◆ Jmolで見るトピックス分子（21-3） ◆

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ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※本ページの分子モデルはInternet Explorerで参照できます。Microsoft EdgeではInternet Explorerモードにして。

  1. The Card1 nuclease provides defence during type III CRISPR immunity（Nature，2021/01/18）　※Video 1-4あり；邦題『構造生物学：Card1ヌクレアーゼはIII型CRISPR免疫の際に防御を誘導する』（Nature v590 n7847），2020/12/30公開データ6wxw・6wxx・6wxy・6xl1（下掲）

    PDBデータ 6xl1（Card1ヌクレアーゼ）
    		6xl1（Card1ヌクレアーゼ）　同PDBsumデータ6xl1_EPE$　cA4（DNA）と近傍アミノ酸残基〈論文のVideo 2より〉
    バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    左から： Card1ヌクレアーゼ6xl1，同cA4（DNA）と近傍アミノ酸残基（論文 Video 2より），同PDBsumデータ，Nature論文のVideo 2中の画像例

      ●アミノ色表示の凡例
      ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
      ●酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
      ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
      ●極性〈酸性・塩基性〉・非極性（疎水性）アミノ酸区別
      SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP
      ●疎水性インデックス順
      ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
      ●有機概念図I/O値順（特性基 R）
      ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
      ●等電点順
      ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG


    アミノ酸および特性基の親水性・疎水性 ｜ Log Pをポケットに！

  2. 新車の香りは「発がん性物質」の香り、1日20分嗅ぐだけで発がんリスクが高まる可能性（Chem-Station，2021/02/27）　※“車の製造過程で発生する化学物質であるベンゼンとホルムアルデヒド、フタル酸エステル類（DBPとDEHP）を調査しました。加えて先行研究で車内から検出されたTDCIPPも調査の対象としました”，“特にベンゼンとホルムアルデヒドの曝露に起因する癌のリスクが高い”。

    TDCIPP（リン酸トリス(1,3-ジクロロ-2-プロピル)；tris(1,3-dichloro-2-propyl)phosphate）
    ［Tris(1,3-dichloro-2-propyl)phosphate - Wikipedia，リン酸トリス(1,3-ジクロロ-2-プロピル) - 国立環境研究所］
    		ベンゼン（benzene）　→ 別トピック
    ホルムアルデヒド（formaldehyde）
    DBP（フタル酸ジブチル；dibutyl phthalate） ｜ DBP結合PDBsumデータ例： 4g5i_DB7（ブタ膵臓のホスホリパーゼA2〈PLA2〉）$　→ 別トピック
    DEHP（di-2-ethylhexyl phthalate；フタル酸ジ-2-エチルヘキシル）　→ 別トピック
    TDCIPP（リン酸トリス(1,3-ジクロロ-2-プロピル)；tris(1,3-dichloro-2-propyl)phosphate）
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

        
    左から：ベンゼン（benzene），ホルムアルデヒド（formaldehyde），TDCIPP

      
    ［左］DBP（dibutyl phthalate）とDBP結合4g5i（ブタ膵臓のホスホリパーゼA2）のPDBsumデータ　［右］DEHP（di-2-ethylhexyl phthalate；フタル酸ジ-2-エチルヘキシル）

  3. 今月の分子 255: シスプラチンとDNA（Cisplatin and DNA）（PDBj，2021/03） ｜ Molecule of the Month（PDB）

    PDBデータ 3lpvのChain A・B（シスプラチンが結合したDNA）
    ［Cisplatin - Wikipedia］
    		3lpvのChain A・B（シスプラチンが結合したDNA）　CPT（シスプラチン）選択　同PDBsumデータ3lpv_CPT$
    ※他のシスプラチン結合DNA例： 1ksb　→ 元素楽章
    ※他のシスプラチン結合DNAのPDBsumデータ例： PDBsmデータ1aio_CPT$　→ プラチナPtを含む生体分子のSITE例
    シスプラチン（cisplatin）
    バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
    全選択　タンパク質選択　DNA/RNA選択　同backbone選択　リガンド選択　HB選択（$印のみ）
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

