◆ 糖鎖を含むタンパク質 ◆
★今週の分子/連載101(2005/11/02〜):糖鎖を含むタンパク質の例(PDBデータ2MSBほか)
糖タンパク質データ集(新規データ追加)同Jmol版(詳細情報含む)

※分子モデル表示にはプラグインのChimeが必要です(詳細ダウンロード方法

 近年,糖タンパク質や糖脂質など生体分子に結合している糖鎖の研究が盛んで,関連データベースも多数立ち上がっている。以前から気にはなっていたのであるが,次の書籍・雑誌を入手したのをきっかけに勉強したいと考えている。
 特に糖鎖を含むタンパク質は鳥インフルエンザのニュースでお馴染みになった“H5H1”とも関係しているなど,生物の世界では細胞接着や情報伝達はじめ広範で重要な役割を果たしていることを知ってもらえたらと思う。以下では「糖鎖生物学入門」に掲載されているPDBデータの一部を表示できるようにした。


糖鎖を含むタンパク質の例(2MSBのChain B;mannose×6)
※文献[1]掲載のデータより;( )内は糖の種類と同書での記載ページ
1gyaのModel 1(mannose×7ほか,p.104) Asn65選択 → RCSB PDB情報
1vsg(N-acetylglucosamine×4ほか,p.106) Asn263選択(A・B鎖) → RCSB PDB情報
2msbのChain B(mannose×6,p.164) → RCSB PDB情報
1afa(β-methyl-D-galactoside×3,p.165) → RCSB PDB情報
1qfoのChain A(O-sialic acid×3ほか;sialyllactose,p.167) → RCSB PDB情報
1g1t(fucose/O-sialic acidほか,p.169) → RCSB PDB情報
1sltのChain A(galactoseほか,p.172) → RCSB PDB情報
1cvnのChain A(mannose×3,p.182) → RCSB PDB情報
1j8r(galactose×2ほか,p.187) → RCSB PDB情報
1hgg(galactose×6ほか,p.189) → RCSB PDB情報インフルエンザ情報
1fc1(mannose×6ほか,p.204) Asn297選択(A・B鎖) → RCSB PDB情報
参考:1rtm([glycerol×15],p.173) → RCSB PDB情報

※その他のデータ例;〈 〉は注記
1cklのChain A-C Asn49・Asn80選択(A-C鎖) → RCSB PDB情報
1cqf〈志賀毒素〉 → RCSB PDB情報
1dbnのChain A(sialyllactose) → RCSB PDB情報
1g1r〈P-セレクチン〉 → RCSB PDB情報
1mhlのChain A・C → RCSB PDB情報
1op5(Man9GlcNAc2) → RCSB PDB情報
1qnu〈O157,志賀毒素様毒素〉 → RCSB PDB情報
バックボーン 二次構造 OFF
リガンド表示 OFF

全選択 リガンド選択
タンパク質全選択
Asn,Ser,Thr選択 ‖ Asn | Ser | Thr

空間充填 球棒 スティック OFF
CPK アミノ色 | ラベル表示 OFF

酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
疎水性インデックス順
log P値順

水素結合(細) 同(太) OFF
ドット表面表示 OFF
光沢表示 OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF
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※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※hydropathy index順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※log P値順
ARG ASP ASN GLU GLN HIS GLY SER LYS THR
ALA PRO
 CYS VAL TYR MET ILE LEU PHE TRP

※文献・リンク集など詳細情報はJmol版に移しました。
※今後は糖タンパク質データ集(フレーム版)に新規データを追加します。


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