◆ Jmolで見るトピックス分子(11-5) ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。


  1. 今月の分子 181: カスケードとCRISPR(Cascade and CRISPR)(PDBj,2015/01) | Molecule of the Month(PDB)

    PDBデータ 4qyz(標的ssDNAに結合したCasタンパク質-crRNA複合体)
    [CRISPR - Wikipedia]

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCU,backbone)
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    DNA/RNA選択 DNA選択 DNA/RNA backbone選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    4qyz(空間充填がcrRNA,小さめの球表示が標的ssDNA)


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 | Log Pをポケットに!


  2. 画期的な新型抗生物質「Teixobactin」の有効性をマウスで実証、25年以上の戦いに終止符か(GIGAZINE,2015/01/08)

    テイクソバクチン(テキソバクチン,teixobactin)
    [Teixobactin - Wikipedia]

    テイクソバクチン(テキソバクチン,teixobactin)
    ※参考:バンコマイシン(vancomycin)
    ※参考(バンコマイシンが結合したPDBデータ例):1pnvのChain B(TDP-epi-vancosaminyltransferase GtfA;バンコマイシンが結合) 同PDBsumデータ1pnv_vancomycin$(リガンド名変更;MLU-OMZ-ASN-GHP-GHP-OMY-3FG → VAN)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    テイクソバクチン(テキソバクチン,teixobactin)


  3. 不登校12万人のかげで 〜広がる子どもの睡眠障害〜 - NHK クローズアップ現代(2015/01/08放送)

    PDBデータ 1tf7(時計タンパク質KaiC)
    [KaiC - Wikipedia,Circadian rhythm - Wikipedia]

    1tf7(時計タンパク質KaiC)
    メラトニン(melatonin;“睡眠ホルモン”の例)
    セロトニン(serotonin;“覚醒ホルモン”の例)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    1tf7


  4. 新刊:佐藤健太郎,「化学で「透明人間」になれますか? 人類の夢をかなえる最新研究15」,光文社新書(2014) ※一部化合物の分子モデルを以下に。

    著者の佐藤健太郎さんにサイエンスカフェにいがた『国道って何だろう』(2015/01/24,ジュンク堂書店新潟店)でお話いただきます。

    初期表示はメトホルミン(metformin)
    [Metformin - Wikipedia]

