◆ Jmolで見るトピックス分子（26-3） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記　→ No.571（環境ホルモン） ｜ No.979（カプサイシン受容体） ｜ No.1046（ディールス・アルドラーゼ）

  1. Enhanced Production of Rebaudioside D and Rebaudioside M through V155T Substitution in the Glycosyltransferase UGT91D2 from Stevia rebaudiana（Journal of Agricultural and Food Chemistry，2025/01/09） [NEW!]　※引用7es1下掲

    イネ由来の糖転移酵素 OsUGT91C1 7es1
    ［Glycosyltransferase - Wikipedia］
    		7es1（イネ由来の糖転移酵素 OsUGT91C1；ステビオール-19-O-グルコシドが結合）　同PDBsumデータ7es1_JDF$
    ステビオール-19-O-グルコシド（steviol-19-O-glucoside）
    ステビオサイド（stevioside；ステビア甘味成分の例）　［Stevioside - Wikipedia］
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ステビオール-19-O-グルコシド（steviol-19-O-glucoside）とステビオサイド（stevioside；ステビア甘味成分の例）

      
    ステビオール-19-O-グルコシドが結合したイネ由来の糖転移酵素 OsUGT91C1 7es1とPDBsumデータ

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG
      ●ヒトの必須・非必須区別
      ILE　LEU　VAL　PHE　MET　TRP　LYS　HIS　THR　ARG　ALA　PRO　CYS　TYR　GLY　GLU　GLN　ASP　SER　ASN


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. A claudin5-binding peptide enhances the permeability of the blood-brain barrier in vitro（Science Advances，2025/01/10） [NEW!]　※引用PDBデータ4p79・5b2g（下掲）

    クローディン4とエンテロトキシンC-CPEの複合体5b2gのChain A・B
    ［Claudin - Wikipedia，Enterotoxin - Wikipedia］
    		5b2gのChain A・B（クローディン4とエンテロトキシンC-CPEの複合体）　
    8ie7（プテロスチルベンが結合した細胞死関連プロテインキナーゼ1〈DAPK1〉）　同PDBsumデータ8ie7_3RL$　［DAPK1 - Wikipedia，Pterostilbene - Wikipedia］
    プテロスチルベン（pterostilbene）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    クローディン4とエンテロトキシンC-CPEの複合体5b2gのChain A・B

      
    左から プテロスチルベン（pterostilbene），同分子結合データ例の細胞死関連プロテインキナーゼ1（DAPK1）8ie7とPDBsumデータ

  3. De novo designed proteins neutralize lethal snake venom toxins（Nature，2025/01/15） [NEW!]　※2024/10/09公開9bk7・9bk5（下掲）・9bk6

    LNGタンパク質とコブラ毒素α-コブラトキシンの複合体9bk5
    ［Three-finger toxin - Wikipedia，Cobratoxin - Wikipedia］
    		9bk5（LNGタンパク質とコブラ毒素α-コブラトキシンの複合体）　Chain B（α-コブラトキシン）選択　S原子（Chain B中）空間充填
    1yi5（α-コブラトキシンが結合したニコチン性アセチルコリン受容体）　Chain F・G・H・I・J（α-コブラトキシン）選択　S原子（Chain F・G・H・I・J中）空間充填
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
    ヒトの必須・非必須区別
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］LNGタンパク質とコブラ毒素α-コブラトキシンの複合体9bk5
    ［右］α-コブラトキシンが結合したニコチン性アセチルコリン受容体1yi5
    ※何れも黄色球表示はα-コブラトキシン中のS原子


    参考図：ニコチンが結合したヒトα3β4ニコチン性アセチルコリン受容体6pv7のChain A-Eと
    そのPDBsumデータ（AT-1001結合の6pv8との比較）
    → 別トピック

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