Jmolで見るトピックス分子（14-1）

◆ Jmolで見るトピックス分子（14-1） ◆

→ No.401-410 ｜ 411-420（作成中）｜ 421-430 ｜ 431-440 ｜ 441-450 ｜ 451-460 ｜ 461-470 ｜ 471-480 ｜ 481-490 ｜ 491-500 ←
→ No.501-510 ｜ 511-520 ｜ 521-530 ｜ 531-540 ｜ 541-550 ｜ 551-560 ｜ 561-570 ｜ 571-580 ｜ 581-590 ｜ 591-600 ←
→ 601-610 ｜ 611-620 ｜ 621-630 ｜ 631-640 ｜ 641-650 ←
→ Vol.1 ｜ 2 ｜ 3 ｜ 4 ｜ 5 ｜ 6 ｜ 7 ｜ 8 ∥ データ名一覧 ←
→ 最近の本サイトコンテンツから：ネオニコチノイド系農薬問題｜ 2014年にエボラ出血熱感染拡大｜危険ドラッグ ←

ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や，RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため，10件ずつ表示するように変更しました（上記書庫も順次修正します）。
※旧版で表示していた一部の参考データ（PDBsumなど）は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。

RCSB PDB 2016/01/27 新規公開データより：5f9r Crystal structure of catalytically-active Streptococcus pyogenes CRISPR-Cas9 in complex with single-guided RNA and double-stranded DNA primed for target DNA cleavage　→ 新ページ：CRISPR関連生体分子データ

PDBデータ 5f9r（sgRNAおよび2本鎖DNAと結合したCRISPR-Cas9）
［CRISPR - Wikipedia，Genome editing - Wikipedia］

5f9r（sgRNAおよび2本鎖DNAと結合したCRISPR-Cas9）
4oo8のChain A・B・C（Cas9タンパク質-ガイド鎖RNA-標的DNAの複合体）
4qyz（標的ssDNAに結合したCasタンパク質-crRNA複合体）

バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　DNA/RNA選択　DNA選択　DNA/RNA backbone選択　水分子表示
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

［左］5f9r　［中］4oo8のChain A-C　［右］4qyz（空間充填がcrRNA，小さめの球表示が標的ssDNA）

ASP　GLU　CYS　MET　LYS　ARG　SER　THR　PHE　TYR　ASN　GLN　GLY　LEU　VAL　ILE　ALA　TRP　HIS　PRO

酸性

中性

芳香族

塩基性

ASP　GLU　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　CYS　SER　THR　ASN　GLN　PRO　MET　PHE　TYR　TRP　LYS　ARG　HIS

極性

酸性

塩基性

非極性（疎水性）

SER　THR　TYR　CYS　ASN　GLN　ASP　GLU　LYS　ARG　HIS　GLY　ALA　VAL　LEU　ILE　PHE　PRO　MET　TRP

ARG　LYS　ASN　ASP　GLN　GLU　HIS　PRO　TYR　TRP　SER　THR　GLY　ALA　MET　CYS　PHE　LEU　VAL　ILE

ASN　SER　ASP　GLN　GLU　THR　ARG　HIS　GLY　LYS　TYR　TRP　CYS　MET　PRO　PHE　ALA　VAL　LEU　ILE

ASP　GLU　CYS　ASN　PHE　GLN　TYR　SER　MET　TRP　VAL　GLY　LEU　ALA　ILE　THR　PRO　HIS　LYS　ARG

アミノ酸および特性基の親水性・疎水性｜ Log Pをポケットに！

極限乾燥耐性生物ネムリユスリカのゲノム概要配列を解読　～生物がカラカラに乾いても死なないメカニズムの解明へ～（基礎生物学研究所，2014/09/15）　※記事には直接関係ないがユスリカの幼虫アカムシユスリカのPDBデータ例を以下に。

