［Choline transporter - Wikipedia，Hemicholinium-3 - Wikipedia］
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8j75（阻害剤ヘミコリニウム-3〈hemicholinium-3〉が結合した高親和性コリントランスポーター1〈CHT1〉）8j75 同PDBsumデータ8j75_lp$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
阻害剤ヘミコリニウム-3（hemicholinium-3）が結合した高親和性コリントランスポーター1（CHT1）8j75とそのPDBsumデータ
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- 市販の新解熱鎮痛薬「ロキソニン」って？（ケムステニュース，2011/01/19）
- 解熱鎮痛薬の種類や選び方、使い方のポイント（第一三共ヘルスケア）
- DRUG: ロキソプロフェンナトリウム水和物 - KEGG
- ロキソプロフェン - Wikipedia
- 別トピック[1]（他の鎮痛薬例など，本サイト）・[2]（オピオイド鎮痛薬）
［Loxoprofen - Wikipedia］
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ロキソプロフェン（loxoprofen；異性体あり） ※他の鎮痛薬例 アセトアミノフェン（acetaminophen） アセチルサリチル酸（acetylsalicylic acid） イブプロフェン（ibuprofen） → 抗生物質分子データ集 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 CPK色 Jmol色 Rasmol色 背景・黒 灰 白 紺 |
ロキソプロフェン（loxoprofen；異性体あり）
- 生化学：天然の酵素分子が形成するフラクタル複合体（Nature ハイライト，2023/04/26）
- Discovery of the first fractal molecule in nature（Phys.org，2024/04/11）
- First regular molecular fractal in nature（Chemistry World，2024/04/30）
- 今月の分子 93:クエン酸合成酵素（Citrate Synthase）（PDBj，2024/03） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- フラクタル型タンパク質の別研究例：タンパク質に潜むフラクタル構造がもたらす挙動をテラヘルツ光で視る（東京工業大学，2020/09/08）
［Citrate synthase - Wikipedia］
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8rjlのChain A・C・E・F・G・K・L・O・P（クエン酸シンターゼ） ※別クエン酸シンターゼ例：1a59 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
クエン酸シンターゼ8rjlのChain A・C・E・F・G・K・L・O・P
- 【書評】奇跡の薬 16 の物語 ペニシリンからリアップ、バイアグラ、新型コロナワクチンまで（Chem-Station，2024/05/16）
- 別トピック（書籍紹介「世界を救った日本の薬」；本サイト） ｜ 日本発の医薬品 ｜ 元素・分子が登場する本を読もう！
本書（右）と，同じ訳者による「星屑から生まれた世界」（左）
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DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
p.2ほか イブプロフェン：イブプロフェン（ibuprofen） → 抗生物質分子データ集 ｜ 4ph9のChain A（イブプロフェンが結合したシクロオキシゲナーゼ-2〈COX-2〉；p.2・72に シクロオキシゲナーゼ） IBP（イブプロフェン）選択 同PDBsumデータ 4ph9_IBP$ → 今月の分子 171:シクロオキシゲナーゼ（Cyclooxygenase）（PDBj，2001/05） p.6ほか アスピリン（アセチルサリチル酸）：アスピリン（Aspirin；アセチルサリチル酸 acetylsalicylic acid） p.8 オクタノール：オクタノール（octanol） → アルコールとフェノール｜Log Pをポケットに！ p.12 サリドマイド：(S )-サリドマイド ｜ (R )-サリドマイド ｜ 両分子同時表示 → 別トピック p.17 エストロゲン： エストロゲン（女性ホルモン）は3種総称 エストロン（estrone） ｜ エストラジオール（17β-エストラジオール，17β-estradiol） ｜ エストリオール（estriol） → 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝 p.25ほか ペニシリン：ペニシリンG（penicillin G） → 抗生物質分子データ集 p.39 アンピシリン：アンピシリン（ampicillin） → 抗生物質分子データ集 p.43ほか キニーネ：キニーネ（quinine） p.49ほか カフェイン：カフェイン（caffeine） p.56 新型コロナ／p.227 コロナウィルス → 新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）情報 p.56 ヒドロキシクロロキン：ヒドロキシクロロキン（hydroxychloroquine） p.61 サリシン：サリシン（salicin） p.61 