001. プラバスタチン（pravastatin）
002. PDBデータ 2b7fのChain A・B・I（HTLV-1ウイルスのプロテアーゼ）
003. PDBデータ 2zuo[4. 23MB]（タンパク質ボルトの部分構造；First entry, chain A-M）
004. パロキセチン（paroxetine）
005. シクロプロプ-2-エンカルボン酸（cycloprop-2-enecarboxylic acid）
006. PDBデータ 2znl（インフルエンザウイルスのRNAポリメラーゼPA-PB1サブユニット） ‖ 3a1g（同 PB1-PB2サブユニット）｜ Chain A・B ‖ T-705（RNAポリメラーゼ阻害剤） ‖ CS-8958（ノイラミニダーゼ阻害剤） ｜ ペラミビル（peramivir；ノイラミニダーゼ阻害剤）
007. PDBデータ 3d90（プロゲステロン受容体）
008. PDBデータ 1Q84（アセチルコリンエステラーゼ）
009. PDBデータ 2zxe（ナトリウム・カリウムポンプ）
010. トランスフルトリン（transfluthrin）
011. PDBデータ 2zye（阻害剤KNI-272が結合したHIV-1プロテアーゼ）
012. PDBデータ 1nn2（ノイラミニダーゼ，neuraminidase）　同PQSによる4量体
013. PDBデータ 2iga（プロトカテキュ酸ジオキシゲナーゼ）　同PDBsumデータ 2iga_FE2
014. PDBデータ 2v0zのChain C（高血圧治療薬アリスキレンが結合したレニン）　同PDBsumデータ 2v0z_C41
015. PDBデータ 3giw（ロスマンフォールド）
016. アラキドン酸（arachidonic acid）
017. PDBデータ 1gt0（Oct4・Sox2・DNA 複合体の例）
018. 代替フロンの一種HCFC（ハイドロクロロフルオロカーボン）の例：HCFC-123
019. PDBデータ 2zw3（ヒト由来ギャップ結合チャネル）
020. テトラヒドロカンナビノール（tetrahydrocannabinol，Δ9-THC）
021. MDMA
022. PDBデータ 3gj2のChain A（光活性化型GFP；2009/03/24 RCSB PDB公開）
023. PDBデータ 2z5r（フェリチン，ferritin）　同PQSによる24量体
024. PDBデータ 3cs9のChain A（ニロチニブ結合チロシンキナーゼ）　同PDBsumデータ 3cs9_NIL ‖ PDBデータ 3g5d（ダサチニブ結合チロシンキナーゼ）　同PDBsumデータ 3g5d_1N1
025. 1,2,4-トリメチルベンゼン（1,2,4-trimethylbenzene）
026. フラーレン（fullerene，C60）
027. PDBデータ 2d57（アクアポリン4）　同PQSによる4量体
028. PDBデータ 2rogのModel 1（TTHA1718，in living E. coli cells）　PDBデータ 2roeのModel 1（TTHA1718，in vitro）
029. PDBデータ 2frvのChain S・L（ニッケル-鉄ヒドロゲナーゼ）　同PDBsumデータ 2frv_Ni
030. キノリン酸（quinolinic acid）　キノリン酸を含むPDBデータ 1qap（キノリン酸ホスホリボシルトランスフェラーゼ QPRT）　同PDBsumデータ 1qap_NTM
031. CS-8958（臨床試験中） ｜ ペラミビル（peramivir）　ペラミビルを含むPDBデータ 2f10（参考） ｜ T-705（臨床試験中）
032. ビマトプロスト（bimatoprost）　ビマトプロストを含むPDBデータ 2f38
033. PDBデータ 2v84（梅毒トレポネーマ Treponema pallidum のリポタンパク質）
034. サルコシン（sarcosine）
035. PDBデータ 1wua（アメフラシ由来アプリロニンAとアクチンとの複合体構造） ｜ アプリロニンA（aplyronine A）
036. PDBデータ 3ebj（鳥インフルエンザ，RNAポリメラーゼのPAサブユニット） ｜ A鎖
037. PDBデータ 2w69（インフルエンザ，キャップスナッチング〔cap-snatching〕） ｜ A鎖
038. PDBデータ 2p1p（オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ） ｜ PDBsumデータ 2p1p_IAC ｜ インドール酢酸（IAA，オーキシンの例）
039. PDBデータ 1xj9（ペプチド核酸〔PNA〕） ｜ 参考：別の研究グループによるデータ例 1pnn（PNA/DNA）
040. 白リン（white phosphorus，P4）
041. 2,2'-ビピリジン（別名2,2'-ジピリジル）
042. ヒアルロン酸（hyaluronic acid，繰り返し単位） ｜ PDBデータ3hya（ヒアルロン酸 8mer）
043. PDBデータ 1jb0中のP700形成ヘテロ2量体例（CL1 1011, CL1 1021, His680A, His660B）
044. PDBデータ 2jp9のModel 1（WT-1〔WT1〕結合DNA，Zinc Finger）
045. ソラフェニブトシル酸塩（sorafenib tosylate；商品名 ネクサバール，Nexavar）
046. PDBデータ 2zsh（ジベレリン受容体；ジベレリンA3結合）
047. PDBデータ 3bla（DcpS）
048. メラミン（melamine）
049. テトラクロロエチレン（tetrachloroethylene，パークレン）
050. PDBデータ 2rh1（β2アドレナリンレセプター）　同PDBsumデータ 2rh1_CAU