【遺伝】極限環境を生き抜く南極のユスリカの遺伝子（Nature ハイライト，2014/08/13）
ネムリユスリカの幼虫、宇宙で生き返る　若田光一さんが実験成功（ハフポ，2014/04/15）
干からびたネムリユスリカの幼虫が生き返る鍵（Nature 特集記事，2008/07/11）　※“トレハロースによるクリプトビオシスのしくみ”のトレハロースも以下に。
ユスリカ - Wikipedia ｜ネムリユスリカ｜ヘモグロビン｜トレハロース
Crystal Structure of Maltooligosyltrehalose Trehalohydrolase from Deinococcus radiodurans in Complex with Disaccharides（Journal of Molecular Biology，2005/04/15）　※下掲2bhyについて
ヘモグロビン（本サイト）

PDBデータ 3ark（アカムシユスリカのヘモグロビンV〈Hb V〉）
［Chironomidae - Wikipedia，Hemoglobin - Wikipedia］

3ark（アカムシユスリカのヘモグロビンV）　同PDBsumデータ3ark_HEM$
トレハロース（trehalose）　→ 甘味物質の秘密
※参考（トレハロース結合タンパク質例）：2bhy（放射線抵抗性細菌デイノコッカス・ラディオデュランスのマルトオリゴシルトレハローストレハロヒドロラーゼ）　同PDBsumデータ2bhy_TRE [1605(A)]$ …デイノコッカス・ラディオデュランスには放射線耐性（DNA修復参）の他に乾燥耐性あり

バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　DNA/RNA選択　DNA選択　DNA/RNA backbone選択
水分子表示（*印のみ）　HB選択（$印のみ）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金　消去
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

2hhb_HEM [A]（ヒトヘモグロビン；ヘモグロビンα〈Chain A〉）
I'/O'＝0.6712
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　消去
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
ドット表面表示｜背景・黒　灰　白　紺

2hhb_HEM [B]（ヒトヘモグロビン；ヘモグロビンβ〈Chain B〉）
I'/O'＝0.5291
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　消去
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
ドット表面表示｜背景・黒　灰　白　紺

3ark_HEM（アカムシユスリカ由来ヘモグロビン；ヘモグロビンV）
I'/O'＝0.7856
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　HB選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　消去
CPK色　酸性・中性・塩基性　I/O値順
ドット表面表示｜背景・黒　灰　白　紺

ヒトのヘモグロビン2hhb（Chain A）とアカムシユスリカのヘモグロビン3ark

ヒトのヘモグロビン2hhb（Chain A・B）とアカムシユスリカのヘモグロビン3arkのPDBsumデータ

トレハロース結合タンパク質例として放射線抵抗性細菌デイノコッカス・ラディオデュランスのマルトオリゴシルトレハローストレハロヒドロラーゼ2bhyのPDBsumデータ