    空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金
     
    背景・黒 灰 白 紺
    p.17 ハーバー=ボッシュ法(アンモニア合成):N2 + 3 H2 → 2 NH3 … 窒素から見る生命の世界
    p.41 レスベラトロール:レスベラトロール(resveratrol)
    p.43 ラパマイシン:ラパマイシン(rapamycin) … 話題の制がん剤・抗がん剤
    p.44 メトホルミン:メトホルミン(metformin)
    p.54 ヒドラジン:ヒドラジン(hydrazine)
    p.60 ケブラー:ケブラー(Kevlar;商品名) … 代表的な高分子
    p.78 アンドロステノン:アンドロステノン(androstenone)
    p.80 オキシトシン:オキシトシン(oxytocin;PDB 1NPOのB鎖) …オキシトシン
    p.108 テストステロン:テストステロン(oxytocin;PDB 1NPOのB鎖) …性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝
    p.111 フォルスコリン:フォルスコリン(forskolin)
    p.115 リモナバン:リモナバン(rimonabant)
    p.116 マジンドール:マジンドール(mazindol) ※異性体あり …危険ドラッグ | アンフェタミン:d-アンフェタミン(dextroamphetamine) …ADHD薬
    p.117 オルリスタット:オルリスタット(orlistat) → 別トピック
    p.127 ヒスタミン:ヒスタミン(histamine)
    p.131 ジフェンヒドラミン:ジフェンヒドラミン(diphenhydramine)
    p.140 DHA:ドコサヘキサエン酸(docosahexaenoic acid,DHA) …有機化合物の名前・基礎の基礎
    p.145 グルタミン酸:グルタミン酸(glutamic acid) …アミノ酸 | メマンチン:メマンチン(memantine) …アルツハイマー病治療薬
    p.146 ピラセタム:ピラセタム(piracetam)
    p.148 メチルフェニデート:メチルフェニデート(methylphenidate) ※塩酸塩がリタリン
    p.149 モダフィニル:(R)-モダフィニル((R)-modafinil) ※別に(S)-体
    p.175 アトロピン:アトロピン(atropine) …地下鉄サリン事件 ※異性体あり
    p.179 ルミガン(一般名 ビマトプロスト):ビマトプロスト(bimatoprost) …プロスタグランジン分子データ集
    p.180 バイアグラ(一般名 シルデナフィル):シルデナフィル(sildenafil) …生活改善薬
    p.181 ロドデノール:ロドデノール(rhododenol) …Jmolトピック
    p.183 ヒアルロン酸:ヒアルロン酸(hyaluronic acid) …糖タンパク質データ集
    p.193 アナンダミド:アナンダミド(anandamide) | マリファナ(大麻):テトラヒドロカンナビノール(tetrahydrocannabinol,Δ9-THC;マリファナの有効成分) …危険ドラッグ
    p.195 イノシン酸:イノシン酸(inosinic acid)
    p.197 イボテン酸:イボテン酸(ibotenic acid)
    p.201 アスパルテーム:アスパルテーム(aspartame) …甘味物質の秘密
    p.203 ネオテーム:ネオテーム(neotame)
    p.204 グルタチオン:グルタチオン(glutathione)
    p.211 カフェイン:カフェイン(caffeine)
    p.213 エフェドリン:エフェドリン(ephedrine) | アセトアミノフェン:アセトアミノフェン(acetaminophen)
    p.214 アスピリン(一般名 アセチルサリチル酸):アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid)
    p.217 ペニシリン:ペニシリンG(penicillin G) …抗生物質分子データ集
    p.221 タミフル(一般名 オセルタミビル):オセルタミビル(oseltamivir) …インフルエンザ
    p.222 リレンザ(一般名 ザナミビル):ザナミビル(zanamivir) | アビガン(一般名 ファビピラビル):ファビピラビル(favipiravir,T-705)
    p.237 サリドマイド(thalidomide):(S )-サリドマイド (R )-サリドマイド 両分子同時表示
    p.247 二酸化炭素:二酸化炭素(carbon dioxide) …温室効果ガス | メタン:メタン(methane)
    p.264 メタンハイドレート:メタンハイドレート(methanehydrate;構造例) …メタンハイドレート(水素結合表示・非表示はこちらのページで)


  5. 新刊(再掲):佐藤健太郎,「化学で「透明人間」になれますか? 人類の夢をかなえる最新研究15」,光文社新書(2014) ※p.179のルミガン(一般名 ビマトプロスト;プロスタグランジン類似体)関連データを以下に。最近のプロスタグランジン関連記事も下掲。

    PDBデータ 2f38(ビマトプロストが結合したプロスタグランジンF合成酵素)
    [Bimatoprost - Wikipedia,Prostaglandin-F synthase - Wikipedia]

    2f38(ビマトプロストが結合したプロスタグランジンF合成酵素) 同PDBsumデータ 2f38_15M(NADP結合)$ 15M(ビマトプロスト)選択
    ビマトプロスト(bimatoprost)

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


  6. RCSB PDB 2015/01/14 新規公開データより:4wnv Human Cytochrome P450 2D6 Quinine Complex ※初のキニーネ結合データ。下記記事はキニーネ関連の話題など。

    PDBデータ 4wnvのChain A(キニーネが結合したシトクロムP450 2D6)
    [Cytochrome P450 - Wikipedia,Quinine - Wikipedia]

    4wnvのChain A(キニーネが結合したシトクロムP450 2D6) 同PDBsumデータ4wnv_QI9$ QI9(キニーネ)選択
    キニーネ(quinine)
    ※参考(モーブ〈mauve;モーベイン,mauveine〉の構造例):モーベインA〈mauveine A〉 モーベインB〈mauveine B〉 | キニーネとモーベインA・Bの同時表示

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    A鎖(IL-18)選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺

