◆ Jmolで見るトピックス分子(25-3) ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※本ページの分子モデルはMicrosoft EdgeでInternet Explorerモードにして参照できます。
※分子モデルが表示されない場合は分子表示窓右の別データ表示ボタンを押してみてください。
※PDBsumデータでファイル名*_lpであるものはLigPlot+ v.2.2で取得したものです。
★旧Jmolトピックへの追記 → No.571(環境ホルモン) | No.979(カプサイシン受容体) | No.1046(ディールス・アルドラーゼ)


  1. Transport mechanism of presynaptic high-affinity choline uptake by CHT1(Nature Structural & Molecular Biology,2024/04/08) ※2024/04/10公開データ8j75(下掲)・8j76・8j77

    阻害剤ヘミコリニウム-3(hemicholinium-3)が結合した高親和性コリントランスポーター1(CHT1) 8j75
    [Choline transporter - Wikipedia,Hemicholinium-3 - Wikipedia]
    8j75(阻害剤ヘミコリニウム-3〈hemicholinium-3〉が結合した高親和性コリントランスポーター1〈CHT1〉)8j75 同PDBsumデータ8j75_lp$

    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    阻害剤ヘミコリニウム-3(hemicholinium-3)が結合した高親和性コリントランスポーター1(CHT1)8j75とそのPDBsumデータ


      ●アミノ色表示の凡例
      ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR ASN GLN PRO MET PHE TYR TRP LYS ARG HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
      SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG HIS GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP SER THR GLY ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE
      ●有機概念図I/O値順(特性基 R)
      ASN SER ASP GLN GLU THR ARG HIS GLY LYS TYR TRP CYS MET PRO PHE ALA VAL LEU ILE
      ●等電点順
      ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP VAL GLY LEU ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 | Log Pをポケットに!


  2. 痛みに向き合う実績と効き目に迫れ! サッカー元日本代表・大久保嘉人がロキソニンを学ぶ(withnews,2024/03/28) ※“鎮痛消炎成分「ロキソプロフェンナトリウム水和物」”のロキソプロフェンを下掲
    ロキソプロフェン(loxoprofen;異性体あり)
    [
    Loxoprofen - Wikipedia]
    ロキソプロフェン(loxoprofen;異性体あり)
    ※他の鎮痛薬例
    アセトアミノフェン(acetaminophen)
    アセチルサリチル酸(acetylsalicylic acid)
    イブプロフェン(ibuprofen) → 抗生物質分子データ集

    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    CPK色 Jmol色 Rasmol色
     
    背景・黒 灰 白 紺

        
    [左]ロキソプロフェン(loxoprofen;異性体あり)
    [中・右]アセトアミノフェン(acetaminophen)と同成分含む薬剤例


  3. Emergence of fractal geometries in the evolution of a metabolic enzyme(Nature,2023/04/10) ※2023/01/04公開8an1・8bp7・8bei・8rjk・8rjl(下掲)

    クエン酸シンターゼ8rjlのChain A・C・E・F・G・K・L・O・P
    [Citrate synthase - Wikipedia]
    8rjlのChain A・C・E・F・G・K・L・O・P(クエン酸シンターゼ)
    ※別クエン酸シンターゼ例:1a59
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    クエン酸シンターゼ8rjlのChain A・C・E・F・G・K・L・O・P


  4. 書籍紹介: キース・ベロニーズ 著・渡辺 正 訳,「奇跡の薬16の物語」,化学同人(2024)


