◆ アプタマー ◆
★今週の分子/連載105(2006/01/24〜):アプタマーの例(PDBデータ1KOCほか)

 生体高分子を物理学の眼で見るとどのようなことが言えるのか,とても楽しい本が発行された。帯には第1章のタイトルである“生物は分子のレベルで既に生物らしい”と書かれている。

 様々な状況の中で必要に応じて立体構造を変えるDNAをはじめとする生体内の巨大分子の挙動について,最新の成果とまだわかっていないことを織り交ぜながら語ってくれている。時々当然のように難しい式も出てくる一方,セントラルドグマ,RNAワールド,ダーウィン進化・淘汰,熱力学第2法則などの慣れ親しんだ生物学の用語がヒョッコリ顔を出すといううれしさがある。p.74には“ミラーの実験”のことが以下のような形で登場している。  さて,今週の分子は同書でしばしば出てくる“アプタマー(aptamer)”を取り上げた(索引では 22,31,33,34,67,68 の7ヶ所)。人工進化などにより特殊な機能を持たせた核酸であり,DNAアプタマーとRNAアプタマーがある。2004年12月にはアメリカでRNAアプタマーMacugen(商品名)が医薬として認可されるなど各国で研究・開発が進められている。


アプタマーの例(初期表示は1koc;[文献1]p.33図2.10)
1koc(RNA Aptamer) → PDB情報
1nbk(RNA Aptamer) → PDB情報
1db6のModel 1(DNA Aptamer) → PDB情報
バックボーン 二次構造
DNA/RNA(ATGCU
リガンド表示 OFF
水分子表示  OFF

全選択 リガンド選択 タンパク質選択
DNA/RNA全選択 同バックボーン選択
空間充填 球棒 スティック OFF
CPK アミノ色 | ラベル表示 OFF
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
疎水性インデックス順(タンパク質)
等電点順
Dot Surface表示 OFF
水素結合(細) 同(太) OFF
光沢表示 OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF 画像をクリップボードへコピー


※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP
VAL GLY LEU
 ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


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