◆ 発がん性化合物の例 ◆
Jmol版


発がん性化合物の分子モデル例(初期表示はbenzo[a]pyrene)

空間充填  球棒モデル  スティック  OFF
Dot Surface表示  OFF |  ラベル表示  OFF
Electrostatic Potential  Lipophilic Potential  OFF
specular  OFF |  光量30%  OFF
軸表示  OFF |  bounding box表示  OFF
原子球・白  OFF(CPK)
背景・黒  背景・灰  背景・白
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benzo[a]pyrene
benzo[a]pyrene diol epoxideの例
3-nitrobenzanthrone
dibenz[a,h]anthracene
1-nitropyrene
2,3,7,8-tetrachlorodibenzo-p-dioxin(2,3,7,8-TCDD)
  → 参考: TCDDの代謝物の例〔ラット,イヌ〕*
aflatoxin B1
aflatoxin B1-8,9-epoxide
N-nitrosodimethylamine
N-nitrosodiethylamine
AF-2

acrylamide(下記トピックス参照)
kojic acid(トピックス参照)
4,4'-bis(dimethylamino)benzophenone(下記トピックス参照)

※参考
12-O-tetradecanoylphorbol-13-acetate(発がんプロモーターの例)


※参考:本間善夫・川端潤,「パソコンで見る動く分子事典」,pp.253-254,講談社ブルーバックス(1999)
* ダイオキシンの健康影響評価に関するワーキンググループ報告書について(厚生労働省,2002/06/26)


表1 発がん性化合物の例
No. 化合物 分子式 CAS No.
※クリックで別窓にChemFinder情報
I O log Pcal log P
1 benzo[a]pyrene C20H12 50-32-8 165 400 4.825 6.13
2 benzo[a]pyrene diol epoxideの例
7b,8a-dihydroxy-9a,10a-epoxy-7,8,9,10-tetrahydrobenzo[a]pyrene
C20H14O3 (CAS番号なし)
ラセミ体(58917-67-2)異性体の例
350 400 3.820
3 3-nitrobenzanthrone C17H10NO3 220 410 4.633
4 aflatoxin B1 C17H12O6 1162-65-8 269 340 3.617
5 aflatoxin B1-8,9-epoxide C17H12O7 42583-46-0 297 340 3.465

※有機概念図のI・Oからlog Pcalを算出した相関式: log Pcal = 0.010710Σo−0.0054285Σi+1.436322



図1 上記化合物の有機概念図上における分布(番号は表1参照).
※参考:環境ホルモンとして疑われている化合物の例有機概念図計算Excelシート



参考図 アミノ酸およびDNA・RNAの塩基の有機概念図



図2 benzo[a]pyrene代謝物のDNAへのインターカレーションや結合の例;PDBデータの1DXA1BPSから作成
遺伝子DNA/4種類の塩基参照

発がん性分子のDNAへのインターカレーションまたは修飾の例(初期表示は1DXAの部分構造)

DNA/RNA(ATGCU)  Backbone  Termini
Ligands表示  OFF

DNA/RNA選択  Ligand選択  全選択
空間充填  球棒モデル  スティック  OFF
CPK
Dot Surface表示  OFF
水素結合表示(細)  同(太)  OFF
Electrostatic Potential  Lipophilic Potential  OFF
Specular  OFF |  光量30%  OFF
軸表示  OFF |  Bounding Box表示  OFF
背景・黒  背景・灰  背景・白
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〈 〉内は含まれている発がん性分子,
 →でオリジナルPDBデータ表示(詳細はSummary Information参照)

1DXAの部分〈benzo[a]pyrene代謝物例〉*1  1DXA
1AG5の部分〈aflatoxin B1代謝物例〉*2  1AG5
1HZ0の部分〈複素芳香族アミンPhIP〉 PhIP選択  1HZ0

【補足】DNAへの分子のインターカレーションは制がん機構においても重要!
話題の制がん剤とモルヒネ誘導体の「発がん・制がんとDNA」,「がん抑制遺伝子p53」参照



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