ヘモグロビンのアミノ酸配列比較例；ヒト（2hhb），ヒト胎児HbF（4mqj），アカムシユスリカ（3ark）　※Hisはヘム近傍ヒスチジン

001-050
	ヒト／ヒト胎児HbF　A鎖	Val	Leu	Ser	Pro	Ala	Asp	Lys	Thr	Asn	Val	Lys	Ala	Ala	Trp	Gly	Lys	Val	Gly	Ala	His	Ala	Gly	Glu	Tyr	Gly	Ala	Glu	Ala	Leu	Glu	Arg	Met	Phe	Leu	Ser	Phe	Pro	Thr	Thr	Lys	Thr	Tyr	Phe	Pro	His	Phe	Asp	Leu	Ser	His
	ヒト　B鎖	Val	His	Leu	Thr	Pro	Glu	Glu	Lys	Ser	Ala	Val	Thr	Ala	Leu	Trp	Gly	Lys	Val	Asn	Val	Asp	Glu	Val	Gly	Gly	Glu	Ala	Leu	Gly	Arg	Leu	Leu	Val	Val	Tyr	Pro	Trp	Thr	Gln	Arg	Phe	Phe	Glu	Ser	Phe	Gly	Asp	Leu	Ser	Thr
	ヒト胎児HbF　B鎖	Val	His	Phe	Thr	Glu	Glu	Asp	Lys	Ala	Thr	Ile	Thr	Ser	Leu	Trp	Gly	Lys	Val	Asn	Val	Glu	Asp	Ala	Gly	Gly	Glu	Thr	Leu	Gly	Arg	Leu	Leu	Val	Val	Tyr	Pro	Trp	Thr	Gln	Arg	Phe	Phe	Asp	Ser	Phe	Gly	Asn	Leu	Ser	Ser
	アカムシユスリカ　A鎖	Ala	Phe	Val	Gly	Leu	Ser	Asp	Ser	Glu	Glu	Lys	Leu	Val	Arg	Asp	Ala	Trp	Ala	Pro	Ile	His	Gly	Asp	Leu	Gln	Gly	Thr	Ala	Asn	Thr	Val	Phe	Tyr	Asn	Tyr	Leu	Lys	Lys	Tyr	Pro	Ser	Asn	Gln	Asp	Lys	Phe	Glu	Thr	Leu	Lys
051-100
	ヒト／ヒト胎児HbF　A鎖	Gly	Ser	Ala	Gln	Val	Lys	Gly	His	Gly	Lys	Lys	Val	Ala	Asp	Ala	Leu	Thr	Asn	Ala	Val	Ala	His	Val	Asp	Asp	Met	Pro	Asn	Ala	Leu	Ser	Ala	Leu	Ser	Asp	Leu	His	Ala	His	Lys	Leu	Arg	Val	Asp	Pro	Val	Asn	Phe	Lys	Leu
	ヒト　B鎖	Pro	Asp	Ala	Val	Met	Gly	Asn	Pro	Lys	Val	Lys	Ala	His	Gly	Lys	Lys	Val	Leu	Gly	Ala	Phe	Ser	Asp	Gly	Leu	Ala	His	Leu	Asp	Asn	Leu	Lys	Gly	Thr	Phe	Ala	Thr	Leu	Ser	Glu	Leu	His	Cys	Asp	Lys	Leu	His	Val	Asp	Pro
	ヒト胎児HbF　B鎖	Ala	Ser	Ala	Ile	Met	Gly	Asn	Pro	Lys	Val	Lys	Ala	His	Gly	Lys	Lys	Val	Leu	Thr	Ser	Leu	Gly	Asp	Ala	Ile	Lys	His	Leu	Asp	Asp	Leu	Lys	Gly	Thr	Phe	Ala	Gln	Leu	Ser	Glu	Leu	His	Cys	Asp	Lys	Leu	His	Val	Asp	Pro
	アカムシユスリカ　A鎖	Gly	His	Pro	Leu	Asp	Glu	Val	Lys	Asp	Thr	Ala	Asn	Phe	Lys	Leu	Ile	Ala	Gly	Arg	Ile	Phe	Thr	Ile	Phe	Asp	Asn	Cys	Val	Lys	Asn	Val	Gly	Asn	Asp	Lys	Gly	Phe	Gln	Lys	Val	Ile	Ala	Asp	Met	Ser	Gly	Pro	His	Val	Ala
101-150
	ヒト／ヒト胎児HbF　A鎖	Leu	Ser	His	Cys	Leu	Leu	Val	Thr	Leu	Ala	Ala	His	Leu	Pro	Ala	Glu	Phe	Thr	Pro	Ala	Val	His	Ala	Ser	Leu	Asp	Lys	Phe	Leu	Ala	Ser	Val	Ser	Thr	Val	Leu	Thr	Ser	Lys	Tyr	Arg
	ヒト　B鎖	Glu	Asn	Phe	Arg	Leu	Leu	Gly	Asn	Val	Leu	Val	Cys	Val	Leu	Ala	His	His	Phe	Gly	Lys	Glu	Phe	Thr	Pro	Pro	Val	Gln	Ala	Ala	Tyr	Gln	Lys	Val	Val	Ala	Gly	Val	Ala	Asn	Ala	Leu	Ala	His	Lys	Tyr	His
	ヒト胎児HbF　B鎖	Glu	Asn	Phe	Lys	Leu	Leu	Gly	Asn	Val	Leu	Val	Thr	Val	Leu	Ala	Ile	His	Phe	Gly	Lys	Glu	Phe	Thr	Pro	Glu	Val	Gln	Ala	Ser	Trp	Gln	Lys	Met	Val	Thr	Gly	Val	Ala	Ser	Ala	Leu	Ser	Ser	Arg	Tyr	His
	アカムシユスリカ　A鎖	Arg	Pro	Ile	Thr	His	Gly	Ser	Tyr	Asn	Asp	Leu	Arg	Gly	Val	Ile	Tyr	Asp	Ser	Met	His	Leu	Asp	Ser	Thr	His	Gly	Ala	Ala	Trp	Asn	Lys	Met	Met	Asp	Asn	Phe	Phe	Tyr	Val	Phe	Tyr	Glu	Cys	Leu	Asp	Gly	Arg	Cys	Ser	Gln
151-
	ヒト／ヒト胎児HbF　A鎖
	ヒト　B鎖
	ヒト胎児HbF　B鎖
	アカムシユスリカ　A鎖	Phe	Ser

