◆ Toll様受容体 ◆
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日本化学会機関誌「化学と工業」2012年2月号 [目次PDF]の特集「美しい形の分子」に，本ページで作成の画像を紹介した『タンパク質分子の美しさを広く知ってもらうために』が掲載されました！ → 本文PDF（日本化学会のご厚意により転載）
※本文文献番号と図の参照ページ：[1]，[2]，[3]，[4-5]，[6]，[7]・図4（本ページ），[8]・図5 ｜ 図1，図2，図3

同誌目次に掲載の画像（辰年に昇龍をイメージして。本ページTLR3から作成）
本ページは審良静男研究室 監修・坂野上淳 著，「新しい自然免疫学　―免疫システムの真の主役」，技術評論社(2010)を参考に作成を始めたものです。同書によれば自然免疫で重要な役割をしていることがわかってきたToll様受容体は，ヒトでは10種類が知られています。今後少しずつデータを追加していく予定です。

Toll様受容体（TLRs）が認識する病原体成分
TLR 認識される主な病原体成分
TLR1 + TLR2 リボタンパク質
TLR2 ペプチドグリカン
TLR3 ウイルスの2本鎖RNA
TLR4 リポ多糖（LPS）
TLR5 フラジェリン（フラゲリン, 鞭毛の構成タンパク質）
TLR6 + TLR2 リポタンパク質
TLR7 ウイルスの1本鎖RNA
TLR8 ウイルスの1本鎖RNA
TLR9 細菌やウイルスのDNA〔CG（CpG）配列〕
　　※ヒトなど哺乳類では同配列中のCの多くがメチル化され区別

TLR1/TLR2 (1) ｜ TLR3 (1) ｜ TLR4 (2) ｜ TLR5 (2) ｜ TLR2/TLR6 (1) ※カッコ内は掲載PDBデータ数（一部にPdbsumデータ併載）
文献・参考ページ ｜ ニュース例

Toll様受容体2Z7X（リポタンパク質が結合）

 バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択
A鎖（TLR2）選択　B鎖（TLR1）選択
リガンド選択　Leu選択　BCAA球表示（Leu Ile Val）$
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）#
 糖鎖別着色： Gal，Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
水素結合（太）　OFF
　
　
背景・黒　灰　白　紺
$ “BCAA球表示（Leu Ile Val）”は以下のアミノ酸配列表と同色で50％球表示になります。表示変更後は3種のアミノ酸残基が選択された状態になっていますので，球サイズ変更やアミノ色指定（この場合は全アミノ酸が対応色に）などが可能です（以下同）。


アミノ酸および特性基の親水性・疎水性


2z7x_PCJ（トリアシル化脂質Pam2CSK4の脂質＋Ser部分のSITE）
I'/O'＝0.6014
CPK色　Chain色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺

Toll様受容体3CIY（二重らせんRNAを含む）

 バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択
リガンド選択　Leu選択　BCAA球表示（Leu Ile Val）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）#
 糖鎖別着色： Gal，Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
水素結合（太）　OFF
　
　
背景・黒　灰　白　紺

    
2本鎖RNAを含むToll様受容体TLR3の構造例，PDBデータ3ciy（中はロイシンを強調表示，右はJmolトピックス参照〈クリックで拡大〉）


3ciy_gly06（糖鎖NDG-NAG-MAN-MAN-MANのSITE；RNA含む）
※一部原子が表示されません（今後修正）
I'/O'＝4.5000
CPK色　DNA/RNA（ATGCU）　酸性・中性・塩基性　I/O値順
糖鎖別着色： Gal，Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA

背景・黒　灰　白　紺

Toll様受容体3FXI（MD-2タンパク質とともにリポ多糖に結合）

 バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　A・B鎖（TLR4）選択
リガンド選択　Leu選択　BCAA球表示（Leu Ile Val）　
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）#
 糖鎖別着色： Gal，Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
水素結合（太）　OFF
　
　
背景・黒　灰　白　紺


3fxi_lps01（リポ多糖 PA1 1001(A) to PO4 1018(A)）
I'/O'＝0.6689
CPK色　Chain色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺

Toll様受容体3ULA（リンパ球抗原96とエリトランが結合）

 バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　C・D鎖（フラジェリン）選択
リガンド選択　　Leu選択　BCAA球表示（Leu Ile Val）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）#
 糖鎖別着色： Gal，Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
水素結合（太）　OFF
　
　
背景・黒　灰　白　紺


3ula_E55（エリトラン）
I'/O'＝0.4356
CPK色　Chain色　酸性・中性・塩基性　I/O値順

背景・黒　灰　白　紺

Toll様受容体3J0A（TLR5の相同性モデル；フラジェリン非結合）

 バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択
リガンド選択　　Leu選択　BCAA球表示（Leu Ile Val）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）#
 糖鎖別着色： Gal，Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
水素結合（太）　OFF
　
　
背景・黒　灰　白　紺

