ecosci.jpサイト内では分類しにくいニュースな分子や,RCSB PDBの新規公開データなどを脈絡なく掲載します。
※Jmol表示制限のため,10件ずつ表示するように変更しました(上記書庫も順次修正します)。
※旧版で表示していた一部の参考データ(PDBsumなど)は今後追加します。
※Jmol利用コンテンツはWindows 10でもInternet Explorer 11で閲覧できます。
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4x1g(17α-エチニルエストラジオールとtrans-ノナクロルが結合したプレグナンX受容体) 同PDBsumデータ 4x1g_3WF$ → 3WG追加データ$ 3WF(エチニルエストラジオール)選択 3WG(trans-ノナクロル)選択 PDBsumデータ 4x1f_3WF$(17α-エチニルエストラジオールのみ結合したプレグナンX受容体から) 17α-エチニルエストラジオール(17α-ethinyl estradiol;合成卵胞ホルモン薬,ピル) trans-ノナクロル(trans-nonachlor;殺虫剤) バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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4znn(α-シヌクレイン;残基番号47-56) 8a9lの9量体(Chain A-C×3,α-シヌクレイン) Chain Aの残基番号47-56空間充填/α炭素ラベル表示 ※参考(アルツハイマー病のアミロイドβ線維):2m4jのModel 1 | 2lmnのModel 1 | 2lmpのModel 1 | 2mxuのModel 1(42残基のアミロイドβ繊維;残基番号11-42) バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
[左]α-シヌクレインの構造例4znn(残基番号47-56) [中・右]同8a9lの9量体(Chain A-C×3)とChain A(残基番号31-100)中残基番号47-56のα炭素ラベル表示
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4z90のChain A-E(イソフルラン結合イオンチャネル;静止状態) 同PDBsumデータ 4z90_4LE$ 4z91のChain A-E(同上;脱感作状態) 同PDBsumデータ 4z91_4LE$ イソフルラン(isoflurane,(R)-体) バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 4LE(イソフルラン)選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
麻酔剤イソフルランが結合したイオンチャネル4z90
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5cx1のChain A-D(ニトロゲナーゼ) 同PDBsumデータ 5cx1_ICS$(CFe7MoS9クラスター;HCA〈3-ヒドロキシ-3-カルボキシ-アジピン酸〉が結合) 4tku(ニトロゲナーゼ) 同PDBsumデータ 4tku_ICS$(CFe7MoS9クラスター;HCAが結合) → 別トピック バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 ICS(C-Fe-Mo-Sクラスター;CFe7MoS9)選択 CLF(Fe8S7クラスター)選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
ニトロゲナーゼ(モリブデン鉄タンパク質)5cx1のChain A-D
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一酸化二窒素(dinitrogen monoxide)の構造例 ※参考:二酸化炭素,メタン,一酸化二窒素,HFC(HFC-23),PFC(C2F6),SF6の同時表示(京都議定書で削減対象となったガス6種) ※参考:亜酸化窒素を含むPDBsumデータ例 2icq_N2O バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
亜酸化窒素(nitrous oxide,;一酸化二窒素,dinitrogen monoxide)の構造例
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イベルメクチンB1a(ivermectin B1a) エバーメクチンB1a(アベルメクチンB1a,avermectin B1a) エバーメクチンB1aとイベルメクチンB1aの同時表示 ※参考(イベルメクチンが結合したPDBデータ例) 3rif 同PDBsumデータ 3rif_IVM[A]$ IVM(イベルメクチン)選択 → 今月の分子 No.191(PDBj,2015/11) 3rhw 同PDBsumデータ 3rhw_IVM[B]$ IVM(イベルメクチン)選択 5vdhのChain A(イベルメクチンB1aが結合したグリシン受容体サブユニットα3) 同PDBsumデータ5vdh_IVM$ → 詳細 8f4vのChain A/Model 1(イベルメクチンB1aが結合したα7型ニコチン性アセチルコリンレセプター〈α7nAChR〉) 同PDBsumデータ 8f4v_IVM[501(A)]$ [Alpha-7 nicotinic receptor - Wikipedia] バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 モル・タロウ色(C・H・N・結合以外はJmol色;mol形式データのみ) 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
[左]イベルメクチンB1a
[中]エバーメクチンB1aとイベルメクチンB1a(←部分が異なる)
[右]3rhw(イベルメクチンが結合したグルタミン酸作動性クロライドチャネル)
[左]3rhw [右]3rif( → 今月の分子 No.191)
[左・中]イベルメクチンB1aが結合したグリシン受容体 5vdhのChain A,および同データとAlphaFill構造 O75311のPDBsumデータ
※PDBsumデータの前者はChain A・B含み,後者はChain A該当のみ