今月の分子 194: 人工設計インスリン（Designer Insulins）（PDBj，2016/02）｜ Molecule of the Month（PDB）

今月の分子 17: インスリン（Insulin）（PDBj，2001/02）｜ Molecule of the Month（PDB）
2016 RCSB PDB Video Challenge for High School Students: Structural Biology & Diabetes　※2016年の課題はインスリンなど糖尿病関連（以下の&印が課題データ例リストに含まれる）。
インスリン - Wikipedia ｜インスリン様成長因子
IGF-1（インスリン様成長因子1）（本サイト）｜ 2002年度ノーベル化学賞／生体高分子の新構造解析法開発

PDBデータ 4ajx（人工設計されたアシル化インスリン例デグルデク）
［Insulin - Wikipedia，Insulin degludec - Wikipedia］

4ajx&（人工設計されたインスリン例デグルデク）
1trz*&（インスリン）　同Chain A・B
1gzr（インスリン様成長因子1，IGF-1）
※参考：2016 RCSB PDB Video Challenge for High School Studentsの課題例リストに含まれるデータ例
1gcn&（グルカゴン）
4ers&（グルカゴン受容体；抗体Fab領域が結合）
4l6r&（グルカゴン受容体；GPCR）
3b75のChain A-D&（糖化ヘモグロビン）　GLC（グルコース）選択　FRU（フルクトース）選択　Chain AのFRUとその結合アミノ酸残基Lys 99選択　同糖化アミノ酸部分3b75_FRU（Chain A）　同PDBsumデータ3b75_FRU$　→ 別トピック

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　水分子表示
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結our atoms [255,120,170]; select gln or lys or arg; colour atoms [255,180,200]; select his; colour atoms [255,230,240]; select val; colour atoms [255,200,0]; select ile; colour atoms [255,210,20]; select tyr or cys; colour atoms [255,220,40]; select trp or p合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

［左］人工設計されたインスリン例デグルデク4ajx（黄色い球はタンパク質中のS原子）；下記課題リストに含まれる
［右］2016 RCSB PDB Video Challenge for High School Students課題構造リストにあがっているインスリン1trzのChain A・B

RCSB PDB 2016/06/15 新規公開データより：5f4e Crystal structure of zika virus envelope protein in complex with a flavivirus broadly-protective antibody

