◆ Jmolで見るトピックス分子（25-4） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記　→ No.571（環境ホルモン） ｜ No.979（カプサイシン受容体） ｜ No.1046（ディールス・アルドラーゼ）

  1. 抗インフルエンザ薬を脳梗塞の再生医療に（自然科学研究機構 生理学研究所，2024/05/24） [NEW!]

    ザナミビル（zanamivir）
    ［Zanamivir - Wikipedia］
    		ザナミビル（zanamivir）
    ※参考（ザナミビル結合PDBデータ例）：1a4gChain A（ザナミビル〈zanamivir〉が結合したノイラミニダーゼ）　同PDBsumデータ1a4g_ZMR$
    ※参考（上掲記事のシアル酸関連データ）：Sia（例として N-アセチルノイラミン酸；糖鎖に含まれる単糖）　→ 糖タンパク質データ集
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］ザナミビル（zanamivir）
    ［中・右］ザナミビル結合ノイラミニダーゼ構造例1a4gのChain AとそのPDBsumデータ


    ザナミビル〔※リレンザ〕を含むPDBデータ1a4gのChain A → 新しい風邪薬・インフルエンザ治療薬

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. Dimerization and antidepressant recognition at noradrenaline transporter（Nature，2024/05/15） [NEW!]　※2023/05/29公開8y94・8yr2（下掲）・8y95・8y92・8y8z・8y93・8y90・8y91

    ニソキセチン（nisoxetine）が結合したノルアドレナリントランスポーター8yr2のChain A（cif→pdbデータ変換）
    ［Norepinephrine transporter - Wikipedia，Nisoxetine - Wikipedia］
    		8yr2のChain A（ニソキセチンが結合したノルアドレナリントランスポーター）　41U（ニソキセチン）選択　同PDBsumデータ8yr2_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ニソキセチン（nisoxetine）が結合したノルアドレナリントランスポーター8yr2のChain AとそのPDBsumデータ

  3. ナノ粒子化γ-オリザノールによる認知機能改善効果の実証　〜玄米機能成分の摂取が加齢に伴う認知機能低下を防止・改善できる〜（琉球大学，2024/05/30） [NEW!]　※“生体適合性ナノ粒子：株式会社Sentan Pharmaが開発した技術。ポリビニルアルコール（PVA）および乳酸−グリコール酸共重合体（PLGA）を主な成分とする粒子で、薬剤や機能性成分を含有させることを「ナノ粒子化」と呼ぶ”，“γ-オリザノールとは、米糠の脂質に含有される、フェルラ酸とステロールとが縮合したエステル類の総称”。

    γ-オリザノール（γ-oryzanol）
    ［γ-Oryzanol - Wikipedia］
    		γ-オリザノール（γ-oryzanol）
    ※以下参考
    ポリビニルアルコール（PVA）　→ 代表的な高分子
    コレステロール（cholesterol；ステロール代表例）　→ 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝

    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    CPK色　Jmol色　Rasmol色
    　
    背景・黒　灰　白　紺


    γ-オリザノール（γ-oryzanol）

  4. A Gram-negative-selective antibiotic that spares the gut microbiome（Nature，2024/05/29） [NEW!]

    ロラマイシン（lolamicin）
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    CPK色　Jmol色　Rasmol色
    　
    背景・黒　灰　白　紺


    ロラマイシン（lolamicin）

  5. 今月の分子 294:インジェクティソーム（Injectisome）（PDBj，2024/06） [NEW!] ｜ Molecule of the Month（PDB）

    サルモネラ菌のインジェクティソーム（injectisome）7ah9のChain 1A・1F・1G・1K・1Z・2J・5P・6A・7B
    （mmCIF → PDB converterでcif→pdb変換）
    		7ah9のChain 1A・1F・1G・1K・1Z・2J・5P・6A・7B（サルモネラ菌のインジェクティソーム〈injectisome〉）　Met（メチオニン）α炭素ラベル表示 …上掲記事“メチオニンがスムーズに分かれて、細いタンパク質鎖（赤色）が通過できるようになる”より
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    サルモネラ菌のインジェクティソーム（injectisome）7ah9のChain 1A・1F・1G・1K・1Z・2J・5P・6A・7B
    （mmCIF → PDB converterでcif→pdb変換）

  6. オリーブの希少成分「オレアセイン」の抗うつ効果を発見（産総研，2024/06/21） [NEW!]