[右]PyMOLによる5vdhのChain AとAlphaFill構造 O75311の重ね合わせ → 詳細
イベルメクチンB1aが結合したα7型ニコチン性アセチルコリンレセプター(α7nAChR)8f4vのChain A/Model 1とそのPDBsumデータ
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4yb9(フルクトース輸送体GLUT5;内開き状態) 4ybqのChain A・E・F(同;外開き状態) 同Chain A バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
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p.5・141 カフェイン:カフェイン(caffeine) → 分子クイズ p.54・178 マイトトキシン:マイトトキシン(maitotoxin) p.180 バニリン:バニリン(vanillin) p.231 ヒストンH3.2:3av1(ヒストンH3.2変異体を含むヒトのヌクレオソーム) BCAA球表示(Leu Ile Val) バックボーン 二次構造 DNA/RNA(ATGCU,backbone) 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 DNA/RNA選択 同backbone選択 空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金 消去 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
GSH
MARTKQTARK
STGGKAPRKQ
LATKAARKSA
PATGGVKKPH
RYRPGTVALR
EIRRYQKSTE
LLIRKLPFQR
LVREIAQDFK
TDLRFQSSAV
MALQEASEAY
LVGLFEDTNL
CAIHAKRVTI
MPKDIQLARR
IRGERA
【参考】BCAA(Leu Ile Val)・Cysの確認 …1文字アミノ酸配列から各種HTMLデータを作成する秀丸マクロによる(Toll様受容体も参照)
Gly | Ser | His | |||||||
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Met | Ala | Arg | Thr | Lys | Gln | Thr | Ala | Arg | Lys |
Ser | Thr | Gly | Gly | Lys | Ala | Pro | Arg | Lys | Gln |
Leu | Ala | Thr | Lys | Ala | Ala | Arg | Lys | Ser | Ala |
Pro | Ala | Thr | Gly | Gly | Val | Lys | Lys | Pro | His |
Arg | Tyr | Arg | Pro | Gly | Thr | Val | Ala | Leu | Arg |
Glu | Ile | Arg | Arg | Tyr | Gln | Lys | Ser | Thr | Glu |
Leu | Leu | Ile | Arg | Lys | Leu | Pro | Phe | Gln | Arg |
Leu | Val | Arg | Glu | Ile | Ala | Gln | Asp | Phe | Lys |
Thr | Asp | Leu | Arg | Phe | Gln | Ser | Ser | Ala | Val |
Met | Ala | Leu | Gln | Glu | Ala | Ser | Glu | Ala | Tyr |
Leu | Val | Gly | Leu | Phe | Glu | Asp | Thr | Asn | Leu |
Cys | Ala | Ile | His | Ala | Lys | Arg | Val | Thr | Ile |
Met | Pro | Lys | Asp | Ile | Gln | Leu | Ala | Arg | Arg |
Ile | Arg | Gly | Glu | Arg | Ala |
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イミペネム・パニペネム・メロペネムの同時表示(上から) イミペネム(imipenem) パニペネム(panipenem) メロペネム(meropenem) カルバペネム系抗生物質の骨格構造 ※参考(カルバペネム系抗生物質含むPDBデータ例):3bfgのChain A(メロペネムが結合したβ-ラクタマーゼ) → 他は抗生物質を含むPDBデータ 同PDBsumデータ 3bfg_MER(Meropenem, bound form)$ バックボーン 二次構造 全選択 タンパク質選択 リガンド選択 空間充填 球棒 球60% スティック 針金 アミノ色 Chain色 CPK色 ∥ Jmol色 Rasmol色 酸性・中性・塩基性区別 極性・非極性区別 疎水性インデックス順 I/O値順(特性基 R) 等電点順 コンホメーション選択性(αヘリックス・βストランド) 水素結合表示 背景・黒 灰 白 紺 |
カルバペネム系抗生物質の骨格構造(左)と3種類のカルバペネム系抗生物質(右;上からイミペネム・パニペネム・メロペネム)
メロペネム(結合型)を含むβ-ラクタマーゼ3bfgのPDBsumデータ
空間充填 球棒 球30% 球60% スティック 針金 背景・黒 灰 白 紺 |
プロピオン酸(プロパン酸;propionic acid) …刺激的な酸っぱい臭い 酪酸(ブタン酸;butyric acid) …汗くさい臭い 吉草酸(ペンタン酸;pentanoic acid) …むれた靴下のような臭い メチルメルカプタン(メタンチオール;methanethiol) …糞便臭 硫化水素(hydrogen sulfide) …腐った卵のような臭い インドール (indole) …悪臭(少量では香水に) スカトール(skatole;3-methyl-1H -indole) …糞便臭 アンモニア(ammonia) …し尿のような臭い トリメチルアミン(trimethylamine) …腐った魚のような臭い |
図1 悪臭防止法規制22化合物の有機概念図.◆:窒素化合物,■:硫黄化合物,●:アルデヒド,▲:酸・エステル・ケトン,●:アルコール,◆:芳香族炭化水素. → 有機概念図計算Excelシートの解説,シックハウスで取り上げられる化合物の有機概念図