No.22関連： GFPデータ例3gj2のChain A
※GFPは蛍光発生部分がタンパク質（黄色）の内部にあるというお話をイメージ

Vol.2

051. (S)-サリドマイド ｜ (R)-サリドマイド
052. 2-アラキドノイルグリセロール（2-arachidonoylglycerol，2-AG）
053. PDBデータ 3l2t（PFV由来インテグラーゼ；阻害剤ラルテグラビル含む）　ラルテグラビル（raltegravir，MK-0518） ‖ PDBデータ 3l2u（PFV由来インテグラーゼ；阻害剤elvitegravir含む）　elvitegravir（GS-9137，JTK-303）
054. PDBデータ 3g61のChain A（P-糖タンパク質）
055. アトラジン（atrazine）
056. パラウアミン（Palau'amine）
057. PDBデータ 1ubq（ユビキチン）
058. アブシジン酸（abscisic acid，ABA） ‖ アブシジン酸を含むPDBデータ 3jrq（受容体とプロテインホスファターゼ2C）　同PDBsumデータ 3jrq_A8S
059. PDBデータ 1a5hのChain A・C（t-PA；組織プラスミノゲンアクチベーター）
061. [1]1pwc（ペニシリンG）｜[2]1hxb（サキナビル）｜[3]1mxk（ブレオマイシン）｜[4]1jff（タキソール）｜[5]2rh1（カラゾロール ｜[6]1pth（アスピリン）｜[7]1lpb；BOG・MUPは座標2種のうちAのみ（アルキルホスホネート阻害剤）｜[8]1hwkのChain A・B（アトルバスタチン）｜[9]2j0dのChain A（エリスロマイシン）
062. アトルバスタチン（atorvastatin） ‖ アトルバスタチンを含むPDBデータ 1hwkのChain A・B　同PDBsumデータ 1hwk_117
063. PDBデータ 1t2k（エンハンセオソーム，インターフェロン-βエンハンサー）　1t2k・2pi0・2o6g・2o61複合体
064. CS-8958
065. ペラミビル (peramivir） ‖ 参考：ペラミビルを含むPDBデータ例 2f10（ノイラミニダーゼ）　同PDBsumデータ 2f10_BCZ
066. PDBデータ 2aai（リシン，ricin）　
067. PDBデータ 2wdi（70Sリボソーム；Ramakrishnanらによる） 4. 87MB　
069. 1d66のChain D・E（DNA，2010年 寅年年賀バージョン）
070. シクロプロプ-2-エンカルボン酸（cycloprop-2-enecarboxylic acid）
071. PDBデータ 1fd9の2量体（レジオネラ感染症関連タンパク質；Model 2をChain A → Bに変更）　同・単量体
072. PDBデータ 2pne（不凍タンパク質，antifreeze protein）
073. シタグリプチン（sitagliptin） ‖ 参考：シタグリプチン類似阻害剤（C17H17F6N5O）を含むPDBsumデータ 2qoe_448
074. PDBデータ 3gbiの12量体（A-D鎖×3；人工設計DNA結晶）
075. PDBデータ 3a0rの4量体（A・B鎖×2；ヒスチジンキナーゼとレスポンスレギュレーターの複合体）
076. PDBデータ 1kf1（DNAのG-四重らせん構造；ヒトのテロメア反復配列はTTAGGG） ｜ 2r4g（テロメラーゼのRNA結合ドメイン，テトラヒメナ・サーモフィラ） ｜ 2feyのModel 1（テロメラーゼRNA，テトラヒメナ；"HO"原子削除）
077. PDBデータ 3b8eのChain A・B・G（Na-Kポンプ） ｜ 2zxe（同；再掲）
078. サリチル酸（salicylic acid）
079. 阻害薬コホルマイシン（coformycin）を含むアデノシンデアミナーゼのPDBデータ例 3ewc
080. グリシドール（glycidol；2,3-epoxy-1-propanol，異性体あり） ‖ 参考：ジアシルグリセロール（C10）を含むPDBデータ例2z9y（セラミド選別輸送タンパク質，CERT）　同PDBsumデータ 2z9y_DDR
081. ウミホタルルシフェリン（Vargula luciferin）　参考：ゲンジボタルルシフェラーゼのPDBデータ例 2d1t（変異体，赤色型）
082. 薬理色素NK-4（キノリン骨格3核シアニン系色素；２つのI-1は略）
083. 参考：P450 1A2（CYP1A2）のPDBデータ例 2hi4（α-ナフトフラボンを含む）
084. PDBデータ 1fo4（キサンチン酸化還元酵素，xanthine oxidoreductase）
086. ブチルカルビトール（butyl carbitol；ジエチレングリコールモノブチルエーテル，diethylene glycol monobutyl ether）
087. アミトリプチリン（amitriptyline，第1世代／三環系の例）　アモキサピン（amoxapine，第2世代／三環系の例）　マプロチリン（maprotiline，第2世代／四環系の例）
088. 二酸化塩素（chlorine dioxide）
089. PDBデータ 2arv（アクチビンA，activin A）
090. PDBデータ 1aquのChain A（スルホトランスフェラーゼ，sulfotransferase）
091. アレンドロネート（alendronate；ビスフォスフォネート剤の例，アレンドロン酸） ｜ 参考：アレンドロネートを含むPDBデータ例2f92　同PDBsumデータ 2f92_AHD
092. エピガロカテキンガレート（epigallocatechin 3-gallate，EGCG） ｜ 参考：EGCGを含むPDBデータ例2kdhのModel 1　同データ中のEGCG原子情報を一部改変（HO→H）　同PDBsumデータ 2kdh_KDH_g（Model 1データをアップロードして生成）
093. PDBデータ2z5r（フェリチン；CdとPd含む）　同PQSによる24量体
094. PDBデータ 1m4hのChain A・C（β-セクレターゼ；阻害剤OM00-3含む） ｜ 2zhrのChain A・C（同；阻害剤OM99-2含む）
095. PDBデータ 1rw5のModel 1（プロラクチン〈乳汁分泌ホルモン〉，prolactin）
096. インドメタシン（indomethacin） ｜ インドメタシンを含むPDBデータ例3hwz
097. サリン（sarin） ｜ 参考：サリンがSer273に結合したPDBデータ3f96のChain A（血小板活性化因子アセチルヒドロラーゼ；修飾残基SGBは座標2種のうちAのみ）
098. PDBデータ 2k6bのModel 1（プログラム細胞死，PDCD5）
099. ホルムアルデヒド（formaldehyde）
100. DNA部分構造例　

