2015年は国際光年！

◆ 2015年は国際光年！ ◆
ecosci.jpサイト内の光関係コンテンツ例の紹介します！
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光（電磁波）の波長とエネルギー

光の波長と色

結晶と光｜レチナール｜ロドプシン｜光化学系II複合体の部分構造｜緑色蛍光タンパク質GFP
参考ページ・文献｜ニュース

●結晶と光：ダイヤモンド，石英（水晶），窒化ガリウム（GaN），塩化ナトリウム（NaCl）の結晶構造　　→

2014年は世界結晶年！（様々な結晶構造）

●レチナール（11-cis-レチナールとall-trnas-レチナールの同時表示）　　→

モノはなぜ見える

11-cis-レチナール，all-trnas-レチナール，11-cis-ビタミンA，all-trnas-ビタミンA，β-カロテン
※1番上は生体分子模型Kawakami Model（ウシロドプシンPDB 3PQR）の11-cis-レチナールとall-trnas-レチナール

●ウシロドプシン（PDB 3PQR：メタロドプシンII）　　→

生体分子模型Kawakami Model（ウシロドプシンPDB 3PQR）｜出張講座・土曜講座のご案内

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　水分子表示
RET（レチナール）選択　PDBsumによるレチナールのSITE選択
リガンドのうちレチナールのみ空間充填表示
Gly90選択　Lys296選択　*
空間充填　球棒　球60％　スティック（太）　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
糖鎖別着色：Gal α-Glc Man Fuc Xyl Sia GalNAc GlcNAc GlcA
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）#
水素結合（太）　OFF
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

●アミノ色表示の凡例
ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
●疎水性インデックス順
ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
●有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
●等電点順
ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性｜ Log Pをポケットに！

PyMOLによる上記モデル表示例（Chain未分割；本間作成）

3Dプリンタ模型による出張講座・土曜講座のご案内

●光合成を司る光化学系II複合体の部分構造（PDB 4UB6のChain A）　　→

光合成に関係する生体分子PDB 3ARCの部分構造例｜ Jmolトピック

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　A鎖選択　リガンド選択
Mn₄CaO₅クラスター選択　クロロフィルa（CLA）選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

Mn₄CaO₅クラスターの比較

●緑色蛍光タンパク質GFP（PDB 1HCJのChain A）　　→

緑色蛍光を発するタンパク質／GFP

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　A鎖選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

※今後も追記予定です！ → 参考；Googleによるecosci.jp内“光”画像検索結果

◆参考サイトと参考文献

International Year of Light ｜ Losing the Dark - Flat Screen Version

WATCH: Here's how eyes evolved 500 million years ago（ScienceAlert，2015/01/12）
※関連書籍例：サイモン・イングス，「見る　―眼の誕生はわたしたちをどう変えたか」，早川書房(2009)

「生活環境化学の部屋」ホームページ｜ Jmol版「分子の学習帳」