◆ 世界最小のタンパク質シニョリン ◆
Jmol版生体分子のかたちの不思議PDB部分データリスト

※分子モデル表示にはプラグインのChimeが必要です(詳細ダウンロード方法

10個のアミノ酸からなる「最小のタンパク質」の創製に成功(産業技術総合研究所,2004/08/10)
10個のアミノ酸からなる人工タンパク質の結晶構造を解明 −「タンパク質とは何か」、さらなる理解の深化に貢献−(同,2008/10/27) [NEW!]


シニョリン1uaoPDBsum版)のModel 1;配列はGYDPETGTWG
〔上左〕は原子色,〔上右〕アミノ色表示,〔下左〕距離的に考えうる水素結合(結合角は無視)の表示,
〔下右〕MOLDA for Protein Modelingで組立てた同配列でα-helix型のタンパク質
※参考:なぜなぜバイオニクス『タンパク質って何だろう?』,バイオニクス,2005年6月号(特集:植物の力をバイオ産業に),p.88



1uaoデータから作成したアニメーション(データ表示順はランダム)


世界最小のタンパク質シニョリンのPDBデータ1uaoのModel 1〜18ほか
紫の線は距離的に考えうる水素結合(結合角は無視;#印のデータは水素結合などアミノ酸関係の表示変更不可)
※PDBデータの内容と加工方法についてはこちらを参照(アニメーション用のxyzデータはエディタで作成)
●1uao
Model 1  Model 2  Model 3  Model 4 
Model 5  Model 6  Model 7  Model 8 
Model 9  Model 10 Model 11 Model 12
Model 13 Model 14 Model 15 Model 16
Model 17 Model 18
Model〜18のアニメーション # アニメーション  OFF

●その他の参考データ(配列 GYDPETGTWG のタンパク質)
1uaoのModel 1 をAlchemyでMM計算したデータ(H原子なし)
MOLDAによる同配列α-helix型のタンパク質
Chem3Dによる同配列α-helix型をAlchemyでPM3計算(MDL形式データ) #
 ※参考:計算化学演習メニュー用いた計算ソフトウェア
空間充填 球棒 スティック OFF
CPK色 アミノ色 | ラベル表示 OFF
ドット表面表示 OFF
静電ポテンシャル OFF
親油ポテンシャル OFF
光沢表示 OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF 画像をクリップボードへコピー
#印データはアミノ色表示および以下の表示変更不可
水素結合(細) 同(太) OFF
バックボーン 二次構造
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
hydropathy index順
等電点順


※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※hydropathy index順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP
VAL GLY LEU
 ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG

※参考(他のアニメーション表示コンテンツ例):メタロチオネイン


「生活環境化学の部屋」ホームページ「分子の形と性質」学習帳