  
No.97関連： 〔左〕サリンがSer273に結合したPDBデータ3f96のChain A，〔右〕神経ガスその他の有機概念図
※有機概念図

Vol.3

101. バレニクリン（varenicline）　※禁煙補助剤は酒石酸塩
102. ピリフルキナゾン（pyrifluquinazon）
103. PDBデータ 2xshのChain A-F（ビフェニルジオキシゲナーゼ；2,6-ジクロロビフェニル含む） ｜ 2xrxのChain A-F（同；ビフェニル含む）
104. PDBデータ 3agv（IgG，RNAアプタマー）
105. PDBデータ 1um2のChain A・C（エンドヌクレアーゼ，インテイン）
106. PDBデータ 1frpのChain A（AMPA型グルタミン酸受容体；AMPAが結合）
108. PDBデータ 1u8d（リボスイッチ）
109. PDBデータ 3ef7（透明帯構成タンパク質ZP3）
110. PDBデータ 3al0（グルタミン・トランスアミドソーム）
111. PDBデータ 3og7（B-Rafプロテインキナーゼ，阻害剤PLX4032結合）　
112. PDBデータ 3ok9（HIV-1プロテアーゼ；阻害剤GRL-0519Aが結合，GRL-0519Aは座標2種のうちAのみ）
113. パクリタキセル (paclitaxel） ‖ 参考：パクリタキセルを含むPDBデータ例 1jff（チューブリン）　同PDBsumデータ 1jff_TA1 ‖ 同3edlの165量体（Chain ABDFG×33；AFがα-チューブリン，BGがβ-チューブリン，Dがキネシン-13モータードメイン） α炭素のみ（4. 00MB）
114. PDBデータ 2xp2（未分化リンパ腫キナーゼ（ALK），クリゾチニブ（PF-02341066）が結合）
115. PDBデータ 1imx（インスリン様成長因子，IGF-1）
116. カプトン（Kapton；ポリイミドの例）
117. PDBデータ 2xkk（トポイソメラーゼ；アシネトバクター・バウマニ由来〈A・C鎖〉，モキシフロキサシン 含む）
118. CS-8958（ラニナミビル，laninamivir）
119. PDBデータ 9icd（イソクエン酸脱水素酵素；2量体）
120. PDBデータ 3m6g（アクチン；lobophorolide 含む）
121. ムギネ酸（mugineic acid）
122. PDBデータ 3hvt（HIV-1逆転写酵素；阻害剤ネビラピン nevirapine 含む）
123. PDBデータ 3n45（ファルネシルピロリン酸合成酵素；阻害剤含む2量体／阻害剤はFBS_04とビスホスホネート系のゾレドロネート）
124. 酢酸ウリプリスタル（ulipristal acetate，ella）
125. PDBデータ 3adb（tRNASec・PSTK複合体）
126. ビタミンK2〈メナキノン〉の例；メナキノン-6
127. アンブロキサン（ambroxane）
128. PDBデータ 3bes（インターフェロンγ〈L鎖〉とエクトロメリアウイルスのインターフェロンγ結合タンパク質〈R鎖〉の複合体） ｜ 同8量体（Chain L・R×4）
129. PDBデータ 3ah8（Gタンパク質とYM-254890複合体）　YM-254890のみ表示
130. PDBデータ 3ngb（HIV-1 gp120＋抗体VRC01） ｜ 同Chain A-C
131. PDBデータ 3l1e（クリスタリン；2量体）
132. ブチルブチレート（butyl butyrate；酪酸ブチル，ブタン酸ブチル）
133. オセルタミビル（リン酸塩が商品名タミフル） ｜ 17β-エストラジオール（天然エストロゲンの例） ｜ エチニルエストラジオール（合成エストロゲンの例） ｜ イブプロフェン（抗炎症薬） ｜ カルバマゼピン（抗てんかん剤）
134. PDBデータ 3mfi（DNAポリメラーゼη〔Polη〕；タンパク質A鎖は座標2種のうちAのみ）　同PDBsumデータ 3mfi_DTP（dATP＋チミン二量体＋DOC）
135. Liイオン内包フラーレンC60（Li@C60）
136. アログリプチン（alogliptin）
137. ラベプラゾールナトリウム（sodium rabeprazole） ｜ ラベプラゾール
138. PDBデータ 2zm8（ナイロンオリゴマー分解酵素；解像度は1. 55Å）　同PDBsumデータ 2zm8_ACA2（ナイロン6ダイマー）
139. PDBデータ 1yy9（EGF受容体；セツキシマブ〔cetuximab〕含む）
140. PDBデータ 1fpv（パルボウイルス，ネコ汎白血球減少症ウイルス）　60量体 α炭素のみ（1. 83MB）
141. PDBデータ 3aeq（光非依存性プロトクロロフィリド還元酵素）
142. ピラセタム（piracetam） ｜ メチルフェニデート（methylphenidate；塩酸塩がリタリン）
143. フェネチルアミン（phenethylamine）
144. PDBデータ 1cvn（コンカナバリンA） ｜ 同Chain A
145. ラメルテオン（ramelteon）
146. (R)-リナロール ｜ (S)-リナロール
147. PDBデータ 2zxo
148. ビタミンB1（vitamin B1；チアミン thiamine）
149. アドレナリン → 脳内物質例（抗うつ剤の分類 内） ‖ グルタミン酸ナトリウム（グルタミン酸モノナトリウム）　グルタミン酸（Glu） → 20種類のアミノ酸 ‖ セルロース（レーヨンはセルロース繊維の一種）〈セロビオース単位〉 → 代表的な高分子
150. アトルバスタチン（atorvastatin）｜ アトルバスタチンを含むPDBデータ 1hwkのChain A・B　同PDBsumデータ 1hwk_117 ‖ ドネペジル（donepezil；塩酸ドネペジルが商品名アリセプト Aricept）