    本書(下右)と,同書登場分子等が掲載されている拙著2冊(何れも共著・絶版)
    下右は「パソコンで見る動く分子事典」,上は「新版 有機概念図 基礎と応用」

    イブプロフェンが結合したシクロオキシゲナーゼ-2(COX-2)4ph9のChain A
    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCU,backbone)
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    ヒトの必須・非必須区別
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺
    p.2ほか イブプロフェン:イブプロフェン(ibuprofen) → 抗生物質分子データ集 | 4ph9のChain A(イブプロフェンが結合したシクロオキシゲナーゼ-2〈COX-2〉;p.2・72に シクロオキシゲナーゼ/p.72 COX-2) IBP(イブプロフェン)選択 同PDBsumデータ 4ph9_IBP$ → 今月の分子 171:シクロオキシゲナーゼ(Cyclooxygenase)(PDBj,2001/05)
    p.6ほか アスピリン(アセチルサリチル酸):アスピリン(Aspirin;アセチルサリチル酸 acetylsalicylic acid)
    p.7・106・247ほか モルヒネ/p.106 指定薬物:モルヒネ(モルフィン,morphine) → 危険ドラッグ
    p.8 オクタノール:オクタノール(octanol) → アルコールとフェノール|Log Pをポケットに!
    p.10 抱水クロラール:抱水クロラール(chloral hydrate) [Chloral hydrate - Wikipedia]
    p.12 サリドマイド:(S )-サリドマイド | (R )-サリドマイド | 両分子同時表示 → 別トピック
    p.17 エストロゲン: エストロゲン(女性ホルモン)は3種総称 エストロン(estrone) | エストラジオール(17β-エストラジオール,17β-estradiol) | エストリオール(estriol) → 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝
    p.25ほか ペニシリン:ペニシリンG(penicillin G) → 抗生物質分子データ集
    p.39 アンピシリン:アンピシリン(ampicillin) → 抗生物質分子データ集
    p.43ほか キニーネ:キニーネ(quinine) → 抗生物質分子データ集
    p.49ほか カフェイン:カフェイン(caffeine)
    p.54 サリチル酸サリチル酸(salicylic acid) → 別トピック
    p.56 新型コロナ/p.227 コロナウィルス → 新型コロナウイルス(SARS-CoV-2|COVID-19)情報
    p.56 ヒドロキシクロロキン:ヒドロキシクロロキン(hydroxychloroquine)
    p.61 サリシン:サリシン(salicin)
    p.61 サリチル酸メチル:サリチル酸メチル(methylsalicylate)
    p.63 ヘロイン:ヘロイン(heroin) → 危険ドラッグ
    p.64 アセチルセルロース:ジアセテート(CDA)の部分構造例 | トリアセテート(CTA)の部分構造例 → ="../fiber/polymer_j.html">代表的な高分子
    p.66 フェノール:フェノール(phenol) → アルコールとフェノール
    p.71 PGE2:PGE2 → プロスタグランジン分子データ集
    p.82 塩化ナトリウム:塩化ナトリウム(sodium chloride,NaCl) → 2014年は世界結晶年!
    p.86 セロトニン/p.90 ドーパミン/p.90 ノルエピネフリン:セロトニン(serotonin) | ドーパミン(ドパミン,dopamine) | ノルエピネフリン(ノルアドレナリン,noradrenaline) → 抗うつ剤と神経伝達物質
    p.87 イプロニアジド:イプロニアジド(iproniazid)
    p.88 ヒドラジン:ヒドラジン(hydrazine)
    p.89 イソニアジド:イソニアジド(isoniazid) → 抗生物質分子データ集
    p.70ほか アセトアミノフェン:アセトアミノフェン(acetaminophen)
    p.86ほか 神経伝達物質 → 抗うつ剤と神経伝達物質
    p.92 チラミン:チラミン(tyramine)
    p.95 ジゴキシン:ジゴキシン(digoxin)
    p.100 コカイン:コカイン(cocaine) → 危険ドラッグ
