◆ 生体分子のかたちの不思議(Chime分子表示) ◆
〜 DNA,プリオン,SARS,イオンチャネル 〜
Jmol版(詳細情報掲載)
※生体分子の構成元素:Chime版Jmol版


氷構造も水素結合による
※参考:水の氷化過程の分子動力学シミュレーション(名古屋大学)*
Googleイメージ検索による『水素結合』検索結果*同『hydrogen bond”』*


演習1 生体分子中の水素結合の例(太字はPDB ID)  TOP
《 水素結合は原子種と結合距離などから自動描出されるため,不要な結合が表示される場合もある 》
※任意のPDBデータをハードディスク保存して以下のような表示を可能にする方法 → PDBデータを詳細に見るために
●DNA関連
DNA部分構造例 …初期表示
  DNA部分構造例(A-T)
  DNA部分構造例(G-C)

1d66のChain D・E
1n4eのChain A・B(チミンダイマー含む)
●Protein関連
6rsa
  6rsaのα-helix部分の例(Tyr25-Ser32)
  6rsaのβ-sheet部分の例(Val43-Val47 & Arg85-Ile81)…逆平行

1juy
  1juyのα-helix部分の例(Asp153-Leu172)
  1juyのβ-sheet部分の例(Val4-Gly8 & Tyr261-Ile265)…平行

参考データ(表1の順にアミノ酸20種をα構造で結合)
●DNA+Protein
1bnz
●RNA(水素結合表示不可)
1g59のChain B(tRNAGlu
タンパク質バックボーン 同・二次構造
リガンド表示 OFF
水分子表示(*印データのみ)  OFF

全選択 リガンド選択 タンパク質選択
DNA/RNA全選択 同・糖&リン酸選択

空間充填 球棒 スティック OFF
原子色(CPK) amino色
DNA/RNA塩基色(ATGCU
ラベル表示(アミノ酸) OFF
ドット表面表示 OFF
水素結合(細) 同(太) OFF
光沢表示 OFF 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF 画像をクリップボードへコピー

酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
極性・非極性区別
疎水性インデックス順
等電点順


※amino表示の凡例
ASP GLU CYS MET LYS ARG SER THR PHE TYR
ASN GLN GLY LEU VAL ILE ALA TRP HIS PRO

= 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 =
酸性中性芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP GLU GLY ALA VAL LEU ILE CYS SER THR
ASN GLN PRO MET
 PHE TYR TRP LYS ARG HIS

極性酸性塩基性〉・非極性(疎水性)アミノ酸区別
SER THR TYR CYS ASN GLN ASP GLU LYS ARG
HIS
 GLY ALA VAL LEU ILE PHE PRO MET TRP

※疎水性インデックス順
ARG LYS ASN ASP GLN GLU HIS PRO TYR TRP
SER THR GLY
 ALA MET CYS PHE LEU VAL ILE

※等電点順
ASP GLU CYS ASN PHE GLN TYR SER MET TRP
VAL GLY LEU
 ALA ILE THR PRO HIS LYS ARG


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