- ステビア含有天然甘味成分を合成する酵素の改良に成功 -希少甘味成分の蓄積向上に期待-（富山大学，2025/01/10） [PDF] [NEW!]
- 引用7es1の論文：Catalytic flexibility of rice glycosyltransferase OsUGT91C1 for the production of palatable steviol glycosides（Nature Communications，2021/12/02）
- グリコシルトランスフェラーゼ - Wikipedia
- 甘味物質の秘密（本サイト）
［Glycosyltransferase - Wikipedia］
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7es1（イネ由来の糖転移酵素 OsUGT91C1；ステビオール-19-O-グルコシドが結合） 同PDBsumデータ7es1_JDF$ ステビオール-19-O-グルコシド（steviol-19-O-glucoside） ステビオサイド（stevioside；ステビア甘味成分の例） ［Stevioside - Wikipedia］ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ステビオール-19-O-グルコシド（steviol-19-O-glucoside）とステビオサイド（stevioside；ステビア甘味成分の例）
ステビオール-19-O-グルコシドが結合したイネ由来の糖転移酵素 OsUGT91C1 7es1とPDBsumデータ
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●アミノ色表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
●疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
●等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG
●ヒトの必須・非必須区別
ILE LEU VAL PHE MET TRP LYS HIS THR ARG ALA PRO CYS TYR GLY GLU GLN ASP SER ASN
アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！
- 他の血液脳関門（BBB）関連研究例 ［Blood-brain barrier - Wikipedia］
- Characterization of the molecular interactions between resveratrol derivatives and death-associated protein kinase 1（FEBS Journal，2023/05/12） ※PDBデータ8ie5・8ie6・8ie7（下掲，プテロスチルベン結合）・8ie8
- 5b2gの論文：Structural basis for disruption of claudin assembly in tight junctions by an enterotoxin（Scientific Reports，2016/09/20） ※PDBデータ5b2g（下掲，他に引用データあり）
- 血液脳関門 - 脳科学辞典
- 血液脳関門 - Wikipedia
- アルツハイマー病治療薬（本サイト） ｜ 別トピック[1]（血液脳関門）・[2]（DAPK1）
［Claudin - Wikipedia，Enterotoxin - Wikipedia］
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5b2gのChain A・B（クローディン4とエンテロトキシンC-CPEの複合体） 8ie7（プテロスチルベンが結合した細胞死関連プロテインキナーゼ1〈DAPK1〉） 同PDBsumデータ8ie7_3RL$ ［DAPK1 - Wikipedia，Pterostilbene - Wikipedia］ プテロスチルベン（pterostilbene） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
クローディン4とエンテロトキシンC-CPEの複合体5b2gのChain A・B
左から プテロスチルベン（pterostilbene），同分子結合データ例の細胞死関連プロテインキナーゼ1（DAPK1）8ie7とPDBsumデータ
- AI-designed proteins tackle century-old problem ― making snake antivenoms（Nature News，2025/01/17） [NEW!]
- AIを使ってヘビ毒をブロックするタンパク質を設計する試み（GIGAZINE，2025/01/16） [NEW!]
- AI設計のたんぱく質、ヘビ毒解毒や膵臓がん縮小（日経，2025/01/21） [NEW!]
- コブラ毒素α-コブラトキシンの作用機序：Crystal structure of a Cbtx-AChBP complex reveals essential interactions between snake α‐neurotoxins and nicotinic receptors（EMBO Journal，2005/05/24） ※2005/05/17公開1yi5（下掲） → 別トピック
- ヘビ毒 - Wikipedia
- 別トピック（本サイト；特別展「毒」公式図録） ｜ AlphaFold/AlphaFold2/AlphaFold3構造の利用
［Three-finger toxin - Wikipedia，Cobratoxin - Wikipedia］
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9bk5（LNGタンパク質とコブラ毒素α-コブラトキシンの複合体） Chain B（α-コブラトキシン）選択 S原子（Chain B中）空間充填 1yi5（α-コブラトキシンが結合したニコチン性アセチルコリン受容体） Chain F・G・H・I・J（α-コブラトキシン）選択 S原子（Chain F・G・H・I・J中）空間充填 バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］LNGタンパク質とコブラ毒素α-コブラトキシンの複合体9bk5
［右］α-コブラトキシンが結合したニコチン性アセチルコリン受容体1yi5
※何れも黄色球表示はα-コブラトキシン中のS原子
参考図：ニコチンが結合したヒトα3β4ニコチン性アセチルコリン受容体6pv7のChain A-Eと
そのPDBsumデータ（AT-1001結合の6pv8との比較）
→ 別トピック
- Cryo-EM structure of human TUT1:U6 snRNA complex（Nucleic Acids Research，2025/01/20） [NEW!]