    p.102 アデノシン三リン酸(ATP):ATP
    p.102 Na+・K+-ATPアーゼ:7d94のChain A・B・G(ブファリンが結合したNa+/K+-ATPase;参考データ) → 別トピック
    p.111 クロルジアゼポキシド:クロルジアゼポキシド(chlordiazepoxide)
    p.113 ビオチン:ビオチン(biotin,ビタミンB7) → ビタミン
    p.113 メプロバメート:メプロバメート(meprobamate)
    p.117 γ-アミノ酪酸:γ-アミノ酪酸(γ-aminobutyric acid,GABA) → タンパク質中の20種類のアミノ酸
    p.119 エタノール:エタノール(ethanol) → アルコールとフェノール
    p.119 ダルメーン:フルラゼパム(flurazepam,商品名ダルメーン)
    p.121 笑気/p.215 一酸化二窒素:一酸化二窒素(dinitrogen monoxide;亜酸化窒素 nitrous oxide;笑気ガス)の構造例 → 別トピック
    p.123 酸素:酸素分子(oxygen molecule) → 分子の形と性質(1)
    p.117 ジアゼパム:ジアゼパム(diazepam)
    p.133 クロロホルム:クロロホルム(chloroform)
    p.137 硫黄マスタード(マスタードガス):硫黄マスタード(sulfur mustard) → 地下鉄サリン事件
    p.137・147 クロルメチン:メクロレタミン(mechlorethamine,クロルメチン chloromethine;窒素マスタード)
    p.155 クマリン:クマリン(coumarin)
    p.159 ストリキニーネ:ストリキニーネ(strychnine)
    p.177 サリン:サリン(sarin) → 地下鉄サリン事件
    p.184 ペンタセン:ペンタセン(pentacene) → ポリエンとポリアセン
    p.184 コロネン:コロネン(coronene)
    p.191 ミノキシジル:ミノキシジル(minoxidil) → 生活改善薬
    p.201 フィナステリド:フィナステリド(finasteride) → 生活改善薬
    p.202 テストステロン:テストステロン(testosterone) → 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝
    p.202ほか ジヒドロテストステロン:ジヒドロテストステロン(dihydrotestosterone,DHT) → 性ホルモン - ステロイドホルモンの生合成と代謝
    p.209 バイアグラ(一般名 シルデナフィル):シルデナフィル(sildenafil;商品名 Viagra) → 生活改善薬
    p.213 ホスホジエステラーゼ5(PDE5): PDE5構造例 1udt(シルデナフィルが結合したPDE5) 同PDBsumデータ 1udt_VIA$
    p.215 アルギニン:アルギニン(arginine,Arg) → タンパク質中の20種類のアミノ酸
    p.219 レビトラ(一般名 バルデナフィル):バルデナフィル(vardenafil;商品名 Levitra) → 生活改善薬
    p.219 シアリス(一般名 タダラフィル):タダラフィル(tadalafil;商品名 Cialis) → 生活改善薬
    p.225 新型コロナワクチン → 別トピック(mRNAワクチンとシュードウリジン)
    p.233 インスリン: インスリン(insulin)構造例 1trzのChain A・B → ヒトゲノムマップに見るタンパク質
    p.233 グルコース:α-グルコース(α-glucose) | β-グルコース(β-glucose) → 甘味物質の秘密
    p.243 クロナゼパム(商品名 クロノピン):クロナゼパム(clonazepam)
    p.246 イミプラミン:イミプラミン(codeine) → 抗うつ剤と神経伝達物質
    p.246 アミトリプチリン:アミトリプチリン(amitriptyline) → 抗うつ剤と神経伝達物質
    p.247 コデイン:コデイン(codeine)
    p.247 CYP2D6: CYP2D6(P450 2D6)構造例 4wnvのChain A(キニーネが結合したシトクロムP450 2D6) QI9(キニーネ)選択 同PDBsumデータ4wnv_QI9$ → 別トピック
    p.248 トラマドール:(1R,2R)-トラマドール((1R,2R)-tramadol) → 別トピック
    p.249 アンチトロンビン: アンチトロンビン構造例 1nq9

