◆ Jmolで見るトピックス分子（25-3） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記　→ No.571（環境ホルモン） ｜ No.979（カプサイシン受容体） ｜ No.1046（ディールス・アルドラーゼ）

  1. Transport mechanism of presynaptic high-affinity choline uptake by CHT1（Nature Structural & Molecular Biology，2024/04/08）　※2024/04/10公開データ8j75（下掲）・8j76・8j77

    阻害剤ヘミコリニウム-3（hemicholinium-3）が結合した高親和性コリントランスポーター1（CHT1） 8j75
    ［Choline transporter - Wikipedia，Hemicholinium-3 - Wikipedia］
    		8j75（阻害剤ヘミコリニウム-3〈hemicholinium-3〉が結合した高親和性コリントランスポーター1〈CHT1〉）8j75　同PDBsumデータ8j75_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    阻害剤ヘミコリニウム-3（hemicholinium-3）が結合した高親和性コリントランスポーター1（CHT1）8j75とそのPDBsumデータ /FONT>

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. 痛みに向き合う実績と効き目に迫れ！　サッカー元日本代表・大久保嘉人がロキソニンを学ぶ（withnews，2024/03/28）　※“鎮痛消炎成分「ロキソプロフェンナトリウム水和物」”のロキソプロフェンを下掲

    ロキソプロフェン（loxoprofen；異性体あり）
    ［Loxoprofen - Wikipedia］
    		ロキソプロフェン（loxoprofen；異性体あり）
    ※他の鎮痛薬例
    アセトアミノフェン（acetaminophen）
    アセチルサリチル酸（acetylsalicylic acid）
    イブプロフェン（ibuprofen）　→ 抗生物質分子データ集
    空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    CPK色　Jmol色　Rasmol色
    　
    背景・黒　灰　白　紺


    ロキソプロフェン（loxoprofen；異性体あり）

  3. Emergence of fractal geometries in the evolution of a metabolic enzyme（Nature，2023/04/10）　※2023/01/04公開8an1・8bp7・8bei・8rjk・8rjl（下掲）

    クエン酸シンターゼ8rjlのChain A・C・E・F・G・K・L・O・P
    ［Citrate synthase - Wikipedia］
    		8rjlのChain A・C・E・F・G・K・L・O・P（クエン酸シンターゼ）
    ※別クエン酸シンターゼ例：1a59
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    クエン酸シンターゼ8rjlのChain A・C・E・F・G・K・L・O・P

  4. 書籍紹介： キース・ベロニーズ 著・渡辺　正 訳，「奇跡の薬16の物語」，化学同人(2024)