サリチル酸メチル：サリチル酸メチル（methylsalicylate） p.87 イプロニアジド：イプロニアジド（iproniazid） p.89 イソニアジド：イソニアジド（isoniazid） → 抗生物質分子データ集 p.70ほか アセトアミノフェン：アセトアミノフェン（acetaminophen） p.86ほか 神経伝達物質 → 抗うつ剤と神経伝達物質 p.100 コカイン：コカイン（cocaine） → 危険ドラッグ p.102 アデノシン三リン酸（ATP）：ATP p.117 γ-アミノ酪酸：γ-アミノ酪酸（γ-aminobutyric acid，GABA） → タンパク質中の20種類のアミノ酸 p.121 笑気／p.215 一酸化二窒素：一酸化二窒素（dinitrogen monoxide；亜酸化窒素 nitrous oxide；笑気ガス）の構造例 → 別トピック p.123 酸素：酸素分子（oxygen molecule） → 分子の形と性質(1) p.117 ジアゼパム：ジアゼパム（diazepam） p.137 硫黄マスタード（マスタードガス）：硫黄マスタード（sulfur mustard） → 地下鉄サリン事件 p.155 クマリン：クマリン（coumarin） p.159 ストリキニーネ：ストリキニーネ（strychnine） p.177 サリン：サリン（sarin） → 地下鉄サリン事件 p.177 神経ガス → 地下鉄サリン事件 p.202ほか ジヒドロテストステロン：ジヒドロテストステロン（dihydrotestosterone，DHT） → 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝 p.215 アルギニン：アルギニン（arginine，Arg） → タンパク質中の20種類のアミノ酸 p.225 新型コロナワクチン → 別トピック（mRNAワクチンとシュードウリジン） p.233 インスリン： インスリン（insulin）構造例 1trzのChain A・B → ヒトゲノムマップに見るタンパク質 p.233 グルコース：α-グルコース（α-glucose） ｜ β-グルコース（β-glucose） → 甘味物質の秘密 p.247 コデイン：コデイン（codeine） |
p.2ほか：［左］イブプロフェン（ibuprofen）
［中・右］イブプロフェンが結合したシクロオキシゲナーゼ-2（COX-2）4ph9のChain AとそのPDBsumデータ
p.6ほか：アスピリン（Aspirin；アセチルサリチル酸 acetylsalicylic acid）
p.233：インスリン（insulin）構造例 1trzのChain A・B
p.8：「オクタノール／水」分配係数
- Structural basis for antiepileptic drugs and botulinum neurotoxin recognition of SV2A（Nature Communications，2024/04/18）
- 抗てんかん剤「ブリィビアクト錠」発売 ユーシービージャパン（日刊薬業，2024/08/30） ※“抗てんかん剤「ブリィビアクト錠25mg」「同50mg」（一般名＝ブリーバラセタム）”。
- ブリーバラセタム - KEGG DRUG
- 日本発の医薬品（本サイト） ｜ 別トピック[1]（抗てんかん薬ペランパネル）・[2]（ボツリヌス毒素）
［Brivaracetam - Wikipedia］
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8k77のChain A（ブリバラセタム〈brivaracetam〉が結合したSV2A-A型ボツリヌス毒素受容体） 同PDBsumデータ8k77_lp$ ブリバラセタム（ブリーバラセタム，brivaracetam） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］ブリバラセタム（ブリーバラセタム，brivaracetam）
［中・右］同分子が結合したSV2A-A型ボツリヌス毒素受容体8k77のChain AとそのPDBsumデータ（cif→pdbデータ変換）
- 他のCFTR構造研究例：The structures of protein kinase A in complex with CFTR: Mechanisms of phosphorylation and noncatalytic activation（PNAS，2024/11/04） [NEW!] ※2024/11/13公開データ9dw4・9dw5・9dw7・9dw8（下掲）・9dw9
- 嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子 - Wikipedia
- 別トピック（本サイト；P糖タンパク質）
［Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator - Wikipedia］
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8eiq（CFTR；エレクサカフトール〈elexacaftor〉，テザカフトール〈tezacaftor〉，アイバカフトール〈ivacaftor〉ほかが結合） WJX・CV6・VX7（エレクサカフトール・テザカフトール・アイバカフトール）選択 同PDBsumデータ8eiq_WJX（エレクサカフトール〈elexacaftor〉）$ ［Elexacaftor - Wikipedia］ 9dw8のChain A（CFTR；AMP-PNP，P-ATPが結合） 残基番号1371（E1371Q）空間充填／α炭素ラベル表示 同PDBsumデータ9dw8_B44（P-ATP）[1502(A)]$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