        
    左から シスプラチン結合DNA 3lpvのChain A・BとそのPDBsmデータ，同1ksb，シスプラチン（cisplatin）

  4. 構造生物学：明らかになったクエン酸輸送機構（Nature ハイライト，2021/03/04）　※“この輸送体は、貯蔵脂肪の低減を介した肥満や糖尿病、心血管疾患の治療のための薬剤標的として特に関心を集めている”。2021/02/24公開PDBデータ7jsj（下掲）・7jsk。

    PF2が結合したナトリウム依存性クエン酸輸送体NaCT 7jsjのChain A
    		 7jsjのChain A（PF2が結合したナトリウム依存性クエン酸輸送体NaCT）　同PDBsumデータ7jsj_X3M（PF2）$ ｜ PDBsumデータ7jsk_CIT（クエン酸）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色


    糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    PF2が結合したナトリウム依存性クエン酸輸送体NaCT 7jsjのChain AとそのPDBsmデータ（クエン酸結合の7jskとの比較）

  5. Tetramer formation of Bacillus subtilis YabJ protein that belongs to YjgF/YER057c/UK114 family（Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry，2021/02/03）　※“a mutant YabJ protein that has the Ser103Phe substitution was found to be homotetrameric”，2021/03/03公開PDBデータ7cd2・7cd3・7cd4（下掲）

    YabJタンパク質のS103F変異体 7cd4
    		7cd4（YabJタンパク質のS103F変異体）　Phe103選択　同PDBsumデータ7cd4_BTB（Bis-Tris buffer）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    YabJタンパク質のS103F変異体 7cd4とそのPDBsmデータ

  6. 構造生物学：隠されたチャネルを持つ輸送体（Nature ハイライト，2021/03/11）　※2021/02/17公開PDBデータ6x01・6wzb・6wyj・6wyk（下掲）・6wyl

    グルタミン酸トランスポーターホモログ 6wyk
    		6wyk（グルタミン酸トランスポーターホモログ）　リガンド（アスパラギン酸）選択　同PDBsumデータ6wyk_ASP（アスパラギン酸）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    アスパラギン酸が結合したグルタミン酸トランスポーターホモログ 6wykとそのPDBsmデータ

  7. Discovery of Atabecestat (JNJ-54861911): A Thiazine-Based β-Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 Inhibitor Advanced to the Phase 2b/3 EARLY Clinical Trial（Journal of Medicinal Chemistry，2021/02/15）　※2021/03/10公開PDBデータ7dcz（下掲）

    阻害剤atabecestatが結合したβ-セクレターゼ1（BACE1） 7dcz
    ［Beta-secretase 1 - Wikipedia］
    		7dcz（阻害剤atabecestatが結合したβ-セクレターゼ1〈BACE1〉）　同PDBsumデータ7dcz_H3C$
    7d5u（Xaperone〈グザペロン；商品名〉と阻害剤が結合したβ-セクレターゼ2〈BACE2〉） ［Beta-secretase 2 - Wikipedia］
    PDBsumデータ7d2v_66F$　PDBsumデータ7d5b_66F$ ｜ PDBsumデータ7d5a_GX6$　PDBsumデータ7d5u_GX6$
    PDBsumデータ7f1d_0QQ$　PDBsumデータ7f1g_0QQ$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    阻害剤アタベセスタット（atabecestat）が結合したβ-セクレターゼ1（BACE1） 7dczとそのPDBsmデータ

      
    ［左］Xaperone（グザペロン；商品名）と阻害剤が結合したβ-セクレターゼ2（BACE2） 7d5u
    ［右］化合物1が結合した7d2v（BACE1）・7d5b（BACE2）と化合物7が結合した7d5a（BACE1）・7d5u（BACE2）のPDBsmデータ比較