  
No.113関連： パクリタキセルを含むチューブリン3edlの165量体（Chain ABDFG×33；α炭素のみ）

Vol.4

151. エリブリン（eribulin，E7389）
152. PDBデータ 3apo（ERdj5）
153. クマリン ‖ 参考：クマリンを含むPDBsumデータ例 2pwb_COU（プロテイナーゼK）
154. cis-ウイスキーラクトン　trans-ウイスキーラクトン
155. PDBデータ 1melのChain A・L（ナノボディ〈単一ドメイン抗体〉；A鎖がナノボディ，L鎖はリゾチーム）
156. PDBデータ 2x8m（コリン結合タンパク質；抗コリン薬イプラトロピウム結合）
157. PDBデータ 3pqr（ロドプシン；Choeらによる） ‖ 2x72（同；Standfussらによる）
158. PDBデータ 2y3w（SAS-6）
159. PDBデータ 3aicのChain A（グルカンスクラーゼ〈GSase〉；阻害剤アカルボース結合）　同PDBsumデータ 3aic_ACR
160. PDBデータ 3pcvの3量体（Chain A×3；ロイコトリエンC4合成酵素）　同PDBsumデータ 3pcv_GTT
161. テトラシラシクロブタジエン（4つのEMind基結合）
162. ジフェンヒドラミン（diphenhydramine） ‖ 参考：ジフェンヒドラミンを含むPDBデータ 2aot（ヒスタミン-N-メチルトランスフェラーゼ）　同PDBsumデータ 2aot_2PM
163. PDBデータ 2om2のChain A・B（Gタンパク質Gαi1〈A鎖〉，RGS14〈B鎖〉）
164. PDBデータ 3os1の10量体（Chain ABCDT×2；プロトタイプ泡沫状ウイルス〈PFV〉のインテグラーゼとDNA） ｜ 1qs4のChain A（HIVウイルスのインテグラーゼ；阻害剤5CITEP含む）
165. オクタデシルジメチル(3-トリメトキシシリルプロピル)アンモニウムクロリド〔octadecyldimethyl(3-triethoxysilypropyl) ammonium chloride〕
166. テキサノール（Texanol〈2,2,4-trimethyl-1,3-pentanediol monoisobutyrate〉；異性体あり）
167. リバスチグミン（rivastigmine） ‖ 参考：リバスチグミンの脱離基のSITE例PDBsumデータ 1gqr_SAF（アセチルコリンエステラーゼ；SITEにEMMも含む）
168. PDBデータ 3alwの4量体（Chain A×4；麻疹ウイルスのヘマグルチニン，Form I）
169. バニリン（vanillin） ‖ 参考：バニリンを含むPDBsumデータ例 2vss_V55（PDBsumデータからアセチルCoA削除）
170. ペントバルビダール（pentobarbital）
171. PDBデータ 1xg0（集光性タンパク質フィコエリトリン〈フィコエリスリン〉）　同PDBsumデータ 1xg0_PEB
172. ロラタジン（loratadine）
173. PDBデータ 1mjv（細胞増殖因子A〈VEGF-A〉） // 参考：t-PA（組織プラスミノゲンアクチベーター）のPDBデータ例 1a5hのChain A・C
174. PDBデータ 1xk4のChain A-D（カルシウム結合タンパク質 カルプロテクチン；A・B鎖がS100A8，C・D鎖がS100A9）
175. PDBデータ 3pcq（好熱性シアノバクテリアBP-1の光合成光化学系I）　同36量体（Chain A-M・X×3；α炭素のみ）
176. PDBデータ 3eqm（アロマターゼ，P450 19A1；アンドロステンジオンが結合）
177. PDBデータ 3fcs（インテグリンαIIbβ3）
178. PDBデータ 2f10（ノイラミニダーゼ；ペラミビル〈peramivir〉含む）　同PDBsumデータ 2f10_BCZ
179. フルベンジアミド（flubendiamide）
180. PDBデータ 1e79（ATP合成酵素 F1部分；ミトコンドリア由来）　同PDBsumデータ 1e79_ATP
181. PDBデータ 3id5（リボソームタンパク質L7AeとRNA；C・G鎖がL7Ae）　同Chain C・D
182. PDBデータ 3nkr（オートタキシン）
183. ロキソプロフェン（loxoprofen；異性体あり）
184. イミダクロプリド（imidacloprid） ‖ PDBデータ 3c79（アセチルコリン結合タンパク質；ネオニコチノイド系農薬イミダクロプリドが結合）
185. PDBデータ 3po7のChain A（モノアミンオキシダーゼB；ゾニサミドが結合）
186. PDBデータ 1om4（神経性一酸化窒素合成酵素）
187. PDBデータ 3py4（ラクトペルオキシダーゼ；アセトアミノフェン含む）
188. PDBデータ 1gtcのModel 1（DNA-RNAハイブリッド，岡崎フラグメント；重複座標データ削除）
189. トリニトラミド（trinitramide）
190. キサントプテリン（xanthopterin）
191. コウミン（koumine）
192. PDBデータ 2j25（イミグルセラーゼ）
193. PDBデータ 3aih（レクチンOS-9）
194. PDBデータ 3ahq（ヒト由来ジスルフィド結合形成酸化酵素Ero1）
195. テトラブロモビスフェノールA（tetrabromobisphenol A）
196. PDBデータ 1yhu（ヘモグロビン；チューブワーム由来） ‖ 1jhd（ATPスルフリラーゼ；チューブワームに共生する硫黄酸化細菌由来）
197. PDBデータ 1kacの6量体（Chain AB×3；アデノウイルス）
198. スフィンゴシン-1-リン酸（sphingosine-1-phosphate，S1P）
199. DNA部分構造のPをAsに変更したデータ（座標はそのまま；As型DNAの模擬構造） ｜ 1d66Chain D・Eの同様変更データ
200. 3aoiのChain A-E・P・Q・X（RNAポリメラーゼ，Gfh1，DNA，RNA）

