●“Lp”を含む分子データの表示について → 「分子の形と性質(1)」へ
本サイトの分子の学習帳には,“Lp”(lone pair)を原子種として含む分子を掲載しているページがあり,Chimeでは“unknown”原子と認識されて濃いピンク色で表示されます。
この“Lp”原子を含む分子は,計算化学ソフトウェアのHyperChem(市販分子科学計算ソフトウェアの比較参照)では,以下のように“Lone Pair”を指定できることを利用して組み立てたものです。
“Lp”表示を利用すると,以下の例のように分子の非共有電子対や電子軌道などのイメージを示すことができ,有機化学の基礎や分子の成り立ちをより詳しく説明することが可能です。
※上の分子については,静電ポテンシャルなどの計算を要する操作は行わないで下さい。
※上記水分子データ中の原子座標・結合情報
-0000.992100000.1323-0000.000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
なお,他のページのデータについても,利用者自身で任意の原子を選択して表示形式を変更することで以下の画像のような表示にすることも可能です(原子選択・表示変更はChimeマニュアル参照)。
-0000.960400001.0733-0000.000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
-0000.0944-0000.1514-0000.000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
-0001.1833-0000.002800000.552 Lp 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
-0001.1833-0000.0028-0000.552 Lp 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
001002001 0 0 0
001003001 0 0 0
001004001 0 0 0
001005001 0 0 0
また,“Lp”を高分子の繰り返し単位を示すために用いているページもあり,こちらについては,Chimeによる高分子の表示をご参照ください。