◆ 分子の重ね合わせ(16)/ホタルの光の秘密 ◆

 ホタルの光は発光物質ルシフェリンと酵素ルシフェラーゼとの反応によるものであることは知られていましたが,ゲンジボタルの明るい黄緑色はルシフェラーゼの精緻な立体構造から生み出されることが解明されました。


理研資料図5を参考に作成した発光体オキシルシフェリンの周囲の立体構造比較:2d1s2d1tより(他に2d1q2d1r参照)
※画像クリックで拡大(PDB部分データリストで作成)


ゲンジボタルの発光体オキシルシフェリンの周辺環境比較:黄緑色型(野生型)と赤色型(変異体)
※PDBデータ2d1s2d1tから,Ile288DLSAだけを抜粋して重ね合わせ

球棒モデル  空間充填  スティック
ドット表面表示  OFF
CPK色  色分け初期化
specular  OFF 光量20%  OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白 | 回転 OFF
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全分子消去(消去後は全選択状態)
    2d1s(黄緑色型)選択
      Ile288選択 → 水色球棒 DLSA選択 → 緑色球棒
    2d1t(赤色型)選択
      Ile288選択 → 紫色球棒 DLSA選択 → ピンク球棒


ゲンジボタルルシフェラーゼの立体構造(初期表示は2d1s

ゲンジボタルルシフェラーゼの例(初期表示は2d1s
2d1s  Ile288+DLSAのみ
2d1t  Ile288+DLSAのみ
バックボーン 二次構造
リガンド表示 OFF

全選択 タンパク質選択 リガンド選択
Ile288選択  Ser286(2d1s)またはAsn286(2d1t)選択
空間充填 球棒 スティック OFF
CPK アミノ色 | ラベル表示 OFF
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
疎水性インデックス順(タンパク質)
等電点順
Dot Surface表示 OFF
水素結合(細) 同(太) OFF
光沢表示 OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF 画像をクリップボードへコピー


※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP
VAL GLY LEU
 ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG



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