エレクサカフトール（elexacaftor），テザカフトール（tezacaftor），アイバカフトール（ivacaftor），
ATPが結合したCFTR 8eiqとPDBsumデータ（エレクサカフトール〈elexacaftor〉）
CFTR（嚢胞性線維症膜貫通伝導制御因子）9dw8のChain AとPDBsumデータ（P-ATP）
［Werner syndrome helicase - Wikipedia］
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8pfo（阻害剤HRO761が結合したWRN構造） 同PDBsumデータ8pfo_YHC$
バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
阻害剤HRO761が結合したWRN構造8pfoとそのPDBsumデータ
- 生命と非生命のあいだ | ブルーバックス | 講談社（現代ビジネス） …書籍関連記事多数（なんと、深海の熱水孔より「高温の熱水を噴き出すスポット」が陸上にあった…「生命誕生は陸上」説で生じる謎と「うまい具合のシナリオ」など）
- 太陽フレアが生命の材料を作った可能性（AstroArts，2023/05/10）
- 星間での複雑有機物の生成と変成 : 生命の素材は宇宙でつくられた（低温科学, 66, 39-46，2023/05/10） [PDF]
- 掲載生体分子等の画像の関連データを以下に。
- p.127 セントラルドグマ／p.9ほか RNAワールド 生体分子の構成元素
セントラルドグマの模式図 - p.127ほか アミノ酸 タンパク質中の20種類のアミノ酸
- p.127 セントラルドグマ／p.9ほか RNAワールド 生体分子の構成元素
- 別トピック（書籍紹介「生命、エネルギー、進化」；本サイト） ｜ 星屑と分子・元素関連ニュース ｜ 元素・分子が登場する本を読もう！
［Catalase - Wikipedia］
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p.51 インスリン： インスリン（insulin）構造例 1trzのChain A・B → ヒトゲノムマップに見るタンパク質 p.86 アラニン：アラニン（alanine，Ala） → タンパク質中の20種類のアミノ酸 p.151 黄鉄鉱（パイライト）：黄鉄鉱（パイライト，pyrite）部分構造 ｜ Fe2S2・Fe4S4・Fe3S4（以上2wqyより），Fe8S7（3minより），黄鉄鉱（pyrite）部分構造の同時表示 → ｜鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例 p.148 カタラーゼ：3j7u（カタラーゼの構造例） 同PDBsumデータ3j7u_HEMs（H原子追加）$ → 別トピック バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
p.51：インスリン（insulin）構造例 1trzのChain A・B
p.148：［左］3j7u（Chain色；小さめの白球表示はH原子）
［右］同PDBsumデータ（アミノ酸はI/O値順着色；白色は追加したH原子）
p.151：鉄硫黄鉱物と鉄硫黄クラスター
- 分子の「塊」が溶連菌の感染を抑制することを発見（神戸大学，2024/04/30）
- 溶連菌の感染を抑える分子の塊を発見、治療薬の開発へ期待 劇症型の「人食いバクテリア」の患者が増加傾向、治療に役立つ可能性（ナショジオ，2024/05/15）
- 「分子の塊」溶連菌を抑制 劇症型治療薬開発に期待（東京新聞，2024/05/07）
- 溶連菌抑える分子の塊 神戸大など発見、治療薬に期待（日経，2024/05/07）
- 参考（記事中のDNase研究例）：The structural characterization of a prophage-encoded extracellular DNase from Streptococcus pyogenes（Nucleic Acids Research，2012/01/01） ※2011/07/20公開2xgr・2xh3（下掲）
- 化膿レンサ球菌 - Wikipedia
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Mn007（Mannan-007）；異性体あり ※参考（DNase構造例）：2xh3のChain A バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］Mn007（Mannan-007）；異性体あり ［右］参考のDNase構造例：2xh3のChain A
- l-2-Aminopimelic acid acts as an auxin mimic to induce lateral root formation across diverse plant species（FEBS Letters，2024/05/23）
- タンパク質中の20種類のアミノ酸（本サイト）
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L-2-アミノピメリン酸（L-2-aminopimelic acid） ※参考（同分子結合データ例）：5e3r（テトラヒドロピコリン酸-N-サクシニルトランスフェラーゼ〈DapD〉） NPI（L-2-アミノピメリン酸）選択 同PDBsumデータ5e3r_NPI$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］L-2-アミノピメリン酸（L-2-aminopimelic acid）
［右］同分子結合の参考構造例：トラヒドロピコリン酸-N-サクシニルトランスフェラーゼ（DapD）5e3rとそのPDBsumデータ