No.175関連： 好熱性シアノバクテリアBP-1の光合成光化学系Iの構造3pcqの36量体（Chain A-M・X×3）

Vol.5

201. PDBデータ 3j0j（ATPアーゼ；主鎖のみ）
202. PDBデータ 1ri1（mRNAのキャップ形成，メチルトランスフェラーゼ）
203. フムロン（humulone）
204. オレアノール酸（oleanolic acid）
205. PDBデータ 1eve（アセチルコリンエステラーゼ；塩酸ドネペジルが結合）　同PDBsumデータ 1eve_E20
206. PDBデータ 3ciy（Toll様受容体；二重らせんRNAを含む）
207. PDBデータ 1npo（ニューロフィジンII〈ニューロフィシンII〉；B鎖は結合しているオキシトシン）　同B鎖（オキシトシン）　同PDBsumデータ 1npo_oxytocin
208. PDBデータ 3arc（光合成光化学系II）　同PDBsumデータ 3arc_OEX
209. PDBデータ 1oxr（ホスホリパーゼA2；アスピリンが結合）　同PDBsumデータ 1oxr_AIN
210. PDBデータ 3m9sのChain 1-9・H・L-N・R（複合体I；H・L-N・R鎖はアミノ酸種別不明）
211. PDBデータ 3sqgのChain A-C（メタン分解酵素）
212. PDBデータ 3aod（多剤排出タンパク質AcrB）　同PDBsumデータ 3aod_RFP（リファンピシン）
213. ヒドロキシメチルローダミングリーン（HMRG）
214. PDBデータ 3aon（V型ATPase）
215. PDBデータ 3r1mの8量体（FBPアルドラーゼ／ホスファターゼのアルドラーゼ状態，Chain A×8；α炭素のみ）　同PDBsumデータ 3r1m_13P（アルドラーゼ状態；DHAP結合） ‖ 　PDBsumデータ 3r1m_13P（ホスファターゼ状態；FBP結合）
216. PDBデータ 3ayx（酸素耐性膜結合型[NiFe]ヒドロゲナーゼ；鉄硫黄クラスター含む）　同PDBsumデータ 3ayx_F4S（
H2-reduced condition） ‖ PDBsumデータ 3ayy_SF3（ferricyanide-oxidized condition）
217. PDBデータ 3zux（ナトリウム依存性胆汁酸輸送体〈ASBT，コレステロール調節タンパク質〉；タウロコール酸含む）　同PDBsumデータ 3zux_TCH（LDA含む）
218. PDBデータ 1t3g（インターロイキン1受容体アクセサリータンパク質1のTIRドメイン）
219. PDBデータ 3pe4のChain A・B（O-GlcNAc転移酵素）
220. PDBデータ 8cel（セルラーゼTrCel7A〈理論モデル〉；グルコース9量体が結合）　同PDBsumデータ 8cel_GLC9
221. PDBデータ 9pap（パパイン）
222. PDBデータ 1j8cのModel 1（ユビキリン2〈UBQLN2，ubiquilin 2〉）
223. PDBデータ 3og7（B-Rafプロテインキナーゼ；阻害剤ベムラフェニブが結合）　同PDBsumデータ 3og7_032
224. PDBデータ 2xkw（PPAR-γ；糖尿病治療薬ピオグリタゾンが結合）　同PDBsumデータ 2xkw_P1B
225. PDBデータ 3pmq（外膜デカヘムシトクロームc MtrF）　デカヘムとSITE部分（PDBsumデータ: 3pmq_HEC 670(A) 〜 3pmq_HEC 679(A) ）
226. PDBデータ 3axy（フロリゲン活性化複合体〈Hd3a-14-3-3-OsFD1複合体〉；Hd3aがフロリゲン〈A・B・G・H鎖〉）　Chain B・D・F・G・I・K　Chain B（Hd3a，フロリゲン）
227. PDBデータ 2xow（ロンボイドプロテアーゼGlpG；阻害剤が結合）　同PDBsumデータ 2xow_ISM
228. PDBデータ 3os3（MAPキナーゼキナーゼ1；MEK阻害剤CH4858061が結合
229. PDBデータ 3rvyの4量体（Chain AB×2；Na+チャネル）
230. PDBデータ 1u6b（RNA〈スプライシング〉，リボヌクレオタンパク質）
231. PDBデータ 1vth（DNA；ダウノマイシン〈daunomycin〉が結合）
232. PDBデータ 1bht（肝細胞増殖因子）
233. PDBデータ 3pt6のChain A・C・I（DNAメチラーゼ）
234. PDBデータ 3am6のChain A（ロドプシン，光駆動型プロトンポンプ
235. プランクスタリン（pranksterin）　※この化合物の取り扱いには十分注意してください！
236. アルクチゲニン（arctigenin）
237. PDBデータ 3rze（ヒスタミンH1受容体；ドキセピン含む（5EHとD7Vの2構造重ね合わせ））　5EH（3E体）消去　D7V（3Z体）消去　同PDBsumデータ 3rze_5EH-D7V　　5EH（3E体）のみ表示　D7V（3Z体）のみ表示
238. PDBデータ 2yfjのChain A-F（ビフェニルジオキシゲナーゼ；ジベンゾフランと鉄硫黄クラスター含む）　同PDBsumデータ 2yfj_1IT
239. PDBデータ 3aicのChain A（グルカンスクラーゼ〈GSase〉；阻害剤アカルボース結合）　同PDBsumデータ 3aic_ACR　※Vol. 4にも掲載
240. PDBデータ 1jsu（サイクリン依存性キナーゼ2〈A鎖〉／サイクリンA〈B鎖〉／不定形タンパク質p27〈C鎖〉）
241. PDBデータ 3q6xのChain A（NDM-1；加水分解したアンピシリンが結合）
242. PDBデータ 3ay1（主鎖のみ，アミノ酸種別不記載）（ダイニン）
243. PDBデータ 3oswのChain A（ペルオキシソーム増殖剤活性化受容体γ；テトラブロモビスフェノールAが結合）　同PDBsumデータ 3osw_XDI ‖ 3pbaのChain A（同；テトラブロモビスフェノールA一硫酸塩が結合）
244. PDBsumデータ 2wqy_FeS_3（コハク酸デヒドロゲナーゼのフラボタンパク質サブユニットの鉄硫黄クラスター；Fe2S2，Fe4S4，Fe3S4の3種類）
245. PDBデータ 3mg0（プロテアソーム；骨髄腫治療ボルテゾミブが結合）　同PDBsumデータ 3mg0_BO2
246. PDBデータ 1qnu（O157の志賀毒素様毒素）
247. PDBデータ 2xp2（未分化リンパ腫キナーゼ（ALK）；クリゾチニブ（PF-02341066）が結合）　同PDBsumデータ 2xp2_VGH
248. PDBデータ 3h1j（シトクロムbc1）　同PDBsumデータ 3h1j_FES
249. PDBデータ 3av6（DNAメチルトランスフェアーゼ1，Dnmt1；S-アデノシルメチオニン結合）　同PDBsumデータ 3av6_SAM
250. PDBデータ 2ere（調節タンパク質Leu3-DNA複合体）

