◆ 今週の分子 ◆
★連載53（2004/04/21〜）：正常プリオンタンパク質例２（PDBデータ1QM2より）
→ プリオンタンパク質の構造例（Jmol版） ←
　2003年から刊行が開始されている日本化学会編集の実験化学講座・第5版，第14巻は「計算化学」です。
◎日本化学会 編，「実験化学講座 第5版 12 計算化学」，丸善(2004)
　第4版では「基本操作III」がコンピュータ利用になっていましたが，独立した一巻になったことでこの分野の重要性が増していることがわかります。
　以下のプリオンは，pp.270-271に記述されている，基準振動解析例で取り上げられているデータで，初期表示で赤色表示部分（C末端側3番目のGLN 227と，2番目と3番目のヘリックス間ループのTHR 190-GLU 200）が大きく振動しているとされます。ただし，NMR構造を拡張MM2力場で構造最適化後に基準振動解析をした結果ですが，以下は計算していない構造データです。

→ 狂牛病とプリオン／牛海綿状脳症（BSE） ←
→ 計算化学演習（分子計算の概要など） ←
※参考サイト：ProMode（タンパク質ドメインの運動）

正常なプリオンタンパク質例である1qm2
（PDBのオリジナルデータ）

※amino表示の凡例
ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR
ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO
＝ 以下の表示はアミノ酸の親水性・疎水性参照 ＝
※酸性・中性〈芳香族〉・塩基性アミノ酸区別表示の凡例
ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR
ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS
※hydropathy index順
ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP
SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE
※log P値順
ARG　ASP　ASN　GLU　GLN　HIS　GLY　SER　LYS　THR
ALA　PRO　CYS　VAL　TYR　MET　ILE　LEU　PHE　TRP
※有機概念図I/O値順（特性基 R）
ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS
TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE
※同上（アミノ酸）
GLY　SER　ASN　ASP　GLN　THR　GLU　ALA　ARG　HIS
VAL　LYS　CYS　PRO　LEU　TYR　ILE　MET　TRP　PHE
Backbone 2oStructure Termini
DNA/RNA（ATGCU）
Ligands表示 OFF
Water表示　 OFF

全選択（125-228 Fragment）
 GLN 227 選択　 THR 190-GLU 200 選択
GLN 227 および THR 190-GLU 200 選択
 選択Protein赤色表示

空間充填 球棒 スティック OFF
CPK amino ｜ ラベル表示 OFF
酸性・中性・塩基性アミノ酸区別
hydropathy index順（Protein）
log P値順（Protein）
有機概念図I/O値順（Protein特性基 R）| 同（アミノ酸）
Dot Surface表示 OFF
水素結合（細） 同（太） OFF
S-S結合（太） OFF
S原子（Protein中）空間充填
静電ポテンシャル 同（透明） OFF
親油ポテンシャル 同（透明） OFF
光沢表示 OFF ｜ 光量30% OFF
背景・黒 背景・灰 背景・白
回転 OFF
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