    (適宜追加します)

      
    p.2ほか:[左]イブプロフェン(ibuprofen)
    [中・右]イブプロフェンが結合したシクロオキシゲナーゼ-2(COX-2)4ph9のChain AとそのPDBsumデータ

      
    p.7・106・247ほか:[左]モルヒネ(morphine)ほかドラッグ例の有機概念図
    [右]左図赤字の分子モデル(有機概念図にほぼ該当する配置)
    → 危険ドラッグ


    p.10:抱水クロラール(chloral hydrate)


    p.6ほか:アスピリン(Aspirin;アセチルサリチル酸 acetylsalicylic acid)

      
    p.8:「オクタノール/水」分配係数
    [左]オクタノール/水 分配係数(log POW)説明図
    → Log Pをポケットに! | 分子と分子の相互作用(QSARと有機概念図から)
    [右]有機概念図で見る医薬品と三大栄養素
    → 有機概念図(log POW推算可能)


    p.95:ジゴキシン(digoxin)


    p.102:参考データ:ブファリン(bufalin)が結合したNa+/K+-ATPアーゼ7d94のChain A・B・G


    p.184:コロネン(coronene)
    参考:ベンゾ[ghi]ペリレン(benzo[ghi]perylene)とコロネン(coronene)の同時表示(●は炭素)
    → 別トピック


    p.191:ミノキシジル(minoxidil)

      
    p.209:バイアグラ(Viagra…商品名) p.209:PDE5
    [左]シルデナフィル(sildenafil,商品名:バイアグラ Viagra)
    [中・右]シルデナフィルが結合したホスホジエステラーゼ5(PDE5)1udtとPDBsumデータ


    p.226:参考(新型コロナワクチンのmRNAワクチン関連):ウリジン(uridine)とシュードウリジン(pseudouridine)の同時表示


    p.233:インスリン(insulin)構造例 1trzのChain A・B


    p.247:CYP2D6構造例 4wnvのChain A(キニーネが結合したCYP2D6〈P450 2D6〉)とPDBsumデータ


  5. 抗てんかん薬が効く仕組みを解明 −新たな抗てんかん薬やPETプローブの開発に寄与−(理研,2024/04/18) ※2024/05/01公開8jlc・8jle・8js8・8jlh・8jli・8jlf・8jlg・8js9・8k77(下掲)

    ブリバラセタム(ブリーバラセタム,brivaracetam)が結合したSV2A-A型ボツリヌス毒素受容体8k77のChain A(cif→pdbデータ変換)
    [Brivaracetam - Wikipedia]
    8k77のChain A(ブリバラセタム〈brivaracetam〉が結合したSV2A-A型ボツリヌス毒素受容体,cif→pdbデータ変換) 同PDBsumデータ8k77_lp$
    9ntc(ブリバラセタム〈brivaracetam〉とUCB1244283が結合したシナプス小胞タンパク質2A〈SV2A〉,cif→pdbデータ変換) brivaracetam選択 UCB1244283((R)-体)選択 同PDBsumデータ9ntc_lp1(brivaracetam)$ 同PDBsumデータ9ntc_lp2(UCB1244283)$ [SV2A - Wikipedia]
    ブリバラセタム(ブリーバラセタム,brivaracetam)
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    糖鎖別着色(#印のみ):Gal,α-Glc,β-Glc,Man,Fuc,Xyl,Sia,GalNAc,GlcNAc,GlcA
    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺

      
    [左]ブリバラセタム(ブリーバラセタム,brivaracetam)
    [中・右]同分子が結合したSV2A-A型ボツリヌス毒素受容体8k77のChain AとPDBsumデータ


    ブリバラセタム(ブリーバラセタム,brivaracetam)とUCB1244283が結合したシナプス小胞タンパク質2A(SV2A)9ntcと
    PDBsumデータ(UCB1244283は(R)-体))


  6. 今月の分子 293:CFTRと嚢胞性線維症(CFTR and Cystic Fibrosis)(PDBj,2024/05) | Molecule of the Month(PDB)

    CFTR(嚢胞性線維症膜貫通伝導制御因子)8eiq
    [Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator - Wikipedia]
    8eiq(CFTR;エレクサカフトール〈elexacaftor〉,テザカフトール〈tezacaftor〉,アイバカフトール〈ivacaftor〉ほかが結合) WJX・CV6・VX7(エレクサカフトール・テザカフトール・アイバカフトール)選択 同PDBsumデータ8eiq_WJX(エレクサカフトール〈elexacaftor〉)$ [Elexacaftor - Wikipedia]
    9dw8のChain A(CFTR;AMP-PNP,P-ATPが結合) 残基番号1371(E1371Q)空間充填/α炭素ラベル表示 同PDBsumデータ9dw8_B44(P-ATP)[1502(A)]$
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    エレクサカフトール(elexacaftor),テザカフトール(tezacaftor),アイバカフトール(ivacaftor),
    ATPが結合したCFTR 8eiqとPDBsumデータ(エレクサカフトール〈elexacaftor〉)