Toll様受容体3V47（フラジェリンが結合）

 バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　C・D鎖（フラジェリン）選択
リガンド選択　　Leu選択　BCAA球表示（Leu Ile Val）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）#
 糖鎖別着色： Gal，Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
水素結合（太）　OFF
　
　
背景・黒　灰　白　紺

Toll様受容体3A79（ジアシル化リポペプチドPam2CSK4が結合）

 バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択
A鎖（TLR2）選択　B鎖（TLR6）選択
リガンド選択　Leu選択　BCAA球表示（Leu Ile Val）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）#
 糖鎖別着色： Gal，Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
水素結合（太）　OFF
　
　
背景・黒　灰　白　紺

    3A79 B鎖（TLR6）のアミノ酸配列
    Met Ser Gln Asp Arg Lys Pro Ile Val Gly Ser Phe His Phe Val Cys Ala Leu Ala Leu Ile Val Gly Ser Met
    Thr Pro Phe Ser Asn Glu Leu Glu Ser Met Val Asp Tyr Ser Asn Arg Asn Leu Thr His Val Pro Lys Asp Leu
    Pro Pro Arg Thr Lys Ala Leu Ser Leu Ser Gln Asn Ser Ile Ser Glu Leu Arg Met Pro Asp Ile Ser Phe Leu
    Ser Glu Leu Arg Val Leu Arg Leu Ser His Asn Arg Ile Arg Ser Leu Asp Phe His Val Phe Leu Phe Asn Gln
    Asp Leu Glu Tyr Leu Asp Val Ser His Asn Arg Leu Gln Asn Ile Ser Cys Cys Pro Met Ala Ser Leu Arg His
    Leu Asp Leu Ser Phe Asn Asp Phe Asp Val Leu Pro Val Cys Lys Glu Phe Gly Asn Leu Thr Lys Leu Thr Phe
    Leu Gly Leu Ser Ala Ala Lys Phe Arg Gln Leu Asp Leu Leu Pro Val Ala His Leu His Leu Ser Cys Ile Leu
    Leu Asp Leu Val Ser Tyr His Ile Lys Gly Gly Glu Thr Glu Ser Leu Gln Ile Pro Asn Thr Thr Val Leu His
    Leu Val Phe His Pro Asn Ser Leu Phe Ser Val Gln Val Asn Met Ser Val Asn Ala Leu Gly His Leu Gln Leu
    Ser Asn Ile Lys Leu Asn Asp Glu Asn Cys Gln Arg Leu Met Thr Phe Leu Ser Glu Leu Thr Arg Gly Pro Thr
    Leu Leu Asn Val Thr Leu Gln His Ile Glu Thr Thr Trp Lys Cys Ser Val Lys Leu Phe Gln Phe Phe Trp Pro
    Arg Pro Val Glu Tyr Leu Asn Ile Tyr Asn Leu Thr Ile Thr Glu Arg Ile Asp Arg Glu Glu Phe Thr Tyr Ser
    Glu Thr Ala Leu Lys Ser Leu Met Ile Glu His Val Lys Asn Gln Val Phe Leu Phe Ser Lys Glu Ala Leu Tyr
    Ser Val Phe Ala Glu Met Asn Ile Lys Met Leu Ser Ile Ser Asp Thr Pro Phe Ile His Met Val Cys Pro Pro
    Ser Pro Ser Ser Phe Thr Phe Leu Asn Phe Thr Gln Asn Val Phe Thr Asp Ser Val Phe Gln Gly Cys Ser Thr
    Leu Lys Arg Leu Gln Thr Leu Ile Leu Gln Arg Asn Gly Leu Lys Asn Phe Phe Lys Val Ala Leu Met Thr Lys
    Asn Met Ser Ser Leu Glu Thr Leu Asp Val Ser Leu Asn Ser Leu Asn Ser His Ala Tyr Asp Arg Thr Cys Ala
    Trp Ala Glu Ser Ile Leu Val Leu Asn Leu Ser Ser Asn Met Leu Thr Gly Ser Val Phe Arg Cys Leu Pro Pro
    Lys Val Lys Val Leu Asp Leu His Asn Asn Arg Ile Met Ser Ile Pro Lys Asp Val Thr His Leu Gln Ala Leu
    Gln Glu Leu Asn Val Ala Ser Asn Gln Leu Lys Ser Val Pro Asp Gly Val Phe Asp Arg Leu Thr Ser Leu Gln
    Tyr Ile Trp Leu His Asp Asn Pro Trp Asp Cys Thr Cys Pro Gly Ile Arg Tyr Leu Ser Glu Trp Ile Asn Lys
    His Ser Gly Val Val Arg Asn Ser Ala Gly Ser Val Ala Pro Asp Ser Ala Lys Cys Ser Gly Ser Gly Lys Pro
    Val Arg Ser Ile Ile Cys Pro Thr Leu Val Pro Arg
    Ile = 27
    Val = 41
    Leu = 82（14.6％）
    　BCAA = 150（26.7％）
    Cys = 15
    Total = 562

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