◆ 今週の分子 ◆
連載92(2005/06/22〜):
BCAAその2;Leucine Zipperを含むタンパク質例(PDBデータ1A02より)
※次回分子を先行公開

 冷たい飲み物が欲しくなる季節,連載36で取り上げたBCAA(Branched Chain Amino Acids,分岐鎖アミノ酸)入りの飲料のCMも引き続き元気です。そこで,今回はBCAAのロイシンバリンイソロイシンのうち,ロイシンに着目してロイシンが重要な働きをしているタンパク質の紹介。Leucine Zipper(ロイシンジッパー)といい,2本のらせん状のタンパク質分子が,各々に規則的に含まれている疎水的なロイシンによって接合構造が保たれているものです。
 さらにその反対側では,塩基性アミノ酸が多くなっていてその部分で外側が酸性であるDNA(デオキシリボ核)をつかんでいるというのも,生体分子の面白さを存分に教えてくれるデータになっています。

 なお,1文字アミノ酸配列から各種HTMLデータを作成する秀丸マクロを用いれば,下表のようにBCAAを色分けした配列の表を作成することができます。

1a02のChain Fのアミノ酸配列
※1行7残基で作成〔Leucine Zipperの配列:L-x(6)-L-x(6)-L-x(6)-LGoogleによる「"leucine zipper" PROSITE」検索結果
Met Lys Arg Arg Ile Arg Arg
Glu Arg Asn Lys Met Ala Ala
Ala Lys Ser Arg Asn Arg Arg
Arg Glu Leu Thr Asp Thr Leu
Gln Ala Glu Thr Asp Gln Leu
Glu Asp Glu Lys Ser Ala Leu
Gln Thr Glu Ile Ala Asn Leu
Leu Lys Glu Lys Glu Lys Leu


Leucine Zipperを含むタンパク質例(1A02のChain F・J+DNA)
※初期表示:  ロイシン, イソロイシン,バリンは含まない
(他のアミノ酸は酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示,DNAはCPK色)

バックボーン 二次構造
DNA/RNA(ATGCU
初期表示

全選択 Ligand選択 タンパク質選択
DNA/RNA全選択 同バックボーン選択
空間充填 球棒 スティック OFF
CPK アミノ色 | ラベル表示 OFF
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
等電点順
Dot Surface表示 OFF
水素結合(細) 同(太) OFF
光沢表示 OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF 画像をクリップボードへコピー


※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP
VAL GLY LEU
 ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


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