    化合物6が結合した7f1d（BACE1）と7f1g（BACE2）のPDBsmデータ比較

  8. Crystal structures of hydroxymethylbilane synthase complexed with a substrate analog: a single substrate-binding site for four consecutive condensation steps（Biochemical Journal，2021/03/04）　※2021/03/17公開PDBデータ7cd0（下掲）・7ccy・7ccz・7ccx

    ヒドロキシメチルビランシンターゼ（ポルフォビリノーゲンデアミナーゼ） 7cd0のChain B
    ［Porphobilinogen deaminase - Wikipedia，Hydroxymethylbilane - Wikipedia］
    		7cd0のChain B（ヒドロキシメチルビランシンターゼ〈ポルフォビリノーゲンデアミナーゼ〉）　同PDBsumデータ7cd0_7J8（ヒドロキシメチルビラン）$　同PDBsumデータ7cd0_FWL（2-ヨードポルフォビリノーゲン）$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    ヒドロキシメチルビランシンターゼ（ポルフォビリノーゲンデアミナーゼ） 7cd0のChain BとそのPDBsumデータ

  9. Structural insights into the inhibition of glycine reuptake（Nature，2021/03/27）　※2021/03/17公開PDBデータ6zbv（下掲）・6zpl

    グリシントランスポーター1（GlyT1） 6zbvのChain A
    ［Glycine transporter - Wikipedia］
    		6zbvのChain A（阻害剤が結合したグリシントランスポーター1〈GlyT1〉）　同PDBsumデータ6zbv_QET$ ｜ PDBsumデータ6zpl_QET$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺


    阻害剤が結合したグリシントランスポーター1（GlyT1） 6zbvのChain AとそのPDBsumデータ（6zplとの比較；何れもH原子追加）

  10. アトピー性皮膚炎の発症に関わる痒み物質の産生を抑制する化合物を開発　−痒みを根元から絶つ新たな治療の実現に期待−（九州大学，2021/04/15）　→ 全文PDF　※“DOCK8欠損マウスのヘルパーT細胞におけるIL-31産生を選択的に抑制する化合物として、IPHBAを発見”，“構造活性相関を検討することで、IPHBAより薬効の強い化合物の開発に成功”。

    アトピー治療薬リード化合物候補IPHBA（4-(2-(4-isopropylbenzylidene)hydrazineyl)benzoic acid）
    		IPHBA
    ※参考（IL-31構造例）：1ijzヒトインターロイキン-13（human interleukin-13；human IL-13） ［Interleukin 13 - Wikipedia］
    ※参考（他のアトピー薬例と同分子結合PDBデータ例）：タクロリムス（tacrolimus） ［Tacrolimus - Wikipedia］　1bkf（FK506結合タンパク質）　同PDBsumデータ1bkf_FK5$
    ※参考（インターロイキン関連PDBデータ例）：9na6のChain A（阻害剤GS-5718が結合したインターロイキン-1受容体関連キナーゼ4〈IRAK4〉；cif→pdb変換）　同PDBsumデータ9na6_lp$
    バックボーン　二次構造
    全選択　タンパク質選択　リガンド選択
     空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
    アミノ色　Chain色　CPK色　‖　Jmol色　Rasmol色

    酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
    疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
    コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
     水素結合表示
    　
    　　
    背景・黒　灰　白　紺

      
    ［左］IPHBA（4-(2-(4-isopropylbenzylidene)hydrazineyl)benzoic acid）　［右］ヒトインターロイキン-13（human interleukin-13；human IL-13）1ijz

      
    ［左］タクロリムス（tacrolimus）　［右］FK506（タクロリムス）結合タンパク質例1bkfとPDBsumデータ


    ※参考図：タクロリムス（tacrolimus）が結合したβ2アドレナリン受容体（β2AR）-PPP3CA-FKBP12複合体9chuとPDBsumデータ
    → GPCR


    ※（インターロイキン関連PDBデータ例）：阻害剤GS-5718（edecesertib）が結合したインターロイキン-1受容体関連キナーゼ4（IRAK4）9na6

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