    本書（右）と，同じ訳者による「星屑から生まれた世界」（左）

    イブプロフェンが結合したシクロオキシゲナーゼ-2（COX-2）4ph9のChain A
    バックボーン　二次構造
    DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺
    		 p.2ほか　イブプロフェン：イブプロフェン（ibuprofen）　→ 抗生物質分子データ集 ｜ 4ph9のChain A（イブプロフェンが結合したシクロオキシゲナーゼ-2〈COX-2〉；p.2・72に シクロオキシゲナーゼ）　IBP（イブプロフェン）選択　同PDBsumデータ 4ph9_IBP$　→ 今月の分子 171:シクロオキシゲナーゼ（Cyclooxygenase）（PDBj，2001/05）
    p.6ほか　アスピリン（アセチルサリチル酸）：アスピリン（aspirin）
    p.8　オクタノール：オクタノール（octanol）　→ アルコールとフェノール｜Log Pをポケットに！
    p.12　サリドマイド：(S )-サリドマイド ｜ (R )-サリドマイド ｜ 両分子同時表示　→ 別トピック
    p.17　エストロゲン： エストロゲン（女性ホルモン）は3種総称　エストロン（estrone） ｜ エストラジオール（17β-エストラジオール，17β-estradiol） ｜ エストリオール（estriol）　→ 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝
    p.25ほか　ペニシリン：ペニシリンG（penicillin G）　→ 抗生物質分子データ集
    p.39　アンピシリン：アンピシリン（ampicillin）　→ 抗生物質分子データ集
    p.43ほか　キニーネ：キニーネ（quinine）
    p.49ほか　カフェイン：カフェイン（caffeine）
    p.56　新型コロナ／p.227　コロナウィルス　→ 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報
    p.56　ヒドロキシクロロキン：ヒドロキシクロロキン（hydroxychloroquine）
    p.61　サリシン：サリシン（salicin）
    p.61　サリチル酸メチル：サリチル酸メチル（methylsalicylate）
    p.87　イプロニアジド：イプロニアジド（iproniazid）
    p.89　イソニアジド：イソニアジド（isoniazid）　→ 抗生物質分子データ集
    p.70ほか　アセトアミノフェン：アセトアミノフェン（acetaminophen）
    p.86ほか　神経伝達物質　→ 抗うつ剤と神経伝達物質
    p.100　コカイン：コカイン（cocaine）　→ 危険ドラッグ
    p.102　アデノシン三リン酸（ATP）：ATP
    p.117　γ-アミノ酪酸：γ-アミノ酪酸（γ-aminobutyric acid，GABA）　→ タンパク質中の20種類のアミノ酸
    p.121　笑気／p.215　一酸化二窒素：一酸化二窒素（dinitrogen monoxide；亜酸化窒素 nitrous oxide；笑気ガス）の構造例　→ 別トピック
    p.123　酸素：酸素分子（oxygen molecule）　→ 分子の形と性質(1)
    p.117　ジアゼパム：ジアゼパム（diazepam）
    p.137　硫黄マスタード（マスタードガス）：硫黄マスタード（sulfur mustard）　→ 地下鉄サリン事件
    p.155　クマリン：クマリン（coumarin）
    p.159　ストリキニーネ：ストリキニーネ（strychnine）
    p.177　サリン：サリン（sarin）　→ 地下鉄サリン事件
    p.177　神経ガス　→ 地下鉄サリン事件
    p.202ほか　ジヒドロテストステロン：ジヒドロテストステロン（dihydrotestosterone，DHT）　→ 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝
    p.215　アルギニン：アルギニン（arginine，Arg）　→ タンパク質中の20種類のアミノ酸
    p.225　新型コロナワクチン　→ 別トピック（mRNAワクチンとシュードウリジン）
    p.233　インスリン： インスリン（insulin）構造例 1trzのChain A・B　→ ヒトゲノムマップに見るタンパク質
    p.233　グルコース：α-グルコース（α-glucose） ｜ β-グルコース（β-glucose）　→ 甘味物質の秘密
    p.247　コデイン：コデイン（codeine）

    （今後も追加します；紹介書索引順に追加）

      
    p.2ほか：［左］イブプロフェン（ibuprofen）
    ［中・右］イブプロフェンが結合したシクロオキシゲナーゼ-2（COX-2）4ph9のChain AとそのPDBsumデータ


    p.233：インスリン（insulin）構造例 1trzのChain A・B


    p.8：「オクタノール／水」分配係数

  5. 抗てんかん薬が効く仕組みを解明　−新たな抗てんかん薬やPETプローブの開発に寄与−（理研，2024/04/18）　※2024/05/01公開データ8jlc・8jle・8js8・8jlh・8jli・8jlf・8jlg・8js9・8k77（下掲）

    ブリバラセタム（ブリーバラセタム，brivaracetam）が結合したSV2A-A型ボツリヌス毒素受容体8k77のChain A（cif→pdbデータ変換）
    ［Brivaracetam - Wikipedia］
    		8k77のChain A（ブリバラセタム〈brivaracetam〉が結合したSV2A-A型ボツリヌス毒素受容体）　同PDBsumデータ8k77_lp$
    ブリバラセタム（ブリーバラセタム，brivaracetam）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］ブリバラセタム（ブリーバラセタム，brivaracetam）
    ［中・右］同分子が結合したSV2A-A型ボツリヌス毒素受容体8k77のChain AとそのPDBsumデータ（cif→pdbデータ変換）