    CFTR(嚢胞性線維症膜貫通伝導制御因子)9dw8のChain AとPDBsumデータ(P-ATP)


  7. Discovery of WRN inhibitor HRO761 with synthetic lethality in MSI cancers(Nature,2024/04/24) ※2024/04/24公開PDBデータ8pfp・8pfl・8pfo(下掲)

    阻害剤HRO761が結合したWRN構造8pfo
    [Werner syndrome helicase - Wikipedia]
    8pfo(阻害剤HRO761が結合したWRN構造) 同PDBsumデータ8pfo_YHC$
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    阻害剤HRO761が結合したWRN構造8pfoとそのPDBsumデータ


  8. 書籍紹介: 小林憲正,「生命と非生命のあいだ 地球で「奇跡」は起きたのか」,講談社ブルーバックス(2024)

    PDBデータ 3j7u(カタラーゼの構造例)
    [Catalase - Wikipedia]
    p.51 インスリン: インスリン(insulin)構造例 1trzのChain A・B → ヒトゲノムマップに見るタンパク質
    p.86 アラニン:アラニン(alanine,Ala) → タンパク質中の20種類のアミノ酸
    p.151 黄鉄鉱(パイライト):黄鉄鉱(パイライト,pyrite)部分構造 | Fe2S2・Fe4S4・Fe3S4(以上2wqyより),Fe8S7(3minより),黄鉄鉱(pyrite)部分構造の同時表示 → |鉄硫黄クラスターを含む生体分子のSITE例
    p.148 カタラーゼ:3j7u(カタラーゼの構造例) 同PDBsumデータ3j7u_HEMs(H原子追加)$ → 別トピック

    バックボーン 二次構造
    DNA/RNA(ATGCU,backbone)
    全選択 タンパク質選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 リガンド選択
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺


    p.51:インスリン(insulin)構造例 1trzのChain A・B

      
    p.148:[左]3j7u(Chain色;小さめの白球表示はH原子)
    [右]同PDBsumデータ(アミノ酸はI/O値順着色;白色は追加したH原子)


    p.151:鉄硫黄鉱物と鉄硫黄クラスター


  9. Molecular Aggregation Strategy for Inhibiting DNases(JACS,2024/04/16)

    Mn007(Mannan-007);異性体あり
    Mn007(Mannan-007);異性体あり
    ※参考(DNase構造例):2xh3のChain A
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺

      
    [左]Mn007(Mannan-007);異性体あり [右]参考のDNase構造例:2xh3のChain A


  10. 植物の発根を促進する新規機能性アミノ酸を同定 −成長制御による植物バイオマスの増大に期待−(理研,2024/05/24)

    L-2-アミノピメリン酸(L-2-aminopimelic acid)
    L-2-アミノピメリン酸(L-2-aminopimelic acid)
    ※参考(同分子結合データ例):5e3r(テトラヒドロピコリン酸-N-サクシニルトランスフェラーゼ〈DapD〉) NPI(L-2-アミノピメリン酸)選択 同PDBsumデータ5e3r_NPI$
    バックボーン 二次構造
    全選択 タンパク質選択 リガンド選択 HB選択($印のみ)
    空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去
    アミノ色 Chain色 CPK色 ‖ Jmol色 Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別
    疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順
    コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド)
    水素結合表示
     
      
    背景・黒 灰 白 紺

      
    [左]L-2-アミノピメリン酸(L-2-aminopimelic acid)
    [右]同分子結合の参考構造例:トラヒドロピコリン酸-N-サクシニルトランスフェラーゼ(DapD)5e3rとそのPDBsumデータ



    タンパク質中の20種類のアミノ酸


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