    
No.208関連（各画像クリックで拡大） → 光合成に関係する生体分子PDB 3ARCの部分構造例

Vol.6

251. PDBデータ 3th5（Rac1〈Rhoファミリーの低分子量Gタンパク質；野生型〉）
252. PDBデータ 3vr3（V1-ATPase〈A3B3複合体〉）
253. ラパチニブ（lapatinib） ‖ PDBデータ 3bbt（チロシンキナーゼErbB4；ラパチニブが結合）
254. PDBデータ 3iyr（転移伝令RNA）
255. スクアレン・コレステロール・テトラヒマノール・ホパノイド例の同時表示 ｜ スクアレン ｜ コレステロール ｜ テトラヒマノール ｜ ホパノイドの例
256. テルペンドールE（terpendole E）
257. Cs検出用蛍光プローブ（NIMS開発）
258. PDBデータ 3sldのChain A・C（ノロウイルスのカプシド）
259. PDBデータ 3oz2（ジゲラニルゲラニルグリセロリン脂質レダクターゼ）　同PDBsumデータ 3oz2_OZ2
260. PDBデータ 3i0g（糖転移酵素）　同PDBsumデータ 3i0g_UDP-GAL ‖ PDBデータ 1lzi（糖転移酵素）　同PDBsumデータ 1lzi_UDP（UDP-GAL）
261. PDBデータ 1mg4（Dclk1；ダブルコルチン様キナーゼ1〈N末端ドメイン〉）
262. 2lnlのModel 1（ケモカイン受容体CXCR1；IL-8A受容体の別名）
263. PDBデータ 3myrのChain A・B（Ni-Feヒドロゲナーゼ）　同PDBsumデータ 3myr_NFV（[Ni-Fe]活性中心）
264. チゲサイクリン（tigecycline） ‖ アビソマイシンC（abyssomicin C）
265. PDBデータ 1db1（ビタミンD受容体）　同PDBsumデータ 1db1_VDX（1,25-ジヒドロキシビタミンD3）
266. PDBデータ 1h2s（センソリーロドプシンII）　Chain A
267. PDBデータ 3sn6（β2アドレナリン受容体（β2AR）-Gsタンパク質複合体；GPCR） ‖ 3pqr（メタロドプシンII）
268. PDBデータ 4dvy（ピロリ菌がんタンパク質CagA）　
269. PDBデータ 4fb2のChain A（P450）
270. オフタルミン酸 （ophthalmic acid, ophthalmate）
271. PDBデータ 1gruのChain O〜U（分子シャペロンのGroES；1gruからGroEL部分を除いたもの） ‖ テプレノン（teprenone；セルベックスの一般名）
272. キサントマチン（xanthommatin，還元型；異性体あり）
273. (+)-フクゲチン（(+)-fukugetin）
274. PDBデータ 2dts（IgG1抗体のFcフラグメント；フコース低減〈ポテリジェント〉）　フコース低減PDBsumデータ 2dts_01（NAG-NAG-BMA-MAN-MAN-NAG） ‖ フコース含むPDBsumデータ 3ave_01（NAG-NAG-BMA-MAN-NAG-MAN-NAG-FUC）（アミノ酸の結合表示不調）
275. フェブキソスタット（febuxostat）
276. PDBデータ 4e99（血清アルブミン；パーフルオロオクタンスルホン酸含む）　同PDBsumデータ 4e99_P8S（パーフルオロオクタンスルホン酸）
277. PDBデータ 3u5zのChain A-J（T4ファージのスライディングクランプ，クランプローダー）
278. PDBデータ 3min（ニトロゲナーゼ）　同PDBsumデータ 3min_CLF（8Fe-7Sクラスター）　同PDBsumデータ 3min_HCA-CFM（[MoFe]コファクター）
279. PDBデータ 4dkl（μオピオイド受容体） ｜ PDBデータ 2rh1（アドレナリン受容体）
280. ヘキサメチレンテトラミン（hexamethylenetetramine） | ホルムアルデヒド（formaldehyde）
281. PDBデータ 2yflのChain A-F（ビフェニルジオキシゲナーゼ；2-クロロベンゾフラン〈ダイオキシン類〉，鉄硫黄クラスターFe2S2含む）　同PDBsumデータ 2yfl_DC4
282. PDBデータ 2fk0のChain A-F（H5N1インフルエンザウイルスのヘマグルチニン）　Chain A・B
283. PDBデータ 3sn6（β2アドレナリン受容体（β2AR）-Gsタンパク質複合体；GPCR）　同PDBsumデータ 3sn6_P0G
284. PDBデータ 1ewkのChain A（代謝型グルタミン酸受容体；グルタミン酸が結合）　同PDBsumデータ 1ewk_G39
285. PDBデータ 2az5のChain A・B（TNF-α〈腫瘍壊死因子α〉；阻害剤含む）
286. PDBデータ 5p21（Rasタンパク質）
287. PDBデータ 2hu4のChain A（N1ノイラミニダーゼ；オセルタミビル〈タミフル〉の活性代謝物GS4071が結合）　同PDBsumデータ 2hu4_G39