  6. 今月の分子 293:CFTRと嚢胞性線維症（CFTR and Cystic Fibrosis）（PDBj，2024/05） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    CFTR（嚢胞性線維症膜貫通伝導制御因子）8eiq
    ［Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator - Wikipedia］
    		8eiq（CFTR；エレクサカフトール〈elexacaftor〉，テザカフトール〈tezacaftor〉，アイバカフトール〈ivacaftor〉ほかが結合）　WJX・CV6・VX7（エレクサカフトール・テザカフトール・アイバカフトール）選択　同PDBsumデータ8eiq_WJX（エレクサカフトール〈elexacaftor〉）$　［Elexacaftor - Wikipedia］
    9dw8のChain A（CFTR；AMP-PNP，P-ATPが結合）　残基番号1371（E1371Q）空間充填／α炭素ラベル表示　同PDBsumデータ9dw8_B44（P-ATP）[1502(A)]$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    エレクサカフトール（elexacaftor），テザカフトール（tezacaftor），アイバカフトール（ivacaftor），
    ATPが結合したCFTR 8eiqとPDBsumデータ（エレクサカフトール〈elexacaftor〉）


    CFTR（嚢胞性線維症膜貫通伝導制御因子）9dw8のChain AとPDBsumデータ（P-ATP）

  7. Discovery of WRN inhibitor HRO761 with synthetic lethality in MSI cancers（Nature，2024/04/24）　※2024/04/24公開PDBデータ8pfp・8pfl・8pfo（下掲）

    阻害剤HRO761が結合したWRN構造8pfo
    ［Werner syndrome helicase - Wikipedia］
    		8pfo（阻害剤HRO761が結合したWRN構造）　同PDBsumデータ8pfo_YHC$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    阻害剤HRO761が結合したWRN構造8pfoとそのPDBsumデータ

  8. 書籍紹介： 小林憲正，「生命と非生命のあいだ　地球で「奇跡」は起きたのか」，講談社ブルーバックス(2024)

    PDBデータ 3j7u（カタラーゼの構造例）
    ［Catalase - Wikipedia］
    		p.51　インスリン： インスリン（insulin）構造例 1trzのChain A・B　→ ヒトゲノムマップに見るタンパク質
    p.86　アラニン：アラニン（alanine，Ala）　→ タンパク質中の20種類のアミノ酸
    p.151　黄鉄鉱（パイライト）：黄鉄鉱（パイライト，pyrite）部分構造 ｜ Fe2S2・Fe4S4・Fe3S4（以上2wqyより），Fe8S7（3minより），黄鉄鉱（pyrite）部分構造の同時表示　→ ｜鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例
    p.148　カタラーゼ：3j7u（カタラーゼの構造例）　同PDBsumデータ3j7u_HEMs（H原子追加）$　→ 別トピック
    バックボーン　二次構造
    DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    p.51：インスリン（insulin）構造例 1trzのChain A・B

      
    p.148：［左］3j7u（Chain色；小さめの白球表示はH原子）
    ［右］同PDBsumデータ（アミノ酸はI/O値順着色；白色は追加したH原子）


    p.151：鉄硫黄鉱物と鉄硫黄クラスター

  9. Molecular Aggregation Strategy for Inhibiting DNases（JACS，2024/04/16）

    Mn007（Mannan-007）；異性体あり
    		Mn007（Mannan-007）；異性体あり
    ※参考（DNase構造例）：2xh3のChain A
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］Mn007（Mannan-007）；異性体あり　［右］参考のDNase構造例：2xh3のChain A

  10. 植物の発根を促進する新規機能性アミノ酸を同定　−成長制御による植物バイオマスの増大に期待−（理研，2024/05/24）

    L-2-アミノピメリン酸（L-2-aminopimelic acid）
    		L-2-アミノピメリン酸（L-2-aminopimelic acid）
    ※参考（同分子結合データ例）：5e3r（テトラヒドロピコリン酸-N-サクシニルトランスフェラーゼ〈DapD〉）　NPI（L-2-アミノピメリン酸）選択　同PDBsumデータ5e3r_NPI$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］L-2-アミノピメリン酸（L-2-aminopimelic acid）
    ［右］同分子結合の参考構造例：トラヒドロピコリン酸-N-サクシニルトランスフェラーゼ（DapD）5e3rとそのPDBsumデータ



    タンパク質中の20種類のアミノ酸

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