- U6 snRNA - Wikipedia
- DNAとRNAのいろいろな姿（本サイト）
［U6 spliceosomal RNA - Wikipedia］
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バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 DNA/RNA（ATGCU，backbone） リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
U6 snRNAとTUT1の複合体9j8p
- ガバペンチン結合タンパク質研究例：Structural Determinants for Branched-chain Aminotransferase Isozyme-specific Inhibition by the Anticonvulsant Drug Gabapentin（JAMA Neurology，2024/12/02） PDBデータ2a1h・2cog・2coi（下掲）・2coj
- 医療用医薬品 : ガバペン (ガバペン錠200mg 他) - KEGG
- ガバペンチンの解説｜日経メディカル処方薬事典
- 日本発の医薬品 (本サイト） ｜ タンパク質中の20種類のアミノ酸
I = 230, O = 180, I/O = 1.278
［Gabapentin - Wikipedia］
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ガバペンチン（gabapentin） 2coiのChain A（ガバペンチンが結合した分岐鎖アミノ酸アミノトランスフェラーゼ1〈BCAT1〉） GBN（ガバペンチン）選択 同PDBsumデータ2coi_GBN$ 分岐鎖アミノ酸（BCAA；Ile，Leu，Val） バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
［左］ガバペンチン（gabapentin）
［中・右］同分子が結合した分岐鎖アミノ酸アミノトランスフェラーゼ1（BCAT1）2coiのChain AとPDBsumデータ
- 今月の分子 130: リボスイッチ（Riboswitches）（PDBj，2010/10） ｜ Molecule of the Month（PDB）
- DNAとRNAのいろいろな姿（本サイト） ｜ 別トピック（アデニンリボスイッチアプタマードメイン）
［Riboswitch - Wikipedia］
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9c6k（TPPリボスイッチアプタマードメイン） 同PDBsumデータ9c6k_TPP$ バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 DNA/RNA（ATGCU，backbone） リガンド選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
TPPリボスイッチアプタマードメイン（RNA）9c6kとPDBsumデータ
- FDA Approves Novel Non-Opioid Treatment for Moderate to Severe Acute Pain（FDA，2025/01/30） [NEW!]
- FDA approves first new type of pain medication in 25 years（CNN，2025/01/30） [NEW!]
- NaV1.8 inhibitor poised to provide opioid-free pain relief（Nature News，2024/12/44） [NEW!]
- FDA Approves Vertex’s Journavx as First New Pain Drug in Decades（BioSpace，2025/01/30） [NEW!]
- FDA approves first new type of pain medication in 25 years（CNN，2025/02/03） [NEW!]
- 米FDA、オピオイドに代わる鎮痛剤を承認－依存症リスク抑制（Bloomberg.com，2025/01/31） [NEW!] ※“研究者らが火渡りの達人の家族について知り、彼らの皮膚に痛みの信号を発する遺伝子が欠如していることを発見ことが研究のきっかけ”。
- DRUG: スゼトリギン - kegg
- ナトリウムチャネル（脳科学辞典）
- 危険ドラッグ（本サイト，痛みに関係する電位依存性ナトリウムチャネルNav1.7構造掲載） ｜ 別トピック（オピオイド関連）[1]・[2]
I = 575, O = 445, I/O = 1.292
［Suzetrigine - Wikipedia］
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CPK色 Jmol色 Rasmol色 背景・黒 灰 白 紺 |
スゼトリギン（suzetrigine）
参考図（ナトリウムチャネル構造例）：カンナビジオール（cannabidiol，CBD）結合電位依存性ナトリウムチャネル
Nav1.7 8g1aのChain AとPDBsumデータ
→ 危険ドラッグ
- 地球の「土」が急速に「消えて」いる…その量、「15秒でサッカーコート１枚分」。「人類滅亡の危機」が冗談ではなくなっている「驚愕の現実」（現代ビジネス，2025/01/24） [NEW!]
- ＜書評＞足元の小宇宙に肉薄 『土と生命の46億年史』藤井一至著（産経新聞，2025/02/09） [NEW!]
- 書評『土と生命の46億年史』藤井一至著 人が作れない超個体の科学（日経，2025/02/22） [NEW!]
- 「研究者の正装の顔写真」に、なぜこれ？「グリーンバックにお顔がくっきり」いやいや右側を見て（Yahoo!ニュース，2025/03/13） [NEW!]