288. PDBデータ 3vkhのChain A・C（ダイニン）
289. PDBデータ 4dww（ナットウキナーゼ）
290. PDBデータ 1e79（ATP合成酵素 F1サブユニット；ミトコンドリア由来）　同D鎖　同PDBsumデータ 1e79_ATP
291. PDBデータ 1f88のChain A（ウシロドプシン）
292. カプロン酸エチル（ethyl caproate；ヘキサン酸エチル ethyl hexanoate）
293. PDBデータ 3u6y（Alba2-DNA複合体）
294. PDBデータ 3rze（ヒスタミンH1受容体；ドキセピン含む（5EHとD7Vの2構造重ね合わせ））　5EH（3E体）消去　D7V（3Z体）消去　同PDBsumデータ 3rze_5EH-D7V　　5EH（3E体）のみ表示　D7V（3Z体）のみ表示
295. PDBデータ 3ciy（Toll様受容体；二重らせんRNAを含む）
296. PDBデータ 1l8t（アミノグリコシドホスホトランスフェラーゼ；カナマイシンAが結合）
297. エベロリムス（everolimus）
298. PDBデータ 3vg9（アデノシンA2a受容体と抗体フラグメントFabの複合体）
299. PDBデータ 3ayg（一酸化窒素レダクターゼ）
300. PDBデータ 3ug9の2量体（チャネルロドプシン，光駆動性陽イオンチャネル）　同PDBsumデータ 3ug9_RET　同 3ug9_RETs（3ug9_RETにGlu162追加）

  
No.291関連： ウシのロドプシン（暗順応）構造例1jfpとメタロドプシンII構造例1ln6 → GPCR - 2012年ノーベル化学賞

1f88 A鎖のアミノ酸配列（有機概念図I/O値順，特性基 R）　※1文字アミノ酸配列から各種HTMLデータを作成する秀丸マクロで作成

Met	Asn	Gly	Thr	Glu	Gly	Pro	Asn	Phe	Tyr	Val	Pro	Phe	Ser	Asn	Lys	Thr	Gly	Val	Val	Arg	Ser	Pro	Phe	Glu
Ala	Pro	Gln	Tyr	Tyr	Leu	Ala	Glu	Pro	Trp	Gln	Phe	Ser	Met	Leu	Ala	Ala	Tyr	Met	Phe	Leu	Leu	Ile	Met	Leu
Gly	Phe	Pro	Ile	Asn	Phe	Leu	Thr	Leu	Tyr	Val	Thr	Val	Gln	His	Lys	Lys	Leu	Arg	Thr	Pro	Leu	Asn	Tyr	Ile
Leu	Leu	Asn	Leu	Ala	Val	Ala	Asp	Leu	Phe	Met	Val	Phe	Gly	Gly	Phe	Thr	Thr	Thr	Leu	Tyr	Thr	Ser	Leu	His
Gly	Tyr	Phe	Val	Phe	Gly	Pro	Thr	Gly	Cys	Asn	Leu	Glu	Gly	Phe	Phe	Ala	Thr	Leu	Gly	Gly	Glu	Ile	Ala	Leu
Trp	Ser	Leu	Val	Val	Leu	Ala	Ile	Glu	Arg	Tyr	Val	Val	Val	Cys	Lys	Pro	Met	Ser	Asn	Phe	Arg	Phe	Gly	Glu
Asn	His	Ala	Ile	Met	Gly	Val	Ala	Phe	Thr	Trp	Val	Met	Ala	Leu	Ala	Cys	Ala	Ala	Pro	Pro	Leu	Val	Gly	Trp
Ser	Arg	Tyr	Ile	Pro	Glu	Gly	Met	Gln	Cys	Ser	Cys	Gly	Ile	Asp	Tyr	Tyr	Thr	Pro	His	Glu	Glu	Thr	Asn	Asn
Glu	Ser	Phe	Val	Ile	Tyr	Met	Phe	Val	Val	His	Phe	Ile	Ile	Pro	Leu	Ile	Val	Ile	Phe	Phe	Cys	Tyr	Gly	Gln
Leu	Val	Phe	Thr	Val	Lys	Glu	Ala	Ala	Ala	Gln	Gln	Gln	Glu	Ser	Ala	Thr	Thr	Gln	Lys	Ala	Glu	Lys	Glu	Val
Thr	Arg	Met	Val	Ile	Ile	Met	Val	Ile	Ala	Phe	Leu	Ile	Cys	Trp	Leu	Pro	Tyr	Ala	Gly	Val	Ala	Phe	Tyr	Ile
Phe	Thr	His	Gln	Gly	Ser	Asp	Phe	Gly	Pro	Ile	Phe	Met	Thr	Ile	Pro	Ala	Phe	Phe	Ala	Lys	Thr	Ser	Ala	Val
Tyr	Asn	Pro	Val	Ile	Tyr	Ile	Met	Met	Asn	Lys	Gln	Phe	Arg	Asn	Cys	Met	Val	Thr	Thr	Leu	Cys	Cys	Gly	Lys
Asn	Pro	Leu	Gly	Asp	Asp	Glu	Ala	Ser	Thr	Thr	Val	Ser	Lys	Thr	Glu	Thr	Ser	Gln	Val	Ala	Pro	Ala

