opioid crisis: compound opens up potential strategy to tackle overdoses（Nature News and Views，2024/07/03）
- 創薬：オピオイドの作用を逆転させる新しい化合物（Nature ハイライト，2024/07/04）
- 創薬：μオピオイド受容体調節薬の開発（Nature ハイライト，2024/07/18）
- New compound enhances naloxone’s ability to reverse opioid overdoses（C&EN，2024/07/03）
- Opioid Breakthrough as New Drug Supercharges Overdose-Reversing Medicine（Newsweek，2024/07/03）
- Drug can amplify naloxone’s effect and reduce opioid withdrawals, study shows（Los Angeles Times，2024/07/03）
- GPCR - 2012年ノーベル化学賞（本サイト）
|
|
9bjkのChain R（368とナロキソンが結合したμオピオイド受容体；Kobilkaらによる，cif→pdbデータ変換） A1APU（368）選択 同PDBsumデータ9bjk_lp$ (S)-368 ※以下参考 ナロキソン（naloxone） → 別トピック フェンタニル（fentanyl） → 危険ドラッグ モルヒネ／モルフィン（morphine） → 危険ドラッグ μオピオイド受容体の例：7t2hのChain D（ロフェンタニル〈lofentanil〉が結合したμオピオイド受容体；Kobilkaらによる） 同PDBsumデータ7t2hD_lp$ 1hcf（TrkB-d5とニューロトロフィン-4/5の複合体） Trp317・Ile334・Leu324・Glu326・Thr332空間充填／α炭素ラベル表示 4at5（TrkBキナーゼドメイン） 同PDBsumデータ4at5_MUJ$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
368とナロキソン（naloxone）が結合（両者で強調して阻害効果）したμオピオイド受容体9bjkのChain RとそのPDBsumデータ
［左］(S)-368（異性体あり） ［右］ナロキソン（naloxone）
参考図： オピオイド受容体の主要なクラス例 μ 4dkl，κ 4djh，δ 4ej4，および関連するノシセプチンオピオイド受容体（NOP） 4ea3
→ GPCR - 2012年ノーベル化学賞
参考：今月の分子 217: オピオイド受容体（Opioid Receptors）（PDBj，2018/01）
- An ancestral fold reveals the evolutionary link between RNA polymerase and ribosomal proteins（Nature Communications，2024/07/18） ※2024/07/17公開8jvn・8jvo・8jvp（下掲）・8jvq・8jvr・8jvt・8jvs・8jvu・8jvv・8jvw・8jvx・8jvy・8jvz
- DNAとRNAのいろいろな姿（本サイト） ｜ 分子モデルで見るノーベル賞（2009年 化学賞関連／リボソーム）
|
|
バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
Double-zeta β-barrel （DZBB）構造例，design-2 (Ph1) 8jvpの2量体（Chain A×2）
| Gly | Pro | Met | Pro | Gly | Lys | Lys | Phe | Val | Ala | Arg | Val | Ala | Glu | Ala | Arg | Ala | Glu | Asp | Val | Gly | Lys | Arg | Val | Val | Ile | Ile | Pro | Lys | Ala | Glu | Arg | Ala | Lys | Val | Gly | Ile | Lys | Val | Gly | Asp | Val | Val | Glu | Val | Lys | Lys | Val |
| Gly | Pro | Met | Pro | Gly | Lys | Lys | Phe | Val | Ala | Arg | Val | Ala | Glu | Ala | Arg | Ala | Glu | Asp | Val | Gly | Lys | Arg | Val | Val | Ile | Ile | Pro | Lys | Ala | Glu | Arg | Ala | Lys | Val | Gly | Ile | Lys | Val | Gly | Asp | Val | Val | Glu | Val | Lys | Lys | Val |
| Gly | Pro | Met | Pro | Gly | Lys | Lys | Phe | Val | Ala | Arg | Val | Ala | Glu | Ala | Arg | Ala | Glu | Asp | Val | Gly | Lys | Arg | Val | Val | Ile | Ile | Pro | Lys | Ala | Glu | Arg | Ala | Lys | Val | Gly | Ile | Lys | Val | Gly | Asp | Val | Val | Glu | Val | Lys | Lys | Val |
準必須 = 4
非必須 = 20
計 = 48
- Pseudoirreversible inhibition elicits persistent efficacy of a sphingosine 1-phosphate receptor 1 antagonist（Nature Communications，2024/07/19）
- ずっと効く免疫抑制化合物の発見（AFPBB News，2024/07/19）
- 理研・キッセイ薬品・横浜市大・筑波大、新たな免疫抑制化合物KSI-6666を発見し薬効が持続する機構を同定（日経，2024/07/19）
- GPCR - 2012年ノーベル化学賞（本サイト） ｜ 日本発の医薬品
|
|
KSI-6666 ※以下参考（上掲論文引用データ） 3v2y（スフィンゴシン-1-リン酸受容体1〈S1PR1〉） 同PDBsumデータ3v2y_ML5$ ［S1PR1 - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
KSI-6666
参考データ：スフィンゴシン-1-リン酸受容体1（S1PR1）3v2yとそのPDBsumデータ
（α炭素のみ；mmCIF → PDB converterでcif→pdb変換）
|
|
バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ESCRT-IIIタンパク質 6tz4（α炭素のみ）