- 元素・分子が登場する本を読もう！（本サイト）
地学関連書籍を並べて：左隣は「藍を継ぐ海」，右隣は「みんなの高校地学」
初期表示はイチゴの香り物質 (R)-(+)-フラネオール（(R)-(+)-furaneol）；上掲書p.245
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p.3ほか 水／p.23ほか 二酸化炭素／p.211 メタン：氷構造の例（n=28） 水，メタン，二酸化炭素の同時表示 → メタン，アンモニア，水 p.22ほか ダイヤモンド／黒鉛：炭素（C）の同素体：ダイヤモンド，黒鉛（グラファイト），フラーレン（C60），カーボンナノチューブ（アームチェア型の例） → 2014年は世界結晶年！ p.26 二酸化ケイ素／p.55 石英：左水晶 右水晶 → 二酸化ケイ素の結晶構造 p.48ほか アミノ酸：アミノ酸20種全表示 → 20種類のアミノ酸 p.56ほか アデノシン三リン酸（ATP）：アデノシン三リン酸（adenosine triphosphate，ATP） → 生体分子の構成元素 p.79ほか ニトロゲナーゼ／モリブデン／根粒菌：6h73の6量体（Chain A・B×3；窒素固定菌アゾトバクター・ヴィネランディのモリブデン貯蔵タンパク質） FUQ（Mo5クラスター）選択 GUH（Mo6クラスター）選択 同PDBsumデータ6h73_FUQ$ 同PDBsumデータ6h73_GUH$ → モリブデン化合物，タングステン化合物を含む生体分子のSITE例 p.98 ストリゴラクトン：ソルゴラクトン（sorgolactone；ストリゴラクトンの例） p.100 クロロゲン酸：クロロゲン酸（chlorogenic acid） p.100 コーヒー酸：コーヒー酸（caffeic acid） p.101 セルロース：セルロース（cellulose） 同（セロビオース単位（繰り返し単位）×2） → 代表的な高分子 p.101 グルコース：β-グルコース（β-glucose；重合してセルロース） α-グルコース（α-glucose；重合してアミロース） → 別トピック p.101 66ナイロン：66ナイロン 6ナイロン → 代表的な高分子 p.101ほか セルラーゼ：セルラーゼ構造例 1g0c（アルカリセルラーゼ；セロビオース結合） 同PDBsumデータ1g0c_BGC-BGC$ → 別トピック p.106 ジャスモン酸：ジャスモン酸（jasmonic acid；異性体あり） p.112 ストレプトマイシン：ストレプトマイシン（streptomycin） → 抗生物質分子データ集 p.114 イベルメクチン：イベルメクチンB1a（ivermectin B1a） → 別トピック p.201 亜酸化窒素：亜酸化窒素（nitrous oxide） → 別トピック p.245 フラネオール：(R)-(+)-フラネオール（(R)-(+)-furaneol） バックボーン 二次構造 DNA/RNA（ATGCU，backbone） 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
炭素（C）の同素体
ダイヤモンド，黒鉛（グラファイト），フラーレン（C60），カーボンナノチューブ（アームチェア型の例）
左水晶と右水晶
モリブデン貯蔵タンパク質6h73 6量体（Chain A・B×3）のMo5クラスターとMo6クラスター部分の拡大およびそれぞれのPDBsumデータ
；セロビオースが結合したアルカリセルラーゼ1g0cとPDBsumデータ
(R)-(+)-フラネオール（(R)-(+)-furaneol）
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9bff（非リボソームペプチド合成酵素，cif→pdb変換） 同PDBsumデータ9bff_lp$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
非リボソームペプチド合成酵素9bffとPDBsumデータ
- Active agent against cancer metastasis discovered: Adhibin prevents migration and attachment to other cells（Phys.org，2025/02/05） [NEW!]
- がん転移を防ぐ新たな希望：Adhibin（アドヒビン）の可能性（わかな歯科 千葉県八街，2025/02/09） [NEW!]
- 話題の制がん剤・抗がん剤（本サイト）
I = 230, O = 380, I/O = 0.605
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アドヒビン（adhibin） 6z2s（アドヒビン類縁体が結合したRhoGAPクラスIXミオシン） 同PDBsumデータ6z2s_Q5Q$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択（$印のみ） 空間充填 球棒 球60％ スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順（特性基 R） 等電点順 コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド） ヒトの必須・非必須区別 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
左から アドヒビン（adhibin），アドヒビン類縁体結合のRhoGAPクラスIXミオシン6z2sとPDBsumデータ