      
    [左]「GoogleドライブとChem3D for iPad/RCSB PDB Mobileで分子を見る」によるキニーネとモーベインA・Bの同時表示
    [中・右]キニーネ(quinine)が結合したシトクロムP450 2D6 4wnvのChain AとPDBsumデータ


  7. 「国際光年」と「STEM教育」をキーワードに草の根連携はできないだろうか(GIGAZINE,2015/01/17) ※世界結晶年2014・国際光年2015に因んで結晶構造データ例を以下に

    ダイヤモンド(C),石英(水晶;SiO2),窒化ガリウム(GaN),塩化ナトリウム(NaCl)の結晶構造の同時表示

    ダイヤモンド,石英(水晶),窒化ガリウム,塩化ナトリウムの結晶構造の同時表示
    水(氷,雪)・塩化ナトリウムの結晶構造とスクロース・グルタミン酸ナトリウムの同時表示 水(氷,雪)の結晶構造のみ表示水素結合着色表示
    金(Au)・銀(Ag)・銅(Cu)の結晶構造同時表示 | 金(Au) 銀(Ag) 銅(Cu)
    参考(Siを含むPDBデータ例):1nd0のChain A-D(免疫グロブリンIgG2a) 同PDBsumデータ1nd0_DP4$ Si選択 → 別トピック


    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺

      

      
    2014年は世界結晶年!(様々な結晶構造)


  8. RCSB PDB 2015/01/21 新規公開データより:4u9h Ultra High Resolution Structure Of The Ni-R State Of [Nife]Hydrogenase From Desulufovibrio Vulgaris Miyazaki F ※他に4u9i(何れも新規リガンドNWN含む)。

    PDBデータ 4u9h(デスルホビブリオ・ブルガリス・ミヤザキFの[NiFe]ヒドロゲナーゼ)
    [Hydrogenase - Wikipedia]

    4u9h([NiFe]ヒドロゲナーゼ) 同PDBsumデータ4u9h_NWN$ NWN([NiFe]活性部位)選択
    ※参考(他の[NiFe]ヒドロゲナーゼ構造例)
    2frvのChain S・L*([NiFe]ヒドロゲナーゼ) 同PDBsumデータ2frv_FCO-O$ 同PDBsumデータ 2frv_Ni$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺

      
    [左]4u9h(大きい球棒表示が[NiFe]活性部位)
    [右]PDBsumデータの比較(4u9h_NWNと2frv_FCO-O;アミノ酸のSを黄色で表示)


  9. 新刊:審良静男・黒崎知博,「新しい免疫入門 自然免疫から自然炎症まで」,講談社ブルーバックス(2014) ※p.25図1-5で細胞・ウイルスの双方を認識するTLR9,およびp.180の痛風特効薬コルヒチン関連データを以下に。 → 別トピック(TLR9) | 同(コルヒチン誘導体が結合したチューブリン-キネシン複合体)

    PDBデータ 4qdh(Toll様受容体9)
    [Toll-like receptor - Wikipedia]

    4qdh(Toll様受容体9)
    4o2b(コルヒチンが結合したチューブリン) 同PDBsumデータ 4o2b_LOC$ LOC(コルヒチン)選択
    コルヒチン(colchicine) [Colchicine - Wikipedia]

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択
    Leu選択 BCAA球表示(Leu Ile Val)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺

      
    [左]4qdh [中・右]コルヒチン(colchicine)が結合したチューブリン4o2bとそのPDBsumデータ


  10. ホップの成分にアルツハイマーやパーキンソン病の予防効果が期待できるとの研究結果(IRORIO,2015/01/31) ※記事中のキサントフモールやホップ関連別記事の成分例(フムロン,イソフムロン)を以下に。

    キサントフモール(xanthohumol)
    [Xanthohumol - Wikipedia]

    キサントフモール(xanthohumol)
    フムロン(humulone) | イソフムロン(isohumulone;異性体あり) | フムロンとイソフムロンの同時表示

    空間充填 球棒 スティック
       
    背景・黒 灰 白 紺

      
    [左]キサントフモール(xanthohumol)
    [右]フムロン(humulone)とイソフムロン(isohumulone;異性体あり)の同時表示


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