    オレアセイン（oleacein）
    		オレアセイン（oleacein）
    ※以下参考
    ドーパミン／ドパミン（dopamine）
    セロトニン（serotonin）
    ノルアドレナリン（noradrenaline）
    イブプロフェン（ibuprofen）　→ 抗生物質分子データ集
    1hcf（TrkB-d5とニューロトロフィン-4/5の複合体）　Trp317・Ile334・Leu324・Glu326・Thr332空間充填／α炭素ラベル表示
    4at5（TrkBキナーゼドメイン）　同PDBsumデータ4at5_MUJ$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    オレアセイン（oleacein）

      
    ［左］TrkB-d5とニューロトロフィン-4/5の複合体1hcf（上掲文献中のTrp317・Ile334・Leu324・Glu326・Thr332を球表示）
    ［中・右］TrkBキナーゼドメイン4at5とそのPDBsumデータ

  7. A μ-opioid receptor modulator that works cooperatively with naloxone（Nature，2024/07/03） [NEW!]　※2024/07/17公開PDB 9bjk；2012年ノーベル化学賞受賞のKobilkaらによる

    368とナロキソンが結合したμオピオイド受容体9bjkのChain R
    		9bjkのChain R（368とナロキソンが結合したμオピオイド受容体；Kobilkaらによる，cif→pdbデータ変換）　A1APU（368）選択　同PDBsumデータ9bjk_lp$
    (S)-368
    ※以下参考
    ナロキソン（naloxone）　→ 別トピック
    フェンタニル（fentanyl）　→ 危険ドラッグ
    モルヒネ／モルフィン（morphine）　→ 危険ドラッグ
    μオピオイド受容体の例：7t2hのChain D（ロフェンタニル〈lofentanil〉が結合したμオピオイド受容体；Kobilkaらによる）　同PDBsumデータ7t2hD_lp$

    1hcf（TrkB-d5とニューロトロフィン-4/5の複合体）　Trp317・Ile334・Leu324・Glu326・Thr332空間充填／α炭素ラベル表示
    4at5（TrkBキナーゼドメイン）　同PDBsumデータ4at5_MUJ$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    368とナロキソン（naloxone）が結合（両者で強調して阻害効果）したμオピオイド受容体9bjkのChain RとそのPDBsumデータ

      
    ［左］(S)-368（異性体あり）　［右］ナロキソン（naloxone）


    参考図： オピオイド受容体の主要なクラス例 μ 4dkl，κ 4djh，δ 4ej4，および関連するノシセプチンオピオイド受容体（NOP） 4ea3
    → GPCR - 2012年ノーベル化学賞
    参考：今月の分子 217: オピオイド受容体（Opioid Receptors）（PDBj，2018/01）

  8. 今は失われたタンパク質構造が解き明かす　「RNAポリメラーゼ」と「リボソームタンパク質」の進化的繋がり（早稲田大学，2024/07/19） [NEW!]

    Double-zeta β-barrel （DZBB）構造例，design-2 (Ph1) 8jvpの2量体（Chain A×2）
    		バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    Double-zeta β-barrel （DZBB）構造例，design-2 (Ph1) 8jvpの2量体（Chain A×2）

  9. ずっと効く免疫抑制化合物の発見　−シミュレーションと実験のコラボによる薬効持続の機構解明−（理研，2024/07/19） [NEW!]

    KSI-6666
    		KSI-6666
    ※以下参考（上掲論文引用データ）
    3v2y（スフィンゴシン-1-リン酸受容体1〈S1PR1〉）　同PDBsumデータ3v2y_ML5$　［S1PR1 - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    KSI-6666


    参考データ：スフィンゴシン-1-リン酸受容体1（S1PR1）3v2yとそのPDBsumデータ

「生活環境化学の部屋」ホームページ ｜ Jmol版「分子の学習帳」