RCSB PDB 2016/06/22 新規公開データより：5jkc Crystal structure of human IZUMO1-JUNO complex (crystal form 1)　※他にIZUMO1-JUNO complexは5jkd・5jke
- Structure of IZUMO1-JUNO reveals sperm-oocyte recognition during mammalian fertilization（Nature，2016/06/15）
Molecular architecture of the human sperm IZUMO1 and egg JUNO fertilization complex（Nature，2016/06/15）
Structural biology: When sperm meets egg（Nature，2016/06/15）
東大など、受精に関わる精子・卵子表面のタンパク質の相互作用を明らかに（マイナビニュース，2016/06/16）
受精タンパク質構造解明　福島医大准教授ら発表、避妊薬開発に期待（福島民友，2016/06/16）
【坂口至徳の科学の現場を歩く】ホルモン使わぬ避妊薬、不妊治療に期待…受精に必須、認識タンパク質の構造・作用を解明（産経，2016/06/20）

RCSB PDB 2016/02/24 新規公開データより：5ejn Crystal structure of Juno, the mammalian egg receptor for sperm Izumo1
- Divergent evolution of vitamin B9 binding underlies Juno-mediated adhesion of mammalian gametes（Current Biology，2016/02/08）
生殖生物学：卵で見つかった「受精」タンパク質のJuno（Nature ハイライト，2014/04/24）
研究内容（1）受精｜研究室情報｜大阪大学微生物病研究所・附属遺伝情報実験センター - 遺伝子機能解析分野
Izumo1-Juno複合体関連別研究
- AlphaFold reveals how sperm and egg hook up in intimate detail（Nature News，2024/10/17） [NEW!]　→ ノーベル化学賞2024受賞関連情報
  - ノーベル化学賞受賞の「AlphaFold2」、精子と卵子が結びつく仕組みを新発見（生成AIクローズアップ）（TechnoEdge，2024/10/22） [NEW!]
Izumo (タンパク質) - Wikipedia

PDBデータ 5f4e（受精タンパク質Izumo1とJunoの複合体）　…初期表示を5ejn（Juno）から変更
［Juno (protein) - Wikipedia，IZUMO1 - Wikipedia］

5f4e（受精タンパク質Izumo1-Juno複合体）
5jkc（受精タンパク質Izumo1-Juno複合体；crystal form 1）｜ 5jkd（同；crystal form 2）｜ 5jke（同；crystal form 3）
5ejn（受精タンパク質Juno）　→ 水溶性ビタミンと脂溶性ビタミン

バックボーン　二次構造
糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　水分子表示
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

［左］受精タンパク質Izumo1-Juno複合体5f4e　［左］Juno5ejn

今月の分子 195: RAFタンパク質キナーゼ（RAF Protein Kinases）（PDBj，2016/03）｜ Molecule of the Month（PDB）

PDBデータ 3og7（阻害剤ベムラフェニブが結合したB-Rafプロテインキナーゼ）
［BRAF (gene) - Wikipedia，Vemurafenib - Wikipedia］

PDBデータ 3og7（B-Rafプロテインキナーゼ；阻害剤ベムラフェニブが結合）　同PDBsumデータ 3og7_032$ ｜ベムラフェニブ（vemurafenib；WIRED.jp記事参照）

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　水分子表示
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

阻害剤ベムラフェニブ（vemurafenib）が結合したB-Rafプロテインキナーゼ3og7とそのPDBsumデータ

五十嵐圭日子東大准教授｜ギネス世界記録　匠スペシャル・インタビュー（Guinness World Records，2016/02/03）

PDBデータ 3x2m（セルラーゼ）
［Cellulase - Wikipedia］

3x2m（セルラーゼ）　同PDBsumデータ3x2m_GLC-BGC-BGC-BGC-BGC$
※他のセルラーゼ構造例：1g0c（アルカリセルラーゼ）（）*　CBI（セロビオース）選択　同PDBsumデータ1g0c_CBI$

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択　水分子表示（*印のみ）
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

［右］解像度0.64Åでギネス世界記録のPDBデータ3x2m（セルラーゼ）　［左］同データおよび1g0c（セロビオース結合）のPDBsumデータ

RCSB PDB 2016/03/09 新規公開データより：5d4i Intact nitrite complex of a copper nitrite reductase determined by serial femtosecond crystallography

