◆ 抗生物質を含むPDBデータ ◆
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抗生物質関連PDBデータ例
※初期表示は1ei2のModel 1
PDBデータ抗生物質(英名,系統)
1ei2のModel 1 ネオマイシン(neomycin B,アミノグリコシド系)
1m4iのChain A カナマイシン(kanamycin A,アミノグリコシド系)
1byj ゲンタマイシン(gentamicin,アミノグリコシド系)
1ll5のChain A イミペネム(imipenem,カルバペネム系)
1pnvのChain B バンコマイシン(vancomycin,グリコペプチド系)
1mrlのChain A ダルホプリスチン(dalfopristin,ストレプトグラミン系)
1fxvのChain B ペニシリン(penicillin G,β-ラクタム系/ペニシリン系)
1cla クロラムフェニコール(chloramphenicol,クロラムフェニコール系)
1m1kのChain A 《注:約3MB》 アジスロマイシン(azithromycin,マクロライド系)
1nwyのChain C・Q・Z 《α炭素のみ》
同上
略(オリジナル1p9x《注:約4MB》 テリスロマイシン(telithromycin,ケトライド系)
キノロン系参考データ 1kse ニューキノロン系の例;シプロフロキサシン(ciprofloxacin)
エリスロマイシン参考データ 1oxa
 (前駆体の6-deoxyerythronolide B 含む)
エリスロマイシン(erythromycin,マクロライド系)
1dsrのModel 1 [Peptide Antibiotic]
1mqzのModel 1 [Lantibiotic]
1o83のChain B・D* [Peptide Antibiotic]
Backbone 2nd Structure Termini
DNA/RNA(ATGCU
Ligands表示 OFF
Water表示(*印データのみ)  OFF

全選択 Ligand選択 Protein選択
DNA/RNA全選択 同backbone選択
空間充填 球棒 スティック OFF
CPK amino | ラベル表示 OFF
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
有機概念図I/O値順(特性基 R)| 同(アミノ酸)
等電点順
Dot Surface表示 OFF
※エラーに注!→ 静電ポテンシャル 親油ポテンシャル OFF
水素結合(細) 同(太) OFF
光沢表示 OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
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※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※有機概念図I/O値順(特性基 R
ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS
TYR TRP
 CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE

※同上(アミノ酸)
GLY SER ASN ASP GLN THR GLU ALA ARG HIS
VAL LYS
 CYS PRO LEU TYR ILE MET TRP PHE

※等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP
VAL GLY LEU
 ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


※バンコマイシンを含む1pnvの部分構造から作成した画像例


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