Vol.7

301. MBP（monobutyl phthalate ；フタル酸ジブチルの代謝物）　MEHHP（mono(2-ethyl-5-hydroxyhexyl) phthalate；異性体あり，フタル酸ジエチルヘキシルの代謝物）　MEOHP（mono(2-ethyl-5-oxohexyl) phthalate；異性体あり，フタル酸ジエチルヘキシルの代謝物）
302. PDBデータ 1BNA（B-DNA）
303. PDBデータ 1eer（エリスロポエチンと受容体）
304. PDBデータ 4l6r（GPCR，グルカゴン受容体）
305. PDBデータ 4k5y（GPCR，コルチコトロピン放出因子受容体；阻害剤CP-376395が結合）　同PDBsumデータ 4k5y_1Q5（CP-376395）
306. “生物界で見られる4種類のテトラピロール”（岩波「科学」2013年7月号コラム，p. 723図を参考に）

(a) クロロフィルa PDBデータ 3arcのChain A（光合成光化学系IIの部分構造）　同PDBsumデータ 3arc_CLA607s（多数のCLAの中から607番；CLA607以外のヘテロ分子は削除）
(b) ヘム PDBデータ 2hhb（デオキシヘモグロビン，4量体）　同PDBsumデータ 2hhb_HEM（A鎖）
(c) ビタミンB12（シアノコバラミン） PDBデータ 1n2zのChain A（ビタミンE輸送タンパク質）　同PDBsumデータ 1n2z_CNC
(d) F430 PDBデータ 3pot（メチル補酵素Mレダクターゼ）　同PDBsumデータ 3pot_F43（COM含む；06Cは削除）

  
No.333関連： 有機水銀分解酵素（アルキル水銀リアーゼ，EC.4.99.1.2）MerBの例3f0pのChain A（左）と1s6lのModel 1（右；Hgなし）
※中央の球棒表示（右では空間充填）は分解反応の活性点を形成するとされるCys96・Cys159・Cys160
※資料例：持続可能型社会への貢献遺伝子データベース（長浜バイオ大学）における“有機水銀 or アルキル水銀”検索結果
[TOPIC] 水俣病ページで，提言「国は今こそ水俣病の全面解決を！」の賛同署名ご協力をお願いしています。

Vol.8

351. PDBデータ 1dfj（リボヌクレアーゼA；阻害剤が結合）
352. フマル酸ジメチル（dimethyl fumarate） ｜ ソフォスブビル（sofosbuvir）
353. PDBデータ 4n6h（δオピオイド受容体，GPCR；ナルトリンドールが結合）
354. PDBデータ 4cas（光合成反応中心；シトクロムCサブユニット〈A鎖〉ほか）
355. 塚崎朝子，「新薬に挑んだ日本人科学者たち」，講談社ブルーバックス(2013) より

1-1 スタチン（p. 28）： プラバスタチン　シンバスタチン　コンパクチン（メバスタチン）　アトルバスタチン ｜ ブリオスタチン3（同書不掲載）
2-1 クラビット（レボフロキサシン）： レボフロキサシン
2-2 プログラフ（タクロリムス）： タクロリムス
3-1 レトロビル（アジドチミジン：AZT）： AZT
3-2 ザルシタビン： ザルシタビン
3-3 ダルナビル： ザルシタビン
4-1 アリセプト（ドネペジル塩酸塩）： ドネペジル
4-2 カンプト（イリノテカン塩酸塩）： イリノテカン
5-2 ガスター（ファモチジン）： ファモチジン
5-3 パリエット（ラベプラゾールナトリウム）： ラベプラゾール

p. 94 ヌクレオソーム：PDBデータ 1aoi（ヌクレオソーム）
p. 131 DNAのメチル化：PDBデータ 4da4（DNAメチルトランスフェラーゼ DNMT1；ヘミメチル化 CpG DNAが結合）

No.396関連： ヘモグロビン構造の比較（何れもA鎖）：左から　シロザメ（1GCW，CO結合），マンモス（3VRF，CO結合），ヒト（2HHB，デオキシヘモグロビン）
→ Jmolヘモグロビン