PDBデータ 5d4iのChain A（銅含有亜硝酸還元酵素）
［Nitrite reductase - Wikipedia］

5d4iのChain A（銅含有亜硝酸還元酵素）　同5d4i_NO2 [503(A)]$

バックボーン　二次構造
全選択　タンパク質選択　リガンド選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
アミノ色　Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
リガンドの元素記号表示
糖鎖別着色（#印のみ）：Gal，α-Glc，β-Glc，Man，Fuc，Xyl，Sia，GalNAc，GlcNAc，GlcA
酸性・中性・塩基性区別　極性・非極性区別
疎水性インデックス順　I/O値順（特性基 R）　等電点順
コンホメーション選択性（αヘリックス・βストランド）
水素結合表示
S-S結合表示（太）　S原子（Protein中）空間充填
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

銅含有亜硝酸還元酵素5d4iのChain AとそのPDBsumデータ

吉村忠与志・千田範夫，『3Dプリンタ用ファイル作成のためのWinmostar機能の付加』，Journal of Computer Chemistry, Japan Vol. 15 (2016) No. 1 p. 7-12　※以下のWinmostar（機能限定の無償版あり）とフリーのOpenSCADで3Dプリンタ用STLファイルを作成する方法が紹介されています。本サイトのmolまたはpdb形式ファイル（以下に例）も利用可能です。

Winmostar
OpenSCAD User Manual - Wikibooks
参考：DropboxとChem3D for iPad／RCSB PDB Mobileで分子を見る（本サイト）　…本サイトのmolまたはpdb形式データ置き場例

OpenSCADによる本サイト掲載分子の表示例
［左］C₆₀のモノクロ表示（フラーレンより）　［中］Auの結晶構造のカラー表示（世界結晶年より）　［右］DNA部分構造例のカラー表示（DNAとRNAのいろいろな姿より；下掲）

DNAの部分構造例（PDB形式データ）

バックボーン　二次構造　DNA/RNA（ATGCU，backbone）
全選択　DNA/RNA選択　DNA/RNA backbone選択
空間充填　球棒　球60％　スティック　針金
Chain色　CPK色　∥　Jmol色　Rasmol色
水素結合表示
ドット表面表示　α炭素ラベル表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

新型農薬、トンボ減らす？　実験水田で確認（読売，2016/03/17）　※フィプロニル（fipronil）を以下に。

フィプロニル（fipronil；フェニルピラゾール系殺虫剤）
［Fipronil - Wikipedia，GABA receptor - Wikipedia］

空間充填　球棒　球30％　球60％　スティック　針金
ドット表面表示　回転
背景・黒　灰　白　紺

フィプロニル（fipronil；フェニルピラゾール系殺虫剤）
※参考：ニコチン（最上段）とネオニコチノイド系農薬4種（イミダクロプリド，クロチアニジン，チアメトキサム，ジノテフラン；中段左から時計回りで）の同時表示
※参考（フィプロニルはGABA受容体に作用するとされる）：GABA（γ-アミノ酪酸，γ-aminobutanoic acid，4-aminobutanoic acid）

フィプロニル（fipronil）およびニコチンとネオニコチノイド系農薬4種（イミダクロプリド，クロチアニジン，チアメトキサム，ジノテフラン）の同時表示

本トピックの情報が増えてきたためこちらに独立ページとして移しました（以下に移動時点の図だけ残します）。

ジカウイルスの構造例5ire（左）と60量体（Chain A-F×10；右）

［左］5ireの360量体（Chain A-F×60）　［右］5iz7の360量体（Chain A-F×60；α炭素とHETATMのみ）

［左］ジカウイルスの非構造タンパク質NS15iy3　［右］非構造タンパク質NS3（ヘリカーゼ）5jrz

NS2B-NS3プロテアーゼ5lc0（ボロン酸阻害剤が結合）とそのPDBsumデータ（Science論文でAsp⁸³に言及）

広域中和抗体が結合したジカウイルスのエンベロープタンパク質5jhl（左）と5lcv（右）

「生活環境化学の部屋」ホームページ｜ Jmol版「分子の学習帳」