◆ セカンドメッセンジャー ◆

 2002年11月に発売された理科年表<平成15年版>(丸善)の物理/化学部には,新項目として“セカンドメッセンジャー”が設けられました。細胞膜上の受容体の一種であるGタンパク質共役型受容体が下流にシグナルを伝える役目をする物質がセカンドメッセンジャーと呼ばれ,Ca2+イオンのほかに以下のような低分子が知られています。

セカンドメッセンジャーの分子モデル例(初期表示はcAMP)

空間充填  球棒モデル  スティック  OFF
Dot Surface表示  OFF |  ラベル表示  OFF
Electrostatic Potential  Lipophilic Potential  OFF
specular  OFF |  光量30%  OFF
軸表示  OFF |  bounding box表示  OFF
原子球・白  OFF(CPK)
背景・黒  背景・灰  背景・白
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cAMP (cyclic AMP)
cGMP (cyclic GMP)
ADPR (ADP-ribose)
IP3
s1p(sphingosine-1-phosphate)


【参考】上記分子を含むPDB部分データ例PDB部分データリストより;初期表示は1g9qのChain A)
※セカンドメッセンジャーとしての働きとは無関係のデータも含む
●cAMP
  1cgpのChain A・D
  1frpのChain A
  1nhkのChain R
●cGMP
  1mc0 *
●ADPR
  1g9qのChain A
●IP3
  1mai
  1n4k *
  1xzz *

【参考】
Gタンパク質共役型受容体に特徴的な7回膜貫通構造の例

  1f88のChain A(視細胞中のロドプシン)
Backbone 2oStructure Termini
DNA/RNA(ATGCU
Ligands表示 OFF
Water表示(*印データのみ)  OFF

全選択 Ligand選択 Protein選択
DNA/RNA全選択 同backbone選択
空間充填 球棒 スティック OFF
CPK amino | ラベル表示 OFF
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
有機概念図I/O値順(特性基 R)| 同(アミノ酸)
等電点順
Dot Surface表示 OFF
水素結合(細) 同(太) OFF
Specular OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF 画像をクリップボードへコピー


※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※有機概念図I/O値順(特性基 R
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS
TYR TRP
 CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE

※同上(アミノ酸)
GLY SER ASN ASP GLN THR GLU ALA ARG HIS
VAL LYS
 CYS PRO LEU TYR ILE MET TRP PHE

※等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP
VAL GLY LEU
 ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG



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