◆ 世界最小のタンパク質シニョリン(Jmol版) ◆
Chime版生体分子のかたちの不思議

10個のアミノ酸からなる「最小のタンパク質」の創製に成功(産業技術総合研究所,2004/08/10)
10個のアミノ酸からなる人工タンパク質の結晶構造を解明 −「タンパク質とは何か」、さらなる理解の深化に貢献−(同,2008/10/27) [NEW!]
※現在未公開の新規PDBデータ 2rnc2zei も公開後本ページで紹介予定

※以下の画像2点はChime版で作成しました。


シニョリン1uaoPDBsum版)のModel 1;配列はGYDPETGTWG
〔上左〕は原子色,〔上右〕アミノ色表示,〔下左〕距離的に考えうる水素結合(結合角は無視)の表示,
〔下右〕MOLDA for Protein Modelingで組立てた同配列でα-helix型のタンパク質
※参考:なぜなぜバイオニクス『タンパク質って何だろう?』,バイオニクス,2005年6月号(特集:植物の力をバイオ産業に),p.88



1uaoデータから作成したアニメーション(Chime版で作成;データ表示順はランダム)


世界最小のタンパク質シニョリンのPDBデータ1uaoのModel 1〜18
紫の点線は距離的に考えうる水素結合(結合角は無視;#印のデータは水素結合などアミノ酸関係の表示変更不可)
●1uao
Model 1 Model 2 Model 3 Model 4 Model 5 
Model 6 Model 7 Model 8 Model 9 Model 10
Model 11Model 12Model 13Model 14Model 15
Model 16Model 17Model 18
Model〜18のアニメーション #アニメーション OFF
バックボーン 二次構造
空間充填 球棒 球25% 球30%
スティック スティック(太) 針金
アミノ色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色
酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
疎水性インデックス順 等電点順
水素結合表示 
S-S結合表示 
  
背景・黒 灰 白 


※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP
VAL GLY LEU
 ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


「生活環境化学の部屋」ホームページ | 「分子の形と性質」学習帳:Jmol版Chime版